In einem Raum ohne Fenster wurde auf unerklärliche Weise ein Häftling von einem Scharfschützen erschossen. Ein Angestellter des Verteidigungsministeriums wendet sich an Psychiater Dr. Leigh Rosen. Rosen ist der Kopf eines Teams von Alphas, einer Gruppe von Menschen mit übernatürlichen mentalen und physischen Fähigkeiten. Schnell wird klar, dass es sich beim Schützen nur um ein Mitglied einer feindlichen Gruppe von Alphas handeln kann. Doch dem verdächtigten Cameron Hicks fehlt jegliche Erinnerung. Es scheint, als wurde er durch Gehirnwäsche manipuliert.

Bei einem schweren Autounfall sterben sieben Menschen. Unfern des Tatorts wird Marcus Ayers gefunden. Marcus war Rosens erster Alpha Patient und ist vor kurzem aus der Forschungsanstalt geflohen, in die er aufgrund seiner gefährlichen Manipulationsversuche verlegt wurde. Zurück in der Freiheit hat Marcus nur eines im Sinn: Er will mit seinem ehemaligen Psychiater abrechnen. Rosen versucht, ihn mit einer schrecklichen Erinnerung aus der Vergangenheit in die Enge zu treiben. Doch das Vorhaben scheitert und Marcus Vergeltungsschlag fordert das nächste Opfer.

Das Team der Alphas muss nach der Attacke auf Dr. Rosen in ein neues Quartier umziehen. Kaum in den neuen Räumlichkeiten angelangt, erhält Rosen von Agent Wilson schon den nächsten Auftrag. An der Ostküste trugen sich in einigen Zügen rätselhafte Morde zu. Wilson vermutet, dass es sich um das Werk eines jungen Alphas handelt, der bei Bedrohung Pheromone versprüht und damit großes Chaos anrichtet. Das Überwachungsvideo bringt die Alphas auf die Spur einer 17-Jährigen. Als das Mädchen jedoch bemerkt, dass sie verfolgt wird, taucht es im Untergrund ab.

Autist Gary (Ryan Cartwright) hört eines Tages ein sonderbares Geräusch. Es erinnert ihn an die erste Begegnung mit einem Alpha, der nur als ‚der Geist‘ bekannt ist. Die Rückverfolgung des Signals bringt das Team um Dr. Rosen zum Haus von Kosar, der den verfeindeten Red Flag angehört. Beim Übergriff der Alphas gelingt Kosar und seinen Leuten die Flucht. Zurück bleibt jedoch eine autistische Frau mit dem Namen Anna, die mittels einer eigenen Sprache kommuniziert. Kann es Gary gelingen, Annas Vertrauen zu gewinnen und ihre Sprache zu verstehen?

Eine Ermittlung führt die Alphas nach Pennsylvania, wo der Vertrauenslehrer einer High-School völlig überraschend dem Zerfall seiner Organe erlag. Doch der Lehrer ist nur eine von vier Personen in der Gegend, die auf rätselhafte Weise zu Tode kamen. Es scheint als hätten alle unter schweren Entzugs- oder Abhängigkeitssyndromen gelitten – aber wovon? Um eines der Opfer, Chris, in einer Autopsie untersuchen zu dürfen, braucht es das Einverständnis seiner Mutter Jessica. Rachel versucht das Vertrauen der Frau zu gewinnen und begibt sich damit selbst in Gefahr.

Das FBI will die Zusammenarbeit mit Bill beenden. Da erfährt er zufällig durch Gary von einer Entführung und sieht darin seine Chance, sich dem FBI noch einmal zu beweisen. Währenddessen versuchen Hicks und Nina einen hartnäckigen Detektiv loszuwerden und kommen sich dabei näher. Gary und Bill müssen feststellen, dass sie dem Fall alleine nicht gewachsen sind. Sie weihen Rosen ein und beschließen, die Entführer noch vor der Lösegeldübergabe zu schnappen. Doch das FBI hegt derweil anderweitige Pläne.

Skylar Adams ist auf der Flucht vor der Nationalen Sicherheitsbehörde. Dr. Rosen weiß, dass die junge Frau ein Alpha ist und möchte sie beschützen. Doch scheinbar ist ihre Fähigkeit Alltagsgegenstände zu Maschinen und Waffen umzuformen nicht der einzige Grund, warum sie verfolgt wird. Bill kann den Kinderwunsch seiner Frau nicht teilen. Zu groß ist die Angst, dass seine Kinder auch Alphas werden. Unterdessen gerät Garry in eine Auseinandersetzung mit seiner Mutter, da diese seine Arbeit bei den Alphas für zu gefährlich hält.

Als 1980 die Kirche seines Vaters in Flammen aufgeht, überlebt nur der kleine Jonas. In der Gegenwart lernt Hicks bei den Anonymen Alkoholikern den erwachsenen Jonas, einen Alpha, kennen. Der hat nun selber eine Anhängerschaft und versetzt Menschen in den Zustand höchster Glückseligkeit. Auch Hicks zieht er in seinen Bann. Als Dr. Rosen einem Anhänger hilft, bringt er Jonas gegen sich auf und seine dunkle Seite offenbart sich. Indessen geht Rachel mit Gary zur Verlobungsfeier ihrer Schwester. Dort sorgt sie mit einer furchtbaren Diagnose für Unruhe.

Ungewöhnliche Dinge geschehen, als Nina und Hicks das vermutliche Red-Flag-Mitglied Dr. Kern im Büro des Rosen-Teams befragen wollen. Dank sonarer Fähigkeiten kann dieser ohne Augenlicht sehen und zudem Vibrationen erzeugen, die Gebäude einstürzen lassen können. Er berichtet von seinen medizinischen Versuchen auf dem Gebiet der Alpha-Fähigkeiten und versucht, Dr. Rosen für die Red Flag zu gewinnen. Doch nicht mit allen Vorkommnissen scheint Kern etwas zu tun zu haben: Ein unsichtbarer Gast entführt Rachel und bringt das Team in Gefahr.

Mehrere Wissenschaftler, die als Rosens Vorgänger gearbeitet haben, werden ermordet aufgefunden. Alle erhielten unmittelbar vor ihrem Tod einen Anruf aus Dr. Rosens Büro. Da der Verdacht naheliegt, dass es im Team einen Maulwurf der Red Flag gibt, wird Rosens Team in einer Unterbringung für ‚böse‘ Alphas gebracht und verhört. Eric, ein weiterer Alpha, der auf Körpersprache spezialisiert ist, kann allerdings keinen Täter unter ihnen ausmachen. Dem Team gelingt die Flucht, doch sie können sich noch nicht in Sicherheit wägen.

Die Alphas verfolgen Isaac, ein Mitglied der Red Flag, der mehrere Initiatoren des Alpha-Programms ermordet hat. Isaak ist allerdings selbst auf der Jagd. Sein Ziel: Danielle, Dr. Rosens Tochter. In letzter Sekunde gelingt es Hicks Isaac zu töten, bevor das Mädchen ihm zum Opfer fällt. Zurück im Hauptquartier der Alphas gesteht Dani, dass sie die Kette eines Red Flags gestohlen hat. War das Schmuckstück der einzige Grund, warum Isaac es auf sie abgesehen hatte?

Neun Monate nachdem er die Alphas öffentlich gemacht hat und Dr. Rosen in eine psychiatrische Klinik eingeliefert wurde, kommt es zu einem Zwischenfall in Binghanton, bei dem Cameron und Bill zu Geiseln der außer Kontrolle geratenen Alpha-Gefangenen werden. Nur mit den vereinten Kräften des gesamten Teams kann die Situation gelöst werden.

Das Team bekommt es mit einem extrem schnellen Alpha zu tun, der Jagd auf die Verantwortlichen für seine abnormale Fähigkeiten macht, die ihn zudem rasant altern lassen. Bei seinem Rachefeldzug nimmt er Geiseln und begeht Morde. Kann Dr. Rosen rechtzeitig deeskalieren?

Das Team von Dr. Rosen erhält Zuwachs durch John Bennett, der Rachel durch seinen signifikanten Körpergeruch auffällt. Unterdes wird Bill als Kämpfer in einen Fight Club eingeschleust, in dem vor kurzem ein anderer Alpha durch eine Säureattacke getötet wurde. Als Kat Bill zeigt, wie er seine Fähigkeiten zum Positiven nutzen kann, findet er zunehmend Gefallen am Fight Club.

Nina, die mit der Alpha-Fähigkeit ausgestattet ist, die Gedanken ihrer Mitmenschen zu kontrollieren, ist vor einiger Zeit aus dem Team ausgeschieden. Als sie jedoch mehr und mehr Schaden mit ihrer Fähigkeit anrichtet, beschließt Rosen, die junge Frau einzufangen und zu therapieren. Doch wie soll er Nina erwischen, wenn sie jeder Zeit seine Gedanken lesen kann?

Ein mächtiger Alpha scheint den Verstand verloren zu haben: In einem Krankenhaus attackiert er Menschen. Das Team macht sich sofort auf die Suche nach dem Abtrünnigen, doch als sie ihn ausfindig machen, verliert das Team nach und nach selber den Bezug zur Realität.

Rosen und sein Team reisen in ein abgelegenes Dorf der Alphas, um Technik-Genie Skylar Adams um Hilfe zu bitten. Sie soll die Funktion eines Photostimulators testen, mit dem man die Fähigkeiten der Alphas steigern kann. Doch Parishs Männer befinden sich ebenfalls in diesem Dorf und haben es auf Skylar und ihre Tochter Zoe abgesehen.

Dank der Fähigkeiten eines jungen Alphas, das Bewusstsein anderer zu kontrollieren, erhält das Team neue Beweise über Parishs üble Pläne. Daraufhin kommt es zu einer Machtprobe zwischen Rosen und Parish.

Nachdem Rosen den Maulwurfs enttarnt hat, steht er nun vor der quälenden Entscheidung, was als nächstes zu tun ist. Unterdessen kümmert sich das Team um Familienangelegenheiten: Hicks Sohn Tayler kommt überraschend zu Besuch und John trifft endlich Rachels Eltern. Schließlich bekommt Kat ihren ersten Fall: Sie sucht nach einer mysteriösen Droge, die ihre Konsumenten vorübergehend unverwundbar macht.

Als Hicks zu Parishs Gruppe überläuft, sind Rosen und das Team verwundert: Hat er wirklich die Seiten gewechselt, oder hat seine Entscheidung etwas mit Dani zu tun? Die Wahrheit kommt ans Licht, als es den Alphas gelingt Parishs Plan aufzudecken. Um ein tödliches Chaos auszulösen, möchte er einen mächtigen Stromausfall verursachen. Um ihn zu stoppen, müssen die Alphas mehr riskieren, als ihnen lieb ist.

Der schockierende Mord an Dani lässt Rosen und sein Team verzweifelt zurück. Konfrontiert mit seiner härtesten emotionalen Herausforderung, verarbeitet er seine Trauer, indem er sich hinter seiner gewohnten Zurückhaltung versteckt.

Hicks und Kat transportieren den gesprächigen und verrückten Alpha Namens Mitchell, dessen Gehirn so aufnahmefähig ist, wie ein Schwamm. Sie hoffen, dass er ihnen die entscheidenden Informationen über Parishs tödlichen Plan liefern kann. Unterdessen droht die plötzliche Anwesenheit von Senatorin Burton im Büro der Alphas Rosens und Ninas Schwachpunkte zu entlarven.

Als Rosen einen Alpha entführt um ihn zu verhören, fragt sich das Team, wie weit er gehen wird, um den Tod seiner Tochter zu rächen. Unterdessen finden Harken und Gary heraus, dass Skylar von Parish gefangen gehalten wird.

Dr. Rosen ist von seinem Team getrennt und wird von lebhaften Halluzinationen seiner Tochter Dani verfolgt. Sichtbar gezeichnet und zunehmend verzweifelt, sucht er die finale Konfrontation mit Parish. Unterdessen kämpft das Team nicht nur gegen die Zeit, sondern auch gegen das gegenseitige Misstrauen, ihr Ziel aber bleibt Parishs tödlichen Plan zu durchkreuzen.