Das Team der Alphas muss nach der Attacke auf Dr. Rosen in ein neues Quartier umziehen. Kaum in den neuen Räumlichkeiten angelangt, erhält Rosen von Agent Wilson schon den nächsten Auftrag. An der Ostküste trugen sich in einigen Zügen rätselhafte Morde zu. Wilson vermutet, dass es sich um das Werk eines jungen Alphas handelt, der bei Bedrohung Pheromone versprüht und damit großes Chaos anrichtet. Das Überwachungsvideo bringt die Alphas auf die Spur einer 17-Jährigen. Als das Mädchen jedoch bemerkt, dass sie verfolgt wird, taucht es im Untergrund ab.

Ungewöhnliche Dinge geschehen, als Nina und Hicks das vermutliche Red-Flag-Mitglied Dr. Kern im Büro des Rosen-Teams befragen wollen. Dank sonarer Fähigkeiten kann dieser ohne Augenlicht sehen und zudem Vibrationen erzeugen, die Gebäude einstürzen lassen können. Er berichtet von seinen medizinischen Versuchen auf dem Gebiet der Alpha-Fähigkeiten und versucht, Dr. Rosen für die Red Flag zu gewinnen. Doch nicht mit allen Vorkommnissen scheint Kern etwas zu tun zu haben: Ein unsichtbarer Gast entführt Rachel und bringt das Team in Gefahr.

Die Alphas verfolgen Isaac, ein Mitglied der Red Flag, der mehrere Initiatoren des Alpha-Programms ermordet hat. Isaak ist allerdings selbst auf der Jagd. Sein Ziel: Danielle, Dr. Rosens Tochter. In letzter Sekunde gelingt es Hicks Isaac zu töten, bevor das Mädchen ihm zum Opfer fällt. Zurück im Hauptquartier der Alphas gesteht Dani, dass sie die Kette eines Red Flags gestohlen hat. War das Schmuckstück der einzige Grund, warum Isaac es auf sie abgesehen hatte?