Le jour de ses 28 ans, Emma Swann reçoit la visite d'Henry, le fils qu'elle à abandonné dix ans plus tôt. Elle accepte de le raccompagner chez lui, à Storybrooke. Là-bas, elle fait la connaissance de Regina Mills, la mère adoptive d'Henry et maire de la ville. Inquiète pour son fils, Emma décide de rester quelque temps afin de s'assurer qu'il va bien. L'horloge de la ville, arrêtée depuis toujours, se remet en marche.

Alors qu'Emma et Sidney se lancent dans la course à la succession de Graham au poste de shérif, Regina et M. Gold choisissent chacun leur camp. Parallèlement dans le monde des contes de fées, Rumpelstiltskin cherche par tous les moyens à protéger son propre fils.

Emma fait tout pour que deux enfants orphelins ne se retrouvent pas en famille d'accueil. Dans le monde féerique, la Reine envoie Hansel et Gretel chez une sorcière maléfique afin de récupérer quelque chose qui lui appartient. Un inconnu arrive à Storybrooke.

Mary Margaret et David continuent de s'éviter même si leurs sentiments l'un envers l'autre sont de plus en plus forts. Dans le monde des contes de fées, Blanche-Neige et le Prince Charmant ont toujours des pensées chacun à l'égard de l'autre bien que le mariage de ce dernier avec la fille du Roi Midas approche à grands pas. Pour ne pas souffrir de cet amour impossible, Blanche-Neige prend une décision qui pourrait la changer définitivement.

Emma garde un œil sur M. Gold après que la maison de ce dernier a été cambriolée, au cas où celui-ci tenterait de faire justice lui-même. Pendant ce temps, Mary Margaret, Ruby et Ashley se préparent pour une soirée entre filles pour la Saint-Valentin. Dans le monde féerique, Belle sacrifie sa liberté en échange de la paix pour son village après une guerre contre les ogres. De retour à Storybrooke, davantage de mystères apparaissent autour de Regina.

Mary Margaret et Leroy forment une équipe improbable pour une bonne cause : aider les religieuses de Storybrooke à vendre leurs bougies pendant le festival de la Journée du Mineur. Mais Leroy fait une promesse à une religieuse, Astrid, qu'il pourrait avoir du mal à honorer. De son côté, Emma se penche sur la mystérieuse disparition de Kathryn, la femme de David. Pendant ce temps, au pays des contes de fées, Grincheux trouve l'amour interdit avec Nova, une fée belle mais maladroite.

Mary Margaret embauche M. Gold comme avocat quand Emma est obligée de l'arrêter pour le meurtre présumé de la femme de David, Kathryn. Pendant ce temps, dans le pays des contes de fées, le Prince Charmant est déterminé à stopper Blanche Neige, dont la mémoire est altérée par la potion de Tracassin, dans sa tentative d'assassiner la Méchante Reine.

Tandis que M. Gold tente de découvrir la véritable identité d'August, Emma confronte Regina au sujet de son implication dans la disparition de Kathryn et David essaie de se réconcilier avec Mary Margaret. Pendant ce temps, dans le pays des contes de fées, Rumplestiltskin s'engage auprès de son fils à redevenir l'homme aimant qu'il était s'il parvient à lui trouver un moyen d'abandonner ses pouvoirs en toute sécurité.

Henry convainc Emma de rester à Storybrooke pour continuer sa quête de sauveuse du monde des contes de fées. De son côté, Regina concocte un plan qui pourrait la débarrasser définitivement d'Emma. Pendant ce temps, au royaume féerique, Blanche Neige cherche à enrôler le plus de personnes possible pour attaquer la Méchante Reine et sauver le Prince Charmant.

La réalité et le mythe commencent à fusionner tandis que les personnages de contes de fée sont réveillés par la malédiction brisée de la reine Maléfique Regina et qu'ils commencent à se souvenir qui ils étaient. Mais à leur grand désarroi, ils ne sont pas transportés dans le monde des contes de fée. Pour aggraver les choses, Rumplestiltskin alias M. Gold, dans un effort pour prendre le dessus dans sa lutte de pouvoir avec Regina, a introduit la magie en ville. Dans l'univers des contes de fée, la magie a sa place mais dans le monde original, elle peut avoir des conséquences insondables.

Parallèlement, dans l'univers des contes de fée, le prince Philippe réveille la Belle au Bois Dormant, Aurore, mais découvre que lui et sa compagne de voyage, Mulan, feront bientôt face à un ennemi mortel.

Regina cherche, par tous les moyens à récupérer ses pouvoirs magiques afin de pouvoir reprendre son fils Henry à David. Mais elle va prendre conscience, que la magie n'apporte pas tout. Dans le monde des contes de fées, la méchante reine cherche à se débarrasser des pouvoirs magiques de sa mère, afin de pouvoir fuir le Roi, père de Blanche-Neige, qu'elle doit épouser de force. À la fin de l'épisode, Mary-Margaret et Emma sont toujours coincées et prisonnières de Mulan et d'Aurore dans le monde des contes de fées, et elles se retrouvent dans la même cellule que la mère de Regina.

Regina est accusée d'avoir assassiné un des personnages de contes de fée les plus aimés de la ville mais seule Emma pense qu'elle pourrait être innocente. Parallèlement, dans le monde des contes de fée, après avoir capturé la Reine Maléfique, Blanche Neige et le Prince Charmant préparent son exécution publique pour débarrasser le monde de sa tyrannie meurtrière.

Mr Gold demande l'aide de David pour essayer de débloquer les souvenirs maudits de Belle et la faire tomber amoureuse de lui de nouveau. Quand il est révélé que les haricots magiques qu'Anton et les nains ont collectés ont commencé à pousser et pourraient potentiellement transporter tout le monde chez eux, Emma est tiraillée entre vivre dans le monde des contes de fée ou rester dans notre monde.

Parallèlement, dans le monde des contes de fée, Rumplestiltskin force Belle à l'accompagner dans une chasse pour tuer un voleur qu'il avait libéré au nom de la miséricorde.

Les habitants de Storybrooke se préparent pour la fin quand Greg et Tamara enclenchent le détonateur que Regina avait placé au sein de la malédiction, avec la destruction de la ville et de ses habitants imminente. Mr. Gold pleure la mort de son fils, Bae/Neal. Parallèlement, dans le Neverland du passé, Hook découvre son lien à un jeune Bae après l'avoir secouru de la mer et se rend compte rapidement que les Enfants Perdus sont à la poursuite du garçon.

Alors qu'Emma, Mary Margaret, David, Regina et Crochet continuent leur recherche d'Henry au Pays Imaginaire, Peter Pan apparaît devant une Emma surprise et lui offre une carte qui va révéler les allées et venues de son fils. Mais la seule façon de faire apparaître la carte pour Emma est de cesser de nier qui elle est vraiment et venir à bout de ses vrais sentiments au sujet de son identité - et M. Gold reçoit certains conseils inattendus d'un ami qui pourrait l'amener à comprendre le voyage de sa vie tout en étant au Pays Imaginaire. Pendant ce temps, sur les terres du conte de fée, quand la Reine du Mal présente à Blanche Neige une offre pour vivre sa vie en paix avec Charmant - avec la mise en garde qu'elle renonce à sa prétention au trône - Charmant décide de veiller à ce que Blanche n'accepte pas l'offre.

Ariel est renvoyé à Storybrooke avec un objet qui aidera Belle à trouver un artefact caché. Crochet, Neal et Emma se sont mis à capturer l'ombre de Peter Pan. Mary Margaret est contrariée que David ait caché son empoisonnement.

Les habitants de Storybrooke sont fous de joie du retour de Henry et nos héros du Pays Imaginaire. Mais à leur insu, un plan est secrètement mis en place par un Pan bien caché qui va secouer jusqu'à la vie même des habitants de la ville.

Pendant ce temps, dans les terres des Contes de Fées, le voyage de noces de Blanche-Neige et du Prince Charmant s'avère être tout sauf romantique quand ils vont à la recherche d'un être mystique qui pourrait arrêter la froideur de Regina.

Les habitants de Storybrook pour tout pour arrêter Pan avant qu'il ne lance un nouveau sort afin de faire disparaître la ville.

A New York, Crochet tente de se faire rappeler à Emma qui elle est vraiment. Dans le passé, les résidents de Storybrooke retournent à la Forêt Enchantée et sont menacés par une menace à nulle autre pareille.

A New York, Crochet tente de faire resurgir en Emma quelque chose de très puissant : le véritable amour. Dans la Forêt Enchantée, Regina, Blanche, et toute l'équipe de Charmant se confrontent à une sorcière très puissante. Dans le passé d'un autre monde, une jeune fille apprend à utiliser la magie plutôt que d'être chassée par une foule.

Zelena démasquée, les Charmants et Regina cherchent à comprendre ses intentions après avoir enterré Neal. La Sorcière de l'Ouest surgit, révèle sa parenté à Regina et lui lance un défi : un duel de sorcières dans la rue principale à la tombée de la nuit. Sceptique, Regina fouille dans ses affaires et retrouve une lettre de sa mère dont elle comprend enfin le sens et confirme que Zelena est sa sœur aînée. Elle part alors s'isoler dans les bois, où Robin la retrouve et tente de la réconforter.

Tous se précipitent à l'hôpital : Mary-Margaret est en train d'accoucher. Emma et Regina prennent toutes les mesures nécessaires pour empêcher Zelena de prendre l'enfant, mais par prudence, David demande à Emma et Crochet d'aller retenir la sorcière chez elle. Ils sont arrêtés par Rumplestiltskin, qui précipite Crochet dans un puits avant de le relâcher, forçant ainsi Emma à lui faire du bouche-à-bouche et donc à lui faire perdre sa magie par le baiser du pirate. Zelena marche alors vers la chambre de Mary-Margaret et vainc tous ses opposants avant de prendre le bébé, un garçon, à peine né.

À Storybrooke, tous se réjouissent de la fin du règne de terreur de Zelena sauf Emma qui a du mal à cacher son souhait de retourner à New-York. Alors que tous se réunissent pour une cérémonie informelle pour annoncer le nom de l'enfant de Mary-Margaret et David, Emma s'éloigne. Crochet la rejoint et tente de comprendre ; elle lui explique alors qu'elle ne s'est jamais sentie à sa place dans la ville et qu'elle préfère retourner dans un endroit qu'elle connait mieux et sans danger. C'est là que tous remarquent une colonne de lumière : le portail de Zelena s'est ouvert. Regina découvre que sa sœur a disparu et Gold parvient à changer par magie les enregistrements pour qu'il montre la sorcière se suicider. Mais le résultat est le même : la mort de la Sorcière de l'Ouest a libéré la magie de son pendentif et permis l'ouverture du portail. Emma et Crochet se rendent sur place et se font aspirer par le portail.

Emma est mise au cachot de la Reine, où elle retrouve une femme qu'elle avait vue captive de la reine et menacée de mort pour terroriser les habitants. Dans la forêt, Blanche-Neige est capturée par Charmant, mais elle n'a pas la bague qu'il cherche et c'est Crochet qui les informe qu'Emma l'a en sa possession. Ils se rendent donc vers le palais de la Reine, que Blanche-Neige sait comment infiltrer. Sur la route, Blanche-Neige et Charmant apprennent à se connaître, permettant ainsi de renouer avec la continuité originelle. À l'approche du palais, Blanche-Neige s'éclipse et part chercher Rouge, qui va profiter de la pleine lune pour se changer en loup et aider Charmant et Crochet contre les gardes. En fait, Emma est parvenue à se libérer en crochetant la serrure grâce à une astuce de Neal, et elle libère l'autre prisonnière. Blanche-Neige est partie de son côté utiliser sa poussière de fée noire sur Regina, mais elle finit capturée et condamnée à mort sur le champ. En cherchant la princesse déchue, ses compagnons assistent ainsi à son exécution sur le bûcher.

Alors que tous les habitants de Storybrooke se laissent aller à la rancœur, Emma et Elsa sont les seules à pouvoir stopper Ingrid. Mais les rubans semblent les retenir d'utiliser la magie contre la Reine des neiges. Dans son caveau, Regina redevient vite la Méchante Reine.

Après la révélation d'August concernant l'Auteur, Regina, Henry et Emma tentent de comprendre comment faire pour libérer celui-ci. Crochet annonce à Emma, Mary-Margaret et David le plan diabolique du Ténébreux qu'il tient d'Ursula avant son départ. Cette annonce ressasse de mauvais souvenirs pour les parents d'Emma. De leurs côtés, Rumplestiltskin, Cruella et Maléfique demandent à Regina de s'emparer à tout prix de la page dans laquelle l'Auteur est emprisonné. En secret, Maléfique est bien décidée à savoir ce qui est arrivé à son enfant et assouvir sa vengeance. L'étau se resserre sur l'énigme de l'identité de l'auteur du livre des contes.

Isaac a écrit une toute nouvelle version des contes intitulée Heroes and Villains. Tous les personnages se retrouvent donc dans la Forêt Enchantée. Seulement, Isaac y a ajouté une touche personnelle : Rumplestiltskin est devenu un chevalier lumineux, Blanche-Neige est devenue la méchante reine, contrôlant le cœur de David/charmant (James étant mort) ainsi que les sept nains, Regina se retrouve dans le rôle de Blanche-Neige et croise la route de Robin des Bois qui doit se marier à Zelena. Seul Henry, qui n'est pas un personnage des contes, se retrouve seul à Storybrooke. Il trouve la trace d'Isaac, devenu un auteur à succès. Henry décide donc de rentrer dans le livre afin de changer l'histoire. Il essaie ainsi de retrouver sa famille et croise la route de Rumplestilskin, qui lui sauve la vie, de Regina mais aussi du matelot Crochet et du capitaine Barbe Noire. Emma, quant à elle, se réveille enchaînée et enfermée en haut d'une tour en plein océan.

Henry, ayant réussi à convaincre Crochet de se débarrasser de Barbe Noire, libère Emma qui a gardé ses souvenirs intacts. Alors qu'Henry, Emma et Crochet s'enfuient de la tour et rejoignent le continent, Lily, le garde de la tour, prévient Blanche-Neige. Crochet se sacrifie pour qu'Henry et Emma mènent à bien leur mission. Ils retrouvent la trace de Regina et Emma la convainc d'avouer son amour pour Robin. Ils rendent donc au mariage afin d'annuler les méfaits d'Isaac. C'est sans compter sur Rumplestilskin qui se met sur le chemin d'Emma avec qui il entame un combat pendant que Regina se rend dans l'église. Seulement, Emma est désarmée et Rumplestiltskin est sur le point de tuer Henry mais Regina s'interpose. Il est trop tard, les cloches sonnent et les plans d'Isaac ne peuvent être contrés, d'autant plus qu'il n'est plus l'Auteur ayant enfreint l'une des règles d'or de ce métier : "Ne jamais écrire sa propre fin heureuse". Robin est auprès de Regina, Emma est stupéfaite et Zelena se plaint des taches de sang sur sa robe lorsque Henry se saisit de la plume et se rend compte qu'il est le nouvel Auteur. Il utilise alors ce pouvoir pour annuler l'histoire d'Isaac et revenir à Storybrooke, où Henry brise la plume. Tous présents chez Granny, les habitants de Storybrooke se retrouvent et sont heureux d'être de retour. Néanmoins, jusqu'à ce que Belle débarque en furie appelant à l'aide, Gold étant sur le point de mourir. L'Apprenti le libère des ténèbres grâce au chapeau mais celles-ci réussissent à s'enfuir. L'épisode s'achève sur la révélation de l'identité du magicien : Merlin ; et sur l'identité du nouveau Ténébreux : Emma Swan, se sacrifiant afin de sauver Regina.

Après être devenue la Ténébreuse, Emma disparaît dans la Forêt Enchantée, ne laissant que la dague derrière elle, maintenant marquée de son nom. Sa famille est décidée à la ramener, mais avant, ils auront besoin de l'aide d'une personne inattendue.

Devant le nouveau Sort Noir lancé par Emma, les Nains tentent leur chance à l’extérieur, mais Simplet se retrouve changé en arbre. Alors qu'il cherche un moyen de comprendre comment la situation est devenue ainsi, Arthur et ses sujets de Camelot apparaissent dans les bois de Storybrooke.

Arthur réclame l’aide de David : un voleur a dérobé plusieurs reliques magiques de Camelot. Regina fouille dans les ouvrages de Merlin et trouve un indice sur ce qu'elle recherchait pendant son temps au château d'Arthur.

Les Ténébreux marquent plusieurs habitants de Storybrooke : Gold, Regina, Robin, Henry, David, Mary-Margaret et les nains qui sont condamnés à prendre la place des Ténébreux aux Enfers. Leur seule chance de les arrêter est de détruire les Ténèbres.

Après la mort de Crochet qui s'est sacrifié pour libérer Emma des ténèbres, Emma, Regina, Robin, David, Mary-Margaret, Gold et Henry arrivent aux Enfers, une vision déformée de Storybrooke où errent les âmes de personnes ayant encore une tâche à accomplir et, pour certains, qui attendaient les héros.

Revenue à Storybrooke avec Hadès, Zelena s'inquiète de ne pas voir revenir les héros et décide de confier sa fille au dieu pendant qu'elle part à la rencontre de sa sœur pour la convaincre que l'amour a changé Hadès

Gold commence à collecter toute la magie du monde dans le cristal olympien pour libérer Belle. Quand Henry et Violet partent trouver un moyen de détruire la magie, Emma et Regina partent à sa poursuite, malgré le froid entre les deux femmes depuis la mort de Robin et le retour de Crochet.

A Agrabah, Jasmine recrute Aladdin pour l'aider à récupérer une arme secrète. Leur quête les amène à la grotte des souhaits. A Storybrook, Zelena force Emma à révéler son secret...

Emma et Regina élaborent un plan pour enfermer la Méchante Reine dans une prison de leur cru, tandis que Mary Margaret et David tentent d'accomoder leur vie l'un sans l'autre. Alors que Henry se prépare avec nervosité à emmener Violette au bal de l'école, la Méchante Reine joue les impostures pour lui donner conseil qui pourrait le mener sur une mauvaise voie. Pendant ce temps, Zelena accepte d'aider Belle, aussi elles chargent ensemble Aladdin de voler un objet magique de M. Gold, qui protégerait Belle et son fils de lui pour toujours.

Lorsqu'elle apprend que nos héros possèdent une arme capable de la vaincre, la Méchante Reine vole la lampe magique d'Aladdin des mains de Jasmine et formule un vœu qui pourrait neutraliser la Sauveuse pour toujours. Refusant de réveiller Mary Margaret tant qu'Emma n'est pas réapparue, David se charge avec Crochet et Henry de retenir la Méchante Reine à Storybrooke tandis que Regina part en solo pour une mission de sauvetage. Pendant ce temps, Gold et Belle font face à un danger surprenant avec leur fils nouveau-né.

Toujours piégé au Pays Imaginaire, Crochet s'allie avec Lily la Tigresse, espérant trouver un moyen de retourner auprès d'Emma. À Storybrooke, Regina tente de briser le charme du Sommeil sous lequel sont David et Mary Margaret, et Gold ignore la Fée Noire, ce qui les amène dans une impasse redoutable. Dans le passé, Blanche-Neige et le Prince Charmant font un sacrifice afin qu'Emma accomplisse son destin de Sauveuse.

Dans le passé, Blanche-Neige et le Prince Charmant font un vœu spécial destiné à protéger Emma. Le résultat du souhait pousse alors tout le Royaume à chanter, ce qui rend la Méchante Reine furieuse.

À Storybrooke, la Fée Noire annonce vouloir jeter une nouvelle Malédiction sur la ville, tandis que Crochet et Emma se préparent pour leur mariage.

Henry se réveille dans une Storybrooke maudite et découvre qu'Emma a été enfermée à l'asile, tandis que la Fée Noire est devenue maire de la ville. Henry tente d'aider Emma à recouvrer la mémoire alors que Gold cherche à découvrir ce qui est réellement arrivé à Belle.

Pendant ce temps, Blanche-Neige, Charmant, Regina, Zelena et Crochet sont piégés dans un Royaume enchanté au bord de la destruction, essayant de trouver un moyen de rejoindre Emma et Henry.

Le plan machiavélique de Rumplestiltskin est enfin révélé et Regina réalise que leur unique espoir de l'arrêter et de détourner le jeune Henry, de sa quête de vengeance. Pendant ce temps, Tilly et Margot cherchent de l'aide à Storybrooke. Ses espoirs d'être un jour réuni avec Belle s'amenuisant, Weaver lutte pour trouver un moyen de vaincre son alter ego maléfique. Quant à Rogers, sa vie est en péril, il va devoir faire un sacrifice.