大好きな家族がいて、親友がいて、時には笑い、時には泣く、そんな平和な日々を送る中学二年生、鹿目まどか。ある晩、まどかはとても不思議な夢を見る。その日も訪れるはずだった、変わらぬ日常――。しかし、訪れたのは非日常――。まどかの通うクラスにやってきた、一人の転校生・暁美ほむら。まどかが夢で見た少女と瓜二つの容姿をした少女。偶然の一致に戸惑うまどかに、ほむらは意味深な言葉を投げかけるのだった・・・。

一人ワルプルギスの夜に挑み、深手を負ったほむら。何度挑戦しても勝てないくやしさ、自分の行為がかえってまどかを苦しめることになっていたことへの絶望で、自らのソウルジェムを黒く染め上げていく。そんなほむらの前に現れた少女、鹿目まどか。まどかは、決意のまなざしでワルプルギスの夜を見据え、ほむらに言い放つ。「叶えたい願い事をみつけたの」魔法少女となる者の運命を全て知った彼女は、果たして何を願い、どんな決断を下すのか？