摯愛的家人與好友陪伴在身旁，有時開心，就讀國二的鹿目圓，過著如此和平的生活。某天晚上，圓做了一個神奇的夢。

丘比受到轉學生曉美焰的攻擊。圓與沙耶香在保護丘比時遭遇危機，被魔法少女巴麻美所救。她說——兩人有一個能實現任何願望的機會，但是得背負殘酷的使命。

圓與沙耶香陪同麻美討伐魔女。麻美成為魔法少女的理由揭曉了。兩人在某天傍晚，發現恭介所住的醫院，有一顆即將孵化的悲嘆之種。

目睹麻美與魔女的壯烈決戰，圓放棄成為魔法少女。來到失去主人的麻美房間，圓對於自己的怯懦落下眼淚。

沙耶香成為魔法少女，從魔女手中救出好友。看到恭介的手迅速康復，她感受著無比的幸福。另一方面，瞭望台上的杏子，正暗中觀察著這樣的沙耶香。

沙耶香與圓，回頭尋找昨天由於杏子闖入而追丟的使魔。沙耶香不惜與杏子交戰的意志，使得個性溫和的圓啞口無言。在這個時候，焰基於某個目的，試著與杏子進行接觸。

沙耶香得知了自己成為魔法少女之後的身體變化。在沮喪於自己付出如此沉重的代價時，本應敵對的佐倉杏子出現了。杏子帶著沙耶香來到某間廢棄教會，她的真意是——

沙耶香不在乎自己的傷勢，只是不斷揮砍眼前的魔女。這種迷失自我，自暴自棄的戰法，使得圓不由得開口苦勸，終於使得沙耶香的情緒爆發。

沙耶香的靈魂寶石，終於化為漆黑的悲嘆之種孕育出魔女。目睹沙耶香的最後下場，圓不禁崩潰，隔天，杏子出現在圓面前，說出一項驚人的提議。

這是某名少女轉學之後的經歷。受到全班同學注目而退縮的少女。由於長期住院，學力和體力大幅衰退，令她受到自卑感的苛責。垂頭喪氣踏上歸途的時候，她不經意闖入魔女的結界。即使這個世界，存在著無止盡的悲傷，依然懷抱著寄託的思念，繼續前進。

沙耶香的葬禮在雨中肅穆進行。丘比出現在獨自悲傷的圓面前，以平淡的語氣述說沙耶香她們的死，圓對此感到憤怒。無法理解圓這種情緒的丘比，說出孵化者與人類共度至今的歷史。

圓以充滿決心的視線，注視著魔女之夜。她告訴身負重傷的焰，「我找到想實現的願望了。」得知魔法少女命運的她，將會許願何種願望，做出何種決定？