사랑하는 가족이 있고, 친구가 있고, 때로는 웃고, 때로는 운다. 그런 평화로운 일상을 보내던 중학교 2학년, 카나메 마도카. 어느 날 저녁 마도카는 아주 신비한 꿈을 꾼다. 그날도 어김없이 찾아왔을 변하지 않는 일상. 마도카가 꿈에서 본 소녀와 똑같은 용모의 소녀. 우연의 일치에 당황한 마도카에게 호무라는 의미심장한 말을 남기는데.

호무라에게 습격당하던 규베를 구하던 도중 실수로 들어온 매우 이상한 공간. 절체절명의 위기에 처한 마도카와 사야카를 구한 것은 한 명의 마법소녀. 토모에 마미. 그 후 두 사람이 초대를 받은 곳은 마법소녀의 방. 그곳에서 듣게 된 것은 큐베에게 선택받은 자에게 부여되는 자격. 마법소녀라는 존재, 그리고 마녀라는 존재. 어떤 소원이든 이룰 기회와, 그 뒤에 기다리고 있는 가혹한 사명. 고민하는 두 사람에게 마미는 '나랑 같이 마녀 퇴치를 다녀 볼래?'라고 제안하는데.

마미의 마녀 퇴치 체험에 코스에도 익숙해진 마도카와 사야카. 하지만 정작 중요한 소원은 아직 정하지 못한 상태였다. 고민하는 두 사람이 알게 된 마미의 과거. '소원이란 건 자신을 위한 일에만 사용해야 돼요?'라고 묻는 사야카에게 마미는 진지한 말투로 '타인의 소원을 이뤄주고 싶다면 자신이 뭘 원하는지 좀 더 분명히 알아야 해'라고 대답한다. 다음 날 방과 후 쿄스케의 병문안을 간 사야카와 마도카는 돌아오던 길에 우연히 병원의 주차장에서 부화가 얼마 남지 않은 그리프 시드를 발견한다. 이대로 방치하면 대참사가 발생할 수도 있는 사태에 사야카는 큐베와 함께 감시를, 마도카는 마미에게 도움을 요청하러 달려가는데.

마법소녀로서 마녀의 손에서 마도카와 히토미를 구한 사야카. 큐베와의 계약으로 소원을 이룬 지금, 그 마음엔 주저함이 없었고 마법소녀가 된 것을 후회하는 것 같지도 않았다. 반대로 마도카는 사야카보다 먼저 마법소녀가 될 결심을 했지만 포기해버린 자신에 대해 고민한다. 쿄스케의 부모님, 주치의 병원 스텝들이 모여 병원 옥상에서 쿄스케의 손이 회복된 걸 축하한다. 그곳에서 아버지의 손에서 한때 자신이 애용했던 바이올린을 넘겨받는 쿄스케. 처음엔 망설였지만 굳게 마음먹고 바이올인을 연주하는 쿄스케. 전혀 녹슬지 않은 천재의 재능에 감동하는 사람들. 그 광경을 본 사야카는 더없는 기쁨을 곱씹는다. 한편, 전망대에서는 그런 사야카의 동향을 엿보는 쿄코의 모습이 보였는데.

사야카와 쿄코의 전투 현장에 갑자기 나타난 호무라. 전투의 중재에 들어간 그녀는 사야카를 일격에 기절시켰고 그것을 본 쿄코가 호무라를 경계하며 그 자리에서 이탈하는 것으로 전투는 종료된다. 다음 날, 쿄코의 난입으로 놓친 사역마의 흔적을 찾는 사야카와 마도카 전투의 흔적이 남은 그 현장에서, 쿄코와 평화적인 해결을 제안하는 마도카와 목숨을 걸고 마법소녀와의 싸움을 각오한 사야카. 두 사람의 의견이 충돌하고 만다. 그런 두 사람의 대화가 이어지는 한편, 게임 센터에서는 어떤 목적을 위해 호무라가 쿄코와 접촉하고 있었는데.

마법소녀가 된 자신의 몸의 진실을 알게 된 사야카. 싸움의 운명을 받아들이면서까지 이루고 싶었던 소원과 그 대가의 크기 사이에서 흔들리고 있었다. 그렇게 집에 틀어박힌 사야카의 앞에 나타난 것은 적대했던 사쿠라 쿄코였다. 그녀는 사야카를 밖으로 불러내 폐허가 된 어느 교회로 데려간다. 그곳에서 쿄코가 입 밖으로 꺼낸 것은 자신이 마법소녀가 된 이유. 과연 그녀의 진의는.

자신의 몸을 돌보지 않고 그저 눈앞의 마녀를 난도질하는 사야카. 치유 마법 덕분에 결국엔 아무 상처 없이 마녀에게 승리했지만,이미 초췌해진 모습이었다. 집으로 돌아가는 길, 쏟아지기 시작한 비를 피할 겸 휴식을 취하던 중, 초췌해진 사야카의 모습을 본 마도카는 사야카의 싸움법에 대해 참견하고 만다. 겉치레로밖에 들리지 않는 마도카의 그 말에 사야카는 결국 감정이 폭발한 뒤 마도카엑게 원망의 말을 내뱉고 그 자리를 떠난다. 눈물 흘리면서도 사야카를 쫓아갈 수 없는 마도카. 빗속을 달리면서 자기혐오에 빠져 후회의 눈물을 흘리는 사야카. 사야카의 소울 젬은 점점 검고 탁하게 변하고 있었는데.

칠흑의 그리프 시드로 변한 사야카의 소울 젬. 그 그리프 시드는 부화해서 새로운 마녀가 나타났다. 사야카의 몸을 안고 다가오는 마녀의 공격을 방어하기에 급급한 쿄코. 한편, 마도카는 사야카를 찾던 도중, 무겁게 발걸음을 옮기는 쿄코와 호무라를 발견한다. 모습이 변해버린 사야카의 앞에서 울며 무너지는 마도카에게 호무라는 냉담한 말투로 소울젬의 마지막 비밀에 대해서 이야기하고 그 자리를 떠난다. 같은 날 심야, 쿄코의 앞에 나타난 큐베. 큐베와 사야카의 몸을 원래대로 되돌릴 방법에 대해서 이야기하던 쿄코는. 그 대화 속에서 한 줄기 가능성을 발견한다. 다음 날 아침, 쿄코는 히토미와 등교하던 마도카를 텔레파시로 불러내서 놀랄 만한 제안을 하는데.

그것은 어떤 소녀의 전학 풍경. 필요 이상으로 긴장해서 위축된 소심한 소녀는 반의 모든 학생의 시선을 한 몸에 받으며 익숙하지 않은 자기소개를 했다. 쉬는 시간, 흥미진진한 질문을 쏟아내는 여학생들에게 압도되어 우물쭈물하던 그녀를 그 자리에서 데리고 나와 준 것은 자신이 반의 보건 담당이라고 자신을 소개한 소녀. 다정한 미소를 보여주는 소녀는 자신이 이름값을 못하고 있다고 생각하는 소녀에게 멋진 이름이라고 말해준다. 오랜 입원 생활로 학력도 체력도 다른 학생에게 뒤처진 그녀는 열등감에 어깨를 떨구고 귀가하던 도중, 우연한 계기로 마녀의 결계에 들어가고 만다. 그녀가 절체절명의 위기에 처했을 때 나타난 것은 두 마법소녀였는데.

비가 오는 날 고요하게 치러진 사야카의 장례식. 공허한 눈으로 집으로 돌아온 마도카는 방에 틀어박힌다. 혼자서 슬픔에 젖은 마도카의 앞에 나타난 것은 큐베. 사야카와 친구들의 죽음에 대해 냉정한 말투로 이야기하는 모습을 보고 결국 마도카도 분노하게 된다. 그런 마도카의 태도를 이해할 수 없었던 큐베는 자신들과 인류가 지금까지 함께 걸어온 역사를 이야기하기 시작했는데.

홀로 발푸르기스의 밤에 맞서다가 큰 상처를 입고만 호무라. 아무리 도전해도 이길수 없다는 억울함. 자신의 행위가 오히려 마도카를 괴롭히게 된다는것을 알게 된 절망감. 그로 인해 호무라의 소울잼은 검게 물들어 간다. 그 순간 호무라 앞에 나타난건 카나메 마도카. 마도카는 결의에 찬 눈동자로 발푸르기스의 밤에 맞서며 호무라에게 고한다. "이루고 싶은 소망을 발견했어" 마법소녀가 겪게될 운명을 모두 알고 있는 마도카는 과연 무엇을 바라고, 어떠한 결정을 내릴것인가..!?