珠寶店發生械劫案，飛虎隊高級督察展瀚韜，指揮隊員捉拿匪徒及營救人質。攻入珠寶店內，卻發現現場與圖則完全不同；瀚韜將新隊員俞學禮與邱駿軒編成一組進行嚴格體能訓練。駿軒未能趕上而學禮求勝心切，竟丟下駿軒直奔終點，被瀚韜責備。警員羅永富查問小混混一兵時遭其首領天宇割喉慘死，學禮不聽指示，被瀚韜轉往當狙擊手。莊卓嬅發現殺警疑犯，展開追逐。卓嬅估計犯罪集團計畫在隧道內打劫解款車，瀚韜與飛虎隊員部署戒備。

翰韜安排營救人質訓練，學禮不滿被編派當人質；卓嬅收到線報，有人將從大陸偷渡到港打劫。秦森出外購物回家驚見債主臨門，為救妻子出手擊退各人。翰韜安排荒島野外求生訓練，駿軒與學禮成功找到求生包，卻被翰韜等突襲奪去；同時，卓嬅等正追捕秦森。學禮與駿軒在野外追捕模擬「匪徒」，駿軒竟遇上秦森，更得悉他為了替兒子籌醫藥費而來港犯案。翰韜向卓嬅陳述報告荒島上的事和秦森資料；秦森與友人打劫珠寶店，與卓嬅等駁火。

秦森等準備潛逃，忽聞兒子秦豹病情突轉危，堅持往醫院探望。秦森等冒險潛入醫院，卻不知卓嬅已部署警員及疏散醫院。秦森為兒子手術而要求派護士送呼吸儀器到手術室，飛虎隊支援隊員蘇文強自薦；秦森着醫生送兒子回病房，挾持文強要警方備車讓三人離開。周刊披露了學禮富家子身分，學禮認定瀚韜得悉其出身故意針對，學恩為救男友向父開口借錢但遭拒絕。瀚韜向慧慧求婚，慧慧得知卓源設計一切，竟向瀚韜提出分手，之後再向卓源示愛。

學禮得悉綁匪要求一億贖金，決定報警但遭母姊反對；學禮向駿軒求助，擬趁學恩交贖金時與他找出藏參地點，瀚韜無意中得知。卓嬅接手世棠綁架案，認為需盡快救出肉參。學禮向瀚韜請辭，瀚韜接受但表示翌日才生效；着學禮跟隨行動。學禮帶著鏡頭爬入氣槽深入工場，被綁匪發現。駿軒父兄均為警察，其兄駿生升任總督察並獲榮譽勳章，駿生關心弟弟是否為了滿足父親期望而勉強加入警隊。另一方面，卓源努力令瀚韜與慧慧復合，卻愈幫愈忙。

飛虎隊野外訓練期間無意中砸爛老婦張婆菜田，駿軒留下聯絡電話。慧慧表示無家可歸，求卓源收留，之後被眾人發現二人「同居」。樹輝趁假期與妻女乘張婆孫兒佳仔所駕的士遊玩，樹輝接總部來電先下車，佳仔因吸毒影響神志撞車。卓嬅欲從佳仔口中得知販賣K仔拆家情報，不得要領。駿軒替張婆將錯寄的電費單送回醬油廠，發現該處有古怪；卓嬅與瀚韜相信醬油廠有秘道。駿軒前往接替卓源，突接張婆求助來電，不理瀚韜命令趕往張婆家救人。

飛虎隊員耀祖介紹功夫迷陳力恒給瀚韜認識，原來二人早已相識。黑幫秉駒欲霸佔果欄地盤，在果欄與力恒父陳興爭執，瀚韜趕至化解危機。慧慧失戀醉倒街頭，瀚韜帶她回家，惹母親不滿。瀚韜與卓嬅見有女子危站天台欲尋死，但卓嬅營救該女子時，竟指要跟她一起了結生命。芷晴到果欄找力恒，遭秉駒調戲及非禮，力恒趕至打敗秉駒手下耀威，但耀威不久傷重身亡，警方追捕力恒。力恒接著發現芷晴被殺悲痛莫名，追殺秉駒，被瀚韜制止。

文強雖為後勤支援隊員，仍努力不懈鍛鍊體能，希望有天加入飛虎隊；霞姐為免兒子少聰再誤入歧途，到酒吧求雲超聘請兒子；少聰首天上班便遲到早退且態度惡劣，令寶蓮不滿。瀚韜與眾隊員替文強慶祝生日，文強在走廊遭黑幫分子國文調戲；瀚韜更發現少聰跟國文一起。寶蓮揭發少聰偷酒吧的錢，雲超竟替少聰隱瞞罪行，寶蓮憤而離家出走。卓嬅欲向少聰套取國文與其老大亨叔內訌的消息，被雲超干預。少聰加入黑幫，被迫成為殺手。

警方接報指有綁架集團欲對投資銀行舉辦的「富二代投資研習團」團員埋手，瀚韜派學禮及繼光擔任臥底暗中保護。馬拉富二代舒子銘常惹麻煩，警方無奈告知子銘綁架集團企圖，子銘充耳不聞。研習團的旅遊車遭槍擊，瀚韜發現同袍徐健康及研習團領隊的屍體。學禮與繼光隨大伙兒讓綁架集團帶走，學禮擔心繼光身分敗露；子銘、子麗因父親病重住院未交出贖金，與學禮、繼光同被困。學禮家人交出贖金，但學禮獲釋後趁機制服將匪徒並折返營救。

卓源與瀚韜設計令卓嬅接受心理治療但無功而回。卓嬅參與中學同學聚會重遇師妹Kary，Kary為臨床心理專家，卓嬅放心接受治療。Kary與朋友打War Game，竟用真人當活靶，令男友世榮憂慮。卓嬅調查氣槍殺人案，向世榮套取改裝氣槍資料，世榮向Kary透露警方已介入。卓嬅服用Kary處方的藥物後精神恍惚且有幻聽。Kary郵購真槍零件改裝後再找真人當活靶。瀚韜對Kary起疑，Kary向卓嬅及瀚韜下毒手。

樹輝將再為人父準備調職離隊，瀚韜感其繼任人劍飛未勝任副主管，遂要求樹輝多留一個月。樹輝在搗破涉嫌綁架的匪徒巢穴時被手榴彈炸至重傷昏迷；樹輝妻阿盈歸咎於瀚韜。繼培到警署落口供，其保安經理堅成曾擔任飛虎隊，陪伴左右。瀚韜犯錯，日鋒將他調任後勤支援。日鋒與堅成聚舊，邀請他參觀隊員受訓情況。警方情報科得悉繼培從事非法勾當，請堅成當臥底。日鋒等按堅成提供資料，於繼培交易時拘捕涉案兩幫人，過程中雙方不斷駁火。

卓嬅偵查非法收受外圍賭博的巢穴時，有人墮樓身亡。學禮送文強回圍村收租，遇文強兒時玩伴鄧福齊，福齊投考警察不成，卻愛以警察自居維持村內治安。學禮與隊員到圍村替齊母修葺被村中惡霸搞垮的瓜棚，發現村長兒子有田利用福齊，騙去齊母田地屋契。有田在雲超之酒吧調戲慧慧，卓源挺身保護慧慧，惹怒有田。卓嬅調查得知墮樓男子李潤秋贏得非法外圍巨款，其死疑與有田有關。有田惱怒卓嬅令自己丟臉，挾持齊母來迫福齊槍擊卓嬅。

瀚韜與卓嬅一起釣魚，眾人以為二人發展情侶關係。卓嬅接報銀行劫匪挾持人質，飛虎隊制伏劫匪後，發現女職員身繫計時炸彈；另一方面，被疏散的銀行職員古德勝突然被手提電話炸死。卓嬅發現德勝為兩年前珠寶店爆炸案中的證人，認為兩案有關聯，並勾起未婚夫邦慘死回憶。瀚韜介紹任職中學教師的電子工程教授啟維給卓嬅。未幾又有炸彈兇案，卓嬅到啟維家中搜查時竟發現邦被炸死的剪報。卓嬅用盡方法向啟維施壓，卻又接報炸彈狂徒再現。

(大結局)瀚韜遲遲未向卓嬅表白，寶蓮與卓源等邀約卓嬅吃飯試探。賊王天宇與囚犯打鬥後送院，被天宇妻美玲成功劫獄救走。原來美玲挾持城中首富蔣柏堯懷孕的妻子，逼使他窩藏天宇。卓嬅得悉蔣柏堯太太罕有地缺席其慈善基金活動，遂到蔣家查詢。飛虎隊部署捉天宇但被他發覺，追捕期間，瀚韜險被天宇所殺。美玲受重傷花容盡毀。駿軒獲瀚韜推薦到英國深造，向父報喜後被天宇捉走。天宇引瀚韜進入死亡陷阱，更以駿軒逼瀚韜向美玲認錯。