Les ninjas ont perdu leur logement et leurs armes. Ils doivent maintenant se consacrer à entraîner Lloyd pour le jour où il affrontera son père. Mais les choses ne se passent pas comme prévues...

Tandis que les ninjas cherchent un dojo pour entraîner Lloyd, Lord Garmadon brandit l'arme suprême qui réveille d'effroyables pirates...

Le dojo de Sensei Darreth est en danger. Les ninjas doivent participer à la course Ninjaball et tenter de la gagner pour avoir suffisamment d'argent pour sauver le dojo...

Lord Garmadon utilise son arme suprême pour remonter dans le temps et ressusciter un grundal. Mais son arme a aussi rajeuni les ninjas. Ils sont trop petits pour vaincre le monstre...

Lord Garmadon s'est à nouveau servi de son arme suprême. Cette fois-ci, il a voulu remonter le temps et empêcher Kai de devenir un ninja...

Les ninjas sont appelés au musée d'histoire où ils tombent sur le guerrier de pierre et la mère de Lloyd...

Sensei et les ninjas sont inquiets : un tremblement de terre secoue Ninjago City. Ce sont en fait les serpents qui ont l'intention de détruire la ville. Mais au lieu de mettre leur plan à exécution, ils ont ressuscité toute une armée de guerriers de pierre...

Les héros embarquent pour l'île des Ténèbres et échappent de peu à une attaque de Mâchoires de Mer. Zane retrouve son père vivant mais prisonnier d'un terrible Leviathan. Il s'avère très difficile d'organiser son évasion...

Les cinq ninjas s'en vont au temple de la lumière trouver ce que ce lieu leur réserve. Ils doivent affronter l'armée de pierre décidée à ne pas les laisser atteindre le temple...

Misako pense avoir trouvé le moyen d'empêcher l'ultime combat : il faudrait dérober le casque à Garmadon et le rapporter à l'horloge fatale. En rusant, elle arrive à s'en emparer mais reste-t-il suffisamment de temps pour le restituer à l'horloge ?...

Lloyd va à nouveau devoir affronter son père. Mais Lord Garmadon s'est métamorphosé : il est possédé par l'Overlordet et ne fera preuve d'aucune pitié envers Lloyd...

La bataille finale doit avoir lieu aujourd'hui mais Lloyd est blessé. L'équipe se rend au temple de la lumière où elle trouve l'armure d'or qui permet à Lloyd de quitter l'île. Une fois à Ninjago, il devient le maître du Spinjitzu suprême et combattre Overlord...