שנה לאחר ההקרבה של ניה, הנינג'ות מתאחדים כדי לחקור הברחת ונג'סטון ואת הופעתו של צוות נינג'ות חדש.

לאחר שהצילה מלח מטביעה, ניה פוגשת את ניאד וחושבת על תוכנית איך לקבל חזרה את הצורה האנושית שלה.

הנינג'ות חוקרים את מבצע הונג'סטון אבל רבים זה עם זה לאחר שהנינג'ות החדשים מצילים אותם.

כשראש העיר מסרב לשחרר את אספירה מכלא קריפטאריום, הנינג'ות יוצאים במסווה כדי לשחרר אותה בעצמם.

הנינג'ות יוצאים למשימה במסווה כדי להשיג את המטה הקסום של אספירה, אך פגישה נוספת עם הנינג'ות החדשים חושפת את הסוד שלהם.

הנינג'ות נלחמים בנינג'ות החדשים כדי להרוויח זמן בשביל שאספירה תוכל להסיר את הכוחות של ניה וכך להפוך אותה להיות אנושית שוב.

הנינג'ות נשלחים לכלא, ולויד מקבל מבקר מסתורי במסכה עם אזהרה ממלך הקריסטל.

הנינג'ות פוגשים אויב ותיק בכלא ומנסים למנוע את בריחתו, בזמן שניה מוצאת תקוה חדשה במכונה ישנה.

ניה, בתור סמוראי אקס, עוזרת לנינג'ות לברוח, אבל המרשל הכי קשוח של נינג'גו, האונדוג מקבראג, יוצא בעקבותיהם.

זמרת שעושה את דרכה אל נינג'גו סיטי עוזרת לקאי, זאין ודארת לחמוק מהאונדוג מקבראג, וזאין מגלה את ערך הרגשות.

הנינג'ות נערכים מחדש בתחנת הדלק של טוויטצ'י ובורחים מפני האונדוג מקבראג עם תוכנית לפלוש למועצת מלך הקריסטל.

לויד במסווה מגיע אל מקדש חבוי, שם הוא מצטרף למועצת מלך הקריסטל ומגלה את הזהות האמיתית של קאבוקי מאסק.

הארומי מספרת ללויד איך היא שרדה והפכה לעוזרת של מלך הקריסטל. לויד מגלה מה היא מתכננת לנינג'גו אך אין ביכולתו לעשות דבר כדי לעצור אותה.

הנינג'ות מחפשים את לויד ונכנסים ישר למלכודת של הארומי, ולויד נופל קורבן למניפולציה שלה.

הנינג'ות מחפשים דרך לברוח בזמן שמאסטר וו והאחרים מגינים על כלי הנשק של ספינג'יצו מפני מועצת מלך הקריסטל.

ניה בתור "הסמוראי אקס", מצילה את הנינג'ות, אך התוכנית של הארומי עם כלי הנשק של ספינג'יצו כבר יצאה לפעולה.

לויד בורח ממקדש הקריסטל עם עזרה ממקור לא צפוי, בזמן שמלך הקריסטל והנינג'ות מתכוננים לקרב.

הנינג'ות משיבים את ספינת הגורל ויוצאים להציל את לויד שנמצא במנוסה בג'ונגל מתחת למקדש הקריסטל.

הנינג'ות נלחמים בצבא של מלך הקריסטל בזמן שלויד ומאסטר וו עוקבים אחר הרמזים עד שהם מגיעים לשותף מפתיע.

לויד ומאסטר וו מקשיבים לגארמאדון שמספר להם על מסעו לשפר את עצמו ומוצאים את הרמז שהם צריכים בשביל לעצור את מלך הקריסטל.

גארמאדון מאמן את לויד לשליטה בצורת האוני שלו, ובינתיים הנינג'ות מנסים אסטרטגיה אחרת נגד כוחותיו של מלך הקריסטל.

הנינג'ות פותחים בהתקפה ברחבי נינג'גו סיטי בכלי הרכב המשודרגים שלהם, אבל מלך הקריסטל משחרר מקור חדש של כוח כדי לעצור אותם.

מאסטר וו מוצא מקלט ממקור לא צפוי בזמן שניה וג'יי בורחים מהריסות ספינת הגורל עם תוכנית למציאת עזרה.

פיקסאל לוקחת את זאין לתיקונים במגדל בורג בעזרת שותפים לא צפויים. לויד מראה לאויב ותיק מה המשמעות בלהיות גיבור.

קאי וקול מצליחים להנצל ומצטרפים לכוח ההתנגדות. לויד וגארמאדון מחפשים את הסרפנטין.

הנינג'ות פונים לשותפים ברחבי נינג'גו, בזמן שבמגדל בורג, פיקסאל מתכוננת לקרב המתקרב.

רייסר סבן מלווה את קול ברחבי נינג'גו סיטי כדי לשלוח בקשה לעזרה, ולויד נותן לגארמאדון הזדמנות להוכיח שהוא השתנה.

הנינג'ות מתכוננים לצעד האחרון שלהם כשצבא הקריסטל מתקרב אליהם, בזמן שלויד וגארמאדון הולכים להלחם במלך הקריסטל.

לויד וגארמאדון נלחמים במלך הקריסטל בזמן שהנינג'ות נלחמים באויבים יחד עם שותפים ותיקים וכוחות חדשים.

הנינג'ות משתמשים בפוטנציאל האמיתי שלהם ומבצעים הקרבה כדי להציל את נינג'גו ממלך הקריסטל.