니야가 닌자고를 구하고 바다와 한몸이 된지 1년이 지났다. 닌자들은 뿔뿔이 흩어지고, 닌자고에 다시 나타나 범죄를 저지르는 데모나 양은 새로운 닌자들이 맡는다. 새로운 범죄가 일어났다는 소식에 콜은 팀을 다시 모으지만, 닌자들은 저마다 니야를 잃은 슬픔에 빠져 있다. 그러나 결국 닌자들은 니야를 위한 촛불 추모회에 모이고, 니야라면 닌자고를 구하길 원할 거라는 사실을 깨닫는다.

물의 드래곤이 된 니야는 바다에 빠진 선원을 구해준다. 선원들이 니야를 알아보자, 니야는 바다와 하나가 된 또 다른 존재, 니야드에게서 원래 기억을 찾는 방법을 알아낸다. 니야드는 자신이 가진 힘을 포기해야만 바다와 헤어질 수 있다며 니야를 말리지만, 니야는 인간성을 되찾기 위해 바다 위로 향한다.

닌자들은 벤지스톤 범죄를 조사하지만, 악당 데모나의 방해를 받는다. 뉴 닌자들한테서 굴욕적인 구조를 받은 닌자들은 집에 돌아와서 서로 다툰다. 이때 니야가 엎질러진 물에서 형체를 드러내고, 원소의 힘을 없앨 방법을 찾아달라고 닌자들에게 부탁한다. 마스터 우는 반대하지만, 닌자들은 숙적, 아스피라에게 도움을 청하기로 한다.

닌자들은 트러스트 시장님에게 크립타리움 감옥에서 아스피라를 풀어주고, 보그 타워의 금고에 보관된 마법 지팡이를 넘겨달라고 요청한다. 그러나 시장이 닌자들의 요구를 거절하자, 닌자들은 마스터 우의 뜻을 거스르며 감옥과 보그 타워에 침입한다. 한편 그동안 스카일라는 니야의 물을 냉동 상태로 유지시켜 준다. 닌자들은 아스피라를 풀어주는 데에는 성공하지만, 보그 타워의 금고는 이미 비어있다는 걸 알게 된다.

트러스트 시장은 검정 옷을 입은 닌자를 체포하라는 명령을 내린다. 아스피라는 닌자들의 소굴에 도착하지만 니야를 구하려면 여전히 지팡이가 필요하다. 새로운 스텔스 차량을 타고 닌자들은 아스피라의 지팡이를 운반하는 경찰 호송 차량을 습격하지만, 이미 기다리고 있던 뉴 닌자들한테 정체를 들키고 만다. 시장은 닌자들을 공공의 적으로 선포한다.

마스터 우는 아스피라를 사원에 붙잡아두기 위해 시간을 끈다. 때마침 닌자들이 아스피라의 지팡이를 갖고 사원으로 돌아온다. 그러나 경찰이 들이닥치고, 닌자들은 아스피라에게 니야를 구할 시간을 주기 위해 뉴 닌자들과 맞서 싸운다. 니야는 인간으로 돌아오고, 혼란스러운 틈을 타서 탈출한 아스피라는 크리스털 킹의 협의회한테서 초청을 받는다. 한편, 닌자들은 체포된다.

닌자들의 재판은 변호사로 나타난 대럿 때문에 빠르게 판결이 나고, 닌자들은 감옥에 갇히게 된다. 닌자들은 감옥에서 로닌을 비롯해, 자신들에게 복수를 꿈꾸는 숙적들과 재회한다. 로이드는 가부키 가면을 쓴 수수께끼의 인물의 면회를 받는다. 가부키 가면을 쓴 자는 크리스털 왕에 대한 암호 같은 경고를 남긴다. 한편, 반젤리스 왕은 스타로 감옥을 탈옥하고, 크리스털 왕의 의회로부터 초대를 받는다.

힘을 잃은 니야는 무력감을 느끼지만 예전 사무라이 엑스의 설계도를 보며 영감을 얻는다. 한편, 로이드는 크리스털 왕이 닌자들의 적들을 모으고 있으며, 다음 목표 대상은 파이토일 거라고 생각한다. 닌자들은 파이토의 탈옥을 막으려던 중, 감옥 안은 대혼란에 빠지고 파이토는 달아나 버린다.

대럿과 사무라이X가 된 니야가 크립타리움 감옥에서 닌자들과 탈옥시키고, 탈출비둘기도 우연히 그들과 함께 한다. 시장은 하운드독 맥브락 보안관을 불러 닌자들을 쫓게 한다. 대럿의 차가 사막 한가운데서 고장나버리자, 닌자들은 보안관을 따돌리기 위해 둘로 나뉘어 도주한다.

쟌, 카이, 대럿은 닌자고 시티까지 가는 샐리라는 가수의 차를 얻어탄다. 샐리는 자신이 차를 훔쳐서 경찰들이 쫓아온다고 생각하고, 하운드독과 사막의 추격전을 벌인다. 닌자들은 감정 기복이 큰 샐리를 집으로 데려다주고, 쟌은 슬픔이 얼마나 중요한 감정인가를 깨닫고 다시 감정 스위치를 켠다.

탈출비둘기 덕분에 악당으로 위장해서 크리스털 킹의 협의회에 침투할 계획을 세운 닌자들은 트위치의 주유소에 모인다. 그러나 하운드독이 닌자들의 뒤를 바짝 추격해오자, 탈출비둘기는 닌자들에게 도망갈 시간을 벌어준다. 닌자들은 버려진 창고에서 기술자와 맞닥뜨리고, 로이드는 기술자로 위장하고, 크리스털 킹의 초청을 받아들인다.

기술자로 위장한 로이드는 크리스털 거미를 따라 비밀의 지하철로를 통과한다. 닌자들은 로이드의 위치를 계속 추적하지만, 진짜 기술자는 닌자들의 감시를 피해 탈출한다. 로이드는 크리스털 사원에서 크리스털 킹의 협의회를 만나게 된다. 한편, 감시 카메라로 진짜 기술자를 발견한 화이트 마스크는 로이드의 정체를 까발린다. 그리고 자신의 진짜 정체가 하루미라는 사실도 드러낸다.