Wojownicy ninja wybierają się do odległego królestwa Shintaro na urodzinowe przyjęcie księżniczki Vani. Zabierają ze sobą Mistrza Wu.

Ninja przybywają do Shintaro, gdzie Cole i księżniczka Vania badają sprawę tajemniczego gościa i wchodzą do sekretnej kopalni.

Ninja próbują uratować Cole’a, ale sprzeczki jego współwięźniów alarmują Czaszkoksiężnika i wojownicy też trafiają do niewoli.

Aby uciec Czaszkoksiężnikowi, ninja muszą przekonać Gadziki i Matoły do zapomnienia o dawnych sporach i połączenia sił.

Oddzieleni od innych Nya, Jay i Lloyd idą śladem Matoła o imieniu Murt daleko w góry. Tam spotykają królową Matołów.

Kai i Zane wpadają na grupę Gadzików, którzy podejrzewają ich o współpracę z Czaszkoksiężnikiem i zabierają do swojego przywódcy, kanclerza Gulgota.

Cole musi zaufać instynktowi i dokonać właściwych wyborów, aby znaleźć drogę na powierzchnię i ostrzec króla Vangelisa przed niebezpiecznym Czaszkoksiężnikiem.

Księżniczka Vania próbuje złapać spadających mistrza Wu i Cole’a. Nie jest jednak w stanie ich udźwignąć i cała trójka wpada do środka góry.

Cole, Wu i księżniczka Vania, którzy spadli do wnętrza góry, łączą siły z grupą innych ocalałych nazywanych Uniżonymi.

Cole bezskutecznie próbuje wyprowadzić Uniżonych, księżniczkę Vanię i mistrza Wu z dna góry.

Nya i Kai próbują zjednoczyć Matoły i Gadziki, aby pokonać ich wspólnego wroga — Czaszkoksiężnika.

Ścigani przez magmowego potwora Cole, księżniczka Vania, Wu i Uniżeni docierają do tajemniczej świątyni w głębi góry Shintaro.

Przybywa Gładziciel! To oznacza, że ninja, Matoły i Gadziki muszą uciekać. Wszyscy ukrywają się w jaskini Gadzików.

Cole, Uniżeni, księżniczka Vania i Wu odkrywają, że mech jest napędzany przez energię żywiołów, i wykorzystują go, aby wydostać się z góry.

Cole i Wyniesieni przybywają do twierdzy Czaszkoksiężnika, gdzie znajdują zamkniętych w klatkach wojowników ninja oraz zakute w łańcuchy Gadziki i Matoły.

Cole walczy z Czaszkoksiężnikiem. Gadziki i Matoły szturmują twierdzę. Plundar uwalnia wojowników ninja z klatek, aby mogli wziąć udział w bitwie.