Ninjat matkustavat prinsessa Vanian syntymäpäiväjuhliin kaukaiseen Shintaron kuningaskuntaan ja ottavat mestari Wun mukaansa.

Ninjat toivotetaan tervetulleiksi Shintaroon, missä Cole ja prinsessa Vania tutkivat salaperäistä vierailijaa ja salaista maanalaista kaivosta.

Ninjat yrittävät pelastaa Colen, mutta muiden vankien nahistelu herättää Kallovelhon huomion ja pian ninjatkin ovat vankeja.

Ninjojen täytyy saada munssit ja gecklit unohtamaan erimielisyytensä ja työskentelemään yhdessä, jotta he pääsevät pakenemaan Kallovelhon kahleista.

Nya, Jay ja Lloyd joutuvat erilleen muista ja seuraavat Murt-nimistä munssia syvälle vuoristoon, jossa he tapaavat munssien kuningattaren.

Kai ja Zane löytävät joukon gecklejä, jotka epäilevät heidän työskentelevän Kallovelholle ja vievät heidät johtajansa kansleri Gulchin pakeille.

Colen on luotettava vaistoihinsa ja valittava oikein päästäkseen takaisin maan pinnalle varoittamaan kuningasta vaarallisesta Kallovelhosta.

Prinsessa Vania yrittää pelastaa putoavan mestari Wun ja Colen, mutta paino on liikaa hänen siivilleen ja kolmikko syöksyy vuorta päin.

Cole, Wu ja prinsessa Vania selviävät hengissä vuorelle putoamisesta ja tapaavat Alhaisiksi kutsutun sekalaisen selviytyjäjoukon.

Colen johdolla Alhaiset, prinsessa Vania ja mestari Wu yrittävät päästä pois Pohjalta – mutta turhaan.

Nya ja Kai yrittävät saada munssit ja gecklit liittoutumaan yhteistä vihollistaan Kallovelhoa vastaan.

Magmahirviö jahtaa Colea, prinsessa Vaniaa, Wuta ja Alhaisia syvälle Shintaro-vuoren sisälle, josta he löytävät salaperäisen temppelin.

Ninjat, munssit ja gecklit joutuvat pakenemaan Suruntuojaa ja hakevat suojaa gecklien turvaluolasta.

Cole, Alhaiset, prinsessa Vania ja Wu huomaavat, että mecha toimii elementaalienergialla, ja pakenevat sillä ulos vuoren uumenista.

Cole ja Yliset saapuvat Kallovelhon linnan torniin ja löytävät ninjat lukittuina häkkeihin ja gecklit ja munssit raatamassa kahleissa.

Cole ja Kallovelho ottavat yhteen, jolloin gecklit ja munssit syöksyvät torniin. Plundar vapauttaa ninjat häkeistä, jotta he voivat osallistua taisteluun.