Die Ninja sind nach langer Abwesenheit zurück im Kloster, wo inzwischen der schnöde Alltag eingekehrt ist. Umso dankbarer sind die Freunde, als sie eine außergewöhnliche Einladung erreicht: Vangelis, der Herrscher des sagenumwobenen Königreichs von Shintaro, bittet sie zum Geburtstagsfest von Prinzessin Vania. Die Ninja sind hellauf begeistert. Endlich erwartet wieder ein echtes Abenteuer!

In der ersten Nacht im Palast hat Cole eine verstörende Begegnung mit einem kleinen lila Gnom. Und auch die undurchsichtige Prinzessin Vania zeigt auffallend viel Interesse an Cole. Lloyd warnt seinen Freund, aber der lässt sich trotzdem auf ein Abenteuer mit der Königstochter ein: Die beiden steigen heimlich hinab in einen mysteriösen, verbotenen Schacht.

Die Ninja genießen ihren Aufenthalt im sagenumwobenen Shintaro. Doch einer fehlt plötzlich: Cole. Prinzessin Vania beichtet, dass sie mit ihm in eine verbotene Höhle hinabgestiegen ist, wo sich Unheimliches abspielt. Ihr Vater, der König, will sofort seine Truppen losschicken, um Cole zurückzubringen. Aber auch die Ninja machen sich heimlich auf den Weg in die Unterwelt, um ihren Freund wiederzufinden.

Bei dem Versuch, Cole aus der Unterwelt zu befreien, sind die Ninja selbst zu Gefangenen des bösen Zauberers geworden. Zusammen versuchen die Freunde, einen Ausweg aus dem Schacht zu finden. Das Problem dabei sind die Geckles und Munks, die in der Mine schuften. Beide sind sich spinnefeind, seit sie sich vor Urzeiten über zwei magische Klingen zerstritten haben.

Beim Kampf gegen den Totenkopf-Zauberer sind Lloyd, Nya und Jay von Cole getrennt worden. Zusammen mit Murt und dessen Gefährten, die sie aus der Knechtschaft des Zauberers erlöst haben, versuchen sie, der Unterwelt zu entkommen. Dabei stranden sie im Palast der Königin Murtessa. Zum Dank dafür, dass sie ihre Untertanen befreit haben, bietet die ruppige Königin den Ninja Unterschlupf an. Doch die Gastfreundschaft hat einen hohen Preis.

In den Wirren der Höhlen von Shintaro sind die Ninja voneinander getrennt worden. Kai und Zane hat es zum Volk der Geckles verschlagen. Die Geckles begegnen ihnen mit Misstrauen. Auf Befehl ihres Kanzlers müssen sich die Freunde zunächst einer Prüfung mit dem Trampeltier Mino unterziehen. Nachdem sie das Wesen im Kampf austricksen und so ihre Unschuld beweisen können, ist ihnen die Unterstützung des Geckle-Kanzlers sicher.

Prinzessin Vania ist in Sorge um Cole und die Ninja. Schon längst sollten die Freunde aus den Minen zurückgekehrt sein. Während die Königstochter überlegt, was zu tun ist, ist Cole in den Höhlen auf sich allein gestellt. Getrennt von den übrigen Ninja muss er sich ganz allein gegen feindliche Kreaturen zur Wehr setzen. In allerletzter Sekunde taucht plötzlich Vania auf und rettet ihn mithilfe ihres Drachens Kaui.

Cole und Meister Wu sind von dem Totenschädel-Zauberer in den Abgrund befördert worden. Prinzessin Vania, bestürzt über die wahre Identität ihres Vaters, ist ihren Freunden in die Finsternis nachgesprungen. Alle drei befinden sich nun im freien Fall durch die Unterwelten von Shintaro. Sie landen in einem Spinnennetz und können sich nur in letzter Sekunde vor den gigantischen Insekten retten – durch einen Sprung in weitere Tiefen.

Auf ihrer Odyssee durch die Unterwelt von Shintaro sind Cole, Meister Wu und Prinzessin Vania bei den Tieflies aufgeschlagen. Sie erfahren, wie es zum tiefen Fall der Glücksritter kommen konnte.

Cole, Meister Wu und Vania machen sich zusammen mit den drei Tieflies auf, den Tiefen zu entrinnen. Doch Cole ist frustriert – denn die Truppe dreht sich im Kreis.

Ohne voneinander zu wissen, stehen Nya und Kai, deren Wege sich in den Wirren der Unterwelt von Shintaro voneinander getrennt hatten, vor der gleichen Herausforderung.

Auf ihrer Irrfahrt durch die Unterwelt gelangen Cole, Meister Wu und Prinzessin Vania mit den Tieflies zu einem geheimnisvollen Tempel. Wu entziffert die uralten Inschriften und ist sich sicher: Sie befinden sich im Herzen des Berges.

Zusammen mit den Geckles und Munks sind die Ninja auf der Flucht vor dem Totenkopf-Magier. Die Verfolgten suchen Zuflucht in der Schutz-Höhle.

Die Ninja sind verzweifelt. Wie sollen sie jemals wieder aus der Tiefe des Berges herausfinden? Cole hat eine verrückte Idee: Er will den gigantischen Stein-Mech, den sie im Tempel vorgefunden haben, in Gang setzen. Er soll ihnen Anschubhilfe geben und die Ninja zusammen mit den Tieflies auf den alten Schienen der Mine zurück an die Oberfläche befördern.

Ein Teil der Ninja ist zu Gefangenen des Magiers geworden. Zu ihrem Entsetzen stellen auch sie fest, dass König Vangelis und der Magier ein und dieselbe Person sind.

Cole und der Totenkopf-Magier stehen sich gegenüber und Cole begreift: Er muss sich, wie damals seine Mutter, ganz auf seine inneren Kräfte verlassen. Und es funktioniert. Cole kann endlich den „Spinjitzu-Sturm“ anwenden.