לורד גרמדון חוזר לצד האפל. הוא רוצה להנהיג את הנחשים כדי להשתלט על העיר נינג'אגו-סיטי, לחסל את סנסיי וו, ובכך למנוע את התגשמות הנבואה ולפיה בנו יביא למפלתו.

When Garmadon accidentally brings to life the ruthless Captain Soto and his pirates, it's up to the ninjas to stop them from plundering Ninjago City.

לורד גרמדון יוצר כפילים ללוחמי הנינג'ה, והמפגש הגורלי בין כולם נערך בית כותלי בית הספר לילדים רעים.

המועדון של אתגר זרת נקלע לחובות ולוחמי הנינג'ה נרשמים למירוץ הנינג'אגו השנתי כדי לזכות במקום הראשון ולהציל את המועדון מהריסה.

גרמדון מחזיר לחיים את הגרונדאל וגורם לכך שהנינג'ות יהפכו לילדים קטנים. לויד מצטרף אל האחרים והם מנסים למצוא דרך להביס את הגרונדאל.

גרמדון חוזר אחורה בזמן כדי לנסות למנוע את היווצרות הנינג'ות והפיכתו של לויד לנינג'ה הירוק.

מוזיאון ההיסטוריה מזעיק את הנינג'ות לעזרה. מתברר שהרעל מ"הטורף הגדול" שהנינג'ות השמידו גרם לחלק מפריטי המוזאון לקום לחיים.

לוחמי האבן תוקפים את תושבי העיר והחבורה מנסה לעזור ולפנות את האזרחים. בינתיים גרמדון מקבל כוח חדש מהאדון העליון.

החבורה יוצאת אל האי האפל ומוצאת אדם מפתיע. הוא עוזר להם לתקן את הספינה והם מתכננים לברוח איתו ולהתחמק מהלווייתן ששומר עליו.

After fighting off the Stone Army, the ninjas arrive at the Temple of Light and harness their pure elemental powers, concentrating them onto Lloyd.

The ninjas try to return Garmadon's Helmet of Darkness to its perch at the Celestial Clock to prevent the final battle between Lloyd and his father.

Garmadon uses his new super-weapon to turn Jamanakai Village evil, unsettling the balance and allowing the spirit of the Overlord to possess his body.

A great darkness has fallen upon Ninjago as Garmadon's super-weapon has turned it evil, but the ninjas discover light is more powerful than dark.