En ensom vandrer møter Kai, en ung sverdmaker, og hans søster Nya i en liten landsby, like før en skrekkinngytende skjeletthær kommer og plyndrer butikken deres. Hæren stjeler et kart som ble gjemt av Kai og Nyas far for mange år tilbake, og de kidnapper Nya! Vandreren viser seg å være Sensei Wu, en gammel venn av faren deres. Han lover å hjelpe Kai med å finne søsteren sin, men først må Kai bli en ninja og lære seg spinjitzu-kunsten. Kai starter treningen og får snart treffe Sensei Wus andre ninjaer, som etter hvert forstår at de alle er utvalgt for sine unike evner.

Kai blir plutselig angrepet av tre mystiske svarte ninjaer når han pusser tennene sine. Det viser seg at de andre ninjaene er mester Wus andre elever. Wu gir dem ulike farger på ninjadraktene for å representere elementene de representerer. Ninjaene drar for å finne et spesielt våpen. Ninjaene klarer for første gang å låse opp sine spinjitzu-evner.

Nå som ninjaene har funnet det første av de fire gyldne våpnene, starter letingen etter de tre andre.

Mester Wu våkner i underverdenen og begynner å lete etter Lord Garmadon. Ninjaene finner tilbake til hverandre og allierer seg med ilddragen, som kan hjelpe dem å komme til underverdenen. Kai overtaler Nya til å være igjen og vente på dem. Etter hvert klarer ninjaene å også få de andre dragene på sin side. Ninjaene og sensei Wu kjemper for å få tilbake de gylne våpnene.