「魔弾の射手」による「日本再起動計画」を止めるため、自らの命を犠牲にした折原マヤ（吉瀬美智子）。死の直前、マヤが藤丸（三浦春馬）と音弥（佐藤健）に告げた「第三の皇帝」の正体―。それは、最強最悪の水素爆弾・通称「ツァーリボンバー」のことだった。『教授』と呼ばれる男が「ツァーリボンバー」、そして「魔弾の射手」に辿り着く鍵を握っていると知った藤丸と音弥は、マヤに教えられた横浜の「ゴーパル」という店を訪れる。店主らしき男に「『教授』を知らないか」と声をかけた藤丸たちは・・・。教授の居場所に辿り着いた藤丸と音弥は、その部屋に置かれていたパソコンを操作し、ついに「ツァーリボンバー」の在り処を突き止める！藤丸からの連絡を受けた加納（松重豊）らサードアイメンバーたちは、すぐさま現場に急行。そこにあったコンテナの中身が「ツァーリボンバー」であることを確認するのだが・・・！？

電話をかけているのは、2年前の事件に関与していたテロリスト・折原マヤ（吉瀬美智子）。その電話の相手は、現内閣総理大臣・九条彰彦（竜雷太）だった。マヤからの電話を受けた九条は急遽、サードアイ（＝警察庁の秘密部隊）のメンバーに召集をかけるのだが、そこに霧島悟郎（吉沢悠）の姿はなく、指揮を取るのは新しくメンバーに加わった萩原太朗（髙嶋政宏）だった・・・。一方、あのテロ事件以降、多くの仲間を失ったショックがいまだ癒えない高木藤丸（三浦春馬）は、浪人生としてひっそりと暮らしていた。ところが、そんな藤丸のバイト先が「オリハラマヤ」を名乗る謎の女殺し屋に襲われたことで、事態は一転。藤丸はバイト仲間の水沢響（黒川智花）と共に逃げるはめになってしまう。そして、九条音弥（佐藤健）と朝田あおい（藤井美菜）の目の前で、音弥の祖父である九条彰彦が何者かに狙撃されてしまい・・・！？テロを追うサードアイは、「核爆弾」が飛行機に搭載されていることを突き止めるのだが、なんとその飛行機には、2年前のテロの首謀者・J（成宮寛貴）が搭乗していた。「核」によってハイジャックされた飛行機はすでに東京上空に到達し、核爆発による東京壊滅までのカウントダウンが始まった！そんな中、萩原が下した決断とは、“ファルコン”こと高木藤丸の召集だった！

「核爆弾による東京壊滅テロ」を阻止した藤丸（三浦春馬）だったが、人質になっていたあおい（藤井美菜）の変わり果てた姿を目の当たりにし、大きなショックを受ける。そんな藤丸の目の前に、突如、折原マヤ（吉瀬美智子）が！あおいの死にまたしてもマヤが絡んでいると思い込んだ藤丸は、その怒りをマヤにぶつけるのだが・・・。そんな頃、音弥（佐藤健）と遥（川島海荷）に、テロリストの魔の手が忍び寄っていた。2人の異変に気付いた藤丸は・・・！？一方、サード・アイでは、一連のテロが『魔弾の射手』と名乗るテロリスト集団による犯行だということ、そのテロリスト集団の中には、藤丸と互角かそれ以上のハッキング能力を持つ「ホーネット」という存在がいることを突き止める。彼らの狙いである“日本再起動計画”に、何らかの形でJ（成宮寛貴）が絡んでいると睨んだサード・アイはJを取り調べるのだが、彼がテロの全容を話す代わりに霧島（吉沢悠）へ突きつけた要求・・・。それは、藤丸との面会だった。

藤丸（三浦春馬）との対面を果たしたJ（成宮寛貴）は、一瞬の隙を突いて藤丸に襲い掛かる。拳銃を手にしたJは、自分の口内に銃口を向けて・・・！？『魔弾の射手』による謎の神経ガスを使ったサイバーテロの全容を掴んだサードアイだったが、すでに時は遅く、ガス供給網システムは「ホーネット」によって乗っ取られてしまっていた。サードアイの局長・苑麻（中原丈雄）は、“ホーネット”の行動を断固阻止すべく、藤丸の再招集を決断する。一方、藤丸はマヤ（吉瀬美智子）によって連れ去られた音弥（佐藤健）の行方を必死に追っていた。その頃、音弥はマヤに案内されたホテルの一室で、予期せぬ相手と対面を果たし、衝撃の真実を知ることに。動揺を隠しきれない音弥だったが・・・！？

「ホーネット」との壮絶な戦いを制し、魔弾の射手によるサイバーテロを食い止めた藤丸（三浦春馬）。しかし、そんな藤丸に襲い掛かった新たなる敵・・・その人物とは、なんと藤丸のバイト先の同僚である響（黒川智花）だった・・・。予想外の裏切りに動揺を隠せない藤丸。ところが、そんな藤丸の危機に、行方不明となっていたはずの音弥（佐藤健）が現れ、事態は思わぬ方向に・・・。逃げた響の行方を追うためにハッキングを開始した藤丸の横で、音弥はマヤからの携帯メールを受け取る。その内容は、魔弾の射手が釈放要求してきた永田三郎という人物の足取りを調べてほしいというものだった―。音弥はすぐさま藤丸に永田の足取りを追ってほしいと頼むのだが、藤丸はどこか様子のおかしい音弥に疑問を抱き始め・・・。一方、九条（竜雷太）の命を受け、永田と「第三の皇帝」の関係を密かに調べていたマヤは、藤丸、音弥と合流し、ついに「第三の皇帝」の居場所を突き止める。しかし、そこで3人を待ち受けていたものとは・・・！？

藤丸（三浦春馬）の罠に掛かったスパイの正体―。それは、サード・アイの情報分析官である澤北（阿南敦子）だった。霧島（吉沢悠）らに取り押さえられた澤北は、息子・陵太（安藤健悟）が魔弾の射手によって人質に捕らわれていると明かす。衝撃の事実に、その場にいた全員が唖然とする中、藤丸はパソコンを操作してある“動画サイト”を見つける。そのサイトには、無邪気に遊ぶ陵太が映し出されていた。しかし、陵太の動きに合わせてライフルが仕掛けられており、ある一定のアクセス数を超えると銃弾が発射される仕組みになっていて・・・！？一方、ひとりで教授の手がかりを探していた音弥（佐藤健）の携帯電話に、響（黒川智花）からの着信が―。響から「教授が会いたいと言っている。ひとりで来て欲しい」と告げられた音弥は、意を決意して・・・。ライフルで命を狙われた陵太を映し出す動画サイトは、興味本位からアクセスをする者が後を絶たない。刻一刻とタイムリミットが迫る中、怒りを爆発させたファルコン・藤丸が、ホーネット捕獲に再び立ち上がる！！そんな中、謎の少年（神木隆之介）が保護されて・・・！？

藤丸（三浦春馬）は、『魔弾の射手』によって人質に取られていた澤北（阿南敦子）の息子・陵太（安藤健悟）の居場所を突き止め、その身柄を無事確保することに成功する。しかし、陵太とともに救出された少年（神木隆之介）の存在に違和感を覚えた藤丸は、萩原（髙嶋政宏）の勧めもあり、少年と2人きりで話すことに。そこで浮かび上がった新事実・・・なんと、その少年こそが藤丸を苦しめ続けてきた「ホーネット」だったのだ！藤丸は、ホーネットのパソコンを調べて掴んだある事実を握り、ホーネットに揺さぶりをかけるのだが・・・！？一方、教授（津嘉山正種）と響（黒川智花）の待つ場所へと向かった音弥（佐藤健）は、待ち構えていた『魔弾の射手』の一味によって狙撃され、傷を負う。身柄をサードアイに保護された教授は、「日本再起動計画」の全容について語り始め・・・。さらに、突然倒れたJ（成宮寛貴）は、意識が戻らず・・・！？

ホーネット（神木隆之介）の口からついに明らかになった真の黒幕・スパイダーの存在。あおい（藤井美菜）の命を奪い、何度となく自分を窮地に追い込んできたスパイダーに対し、藤丸（三浦春馬）は憤りを隠せない。今度はテレビ局の放送システムをジャックした『魔弾の射手』は、九条総理（竜雷太）の体制批判と若者への喚起を促し、ついに「日本再起動計画」をスタートさせる。さらにスパイダーは、サードアイのメインシステムにも侵入。攻撃を受けたサードアイ本部は・・・！？そんな中、響（黒川智花）とともにサードアイを抜け出した藤丸の携帯電話に、スパイダーからの着信が―。「一緒に遊ぼうよ」という意味深な挑発を受けた藤丸は、スパイダーの居場所を突き止めるべくハッキングを開始。ついに、スパイダーの居場所を特定する！

ついに明らかになったスパイダー（満島ひかり）の正体―。愕然とする藤丸（三浦春馬）に、スパイダーは「私はずっとアナタを見ていた」という不気味な言葉を残し、その場を立ち去ってしまう。スパイダーと自分との関係を、どうにも思い出せずに苦悩する藤丸―。そして明らかになるスパイダーの真の狙い…そこにはやはり、ツァーリボンバーの影が！スパイダーの後をひとり追う藤丸のもとへ、加納（松重豊）や霧島（吉沢悠）らのサードアイのメンバーも続々と駆けつける！！そんな中、萩原（髙嶋政宏）はついにスパイダーの過去を突き止め、その事実を藤丸に伝える。スパイダーと自分との意外な関係を知った藤丸は、その事実に唖然としながらも、決意を固めてスパイダーの待つ部屋へ・・・。日本を懸けた最後の戦い―。果たして日本は、そして藤丸の運命は・・・！？