ネクロマンサーのユーによってゾンビに、天才少女ハルナによって魔装少女にされた主人公・相川歩であったが、最近は平穏な日々を送っていた。だが、運命は彼に安息の日々を許さなかった。吸血忍者のセラ、学園妻のトモノリ、ネットアイドルのサラス、優等生の平松妙子といった美少女ヒロインたちに加え、学園に出没する謎の“妖精さん”が、彼を新たな困惑の日々に巻き込もうとしていた。

彼自身の望まぬ形で、世界的に注目を浴びることになった相川歩。ちやほやするクラスメイトとは逆に、親友の織戸は意味深な言葉を残して彼から距離を置く。すべてに絶望しかけた歩は、校内に出没する謎の“妖精さん”に、すがるのだった。そんな彼を、トモノリが大自然の中でのデートに誘う。だが、当然のようにハルナ、セラ、ユーもついてきて大騒ぎ。さらに様子を見守っていたサラスが、予想もつかない行動に出た。

歩を取り巻く環境は、一向に改善されない。一方、トモノリは、サラスのライブでバックダンサーを務めることになった。ダンスが上達しなければ、吸血忍者の里へ送り返すという、厳しいサラスの言葉に、連日猛特訓を繰り広げるトモノリ。だが、上達への道のりは遠い。そこで、ハルナが一肌脱ぐことになった。

ストレスのたまる毎日。たまの休日に趣味のプラモデル作りで癒される歩。だが、完成させたプラモをハルナが壊してしまう。傷心の歩を、織戸が町外れの秘密スポットへ誘った。そこは、可愛いメイドさんが接客してくれるコスプレ・ファミレスだった。そこで出会った、意外な人物とは誰なのか。

セラが一時的に、吸血忍者の里に帰ることになった。彼女の留守の間、おねえさんとしてユーの世話をすると張り切るハルナ。だが、ユーの具合がおかしい。看病する歩とハルナだが、冥界人であるユーの体のことは、よくわからず途方に暮れる。一方、吸血忍者の里では、セラがサラスから、不吉な話を聞いていた。

楽しい文化祭の季節。歩のクラスに乗り込んだハルナは、意外にたくみな仕切りで妖怪喫茶を実現させる。歩は、同級生と文化祭の準備に追われる中、甘酸っぱい青春の喜びを感じる。今まで歩を支えてきた“妖精さん”は、そんな彼を見て、初めて陰鬱な表情を見せるのだった。そしていよいよ文化祭の日がやってきた。

文化祭に出現し、大暴れするメガロを退治したものの、ハルナはやっと回復させた魔力を何者かに奪われてしまう。その犯人の手により、クラスメイトたちが囚われの身となり、歩は手も足も出せない。ユーとハルナは倒れ、セラも破廉恥なコスチュームのまま拘束されてしまう。強大な力を持った、意外な人物の正体とは。

文化祭の騒動は、恐るべき災いの前兆に過ぎなかった。その危機を回避させる鍵は、かつて歩のことを殺した魔装少女・京子が握っているという。彼女を幽閉している大先生からそれを聞いた歩は、京子と取引きしようとする。事態は織戸たち学校の生徒をも巻き込み、大変なことになっていった。そこで大先生が下した決断とは。

ユーの故郷・冥界の偉大なる≪セブンスアビス≫の一人、ネグレリア・ネビロスが、この東京にいるという。アンダーソンからその情報を得た歩は、大いなる災厄に収拾を付けるため、ネグレリア（通称：ネネさん）に会いに行く。歩の望みを聞いた≪ネネさん≫は、代わりにあることを要求してきた。そこにハルナが訪ねて来る。

人間界に、かつてない危機が迫る。これを回避するには、歩が立派な魔装少女になるしかない。そのため大先生アリエルは、歩に更なる試練を課す。失敗すれば、歩の記憶は失われる。最後の敵は、おのれ自身。「暴食」、「色欲」、「強欲」、「憤怒」、「怠惰」、「嫉妬」、「傲慢」。七つの大罪と向き合う時、歩、そしてハルナ、ユー、セラの運命はどうなるのか。