クェイサー。それは、女性から聖乳＜ソーマ＞と呼ばれる生体エネルギーを得ることで、特定元素を自在に操る特殊能力者。聖ミハイロフ学園に通う織部まふゆと山辺燈は、いじめに遭っていた。そんな彼女たちの前にサーシャという謎の少年が現れる。その夜、まふゆはマグネシウムを操る敵のクェイサーに襲われてしまう。

伝説の聖像（イコン）「サルイ・スーの生神女」を巡るクェイサーたちの闘い。その中、クラスメイトの文奈が燈の見舞いにやってきた。彼女は燈たちを気遣ってくれる数少ない友人の一人であり、学園の異変に気づき始めていた。そこへ再びマグネシウムが襲いかかり、文奈が連れ去られてしまう。敵の意外な正体が明らかになる。

黄金のクェイサー。彼はオーリャに手をかけ、サーシャに復讐心を植えつけた最強の敵。彼との邂逅を果たしたサーシャは、幼い頃の夢にうなされる。そんなサーシャを癒す燈。オーリャに似た燈に雰囲気にサーシャは心を許す。一方、美由梨と華は留学生のカーチャを迎え入れる。その妖精のような容貌に華の心はかき乱される。

カーチャに弱味を握られてしまった華。彼女は必死に自分の本性を否定しようとするが、カーチャの言葉にどうしても抗えない。まふゆたちは、街で買い物をする。燈の護衛のため、サーシャやテレサも一緒だ。女性の失踪事件を耳にするが、まふゆの関心はバーゲンセール。下着の試着などではしゃぐ一同だった。

ているテレサだが、普段の生活や生い立ちは謎に包まれていた。そんな中、アデプトから敵のクェイサーが送り込まれる。アデプト12使徒であり、塩素を操る浄化者クロアだ。その排除を命じられたサーシャたちだったが、因縁の相手を前にテレサが立ちすくんでしまう。

サルイ・スーの生神女の手がかりをつかむため、まふゆは美由梨と山辺の別荘を訪れた。そんな中、列車の旅にはしゃぐ美由梨に呆れつつも、緊張は解けないまふゆ。それは燈を守るため、自分が頑張らなければいけないからだ。だが別荘への道すがら、二人はアデプトのクェイサーに襲われ、離ればなれになってしまう。

聖ミハイロフ学園に、鳳が臨時講師として赴任してきた。恩人との思わぬ再会に、喜びが隠せないまふゆ。学園に転入したリジーと歓迎会へ招待したところ、なぜかサーシャの機嫌がすこぶる悪い。ボルシチVSビーフシチュー論争は、一体どちらに軍パイが!? 一方、新たな敵のクェイサーが、華の前に現れる。

アトミスという大気を操るクェイサーの称号を持つ朽葉悠は、鉄や銅を操る金属使いにとっては最悪の天敵だ。彼を兄に持つ葵が、サーシャを頼って山辺邸に身を寄せる。まふゆは、葵とサーシャの間にあるただならぬ雰囲気にやきもき。葵は、まふゆと燈に身の上を語り出すが、その時、彼女の身体に異変が起きる。

クラスメイトの史伽が、学園のそばで痴漢に襲われた。「乳を出せぇええ!!」と襲いかかってきたという話を聞き、サーシャはアデプトの関与を疑う。夜回りに出かけたまふゆたちは、強いクェイサー能力を持つ何者かに遭遇してしまう。一方、家で留守番の燈は、自分がまふゆたちのお荷物なのではないかと思い悩んでいた。

聖ミハイロフ学園では、ちょっかいを出したり言いがかりをつけてくる華や美由梨たちに、まふゆは一人辟易。史伽は止めようとするが、逆に言い込められてしまう。一触即発の場を救ったのは、サーシャだった。恋心を胸に秘め、彼への憧れを強くする史伽。そんな彼女の前に「Q」と「R」と名乗る双子の少女が現れる。

エヴァ・シルバーとの戦いを目の当たりにしたクラスメイトたちは、サーシャに対し戸惑いを隠せない。だが、史伽の一言がきっかけとなり、和解。サーシャはたちまち人気者となる。人に囲まれ、温かく迎えられることに慣れておらず、困惑するサーシャ。彼の人間らしい一面を見たまふゆと燈はホッと安心し、笑顔になるのだが。

含鉄泉。温泉水1kg中に総鉄イオンを含有する赤褐色の湯には、飲用すれば胃酸の分泌が高められて鉄を吸収しやすくなるため、貧血患者への効果が期待されていた。まふゆたち女子御一行は、山奥のとある温泉旅館にやってきた。クェイサー同士の激しい戦いから一時離れ、今日は一日大いに羽を伸ばす予定だったのだが。

自らの強大な力と戦う運命に翻弄され、苦悩するヒーローがまた一人この街に誕生した。その名もリリー仮面。百合の紋章を授けられし正義の美少女。彼女はチンピラに絡まれるサーシャを救ったり、不時着しかけた飛行機を救ったり、華麗な活躍を見せる。リリー仮面に憧れるあまり、サーシャはヒーローに志願してしまう。

自分とは違う、何者かになりたい。コスプレ喫茶「れいや〜ずへぶん」には、今日も悩める少年少女たちが集う。先の戦いで大きな傷を負ったサーシャは、未だその後遺症から回復出来ずにいた。一方、リジーは、鳳に子供扱いされたことを悩んでいた。リジーとサーシャは街で出会い、そしてコスプレメイドさんに誘われる。

鳳榊一郎。彼はまふゆの恩人であり、リジーのマスターであり、そして、サーシャの宿敵である黄金のクェイサーの腹心、ナトリウム遣い。復讐心に駆られ、焦燥するサーシャ。しかし、アトスから下ったのは待機命令だった。それにも構わず、鳳のもとへと向かおうとするサーシャ。その前に、まふゆが立ちはだかる。

アナスタシア・エッグに眠る、剣の生神女（マリア）。それは、最強のクェイサーを葬り去るほどの力を持つハイエンシェント・サーキット。ついに黄金のクェイサーが復活を遂げた。「サルイ・スーの生神女」を求めた先に待つ未来を警告する鳳。一方、復讐に燃えるサーシャの鎌が、テレサの身体を切り裂く。

黄金のクェイサーの復活、剣の生神女の目覚め。そして、世界は動き出す。聖ミハイロフ学園に転入生がやってきた。藤臣弼と仙道六実。六実は、サーシャの初めてのマリアだという。二人は何の目的できたのか？　学園に何かが起ころうとしているのか？ その時、生徒会長の弓枝が壁から現れた謎の手に襲われる。

「サルイ・スーの生神女」へと導く、剣の生神女。それは、まふゆの身に宿っていた。正体を明かした六実は、サーシャに助言する。今後、自分たちの他にもまふゆを狙う者が現れるだろう、と。一方、フールにさらわれた燈はアデプトの本拠地で目を覚ます。囚われ、一人ぼっちの燈。その時、部屋に一人の少女が迷い込む。

燈がさらわれ、二週間が経った。サーシャとまふゆは「サルイ・スーの生神女」を求め、鳳の残した研究資料の調査を始める。全ては燈を救うため。サーシャは手紙で呼び出され、ある人物を訪ねる。辻堂邸では、カーチャの誕生日パーティーが開かれる。楽しく幸せなひと時は、しかし、突如現れた野生児にぶち壊されて…!?

水の聖堂。「サルイ・スーの生神女」が眠るとされる伝説の神殿。サーシャとまふゆは、学園の湖へ調査に出かける。まふゆは悪夢にうなされ、心を蝕むその声に身体をのけぞらせる。その胸元には、剣の生神女のサーキットが妖しく浮かび上がる。一方、フリードリヒ・タナー率いるアンシャン・レジームが本格的に動き出す。

水の聖堂が出現した。剣の生神女がそれに反応し、まふゆの身体に急激な変化が起きる。世界中の女性からごく微量ずつ吸収されたソーマが、まふゆに集められているのだ。その尋常ではない光景に、サーシャは憤る。タナーたちは「サルイ・スーの生神女」を手に入れるため、まふゆを連れて水の聖堂へと姿を消す。

剣の生神女、鮮血の剣が揃う時、サルイ・スーの生神女は現れる。ある人物との再会に驚愕するサーシャ。黄金のクェイサーは、ともに神になろうと、サーシャを仲間に引き入れようと手を差し伸べる。激高し、力を暴走させたサーシャをも凌駕する力を持つ黄金のクェイサー。両者の戦いの命運を分けるのは、果たして…!?

古来より続いたクェイサーたちの戦いは、一時的な終結を迎え、学園も、まふゆの胸も、すっかり元通りだ。まふゆは、自分の胸が小さくなってしまったことで、サーシャががっかりするのではないかと思い悩む。そんなまふゆのもとへ、サーシャがやってくる。一日だけ休暇を与えられたサーシャは、まふゆをデートに誘う。