初めての娘リカ（菅野美穂）の誕生に喜ぶ正則（草刈正雄）だが、妻・ゆりこ（川島なお美）は沈んでいた。ゆりこの目にはリカがイグアナにしか見えないのだ。やがて妹のまみ（榎本加奈子）が生まれ、ゆりこはちゃんと人間に見えるまみばかりを愛するようになる。リカはひっそりと目立たない性格に…。そしてある日、「あの子はガラパゴスのイグアナなのよ」と叫ぶゆりこの声を偶然聞いてしまったリカは鏡に映った自分の姿もイグアナに見えるようになってしまう。9年の月日が流れ、リカは17歳、まみは15歳に成長。同じ高校に通う二人だけれど…。

リカ（菅野美穂）の進学にゆりこ（川島なお美）は猛反対だったが、正則（草刈正雄）の説得によってどうにか許されることになった。喜んだリカは伸子（佐藤仁美）にその事を報告。伸子も一緒に喜んでくれ、明日の休みに一緒に清里に行こうとリカを誘う。これまで一度も友達と遊びに出かけたことなどなかったリカは大喜び。しかしその話をかをり（小嶺麗奈）が盗み聞きしていた。かをりは昇（岡田義徳）を強引に誘い、なんと清里のリカと伸子の前に現れるのだった。

リカ（菅野美穂）は生物の授業中にイグアナの写真を見てショックを受けて倒れてしまう。心配した昇（岡田義徳）はリカの家に見舞いに行くが、ゆりこ（川島なお美）は「これ以上リカと親しくなるのはやめて」と昇を追い返す。もちろん、リカには知らせずに…。そんな中、昇の最後の陸上の大会が近づいており、リカは伸子（佐藤仁美）と応援に行こうと考えていた。リカは幼い頃からずっと昇の走る姿を見つめていたのだ。しかし大会当日、ゆりこはリカを買い物に連れ出してしまうのだった…。

リカ（菅野美穂）の誕生日が近づいていた。伸子（佐藤仁美）から誕生日の夢は？と聞かれたリカは、「好きな人と遊園地へ行くこと」と答える。もっとも、ゆりこ（川島なお美）に「恋愛は絶対に許さない」といわれているリカにとっては夢どころか到底かなわぬ話。ところが思いがけず、中間試験の勉強を教えてくれたお礼にと、昇（岡田義徳）に遊園地に誘われる！うれしくて仕方ないリカ。しかし、ゆりこの「あなたはイグアナ」という言葉が耳から離れず、リカは昇の誘いをことわってしまう。

まみ（榎本加奈子）が試験を受けることに。急遽家庭教師について猛勉強しなくてはいけなくなったまみの代わりに、リカ（菅野美穂）はレストランでアルバイトすることになった。苦手な接客の仕事に悪戦苦闘するリカだが、ある日客で来ていたまみの家庭教師・清水が、まみの体をねらっていると話しているのを聞いて、怒りが込み上げる…！その後、ようやくリカの優しさに気づいたまみは、リカに遊園地のチケットを渡す。それは、昇（岡田義徳）がリカの誕生日にリカの家に持ってきていたものだった。リカはチケットを抱きしめながら、遊園地へと走る。少しずつ、リカのまわりの何かが変わりはじめていた…。

遊園地で昇（岡田義徳）に、「今のおまえは正直好きじゃない。8歳の頃の元気なお前に戻ってくれ」といわれたリカ（菅野美穂）は、自分を変えたいと考えはじめる。伸子（佐藤仁美）にその事を話すと、そもそもリカを暗くしてしまった原因は一体何なのか教えて欲しいと頼む。しかしリカはどうしても話すことが出来ない。自分がイグアナにしか思えないなんて…。一方、まみ（榎本加奈子）に「どうしてリカにだけつらくあたるのか」と責め立てられたゆりこ（川島なお美）は寝込んでしまって…。

ゆりこ（川島なお美）に「昔、あなたを殺して自分も死のうとしたことがある」と告げられ、リカ（菅野美穂）はショックで家を飛び出す。知らせを受け、必死で街中を探し回ってリカを見つけた伸子（佐藤仁美）は、自分の家にリカを連れて帰るのだった。翌日、リカは伸子の母親から伸子もかつてコンプレックスで悩んでいたことを聞かされる。痛いほど伸子の優しさを感じたリカは、何もかも話すことを決意。戸惑いながらもついに伸子に「私はイグアナなの…。」と打ち明ける。

リカ（菅野美穂）は伸子（佐藤仁美）の死を自分のせいだと思い込み、再び心を閉ざして部屋に閉じこもってしまう。心配したまみ（榎本加奈子）が何とか学校に連れて行くのだが、伸子の席が空席なのを見たリカは学校を飛び出してしまった。失意のまま歩くリカに、伸子の恋人・津島が声をかける。津島は伸子がかつて自分に宛てた手紙をリカに渡すためにやってきたのだった。そこには、「私はリカの心を取り戻してあげたい。リカには、幸せになる権利がある。」と書かれていた。リカは伸子の優しい想いに包まれ、泣き崩れるしかなかった…。

幸せになる決意をしたリカ（菅野美穂）は、ゆりこ（川島なお美）の反対を振り切り、一人暮らしを始めることにした。新しいアルバイトも始め、明るくなってゆくリカを昇（岡田義徳）も温かく見つめる。しかし、ゆりこはリカが幼かった頃に一緒に死んでおくべきだったという思いを深めてしまう。

そして、ようやく自分の気持ちに気づいた昇は、リカに「一緒にボストンへ留学しないか」と話す。意外にもゆりこはリカに「行きなさい」と言い、その前に皆で家族旅行に行こうと提案するのだった。

死を覚悟した最後の頼みさえゆりこ（川島なお美）に拒否されたリカ（菅野美穂）は、自分を抱きしめるのは死ぬよりも嫌なのだろうかという思いに打ちのめされる。リカの出発は目前にせまっていたが、ゆりことはそれ以来顔を合わせないままだった。一方、ゆりこは正則（草刈正雄）の古い日記を見つける。そこには、かつて正則がガラパゴスで傷ついたイグアナを助けたことが記されていた。いよいよ出発当日、リカは昇（岡田義徳）と空港へ出かけるのだが…。