Mitsuzuri s'inquiète du comportement de Shinji, un peu trop hautain dernièrement, et en fait part à son ami Shirou. Celui-ci tente de lui parler mais se retrouve à le remplacer pour la corvée de nettoyage du dojo. Affairé à son travail, Shirou ne voit pas la nuit venir. Attiré par un bruit, il découvre que dehors, deux hommes s'affrontent dans un combat épique. Pris de panique, il s'enfuit. Mais le code précise que toute personne qui découvre l'existence des Servants doit être éliminée...

L'affrontement entre Rin et Shirou est interrompu par le cris d'une fille, à l'étage inférieur. Celle-ci s'est faite vidée de son âme. Rin tente de la réanimer quand ils sont attaqués par un servant invisible. Shirou choisit de le combattre lui-même, ne voulant invoquer Saber qu'en dernier recours...

Saber n'a pas apprécié les risques qu'a pris Shirou face à Rider. Cependant, en plus de la colère de la jeune femme, il doit se démêler avec la présence rapprochée de Rin qui fait de l'ombre à la timide Sakura. Mais pour le moment, une mission l'attend : en compagnie de Rin, ils doivent détruire les sceaux qui créent le champ de force autour de l'école, et ainsi retarder son emprise sur les élèves. Et si la lycéenne sait rompre le charme, Shirou sait trouver les sceaux et leur affaire semble en bonne voie...

Shinji a révélé à Shirou qu'il ne possédait pas de pouvoirs, qu'il était un maître relativement faible, et lui a proposé de s'associer. Ce que Emiya a refusé. Il lui a cependant doné une information de premier ordre : une sorcière très puissante s'est établie au temple Ryuudouji et collecte des âmes. Shirou en parle alors à Saber et Rin, qui décide qu'il vaut mieux attendre et se renseigner plutôt que se jeter dans la gueule du loup. En attendant, elle va vivre chez lui...

Saber s'est rendue seule au Temple Ryuudouji, où elle croise la route d'Assassin, de son vrai nom Kojiro Sasaki. Celui-ci est expert dans le maniement du katana et ne souhaite qu'une chose : que Saber lui montre ses réelles capacités qu'elle continue de cacher pour une obscure raison. A l'écart, Rider profite de ce combat pour s'introduire dans l'enceinte du temple et débusquer le Maître d'Assassin...

Shirou a décidé de rester à la maison pour s'entraîner avec Saber. Celle-ci, comme prévu, ne le ménage pas. La pause déjeuner arrivant, le jeune homme sort faire des courses et tombe sur Ilya. Celle-ci ne lui veut aucun mal, puisqu'il est interdit de se battre en journée. Au contraire, ils commencent à discuter comme des amis, se racontant leurs passés...

Alors que Rin s'est absentée, Shirou est appelé par Shinji, qui a quelque chose d'important. Ce dernier se rue à l'école et tombe dans le piège de son camarade : le kekkai activé, tous les élèves ont sombré dans le coma et Shinji est près à être tué par Rider. Ne voyant plus d'autre solution, le jeune homme invoque Saber...

Shirou et Saber décide de repartir très vite à la recherche de Shinji qui ne cherchera qu'une chose : se venger. Ils commencent à parcourir Shinto à sa recherche...

Saber a été vidée de sa mana par le combat contre Rider et ne sort plus du sommeil profond dans lequel elle est plongée. Pour Rin, la situation est claire : Shirou doit lui redonner de l'énergie et le seul moyen est de la forcer à attaquer des humains. Le jeune homme se refuse bien sûr à cette extrémité. Alors qu'il médite dans un parc, Ilya surgit et le fait prisonnier grâce à ses pouvoirs. Cependant, elle ne souhaite pas le tuer...