生活在被大海和山包围的冬木市的高中生卫宫士郎，过着和平常一样安稳的生活。但是，在这样的日常生活背后，街上频繁发生的煤气泄漏事故、十字路口的强盗杀人事件等阴暗奇怪的事件接连不断。那是以此地为舞台，围绕着与连绵不断的圣杯展开的战斗“圣杯战争”的序章。

从言峰那里听到关于“圣杯战争”的士郎，决心要战斗。在士郎的面前，数日前夜擦肩而过的不可思议的少女伊莉雅和她的从者“Berserker”挡住了他。是与袭击的Berserker作战的Saber,不过，因为跟Rancer的战斗受伤被Berserker的攻击前压倒…。

被从圣杯溢出的诅咒「世间全部的恶(安利·mayu)」拘束，苦闷的士郎。那时，Saber正与吉尔伽美什苦战。毫不留情地被放开的Girugamesh的宝具「天地背离的开辟的星(enuma·爱丽丝)」Saber迎接绝体绝命的危机的时候，圣剑的鞘「全部远的理想乡(Avaron)」出现…。