For ti år siden i Fuyuki City, var en ung dreng fanget i en massiv inferno, der forbrændes hans forældre og forbruges en stor del af byen; da han var ved at dø, sparer en mand ham. Nu er denne dreng, Shirou Emiya, er en amatør mekaniker, der går i skole på Homurabara Gakuen. Shirou synes også at være ganske lidt af en tryllekunstner, men hans evner er ingen hvor nær niveauet for hans afdøde fars. I mellemtiden er byen begyndt at være plaget af gas udslip og drabssager og med Shirou følelse af retfærdighed begynder at sparke i, hvad der kunne nogen som ham eventuelt gøre?

Rin synes at have problemer med den tjener, hun har, og det faktum, at hun ikke var stærk nok til at fremkalde en mere kraftfuld tjener. Tilbage på skolen, har Shirou blevet spurgt af Ayako at holde øje med Sakura bror Shinji Matou, der har været narre omkring i bueskydning klub. I sidste ende Shinji udnytter Shirou s nyttige karakter og gør ham tage sig af bueskydning klubbens dojo. Men mens Shirou s rengøring hoved går ud for at inspicere en støj, kun at være vidne til en kamp mellem to tjenere.

Shirou introducerer Saber til Sakura og én lærer siger hun er en fjern slægtning. Læreren tester Saber færdigheder til at kunne forsvare Shirou temmelig patetisk, giver hun hende til at blive i huset med him.Rin og Archer taler han spørger hende, hvorfor hun ikke går efter Shirou, et let mål at dræbe. Hun siger, at hvis han skulle dukke op foran hende uden at være klar over det, ville hun dræbe him.At skole nogle piger der mangler fra skole for anden dag i træk. Efter skole har Shirou opholdt sig for at undersøge disse forsvinden, når han løber ind i Rin. Rin konfronterer Shirou at kalde ham en idiot for passivt gå rundt uden hans tjener, og hun angriber ham. Shirou løber fra hende og låser sig selv i et klasseværelse. Shirou gør eneste magi han kender og befæster et skrivebord til at beskytte mod et angreb fra Rin. Hele skolen er ved at blive oplyst af denne happenings, bliver alt dette overvåget af en mystisk karakter i træerne, og episoden slutter.

Saber råbte på Shirou for ikke at tilkalde hende, da han var i fare. Saber begynder at gå i skole med Shirou. Da Rin vises, og siger, at hun vil gå med Shirou i skole, Saber tillader dette efter Rin talt med hende. Hun forklarede, at denne måde fjender måske synes, det er en fælde at ikke se Saber med ham, så de er mindre tilbøjelige til at attack.Rin forklarer, at der skulle stave mærker rundt på skolen, og hvis de ødelægger dem, det vil forsinke aktiveringen af ​​kraftfelt men ikke ødelægge det, og sandsynligvis tvinge føreren ud af skjul. Efter skole Shirou og Rin arbejde på at finde stave mærker og ødelægge dem. De ender med at ødelægge en god mængde af dem, og kalder det en night.On vejen hjem, før Shirou får overalt, men efter Rin efterlader han føler noget virkelig stærk. Han går for at undersøge det og føler sin kommer fra bueskydning klub. Shirou hoveder inde hvor han ser en kæmpe magi cirkel på væggen, og når han forsøger at røre ved det, han er chokeret over magi. Han ser Rider og før hun gør noget Shinji vandreture i, kommanderede Rider gør hende skridt tilbage og han spørger Shirou hvis han ønsker at spille.

Shinji siger ting som, hvordan han har ingen intentioner om at kæmpe, og han var bare trukket ind i denne krig. Han beder om at lave en alliance med Shirou til at gå efter Rin men Shirou nægter. Shinji siger fordi han ikke kender magi andre mestre kan ikke registrere ham, så betyder Shinji er ikke den anden Master Rin var at afsløre, hvilket betyder, at der er et fjerde på skolen. Før Shirou forlader Shinji fortæller Shirou om hvordan en af ​​mestrene har oprettet base i et temple.Shirou kommer hjem og råbte på ved Saber og Rin, Rin som kom over efter Shirou ikke kom hjem. Shirou fortæller dem om Shinji og Master på temple.Shirou og Rin begge enige om, imod Sabers dom, at de ikke bør angribe templet endnu, da de ikke ved, hvad Servant og det kan være en trap.Saber bringer op igen med Shirou templet men Shirou insisterer på, at de ikke vil være at gå. Efter Shirou sover Saber nævner hvor naiv han er, og dons hendes rustning og hoveder mod templet selv, hvor vi ser en ny Servant vi ikke har set før vente.

Shirou vågner op efter at have endnu en drøm om Saber fortid og er tydeligt rystet op af, hvad der skete. Den morgen, under morgenmaden, er Ilya indført ved Rin som en anden person, der skal bo der et stykke tid og Taiga synes at acceptere det godt. I mellemtiden har der været nyheder om endnu flere gasudslip, hvilket betyder, at Mesteren på Ryudouji synes at være eskalerende hans planer. Mens Shirou, Rin og Saber planlægger, hvad de skal gøre ved det, Ilya kommer ind i