三栗智和は16歳の誕生日の夜、奇妙な夢を見る。見たことのない世界で1人の少女が敵と戦っている夢だ。夢の中で智和は不思議な力を持ち、少女にその力を与えて敵を撃退する。夢世界と不思議な力、そして戦いを繰り広げる謎の少女に驚く智和。翌朝、目を覚ますと、自分の傍らには夢の中で見た少女がいた。その現場を同居人の七瀬に目撃され動揺する智和。謎の少女（モネというらしい）にときめきながらも学校へ向かう。途中幼なじみのみづきに誕生日プレゼントを貰い上機嫌の智和であったが、遅刻してしまい先生に罵倒されてしまう。そんな中、モネが学校に現れて・・・。

昨夜の夢の中での出来事に浸っていた智和。そこへ、昨夜の現象を理解出来ないみづきがおしかけて来る。2人で学校へ向かう途中、耳のついた帽子を被った謎の少女と出会う。その少女に疑問を抱きながらも学校へと到着した2人が教室のドアを開けると、そこにはなぜかモネが。しかもいつの間にか智和の妹になっている！！？驚いている暇もなく、期末テストを返却され、智和は追試を受ける結果に。家に帰り七瀬にテスト結果をしかられ落ち込んでいるところに、助っ人家庭教師が現れて秘密の授業が始まった？

1人の少女が空港に降り立つ。ちょうどその頃、ねねこと智和・みづき・モネは夢世界で出会ったシルクに講義を受けている。そこにフェイドゥムが現れ、攻撃を受ける智和たち。目を覚ますと、またもや見知らぬ少女が傍らに！　汗ジトになる智和であったが、留学先より帰ってきた七瀬の妹、九葉と知りホッとする。学校へはなぜか九葉もついて来て。女の子に囲まれた智和を目撃した先生が、１限目の授業はなぜか体育に変更すると宣言！　それもドッジボール！　智和VS男子全員の試合が今始まる。

今、夢世界では智和を鍛える特訓がブーム！　彼女たちに必殺技を繰り出される。ヘロヘロとなる智和であった。現実世界では夏真っ盛り。特訓の疲れが癒えず家でゴロゴロしている智和を九葉がプールへと誘うが拒否。そこに水着姿のモネとねねこが現れる。なんでもねねこによると、この前行ったプールには女の子しかいなかったというのだ。それを聞いた智和、早速モネ・ねねこと共に、プールの謎解きに向かう。

今日も快晴。みづきが洗濯物を干す後ろ姿をボーっと見つめている智和。七瀬と九葉が外出中で、家事をしているのだ。ねねことモネは庭に広げたビニールプールで、大好きなプリンを頬張りながら戯れ中。そんな時何処からともなく、祭囃子の音が聞こえてくる。初めて聞く音に興味津々のねねことモネ。智和から明日祭りがあると聞き、早速太鼓の練習を始める２人だったが。

ここは公園。レフ板を持ち光の調節をしている智和。石狩先生の提案で、来るべき学園祭に向けて映画を撮影しているのだ。しかも主役はモネ。監督は七瀬。衣装・メイクは九葉。脚本はみづき。そして先生自らカメラをとる。「身内かよ！」と思わずつっこむ智和。そんな時ねねこが通りかかり、一緒にお昼を食べることに。謎を探しにどこかへと向かうねねこが気になる智和とモネは、跡を追うことにする。

夜の砂浜。ネイトがコネコに気に入られようとパン切れを足元に置いている。そんな時突然、空にオーロラが現れる。フェイドゥムの侵食の兆候と察したネイトは急いで智和達に知らせようとするが、みんなはオーロラに夢中。商店街はオーロラをネタに一山当てようと大盛り上がり！　新聞を見るとUFOの仕業と書かれてある？！　智和一行は、未確認生物とのコンタクトを図ろうと奔走することになるが・・・。

モエラでの美少女戦士のチームワークもなかなかさまになってきた様子。智和も気合十分。なんでも、モネの両親を探す決意をしたようだ。しかし智和と離れたくないモネは拗ねてしまう。智和はモネに機嫌を直してもらおうと、「何でも好きなことをしていい」と約束をする。次の日の七瀬邸には通販グッズがドッサリ。智和のポケットマネーでは支払うことが出来ず、皆に援助を求めるが拒否されてしまう。困り果てているところに、みづきからメグミに紹介されたというバイトの話を持ちかけられ・・・。

リビングで夏休みの宿題の絵日記を描いているモネ。智和も石狩先生からの地獄のスペシャルプログラムに取り掛かり中。そんな時、モネがクレヨンを使い切ってしまう。宿題地獄から抜け出したい智和は、この機に乗じてクレヨンを買いに行くことを提案する。モネも賛同し、みづきも一緒に出かけることに。買物を満喫し、目的のクレヨンも購入した智和たちに不信な男が声を掛ける。その男は七瀬を預かっていると言い、自分についてくるように促す。警戒しながらも従う智和。モネ・みづきも気がかりで同行することに。目的地に到着した智和たちは、そこで見覚えのある人物を目撃する。

「完成なのだ～！」ねねこの声がこだまする。ペンキで汚れたねねことモネ。夏休みの工作で作っていたコネコの部屋が完成したのだ。満面の笑みの2人をよそに、当のコネコはご不満の様子。丁度その頃、七瀬がバケツプリンを持ってくる。待ちかねていたねねことコネコはプリンに夢中。ところがモネはその場に立ち尽くしたまま突然倒れてしまう。空にはあやしげなオーロラが広がり始めていた。

『キーンコーンカーンコーン』チャイムで目覚める智和。授業中であった。そんな智和を石狩先生は軽くあしらう。隣を見ると、メガネを掛けたみづきがいる。みづきの反応に？の智和。反対側の隣には誰も使用していない机がある。その机に微かに少女がダブる。確か誰かいたような・・・。いつのまにか授業は終わっており、繁華街へと出る智和。1人ゲームセンターでゲームに興じていると、目の前のガラス越しに見覚えのある少女を目撃する。