Rufy e Chopper cadono nel mare agitato e freddo insieme alla misteriosa ragazza. Jimbei cerca di aiutarli ma un altro attacco arriva dalla creatura sconosciuta. Nel frattempo, la Sunny viene colpita dai siluri e anche il resto della ciurma di Cappello di Paglia viene gettato in mare.

Una giovane ragazza uscita dal grande robot dice di chiamarsi Dr. Vegapunk e ciò sorprende Franky e il resto dei Cappelli di Paglia. Nel frattempo, il gruppo di Rufy arriva sulla superficie dell'isola dove si trovano edifici futuristici e vagano sconosciute creature giganti.

Un intero laboratorio appare sopra le nuvole. Cosa sta ricercando Vegapunk, il capo del laboratorio? Una nuova minaccia attende la ciurma di Cappello di Paglia mentre si addentrano nel cuore della scienza.

La scienza offre infinite possibilità! La ricerca è già iniziata! Un'imperscrutabile ricerca della conoscenza che confonde i pirati di cappello di paglia. Il bene e il male. Saggezza e avidità. Ragione e istinto. Menti talentuose che provengono da ogni dove e ora sono riunite!

La potenza scientifica di 900 anni fa viene rivelata dal gigante di ferro. Vegapunk è affascinato dall'energia di un oggetto antico e ricco idee e ideali. Cosa ti aspetta nel futuro che sogni?

Vegapunk chiede alla ciurma di Cappello di Paglia di portarlo a bordo della loro nave, cosa che rende felici Franky e Usopp ma infastidisce Nami. Lucci ordina alle sue truppe di bloccare tutte le vie di fuga di Vegapunk e cerca di invadere Labophase, fortemente protetta.

Kaku cerca di distruggere la Sunny, ma Zoro para l'attacco e i due iniziano a combattere. Nel frattempo, mentre il sistema di sicurezza viene riattivato, Rufy, Chopper e Jinbe si ricongiungono ai loro compagni nel laboratorio. Intanto Vegapunk fugge dall'ira di Bonney che con i suoi poteri infine lo trasforma in un bambino. Vegapunk conferma di non poter fare tornare Orso come prima, ma spiega che è stata una decisione volontaria ed è fiero di essere suo amico. Egli non vuole rivelare le ragioni di Orso poiché ha fatto una promessa, ma Bonney viene attirata da una stanza dove trova una bolla creata con i poteri di Orso. Quest'ultimo ha iniziato nel frattempo a scalare la Linea Rossa, mentre è preso di mira da cannonate dei marine. Intanto, mentre i pirati di Kid raggiungono l'isola di Erbaf, il viceammiraglio Garp arriva alla base G-14 dicendo a Hermeppo che intende recarsi sull'isola Alveare per salvare Kobi.

Vegapunk cerca di dissuadere Bonney da entrare in contatto con la bolla affermando che è un dolore che la ucciderebbe, ma la ragazza, che conosce bene i poteri del padre, capisce che si tratta invece di ricordi. Nel frattempo i Seraphim hanno raggiunto Labophase con la CP0 e Lucci ordina loro di distruggere il laboratorio. Shaka spiega che i Seraphim prendono anche decisioni in autonomia, ma averli lì gli consente di dare un ordine che sovrasta quelli della CP0, facendo loro cambiare schieramento di nuovo. Lilith, Edison, Sanji e Franky corrono a dare man forte ai compagni, ma improvvisamente Stussy, in realtà un clone della scienziata del MADS ed ex piratessa Miss Buckingham Stussy, attacca a tradimento Kaku succhiandogli il sangue come un vampiro e facendogli perdere i sensi. Quando Lucci la attacca, Stussy riesce ad immobilizzarlo con un rossetto fatto in realtà di agalmatolite e mettere anche lui al tappeto allo stesso modo.

Stussy sfodera improvvisamente le sue zanne e stende Lucci! Vedere il suo sorriso inaspettato confonde i Cappello di Paglia! Mentre il feroce assalto dei Seraphim continua, il vero obiettivo della misteriosa Stussy viene rivelato!

In procinto di fuggire da Egghead, il Dr. Vegapunk, figura chiave della missione, scompare improvvisamente e inspiegabilmente. Dove potrebbe essere andato se il laboratorio era chiuso? La ciurma di Cappello di Paglia inizia a cercare il geniale scienziato.

Misteriose interferenze nelle comunicazioni dividono la ciurma di Cappello di Paglia. I Satelliti vengono colti di sorpresa e le loro vite sono in pericolo. Qualcuno è nel Labophase chiuso! Un inevitabile gioco mortale con dubbi e paure travolge Luffy e gli altri!

I Seraphim attaccano inaspettatamente i Cappello di Paglia ignorando perfino gli ordini dei Satelliti. Chi li comanda? Mentre tutti i Satelliti Vegapunk sono sospetti, l'implacabile assalto dei Seraphim mette alle strette Luffy e gli altri!