モルガンズによって四皇ビッグ・マムとルフィとの戦いは瞬く間に世界中へと広がった。ルフィに与えられた新たな称号は人々に衝撃をもたらし、最悪の世代、さらに、かつてルフィが憧れた海賊シャンクスにも届いていた…。

倒れたお玉を救おうとひた走るルフィ。手配中のゾロと再会を果たすが、喜ぶ間もなく、二人の前にカイドウの配下、真打ちとなったあの男が立ちはだかる！

カイドウによりおでん城は消滅し、麦わらの一味の生死も不明。怒りが頂点に達したルフィは、カイドウへ渾身の一撃を放つ！両者一歩も譲らぬ壮絶な戦いの幕が上がる。

ワノ国近海にビッグ・マムの船がカイドウに殴り込みをかけるべく現れた。カイドウは狼狽る手下を一喝し、ビッグ・マム海賊団との全面戦争も辞さぬ覚悟を見せる。

トの康の正体が白舞の元大名・康イエだと発覚。康イエは『判じ絵の札』はイタズラで、おでんを裏切って将軍の座に就いたオロチに反抗する為に計画したと話す。

ここで物語が巻き戻る…。世界会議・レヴェリーが終了し、各国の王達は帰路に着いたとき。同時に世界の運命を揺るがしそうな不穏な事件がいくつも発生していた。

とある島に上陸した白ひげ海賊団は、ロジャー海賊団と対峙する。おでんの前で、薙刀と剣を交える白ひげとロジャー。覇王色の覇気の激しい衝突は三日三晩続く！

おでんとトキの死後、錦えもんらの屍が見つからず、苛立つオロチ。20年後の再会を胸に秘め、各地に散った侍たちはそれぞれ主君を思い、雌伏の時を待ち続けた。

遊郭にてビッグマムと鉢合わせ、追いかけられることになったウソップとチョッパー。その頃、カイドウ、オロチの元にモモの助を捕らえたカン十郎が到着していた。

ビッグ・マムとの戦闘中、クロサイFR-U4号で助けに現れたフランキーとブルック。一方、ウソップとチョッパーは酔っ払ったナンバーズ達の攻撃を受けていた。

激突するマルコとビッグ・マムの炎。マルコの不死鳥の青い炎が、ビッグ・マムの炎を飲み込む。優勢に見えたマルコだが、ビッグ・マムに不意を突かれ拘束される。

ヤマトはおでんの日誌をモモの助に渡し、語りかける。ルフィこそが、おでんの日誌に書かれていた「次の時代を担い、カイドウを討てることができる海賊」だと。(C)尾田栄一郎／集英社・フジテレビ・東映アニメーション

赤鞘達の前に現れたのは、カイドウ城に火を放つオロチ。自分を殺して『新鬼ヶ島計画』を遂行しようとするカイドウへの怒りが、オロチを凶行へと駆り立てた。(C)尾田栄一郎／集英社・フジテレビ・東映アニメーション

サンジは包帯をぐるぐる巻きにされたゾロを背負いながら、モモの助の元へ向かう。城内２階では、ナミが倒れたうるティを見下ろしていた。(C)尾田栄一郎／集英社・フジテレビ・東映アニメーション

火前坊の炎が城全域に広がり、侍たちもカイドウ兵たちも大混乱に陥っていた。悲鳴と怒号があちこちで響く中、金縛りの術をかけあって身動きできなくなっている雷ぞうと福ロクジュの体にも炎が回り始めている。ベビジジーチョッパーはランブルボールによる巨大化からようやく元の姿に戻り、その副作用に驚くと同時に、同じように超回復の薬を使ったゾロを思う。当のゾロは、副作用による瀕死状態でその命は風前の灯。ついには目の前に死神の幻想を見てしまう。深傷を負いながら戦うイゾウはＣＰ０と出くわし、彼らに銃を向ける。

ローとキッドはビッグ・マムの猛攻についにダウン。二人を救おうとするクルーたちはビッグ・マムが放つ電撃で次々に倒れ、虫の息になってしまう。ビッグ・マムはカイドウとルフィの戦いに参戦しようとヘラに乗って上昇するが、ローが技を使って刀を光とともに巨大化させてビッグ・マムに差し向け、空中で顔面を貫通させる。動きを封じられたビッグ・マムはローの「衝撃波動」にダメージを受け、ヘラから地上へ墜落してしまった。髪を逆立ててローとキッドに反撃しようとするビッグ・マムに対し、今度はキッドが大技の「磁気大魔牛」を発動、ビッグ・マムに叩きこむ。ローもキッドもこの時、心は一つ。屋上には決して行かせない。

ついにギア５の境地にたどり着いたルフィはトランポリンをするように、地面からボヨーンと飛び跳ねていた。隙だらけに見えるルフィを、カイドウは一口で飲み込んだが、ルフィはカイドウの体内で大暴れする。滑り台のように急降下したり、駆け回ったり、さらにはゴムゴムの風船で巨大化すると、カイドウの腹はまるでツチノコのように膨れ、空中に浮かび上がる。好き放題暴れたルフィは、カイドウの口から外に飛び出す。外に出てからも、ルフィは超巨大な姿になってゴムゴムの巨人（ギガント）を放ったり、カイドウを縄跳びにして遊んだり、トリッキーな戦いぶりをみせる。しかしついに、カイドウの降三世（こうさんぜ）引奈落（ラグならく）をもろにくらってしまう。

大ダメージを受けたルフィは、巨人状態が解け、白かった髪が黒に戻り、まるで見知らぬ老人のように齢をとった姿になる。激しい消耗を感じるルフィだったが、錦えもんやモモの助、お玉、ペドロの姿が脳裏によぎる。再び独特な心臓のリズムが上がっていき、ギア５となるルフィ。どこまでも楽し気に、ルフィはカイドウに向かって行く。カイドウは、ギア５となり外見も戦い方も大きく変わったルフィに尋ねる。「お前は……誰だ」ルフィは笑って答える。「おれが誰か？　モンキー・D・ルフィ！　お前を超えて海賊王になる男だ！！」

平和を取り戻したワノ国で開かれる盛大なお祭りに参加する麦わらの一味。一方、花の都に迫っていた海軍大将・緑牛を食い止めようと龍体のモモの助が挑んでいた。だが、大自然そのものである緑牛の能力に、モモの助も赤鞘の侍達も成す術がない。同じ頃、ロビンとローは光月スキヤキと共に旧オロチ城の地下へと階段を下っていく。地下深くから外を眺めると、そこには８００年前のワノ国の町が沈んでいた。現在のワノ国は、後から〝藤山〟の中腹に作られたものだと発覚。そして、地下深くにある洞窟に辿り着いたロビンは、赤い石・ロードポーネグリフを発見する。スキヤキ曰く、さらにこの地下深くには、古代兵器〝プルトン〟が眠っているという。つまり、『開国』とは古くに作られた国の防御壁を破壊し、〝古代兵器を解放〟する事を意味するのだ。

そして、緑牛の能力に圧倒されていた赤鞘の侍達。それでもモモの助はヤマトやルフィに頼らず、遂にボロブレスを放ち、自力で緑牛を焼き払う。しかし、緑牛はすぐに再生して、モモの助に迫ろうとする。だが、そこに近海から強烈な覇王色の覇気が襲って来る。その正体は――シャンクス！！　「そんなに恐いか？　『新時代』が！！！」と、緑牛に言い放つ。その驚異的な覇気に降参した緑牛はワノ国を去っていく。その戦いを遠くで見ていたルフィたち。ルフィは、「懐かしい顔が浮かんだ」と笑みを浮かべるのだった。

サニー号を持った巨大ロボから出て来たのがDr.ベガパンクと知り、興奮するフランキー。ウソップとチョッパーは巨大ロボに興奮し、サンジはDr.ベガパンクが美女であることに興奮する。だがロビンは冷静に活動期間と見た目の年齢が合わないと、戦闘態勢に入っていた。Dr,ベガパンクは本体ではなくPUNK-02、ベガパンク・リリスだと告げ、逼迫した研究費を補充する為に金品をよこせと脅迫。断ると巨大なシービースト・ウエポンが姿を現し、さらに脅迫した。するとリリスにベガパンク・シャカから連絡が入り、ゾロとロビンがリリスを瞬殺できると伝えた。逆にゾロの要求により、ナミ達はエッグヘッドへ上陸する。

一方、一足先にエッグヘッドに上陸していたルフィ、ジンベエ、ボニーは洞窟から地上を目指して移動した。そして地上でルフィ達を待っていたのは未来都市！　ここにも巨大ロボがいて、山積みの食べ物もある。ルフィとチョッパーが食べようとして食べ物の山に飛び込むが、すり抜けてしまう。それらは立体映像だったのだ。さらにかわいい女の子の巨大ロボが現れ、ルフィはそれも立体映像と思ってパンチを入れるが、それは実体の伴った巨大ロボで、ルフィは思い切りパンチを食らった。だが吹っ飛んだ先には、食べたい物を何でも出してくれるマシンがあり、ルフィ、チョッパー、ボニーはそのマシンで次々と食べ物を出し、食べまくる。そんなルフィ達を見ながら女の子のロボは「世界に技術が、資金が足りない！」と、怒りを露にする。ジンベエの「お前さん、一体何者なんじゃ？」の問いに女の子のロボはこう答えた。「雇われの…しがない天才科学者、Dr.ベガパンクだ！！」

海軍本部――、そこにいるのは苛立っているサカズキ。エッグヘッドにルフィたちがいることに加え、ＣＰ０まで上陸したという。既にボルサリーノがエッグヘッドに向かってはいるものの、サカズキはＣＰ０とルフィたちを絶対に戦わせてはならない、と部下たちを叱咤する。だが、事態は既に手遅れ。ルフィとルッチは互いに能力を全開にして戦い始めていた。ルフィはギア５を発動。その姿は麦わらの仲間たちの多くが初めて見るもので、真っ白い姿で笑い転げるルフィに全員呆気にとられるばかり。仲間たち以上に興奮したのがベガパンクである。ベガパンクは、その反応に驚くナミたちの前でルフィを「神の姿」と呼び、「解放の戦士」「太陽の神ニカ」と称する。それは歴史から消された名前だというのだ。

悪魔の実は、人が望む「進化の可能性」だ、と力説するベガパンク。可能性ではあるものの、自由に望むままであり続けるとおのずと不自然なものにもなりうる。結果、不自然は自然の母「海」に嫌われる。能力者最大の弱点が海なのは、不自然だからだというのだ。ルッチも触発され、ネコネコの実・モデルレオパルドの覚醒フォルムへと姿を変え、戦闘はさらに熾烈になっていた。そのさなか、戦桃丸登場。セラフィム３体とともにベガパンクの依頼でＣＰ０と対峙するが、ルッチの手銃が戦桃丸を貫いた！