マリンフォード頂上決戦から２年、海賊を休み、覇気を自分のものにする修行を重ねたルフィが、再び麦わら帽子をかぶる。また始まる冒険！　それぞれに成長した麦わらの一味が、シャボンディ諸島に姿を現す。

シャボンディ諸島では、見せかけ…も微妙な子供たちが、麦わらの一味になりすまして大いばり。チョッパーは出会った仲間がニセ者とは分からず着いて行く。ニセルフィにからまれ銃を突きつけられたルフィは、覇気でそれをあしらう。

海底にある魚人島への航行を可能にするコーティングを終えたサニー号。ロビンが行くと、自己改造をさらに進めたフランキーがいた。ソウルキングとなったブルックはライブ中。ニセ者たちの薄情さに、チョッパーはひとり飛び出す！

ニセルフィが、本物とは知らずにルフィたちへ仕返ししようと、募っていた仲間を集める。その数100人！　電伝虫で報告する海兵をカリブーが発見。ルフィはニセ者に着いて、その場に来てしまう。その頃、ブルックのライブ会場に海軍が突入する！

ブルックはシャクヤクが手配した「人生バラ色ライダーズ」のトビウオに乗って、海軍が突入したシャボンドームから脱出。ニセルフィの大集会にも海軍が斬り込み、二体のパシフィスタを連れた戦桃丸が、本物のルフィを見つける！

麦わらの一味に迫る海軍を、レイリー、ペローナ、ハンコック、ヘラクレスン、ハレダス、トリノ王国の鳥・エリザベスたちが妨げる。おかげで一味を残らず乗せたサニー号は、魚人島へ向けて出航！　帆を張り、海底へと進んでいく。

カリブーがニセ麦わらの一味にお仕置きし、戦桃丸は麦わらの一味の成長を海軍本部に報告する。レイリーはルフィの姿に、出会った頃のロジャーを想い出し、涙ぐむ。サニー号ではフランキーが、この船を守り抜いた人物の話を始める。

サニー号を襲ったカリブー海賊団だが、船を引くモームがルフィとサンジを恐れて逃げ出す。一番乗りしたために取り残されたカリブーによると、海獣に船を引かせるのが上級者というものなのだそうだ。そこでルフィは、現れたクラーケンを手なずけようとする！

サニー号の行く手に現れたクラーケンを手なずけようとするルフィは、ギア3で巨大化させた腕を武装色の覇気で硬化させ、ゴムゴムの象銃（エレファント・ガン）を放つ。ブッ飛ばされたクラーケンの中からは、サメのメガロが出てきて…。

バンダー・デッケンのゴースト船「フライングダッチマン号」が出現。サニー号を叩こうとするフライング海賊団の大入道ワダツミを、クラーケンが殴り飛ばす！　ついにルフィが、手なずけるのに成功したのだ。その時、海底火山が噴火を始め…。

魚人島を目前にしたサニー号だが、新魚人海賊団に囲まれてしまう。傘下に入れと言われたのを、キッパリと拒否するルフィ。クー・ド・バーストでサニー号は魚人島へ突入！　ところが、あまりの衝撃に、麦わらの一味は散り散りになってしまう！

崖に上がったナミは、ロビンを抱えたフランキーと合流。ルフィたちはケイミーに助けられ、人魚の入り江に辿り着く。美しい人魚たちに歓迎され、サンジは大喜び！　そこへフカボシら、ネプチューン三兄弟がやってくる。

人魚に興奮して輸血が必要なまでに鼻血を噴き出したサンジに、血液を提供しようとする人魚や魚人はいない。ようやくチョッパーが人間を酒場で見つけ、サンジは一命を取り留める。ケイミーはルフィとウソップを、マダム・シャーリーに紹介する。

麦わらの一味と同様に新魚人海賊団に迫られ、こちらは軍門に降らざるを得なかった蟹手のジャイロ。彼らが隙をみて逃げ出した！　いきりたつムッヒら幹部を制して、新魚人海賊団の船長、ホーディー・ジョーンズが自ら追撃する！

フランキーによって厳重に樽詰めにされていたカリブーを、人魚たちが解放してしまう。ヌマヌマの実の能力に捕らえられてしまった人魚たち。ルフィが魚人島を滅ぼすという予言があるうえ、彼らには行方不明事件の疑いも掛けられている。フカボシ王子が、麦わらの一味を追う！

フライング海賊団の船長バンダー・デッケン九世は、リュウグウ王国国王ネプチューンの娘・しらほし姫に求婚していた。10年も武器を投げつけ続け、今日もバラの絵の入ったオノを贈る。彼女の部屋に迷い込んでいたルフィが、それを逸らす！

シャーリーの未来予知と人魚大量誘拐の濡れ衣は晴れず、リュウグウ王国の兵士は、ネプチューンの招いたナミ、ウソップ、ブルックに槍を向ける！　だが、2年間の修行を経た彼らは強い。先に呼ばれていたゾロも加わり…。

魚人島への突入時に見失ったサニー号を探しに、フランキーは師匠トムの弟であるデンを訪ねていた。失われた船は潮の流れにより、「海の森」に集まるというが…。そこは、ルフィの策でメガロの口に入って飛び出したしらほしが、行きたがっている場所でもあった。

ホーディ率いる新魚人海賊団と、手を組んだデッケンが、竜宮城へと急行する！　その頃、ポーネグリフを求めるロビンは、捕らえようと襲い来るリュウグウ王国の兵士を蹴散らしつつ、お魚バスに乗って海の森へと向かっていた。

「竜宮城」へ乗り込んだホーディたち。すぐにデッケンがしらほしを追い、ネプチューンは嘆く。左腕にアーロンのマークを刻むホーディは、アーロンの意思を継ぐのが「新魚人海賊団」だと宣言！　ゾロたちを海水に沈める。

ルフィは海の森へしらほしを連れ出している途中、サンジとチョッパーに再会。“人魚姫”を見てサンジは石化！　しらほし救出に一途な魚人島の浜人に、ルフィたちは捕らえられてしまう。そこへデッケンが飛来し…！

水中でホーディに一太刀浴びせたゾロを、新魚人海賊団が襲う！　竜宮城を明け渡す覚悟のネプチューンは、「人魚柔術ウルトラマリン」を放って海流を作り、部下たちと共に脱出しようとする。ところが、ホーディがそうはさせず…。

竜宮城へ乗り込む前にホーディと別れて各地へ散った新魚人海賊団の幹部たちが、同時に行動を開始していた。その一部と対峙したフカボシは、怒りを爆発させる。彼の亡き母の写真が、魚人島の民への踏み絵として使われていたからだ。

海の森にたどり着いたルフィ、ナミ、サンジ、チョッパー、フランキーに、ジンベエがある人物について語る。魚人と人間との間に横たわる歴史を変えようと立ち上がった、二人の物語だ。二人の名は、「愛の人」オトヒメ王妃と、フィッシャー・タイガーといった…。

海の森で、ジンベエがルフィ、ナミ、サンジ、チョッパー、フランキーに語る二人の物語…。天竜人が住むマリージョアを襲撃したタイガーは、「タイヨウの海賊団」を結成した。その船に、人間の少女・コアラが乗船する。

深海熱に効くという「海鮮の実」を食べたチョッパーだが、完治していなかった！　海鮮の実は、四季ごとの伝説の食材と一緒に食べて、初めてその効果を発揮するというのだ。ルフィたちはトリコたちと一緒に、四季の食材が実るという中華島にある塔内に潜入する。

コアラを故郷へ送り届けるタイヨウの海賊団の航海は、魚人達と少女の楽しい想い出となって積み重なっていく。数週間後、目的のフールシャウト島に到着。コアラを村へ送ったタイガーは、その帰り、海兵に取り囲まれて撃たれてしまう。

タイガーは出血多量で命を落とした。人間を受け入れようと努めたものの、人間からの仕打ちが刻まれた体と心の痛みが、人間の血を拒絶したのだ。恨みを抱いたままフールシャウト島へ飛び出すアーロンは、黄猿と呼ばれる以前のボルサリーノに捕まる。

ジンベエが世界政府の申し出を受け王下七武海に加入したため、タイヨウの海賊団のうち、彼の意をくんだ者たちは魚人島へと戻ることができた。そんな時、魚人を魚類と言い捨てる天竜人の乗った難破船が、魚人島に流れ着く。

魚人島に流れ着いた天竜人を助け、地上へ帰す際に同行したオトヒメが、一週間後、無事に戻ってきた。しかも、魚人族の地上への移住を後押しする、天竜人の書状を持って。移住の意思を示す魚人島の民の署名は、爆発的に集まっていく。

突然、署名が燃え、オトヒメは撃たれて絶命した。軍の兵士であったホーディが、狙撃犯であろう海賊を仕留め、人間の仕業であったと公表する。こみ上げる怒りの収まらないネプチューンは、鎮まるまで「硬殻塔」に自ら入ることに。

新魚人海賊団の幹部達が、各地でオトヒメの写真を踏み絵にして迫る中、竜宮城からホーディが演説を始める。リュウグウ王国の新しい王になると宣言したのだ！　そしてホーディは、ゾロ、ウソップ、ブルックを捕らえているのを見せる！

水責めを受けるゾロ、ウソップ、ブルック。ブルックは２年の間に出来るようになった霊魂になって体から抜け出る技で、竜宮城内へ。海の森では、ゾロたちを助けに行こうとするルフィと、止めようとするジンベエが激突する！

ホーディは捕らえたネプチューンを海獣に乗せて、処刑の場として宣告したギョンコルド広場へと向かう。息巻く新魚人海賊団の幹部・ダルマ、ドスン、ヒョウゾウ、ゼオ、イカロスも、招集を受け、暴れていた各地から広場を目指す。

ホーディが起こした暴挙を嘆く左大臣。しらほしに失恋したデッケンは、全部まとめてぶっ潰す策を思いつく。ホーディが広場に着くと、ネプチューン軍が銃口を向け、彼が来るのを待ち受けていた！

メガロに乗って海の森を出たしらほしとジンベエだったが、ネプチューンを模した風船の罠に掛かり、捕まってしまう。広場ではネプチューンだけでなく、返り討ちにされたフカボシら三兄弟も縛り上げられ、もはや万事休すの状態に陥っていた！

10年前、ここギョンコルド広場でオトヒメを撃ったのは自分だと、ホーディは言い放つ。そのことを、しらほしは何と知っていたと言う。真相を見ていたメガロが伝えたのだ。犯人を憎んではいけないというオトヒメの願いを、しらほしは守り抜いていた。

しらほしもジンベエも捕らえられてしまった。そしてホーディがネプチューンの命を奪おうとした時、ルフィが現れて強烈な蹴りを食らわせた！　サニー号と共に、麦わらの一味も勢揃い。海の森でジンベエがルフィに話した作戦通りだ！

10万人いる新魚人海賊団の半分を倒したルフィ。残る5万人には、ゴムゴムの巨人の銃（ギガントピストル）を放つ！　サンジ、ゾロ、ロビン、ブルック、チョッパー、ウソップ、ナミ、フランキーも戦闘を開始する！

麦わらの一味は、次々と新魚人海賊団を蹴散らして数を減らしていく。フランキーは、ナミとウソップとチョッパーを、サニー号の「ソルジャードックシステム」に呼ぶ。そのチャンネル4と5に、新兵器があるというのだ！

新兵器のクロサイFR-U4号とブラキオタンク5号は、敵のまっただ中を驀進！　しかし、ダルマが掘った「ダルマ落とし」に沈んでしまう。フランキーは二台を合体させ、夢の合体ロボ「フランキー将軍」を完成させる。

覇気を使いこなすルフィが、ホーディを圧倒。だが、数百年前に魚人島民が造った方舟ノアが、魚人島に接近中。竜宮城をも上回る超巨大な舟がこれ以上迫れば、包み込むシャボンが割れ、島ごと砕けてしまう！

デッケンがマトマトの実の能力でしらほしへノアを飛ばしたと明かし、彼女は魚人島から出来る限り離れようと泳ぐ。島から遠ざかる舟にホーディがしがみつく。しらほしを守ると約束したルフィも、サンジに飛ばしてもらってノアへ！

出来る限り遠くへと海上へ上るしらほし。彼女を追うノアの上で、ホーディがデッケンを刺す！　全速力の人魚にもホーディは追いつき、しらほしの髪を掴まえる。すると、ルフィがフカボシの背に乗って現れ、ゴムゴムの蛇銃（スネークショット）を放つ！

魚人島では、サンジがワダツミと激突！　ナミを襲うゼオとイカロスを、ブルックとフランキーが阻む。ウソップとチョッパーのコンビは、ダルマとドスンを返り討ちに。ゾロとヒョウゾウも火花を散らし、大乱戦が巻き起こる！

ホーディに攻撃されたデッケンが気を失い、ノアを動かしていたマトマトの実の能力が解ける。海上へ上るしらほしを追うのを止めた舟は、魚人島へと落ちていく。そのノアを壊そうとするルフィを、フカボシが止める。

ノアの落下前、魚人島では、ワダツミが巨体をさらに膨らませてサンジを威嚇。ロビンはジンベエの提案で、新魚人海賊団の手下になっている人間の海賊たちを解放していた。そこに、落下が知らされる！

人間を恨むホーディ自身は、人間から直接何かされたわけではなかった。大海賊時代を迎えた人間たちが暴れ回った魚人島で生まれ育ち、アーロンの影響を受ける中でタイガーの死を知り、人間への敵意を増幅させていったのだ。

魚人島では、ブルックがゼオと対決。頭を切り離されても魂（チャマスィー）がある限り死ぬことはなく、しかも手長族に研いでもらった魂の喪剣（ソウルソリッド）がある！　ウソップもダルマに対して、次々と攻撃を仕掛ける！

ゴムゴムの火拳銃を食らっても立つホーディは、ギア２をしのぐスピードでルフィに迫り、ゴムゴムのジェットバズーカをも受け止める。2発目の火拳銃はもう効かない。ホーディはルフィにさえ止められないのか…！

麦わらの一味が必殺技で吹っ飛ばした新魚人海賊団の幹部たちが、次々と降ってくる。圧倒的な勝利にほっとする魚人島だが、ノアが落ちてきて崩壊間近に！　ルフィは舟を破壊しようと、拳を叩き込み続ける！

ルフィが破壊する前にノアの落下を止め、魚人島を救うことになった海王類。彼らはしらほしに、しらほしこそ自分たちの王であると語る。ノアを海の森へと運ぶ海王類は、ルフィの姿にロジャーを重ねて回想に浸る。

新魚人海賊団の10万人を、ネプチューンは罰しようとはしなかった。人間の海賊は解放し、魚人の海賊は魚人島へと招く。目の届かない魚人街は完全に封鎖。その頃、麦わらの一味はサニー号に乗って既に逃げていた。

麦わらの一味に感謝する宴が竜宮城で催される中、ロビンに聞かれたネプチューンは、しらほしこそ三つある古代兵器の一つ「ポセイドン」であることを認める。一方、ジンベエは、赤犬と青キジが決闘していたことをルフィに話す。

しらほしを襲ったカリブーが盗んでいた竜宮城の財宝を、ルフィたちが回収する。出くわしたのは、協定によってお菓子を取りに来た、ビッグ・マム海賊団のペコムズとタマゴ男爵。ビッグ・マムは「四皇」の一人なのだ。

ジンベエはネプチューンに、現在ビッグ・マム傘下にいる「タイヨウの海賊団」を、引き離そうと思っていると明かす。ネプチューンは、そのうち麦わらの一味に魚人島を守ってもらえたらと微笑む。

麦わらの一味の出航が迫っていた。シャーリーが水晶玉で見た「麦わらの一味が魚人島を滅ぼす」という占いは、外れたとは限らない。もっと先のことかもしれないからだ…。港にはしらほしをはじめ、別れを惜しむ者たちが大勢詰めかけている。

サニー号はグランドライン後半の海・新世界へ向けて上昇していく。順調すぎる航海の中、ナミはゆっくりと入浴。ルフィとウソップは釣りを始める。すると突然、巨大な白い渦巻きが海底に現れ、サニー号を飲み込んでいく！