En la época Edo, se celebra un festival a los pies de un cerezo milenario. Pero este desaparece una noche y culpan al detective Luffy, cuando en realidad ha sido Foxy quién lo ha robado.

Los buques de La Marina han llegado a los alrededores de Enies Lobby y empiezan a bombardear la isla. Rucchi inunda entonces el túnel por el que deben pasar Zoro, Nami, Sogeking y Sanji. Luffy, que ha visto como el Gia Sekando no ha sido suficiente para derrotar a Rucchi, muestra otra técnica más destructiva aún, el Gia Sado.

Rob Rucchi ha recibido de lleno el Gia Sado de Luffy y cae en un buque de La Marina, donde continua la batalla entre ellos. El vicealmirante Doberman cuenta la historia de como Rucchi se convirtió en el brazo ejecutor de la justicia del Gobierno Mundial.

Sobre el Puente de la Vacilación continúa la lucha de Franky y Robin contra La Marina, mientras que el resto de la banda sigue corriendo por el túnel para llegar allí sin saber que éste se está inundando. La Buster Call continúa destrozando Enies Lobby y tanto la familia Franky como los carpinteros de la Galley-La están en apuros en la ciudad.

La banda se salva de morir ahogada gracias a la actuación de Kokoro que resulta ser una sirena de la isla Gyojin. Franky, que ve como su familia ha sido aniquilada por la Buster Call en Enies Lobby, apremia a Luffy para que termine su lucha y se una a ellos lo antes posible, para así escapar en un barco de La Marina que han robado.

Desde los buques de La Marina que rodean el Puente de la Vacilación llegan marines cada vez más fuertes que ponen en apuros a la banda sobre el puente mientras esperan a su capitán. Luffy, que ha activado de nuevo el Gia Sekando, se promete derrotar a Rucchi antes de salir de este estado.

Luffy cae víctima del ataque más poderoso de Rucchi, el Rokuougan, tras lo cual Sogeking se quita la máscara y reta a Rucchi desde el Puente de la Vacilación. Luffy, al ver de nuevo a Usopp que le pide que derrote a Rucchi cueste lo que cueste, consigue fuerzas para volver a levantarse y lanzar un último ataque contra su rival.

Tras emplear toda su fuerza en derrotar a Rob Rucchi, Luffy queda tendido en el suelo sin poder moverse. La Marina, al saber de la derrota de Rucchi, decide destruir el Puente de la Vacilación para así acabar con la banda de Sombrero de Paja, pero alguien inesperado llega desde el mar para darles una última oportunidad de sobrevivir.

El Going Merry ha aparecido bajo el Puente de la Vacilación justo a tiempo de salvar a la banda. Gracias a Sanji, que ha cerrado la Puerta de la Justicia, La Marina es incapaz de perseguir a los Sombrero de Paja y consiguen huir de allí. Por otra parte, la familia Franky y la Galley-La también están a salvo en el Umi Ressha y se dirigen a Water 7.

El Going Merry exhala su último aliento. Tras salvar a los Sombrero de Paja la quilla del barco se parte y la tripulación, sobre un barco de Galley-La Company, le otorga un emocionante funeral al que ha sido su barco desde el inicio de su viaje en el East Blue.

Han pasado unos días desde la batalla y mientras la banda disfruta de un merecido descanso en Water 7, un barco de La Marina llega a la ciudad y su tripulación, comandada por el vicealmirante Garp, se dirige hacia donde la banda del Sombrero de Paja descansa. Por otra parte, Usopp busca la manera de regresar a la banda.

El vicealmirante Garp ha resultado ser el abuelo de Luffy y trae consigo a dos viejos amigos de éste que ahora son parte de La Marina. También revela la identidad del padre de Luffy, Monkey D. Dragon , líder del ejército revolucionario y el criminal más buscado del mundo.

Luffy tiene una conversación con Coby y Helmeppo, que ahora viajan a bordo del buque de Garp. Se revela la existencia del Nuevo Mundo, que es como se conoce a los mares que hay en la segunda mitad de la Grand Line. Garp, como favor especial, decide no arrestar a Luffy por esta vez y La Marina se marcha. Tras esto, se celebra una gran fiesta en la ciudad en honor a la victoria de los Sombrero de Paja en Enies Lobby.

Pese a los esfuerzos del Gobierno Mundial por evitarlo, Shanks se reune con Shirohige con la intención de pedirle que evite a toda costa un enfrentamiento entre Ace y Kurohige. Tras la fiesta en Water 7, Franky se propone construir a los Sombrero de Paja un barco con el que podrán completar su aventura y Galley-La Company se ofrece a ayudarle.

Mientras Luffy y Chopper pasean por la parte baja de la ciudad de Water 7, la más perjudicada por el Aqua Laguna, conocen a una chica que busca al yagara de su familia que desapareció durante la tormenta. Ambos deciden ayudarla a encontrarlo.

Mientras Zoro busca en la ciudad a alguien que pueda reparar su espada destrozada en la batalla de Enies Lobby, conoce a una mujer que se encarga de un horfanato ella sola y consigue que Zoro la ayude en las tareas domésticas.

Mientras Sanji hace unas compras acompañado por Chimney, conoce a un viejo cocinero que prepara unos platos magníficos. Sanji quiere saber qué ingrediente secreto usa para conseguir este sabor pero el anciano se niega a decírselo.

Usopp sigue practicando la mejor manera de volver a la banda de Luffy mientras que Franky y los capataces de la Galley-La dan los últimos retoques al nuevo barco que están construyendo. Al día siguiente la familia Franky acude al refugio donde están los Sombrero de Paja y llevan consigo las nuevas recompensas que ofrecen por la banda.

Antes de que la banda acuda a ver terminado su nuevo barco, la familia Franky pide a Luffy que se lleve a su jefe al mar por la alta recompensa que ofrecen por su cabeza y el peligro que correría si se queda en Water 7. Luffy acepta llevarse a Franky, pero éste no tiene ninguna intención de abandonar la ciudad. Los Sombrero de Paja quedan maravillados al ver su nuevo barco terminado.

Tras conseguir que Franky llegue hasta el nuevo barco de los Sombrero de Paja, éste rechaza de primeras la oferta de Luffy de unirse a la banda, pero gracias a la actuación de Nico Robin cambia de idea. Franky se despide así de su familia en Water 7 y se prepara para ver cumplir su sueño, navegar a bordo del mejor barco que haya construido jamás.

El vicealmirante Garp ha regresado a Water 7 y esta vez tiene la intención de capturar a su nieto. Mientras, la banda de Luffy espera a que Usopp se disculpe para así volverlo a aceptar en la banda, pero Garp se les echa encima y no pueden esperar más tiempo en huir de la ciudad.

En el último momento Usopp pide perdón a la banda y Luffy le acepta de nuevo en su tripulación, tras esto ponen todo su empeño en escapar de los ataques del vicealmirante Garp, que quiere hundir el nuevo barco de los Sombrero de Paja, bautizado por Iceburg como Thousand Sunny. Mientras tanto, las nuevas recompensas de la banda dan la vuelta al mundo.

Portgas D. Ace ha encontrado por fin a Kurohige en la isla Banaro y se enfrenta a él y a su banda. Kurohige revela su habilidad, con la cual es capaz de controlar la oscuridad y anular los poderes de las Frutas del Diablo. El resultado de esta batalla entre los dos piratas será de una gran transcendencia en el futuro.

Tras salir de Water 7, los Sombrero de Paja se encuentran un barco sin bandera a la deriva y ofrecen comida a sus tripulantes. Pero éstos se quieren aprovechar de la buena fe de la tripulación para robarles mientras duermen.

Tras detener la rebelión de las personas a las que habían ayudado en el Thousand Sunny, los Sombrero de Paja se encuentran rodeados inexplicablemente por buques de La Marina. Franky activa el sistema de super velocidad del barco y consiguen huir de allí para acabar en una isla de invierno completamente helada.

Debido a los extraños movimientos de los icebergs que rodean la isla, la tripulación acaba separándose. Luffy y Chopper están en el barco del pirata Puzzle al que el reno intenta curar de sus heridas. Zoro se pierde en el hielo, y el resto de la banda, que sigue en el Thousand Sunny, ve como un extraño pájaro se lleva la bandera pirata de los Sombrero de Paja.

En el Thousand Sunny acuerdan recuperar la bandera antes de que Luffy se entere de que ha sido robada, pero son atacados por la familia Achino, que se dedica a asaltar barcos piratas y robarles la bandera. Mientras el Thousand Sunny queda bloqueado por unos icebergs, Luffy se enfrenta a otro miembro de la familia Achino que ya parece conocer a Puzzle de otro encuentro.

La banda de Sombrero de Paja se encuentra luchando por separado con diferentes miembros de la familia Achino. Luffy y Puzzle capturan a su enemigo pero el resto de la banda está teniendo problemas en sus enfrentamientos.

Sanji y Usopp han sido capturados por dos miembros de la familia Achino, mientras que Robin acompaña a la hermana pequeña de la familia a su mansión. Luffy y Puzzle deben enfrentarse ahora a los dos hermanos Achino que tienen un extraño poder magnético. Mientras, Zoro se encuentra con el padre de la familia, Don Achino.

Franky, Nami y Zoro son también capturados en la mansión de la familia Achino, pero gracias a la ayuda de Robin consiguen escapar. Don muestra su habilidad con la que puede calentar su cuerpo y derretir cualquier cosa. Después de que los hermanos Brindo y Kanpachino se fueran, Luffy y Chopper, seguidos de los piratas de Puzzle, se dirigen a la mansión Achino para enfrentarse a ellos.

Los Sombrero de Paja se enfrentan de nuevo a la familia Achino en el exterior de la mansión en diferentes batallas y uno tras otro derrotan a sus rivales. Mientras, Robin es capturada por la hija pequeña de la familia y Don Achino se despierta.

Don Achino, enfurecido por la derrota de su familia, se enfrenta a Luffy utilizando su habilidad para evitar que Luffy pueda golpearle y lanzar ataques. Mientras, el resto de la banda intenta recuperar la bandera del barco antes de que Luffy termine su batalla.

Luffy se enfrenta a Don Achino utilizando el Gia Sekando y consigue derrotarle después de una dura batalla que hace derretir la isla de hielo. La banda recupera la bandera de Sombrero de Paja justo antes de que Luffy regrese al barco y se despiden de los piratas de Puzzle.

Chopperman se enfrentará al Doctor Usodabada, que ha ido a una emisora de televisión a reclutar soldados para su ejército a cambio de un raro juguete. Será una batalla muy dura para el héroe de la ciudad.