航海を続ける麦わらの一味は食材豊かな島を発見する。上陸したルフィたちは木の実を取りに、ナミは測量へと向かう。そして船番を任されたチョッパーは、Dr.くれはのことを思い出していた。チョッパーの初めての患者は、熱病に冒されたくれはだったのだ。

ひょんな事から上質な紙を手に入れたルフィたち。ナミは喜び、これまでの航海を地図にしようと一人で船室へ。一方、甲板の掃除を始めた他のメンバーだったが、ゾロとサンジがケンカになり、ルフィたちは遊んで大はしゃぎする始末。あまりの騒々しさに、遂にナミの怒りが爆発する！

海軍の見習いコック・タジオを助けたルフィたち。彼の夢はオールブルーへ行く事。しかし昼までに美味いカレーを作らなくては船を降ろされてしまうという。自分と同じ夢を持つタジオのため、サンジはルフィと共に海軍船へ潜入。邪魔するフリをしながらもタジオの手助けをする。ところが、ルフィが海軍に見つかってしまい…。

ルフィたちが次に上陸したのは、花火大会で有名な島だった。ウソップは火薬を分けて貰おうと、花火職人の大玉を訪ね、その孫の小玉と出会う。小玉の夢は、両親の夢でもあった二百号玉の打ち上げ。しかし二百号玉は未完成の危険な花火だった。大玉に止められ、小玉は飛び出していってしまう。

時は遡って、ゾロがまだ麦わら海賊団に入る前のお話…。賞金稼ぎとして生きるヨサクとジョニーは、小さな町でゾロに出会った。世界一の剣豪を目指して修行するゾロの姿に、二人は幼い頃の夢を思い出していた。そんな折、町はずれに賞金首・山賊ディックが現れた。人々を守るため、二人はディックに戦いを挑んだ。

濃霧の先で見つけた島に上陸した麦わら一行に、島ヤギの大群が襲いかかる。群れを率いているのは海賊嫌いで小心者の爺さん・ゼニィ。ゼニィを驚かせて気絶させてしまったルフィたちは、お詫びとして彼の身の回りの世話をするハメに。皆が雑用に追われる中、食料を探しに出かけたゾロは…。

若かりし頃のゼニィは海賊相手の金貸しだった。稼いだお金で海に出て、海賊王になる。それがゼニィの夢だったのだ。しかし無人島に一人で流れ着き、海に出られないまま歳を取りすぎてしまった。夢を諦めたゼニィに、歳なんて関係ないとルフィは言う。そこへゼニィの財宝を狙う海軍が現れる。

ゼニィ海賊団、出撃！　山の上から駆け下りた海賊船で、ついにゼニィが島ヤギの群れと共に海へ出た！　長年の夢だった海賊として、海軍を相手に大活躍。しかし、あと一歩まで追いつめたところで、病んでいたゼニィの心臓が発作を起こしてしまった。海兵の剣先が、倒れ伏したゼニィの喉元に突きつけられ…。

パスクア少佐率いる海軍の追手を振り切って、ルルカ島へと辿り着いた麦わら海賊団。そこは、何にでも税金を課すウエットン市長が支配する島だった。税金を無視して上陸したルフィたちは、町で虹色の霧を研究する科学者ヘンゾ博士と出会う。時を同じくして、島の港に無人のガレオン船が流れ着いていた。

虹色の霧の向こうには、船の墓場・エイプスコンサートが広がっていた。おまけに不気味な雰囲気の中から現れたのは、なんと幽霊！　しかしルフィが倒してみると、幽霊の正体は5人の子どもたちだった。その姿にヘンゾは驚く。彼らこそ50年前に行方不明になり、今までずっとヘンゾが探し続けていた仲間たちだったのだ。

エイプスコンサートは、どちらへ進んでも元の場所へ戻ってしまう迷路の空間。このままでは永遠にさまよい続けることになってしまう。虹色の霧からの脱出方法を求めて、ルフィたちはパンプキン海賊団と合流することに。だが、リーダーのラバ・ヌイは50年という時の流れを認められず…。

ウソップのお陰で誤解が解け、ヘンゾとラパ・ヌイは涙と共に握手を交わそうとする。だがその瞬間、エイプスコンサートを飛び回っていたルフィがラパ・ヌイと衝突。そのまま二人は空間の狭間へと消えてしまった。一方、外の空間ではナミたちがルフィらの救出作戦を進めていた。しかし、ウエットンの魔の手が迫り…。

レインボータワーを起動させ、エイプスコンサートから財宝を運び出すウエットン。その前に、怒りのルフィが立ちふさがった。追いつめられたウエットンは逃げだし、タワーを爆破させてしまう。その衝撃は空間のバランスを乱し、エイプスコンサートの崩壊を招くのだった。ルフィたちは無事に脱出できるのか!?(