ゴーイングルフィセンパイ号で一路、ゾウへと向かったルフィたちだったが、突如、出現した謎の島、シルバーマインの襲撃を受ける。仲間たちから引き離されたルフィとバルトロメオは二人だけで光り輝く島へと乗り込んだ！

要塞からの脱出を図ったルフィとバルトロメオだったが、デザイアの攻撃で地下へと落下してしまった。脱出しようにもバトルボートは壊れて外への連絡はできない。見れば、いるところにレールが敷かれており、海賊連合のメンバーのデザイアすら、こんな場所は知らないという。まもなく汽笛の音を響かせながら、トロッコ人間アベロンが接近する。ルフィの命を狙うが、機転を利かせたバルトロメオに邪魔される。たが、すぐさまレールを切り替え、デザイアもろとも、ルフィたちの命を奪おうと攻撃を仕掛けてくる。

地下坑道でアベロンを倒したルフィは、海賊たちから鉱石を地上へ送り出す道を教えてもらう。ビルやペセタを怖れるあまり、一緒に逃げようとしない海賊たちだが、デザイアから残っても無事ではすまないと説得されルフィの後に続く。しかし、待ち構えていたペセタの砲撃で陸橋は崩壊、ルフィたちは空中へ投げ出される。姿を現したペセタは攻撃がビルの命令であることを認め、海賊たちも一緒に始末しようとしたことを明かす。その勝手な言い草に怒ったバルトロメオはバリアで攻撃、さらに地上までバリアの階段を作った。

アベロンに続きペセタが敗れ、業を煮やしたビルは自ら相手をしようとルフィたちの前に姿を現した。海賊たちを利用して集めさせた財宝や懸賞金で、世界一贅沢な暮らしをするとうそぶくビル。さらにビルは、けじめをつけるというデザイアをバカにして、かかってこいと挑発する。捨て身で向かっていこうとするデザイアだが、それより早くルフィがビルを攻撃した。体内で刀や斧を作り出し襲いかかるビルだが、覇気を纏わせた拳、足でへし折られ蹴りとばされながら、流石は5億の男だとルフィの実力を認める。

シルバーマインでの戦いに勝利し、再びサンジたちの待つ「ゾウ」を目指すルフィたち。深い霧と逆巻く海流に難航しながら、ついに「ゾウ」へ到着した。かつて、いにしえの都とうたわれ、ミンク族の支配する幻の島「ゾウ」でルフィたちの新たな冒険が始まる！

ついに幻の島、ゾウへ到着したルフィたちは停泊中のサニー号を発見するが、呼びかけに返事はなく船内には誰の姿も見当たらない。一足先に上陸したのではないかと後を追う。そのころコアラから各地の反乱軍の勝利と、武器製造の黒幕が割り出せるかもしれないとの報告を受けたドラゴンはCPの動きに気をつけるよう言うと、世界各地に散らばるリーダーたちを集めるように指示をする。一方、反乱軍の船に忍び込んでドレスローザを脱出したバージェスは、密かにラフィットたちに総本部を突き止めたと連絡していた。

昇り龍の背に乗り、ゾウの頂上を目指すルフィたちの頭上に落下する謎の物体。パニック状態になりながら、どうにか昇り切ることに成功する。見たこともない光景に大興奮のルフィたちの前に出現したのははたして敵か味方か？！

上陸早々、戦獣民族ミンク族の襲撃を受けた麦わらの一味。その俊敏さと攻撃力におどろくも、割って入った新たなミンク族により事態は急変する。どうやら何か起きたらしく、この場を離れるというのだ。ミンク族たちに血相を変え、ナミの服を着ていた理由を問い詰めるウソップ。だが、答えてもらえず、右腹の森で自分たちを待てと指示される。仲間の死体があると聞き、おどろく麦わらの一味。そのころ、仲間たちと離れ、くじらの森を進んでいたルフィの前に巨大なミンク族が二人現れ、有無を言わさず襲いかかってきた。

不気味な地響きに続き、噴火雨が地上へと降り注いだ。ワンダたちと共に脱出しようとしたルフィだが、押し寄せる水に流されてしまい、鮫に食べられそうなところをキャロットに救われる。一方、街を調べていた麦わらの一味も噴火雨に遭遇、ロビンの指示で急いで高い所へ避難する。そのころ、りゅうのすけから転落した錦えもんたちは、あらたにカン十郎が出したねこざえもんに乗り、ルフィたちの後を追っていた。だが、噴火雨により押し寄せる大量の水を前に、このままではねこざえもんが溶けてしまうとパニックになる。

噴火雨をやりすごし、ルフィたちの後を追う錦えもんたち。しかし、水に濡れて変わり果てたねこざえもんに無理はさせられず、サニー号へ戻る。一方、ルフィたちはミンク族の歓迎を受けていた。親しげにじゃれるミンクたちに面食らうゾロに、ワンダはミンクシップは友好の証で、大目に見てほしいと頼む。その歓待ぶりに何故かとたずねるウソップに、キャロットは麦わらの一味は恩人だと教える。そこへ現れたブルックは、再会を喜ぶのもそこそこに、サンジのことで詫びると、ルフィたちに話があると切り出した。

ルフィたちと別れて一人、くじらの森へ向かったローは、足止めされていたベポや仲間たちから歓声と共に出迎えられていた。一方、公爵の療養所へ向かっていたルフィたちに、ワンダはこの国を襲った恐るべき事件の真相を語る。かつて、モコモ公国はクラウ都を中心に栄え、ミンクたちが平和に暮らしていた。しかし、その平和も17日前、鳴るはずのない敵襲の鐘によって破られた。力づくで門を押し破ったジャックひきいる海賊たちはさらに森を切り裂き、建物を破壊し、地響きを上げてクラウ都へ進軍してきたのだった。

ブルックに忠告されたのに、うっかり口をすべらせるルフィ。疑いの目を向けられ、必死になったナミとブルックは聞き違いだとワンダを納得させて胸をなでおろす。療養所まであとわずかと迫った所で、ミンクたちに檄を飛ばし叱責する銃士隊の隊長、シシリアンと出会う。ワンダからルフィたちを紹介されたシシリアンは地面にひれ伏すと国を救われた礼を言い、全力のガルチューでルフィを辟易させる。侯爵の元へ案内されたルフィたちは意識を取り戻したこの国の王、イヌアラシ公爵と対面を果たし、その巨体におどろく。

剣を捨て、戦う意志がないことを示したイヌアラシ公爵だが、はなから聞く耳を持たないジャックには通用しない。侍を捜すなら国中を捜せばいい、その代わりこれ以上の破壊をやめてほしい。対話による解決を願うイヌアラシ公爵をあざ笑うかのように、ジャックは巨大な鼻でイヌアラシ公爵を攻撃した。だが、片手でジャックの鼻を止めるイヌアラシ公爵。その強さにギフターズたちも動揺する。再度、ジャックに語りかけるイヌアラシ公爵だが、自分は破壊が好きなのだと言うジャックに、もはや戦いを避けられないと覚悟する。

イヌアラシ公爵に代わりジャックの相手を買って出たネコマムシの旦那。その後に続いた侠客団、そしてベポたちもギフターズを相手に善戦する。昼夜途切れることなく戦いは5日間続き、一時は優勢に立ったミンクたちだったが、二人の王の力をもってしてもジャックを倒すことはできない。さらに海からは続々とジャックの兵が上陸、クラウ都への侵入を許してしまう。決着がつかず、しびれをきらしたジャックが毒ガス兵器を使用したと聞いておどろくルフィ。チョッパーはこの国を滅ぼしたのはシーザーの毒ガス兵器だと告げる。

毒ガスにより滅亡寸前のミンク族を助けようとするサンジたちだが、解毒剤を作ろうにもガスの成分がわからない。だが、ガスを作ったのはシーザーで、48時間で命を落としてしまうことがわかった。悪びれることなく、あと24時間は持たないと言うシーザー。サンジは心臓を盾にシーザーに協力するよう命令、不本意ながらシーザーも従う。やがてナミの悲鳴を聞いたサンジはシーザーに毒ガスを消すよう言い残し、声のする場所へ急いだ。そして、戦闘中のブルックに加勢、シープスヘッドを川へ蹴り飛ばす。逃げ出す部下たち。

ネコマムシの旦那に会おうとクジラの森へ向かったルフィたち。その道すがら、ブルックは2日前に起きたサンジ失踪について語り始めた。ルフィたちと別れ、敵を引き離してゾウへ上陸したと思っていたぐるわらの一味。しかし、実は目的地を聞かれ、ゾウ出身のペコムズの手引きでビッグマム海賊団もゾウへやって来た。ビッグマムの指令で、ベッジと上陸したペコムズは変わり果てた故郷におどろく。周囲を駆けずり回って家族や仲間たちを捜すが誰も見つからず、この惨状は麦わらの一味の仕業に違いないと怒りの咆哮を上げる。

ベッジの凶弾に倒れたぺコムズを前に怒りをあらわにするサンジとブルック。しかし、ベッジの体内から飛び出してきた部下たちに囲まれてしまう。ベッジは自分がシロシロの実の能力者、城人間だと明かすと、自分も超新星と呼ばれた一人だと話し、ここで争えばミンクたちが加勢し自分たちが不利になるから、騒ぎを起こす気はないと余裕を見せる。もとよりミンクたちを巻き込むつもりはなく、反撃しようとするサンジたちだったが、様子を見に来ていたナミとチョッパーを人質にとられ、手も足も出せなくなってしまう。

ヴィトのささやきに態度を一変したサンジは、どうやって調べたのかとベッジに迫る。しかし、四皇の一人であるビッグ・マムの持つ強大な力とその言葉に脅しはなく、誰の傘下にもつかず生きていたいなら逆らうなと忠告される。意を決したサンジはベッジに紙とペンを要求、ルフィたちに当てた手紙をナミに託し、これだけは信じてほしいと言って、仲間に隠し事をしたつもりはなく、過去にけりをつけてくると告げた。そして、話を続けるふりをして、仲間たちをベッジの体内から逃がし、シーザーを人質にとる。

ぺコムズが瀕死の重傷を負ったのは、恩義を返すため自分たちを見逃したからだと容態を心配するブルック。サンジの行方を捜す手がかりは、ビッグ・マム海賊団であるぺコムズ以外にないが、話を聞ける状態なのかと不安がるウソップ。やがて暗闇にまぎれて、無数の羽音と共に巨大な吸血バチ、スッチーの群れが襲ってきた。ワンダとキャロットはワーニーを走らせ、急いで逃げ出そうとする。毛のないミンクが刺されれば、たちまち血を吸い尽くされるからだ。あわてたウソップはスッチー目がけ火薬星を放った。

サンジを人殺しの一族だと言い放ったぺコムズに、そんなことはどうでもいいと言い、結婚は構わないがビッグ・マムの子分になるのは嫌だ、お前らが俺の下につけと言い放ったルフィ。恩人とはいえ、口を謹めとルフィをにらみつけたぺコムズは、どのみち結婚からは逃げられない、もしもお茶会の招待を断れば、恥をかかせた代償として恐るべきプレゼントが届くと告げた。その中身はサンジにとってゆかりのある大切な人間、たとえば麦わらの一味や海上レストラン・バラティエ、カマバッカ王国の誰かの首だというのだ。

錦えもんたちを止めることに失敗、ミンク族に会わせるわけにいかないと、後を追うフランキーたち。一方、侍が来たという鐘の音で国中が大騒ぎとなっていた。イヌアラシは砦の動ける者すべてに出動を命じ、自らも都へ向かう。すでにくじらの森からもネコマムシが侠客団と共に出撃していた。そのころバリエテを見失った錦えもんたちはモモの助と再会、互いの無事を喜びあう。なぜ一人なのかと聞かれたモモの助は、ゾウに入ってから心が落ち着かず寝込んでいたと明かし、部屋に誰もいなかったので捜しに来たと説明する。

重傷を負いながらも海軍の目から逃れたジャックだが、自分の死亡記事に怒り、手下たちに船を早く進めろと命令する。一方、錦えもんはミンク族たちに雷ぞうを匿ってもらった礼をいい、光月家の家臣の証である背中の家紋を見せた。イヌアラシ公爵とネコマムシの旦那にも同じものがあると聞いたルフィたちは、ミンク族と光月家に深いつながりがあるのだと納得する。しかし、収まったかに見えたイヌアラシとネコマムシのいがみ合いも、錦えもんとの会話に割り込んだことをきっかけに再び、険悪なムードになってしまう。

念願の忍者、雷ぞうとの対面を果たしたものの、あまりにもイメージと違いすぎてショックを受けるルフィたち。突然のことに何者だと問い詰め一喝する雷ぞうだが、錦えもんたちの姿を見ると表情を和らげ、互いの無事を喜びあう。ロビンは光月家の家紋、そして雷ぞうが繋がれている巨大な赤い石が見たこともない“歴史の本文”ではないかと思い、イヌアラシたちにたずねた。イヌアラシはロビンの故郷、オハラの学者たちが解読に成功したことを知っており、赤いのは用途が違うためだと教えると、ロビンに解読を許可した。

ラフテルへの重大な手がかりを得て色めき立つルフィたち。世界中に点在する“歴史の本文”は別名、不滅の石と呼ばれ、2種類ある石の扱い方によって、100年の空白の歴史を埋める“真の歴史の本文”が明らかになるというのだ。すぐにでもサンジを連れ戻しに行こうとするルフィとウソップは言い合いをはじめるが、ネコマムシはルフィがぺコムズと『ホールケーキアイランド』へ行くのは間違いではないと指摘した。なぜなら所在のわからない石は1つだけで、残る2つの持ち主が四皇のカイドウとビッグ・マムだからだ。

モモの助の父が海賊王ロジャーのクルーで、世界の秘密を知ったと教えられ、おどろく麦わらの一味。失われた100年といわれる“空白の100年”その真実を解き明かすことは世界政府により禁じられ、ロビンの故郷オハラは、その事実を知ろうとした者だけでなく島の人たちごと世界政府に抹殺されていた。情報を聞き出すためカイドウから追われていた錦えもんたちだが、実は何も聞かされてはいなかった。主君の盾となるはずが逆に命を救われる形となった錦えもんたちは、主君の意思を受け継ぎ、ワノ国を開国する決意を明かした。

晴れて“忍者海賊侍ミンク同盟”が成立した。感謝する以降に、頭を下げるなと言いながらルフィは、まずはサンジをビッグ・マムの元から連れ戻すまで戦うのを待ってほしいと条件をつける。一方、同盟結成の知らせに、ミンクたちは長年いがみ合っていた二人の王が和解したことを喜び合う。そのころ、再びゾウを目指し、ジャックの船が接近していた。ジャックは雷ぞうの居場所もわからないままむざむざと戻ったシープスヘッドに怒り、ミンク族を根絶やしにするべく“象主”を殺そうと画策していた。

白ひげ海賊団一番隊隊長、不死鳥マルコの名に聞き覚えはあるものの、すぐに思い出すことができず頭をひねるルフィ。だが、パイナップルみたいだというロビンの一言をヒントにようやく思い出す。しかし、ネコマムシから何が起きたのかを教えられ表情を曇らせる。白ひげ亡き後、落とし前戦争で黒ひげと戦ったマルコたちだが、熾烈な戦いの末、惨敗、今も行方不明だというのだ。ロビンからこの戦いの後、黒ひげが四皇に名を連ねることになったと教えられたルフィは、マリンフォードで救われた礼を言いたかったと残念がる。

ミンク族ごと処刑すべく、執拗にズニーシャの左前足に集中砲火を浴びせるジャック。たまらずバランスを崩したことで大地が揺れ、ゾウの住人たちは大混乱となる。また、一方的に話しかけてくる謎の声に、誰だと問いただしたルフィだが、その声はナミたちには聞こえていない。一方的に声が聞こえてくるとルフィが答えるのを聞いたペドロは、同じことがロジャーとおでんの二人にもあったことを思い出す。そんな時、錦えもんと共にこの場から離れようとしたモモの助の頭の中に、突如ジャックの姿が浮かび上がった。

一撃でジャックたちの船を沈めたズニーシャだったが、集中砲火を浴びた左前足に酷い傷を負い、もはや立っているのもやっとで、バランスを崩すたび大地は激しく揺れ動いた。上空からズニーシャに接近したムサトビは、イヌアラシに怪我の状態を報告する。なんとか治してやりたい。そう決意したチョッパーはルフィに出航を待ってほしいと頼み、ズニーシャの治療に当たることにする。サンジ奪還の出航が遅れてはと、遠慮するイヌアラシだが、みんなでやったほうが早いという麦わらの一味の申し出を、ありがたく受け入れた。

麦わらの一味とミンクたちにより、ズニーシャの治療は終わった。包帯の交換も一苦労だと心配するチョッパーだが、責任を持って治療すると約束するミヤギに後を任せる。一方、モモの助はゾウへ残りたいと訴え、錦えもんを困惑させる。もう一度、ズニーシャと話したいというモモの助の気持ちを組みとり、イヌアラシは自分が後からモモの助をワノ国へ連れていくと申し出る。残してきた同士たちのこともあり、錦えもんはモモの助のことを託すと、ネコマムシに作ってもらったビブルカードを四つに裂き、今後の事を説明する

サンジ奪還のためホールケーキアイランドへと船出したルフィたち。一方、世界各地では聖地マリージョアで4年に一度開かれる世界会議を巡り、各国の王たちが動き始めていた。かつて、ルフィたちに救われた砂の王国アラバスタの王女ビビもその一人で、国民たちから盛大に見送られ、父ネフェルタリ王と共にマリージョアへ出航する。久しぶりの海の旅を楽しむビビに、何かあったらと気が気ではないイガラム。その過剰な心配ぶりに苦笑するペルだが、護衛の海軍少将ヒナにビビの過去を気づかれたらどうするのだと叱責される。

ひょっこり姿を現したキャロットにおどろくルフィたち。悪びれることなく、一緒に連れていってほしいと懇願するキャロットを、これ以上恩人に迷惑をかけるわけにいかないと、ペドロは船をゾウに戻してもらおうとする。ワンダにばれたら怒られる、食べ物持参だと訴えて、必死に食い下がるキャロットだが、持ち込んだ量では半日程度だと知り、海の広さにおどろく。乗ったものは仕方ない、自分の身は自分で守れと言ってルフィは乗船を認めるが、キャロットの持参した人参を食べ、逆襲されて危うく命を落としかけてしまう。

革命軍総本部壊滅状態の知らせにおどろくルフィたち。一方、ジャックによるジョーカー奪還が失敗、部下たちを失ったうえ、ＳＭＩＬＥの入手を断たれたカイドウは、ルフィ、そして最悪の世代への怒りをあらわにする！