巨大ガレオン船が降ってきた！　空を差すログポースに戸惑うナミをよそに、ルフィは“空島”の地図を発見して大喜び。沈んだガレオン船から情報を得るため、ルフィ、ゾロ、サンジが海底へと向かうが…。

突如来た夜！　巨大ウミガメから逃れたルフィたちは、巨人族の何十倍もの大怪物の影を目にする。ゴーイングメリー号、必死の逃走！　同じ頃、宴会でバカ騒ぎのバギー一味の船に、火拳のエースが乗り込んでくる。

港町モックタウン、そこは海賊たちが集う無法地帯。ケンカは日常茶飯事だ。決してケンカしないと、ナミに誓うルフィとゾロ。酒場へ入った彼らの前に、賞金首の海賊“ハイエナのベラミー”が現れた！

夢を見ることを否定し、空島を目指すルフィたちを笑うベラミーたち。だが、ナミとの約束のあるルフィとゾロは、やられっぱなしのされるがまま。傷だらけの２人を連れて店を出たナミの前に、謎の大男が現れる。

空島の情報を探すルフィたちは、夢を語りモックタウンを追い出された男に会いに行く。その男、クリケットは、“ノースブルー”に伝わる童話『うそつきノーランド』の主人公であるモンブラン・ノーランドの子孫だった。

クリケットは、空島があるなら“積帝雲”の中だと語る。そこへ行くには、翌日、南の海に発生する“突き上げる海流”に乗るしかない。ルフィたちは、常に南を向く習性を持つサウスバードを捕まえるため、森へと入ってゆく。

サウスバードを捕らえようと真夜中の森に入ったルフィたちを、巨大なカマキリやテントウ虫、オケラなどが襲う！　クリケットたちはベラミーの“バネバネの実”の能力の前に倒れ、金塊を奪われてしまう。

金塊を取り返しに来たルフィを笑い、“スプリング跳人”を繰り出すベラミー。だが、勝負はルフィのパンチ一発で終わった。聖地マリージョアでは、クロコダイルの後継をめぐって七武海に関する会合が行われる。

ゴーイングメリー号フライングモデル完成！　クリケットに別れを告げ、ルフィたちは南の海へ船を出す。予想以上に早く積帝雲が現れ、引率の猿山連合にも緊張が走る。大荒れの海には、どでかい渦潮が待ち受けていた！

空の海に来たゴーイングメリー号。環境の変化に戸惑うルフィたちを、突如仮面の男が襲う！　空気が薄くて思うように動けず、倒されてしまうサンジ、ゾロ、ルフィ。男がバズーカを構えた瞬間、鳥に乗った騎士が現れた！

スカイピアに着いたルフィたちは、エンジェルビーチに上陸。ふかふかの地面に、海軍もいない天国のような場所で、リゾート気分を満喫する。さらに天使のような島の住人・コニスと出会い、サンジも大喜びする。

絶対に足を踏み入れてはならない聖地、神の住むアッパーヤード。一人ウェイバーで遊んでいるナミが、そこに入らなければ良いが…。だが、ルフィはすでに、アッパーヤードに入る気満々だった。

スカイピア警察“ホワイトベレー部隊”のマッキンリー隊長が、ルフィたちに不法入国の罪を告げに来る。罰金を払えば済むというが、700万ベリーという法外な金額。怒ったナミは、ウェイバーごと隊長に体当たりする！

第２級犯罪者となったルフィたちへの、天の裁きが始まった。ゴーイングメリー号上のナミたちは、生け贄として超特急エビに連れて行かれてしまう。残ったルフィ、ウソップ、サンジは神の試練に臨むことになる。

仲間のナミたちを助けるためにアッパーヤードへ行こうとするルフィたちは、コニスに案内されてエンジェル島の船着き場へ。そこでコニスは、自分が超特急エビを呼んだのだと明かす。その瞬間、空から“神の裁き”が下った！

ルフィ、ウソップ、サンジはカラス丸に乗って神の島へ。入口を過ぎるとすぐに、巨大な鎌が連続して降りかかる！　罠をかわしたと思ったら、空ヤツメが襲いかかってくる。さらにその先には、４つの試練への入口が待ち受けていた。

ルフィの勘で、カラス丸は“玉の試練”へ。そこには、無数の島雲の玉があるだけ。ルフィたちは油断するが、それはヘビが出たり爆発したりする“びっくり雲”だった。そして、この試練を司る神官サトリが現れる！

心網で相手の動きを読んで攻撃を避け、手から打撃とは異なる得体の知れない攻撃を繰り出すサトリに、ルフィたちは打ちのめされる。生贄の祭壇で一人船番をするチョッパーの前にも、鳥に乗ったもう一人の神官が出現する！

生贄の祭壇で船番をするチョッパーを、神官シュラが襲う。触れたものを燃やす槍で、ゴーイングメリー号が炎上！　必死で止めようとするチョッパーも大ピンチ！　その時、元神のガン・フォールが助けに現れる！

ガン・フォール対シュラ。目にも止まらぬ空中戦が繰り広げられる。しかし「紐の試練」にかかったガン・フォールの動きが、突然止まってしまう。その頃、「玉の試練」ではルフィが予想外の行動でサトリの心網を乱していた。

神の島の混乱に乗じ、ワイパーの号令のもと、シャンディアたちが総攻撃を開始する。海に落ちたチョッパーは巨大なサウスバードに救われ、森を探索していたナミたちは、空に浮かぶ大地“神の島”の真実を発見する。

ルフィたちを乗せたカラス丸は、神の社へと急ぐワイパーたちと草原ですれ違う。奥の森ではシャンディアと神官の戦いが始まっていた。おかげで雲の川を難なく抜けたルフィたちは、ついにナミたちと合流する。

ルフィたちは、翌日の黄金探しの作戦会議を始める。ノーランドの昔話をもとにナミが作った400年前のジャヤの地図。そこには黄金のありかが記されていた！　空ウルフも見事に手なずけて、キャンプファイヤーで前祝いだ！

ルフィたちは探索組と脱出組の二組に分かれ、行動を開始。ワイパーたちシャンディアは、神の島への侵攻を再開する。待ち受けるシュラたち三人の神官。神・エネルが仕掛けた、生き残りへの戦いが始まる！

遺跡を目指すゾロたちを、超どでかい大蛇が襲う！　猛毒の牙を前に、さすがのゾロも逃げの一手。逃げ回るうちに、四人は離ればなれになってしまう。同じ頃、ゴーイングメリー号では、前“神”であるガン・フォールが、空島の歴史を語り出す。

エネルの首を狙うシャンディアを、“紐の試練”が阻む。一人罠にかからなかったワイパーは、銃も盾も捨ててシュラに立ち向かう。左肩を“熱の槍”で突かれるが、右手に仕込んだ“排撃貝”で必殺の一撃を放つ！

スケート靴型ウェイバーで自在に空を飛ぶブラハム。三刀流の攻撃もよけ、“閃光銃”でゾロを狙う！　撃つたびに光る銃のせいで間合いがつかめず、足を撃たれるゾロだが、飛ぶ斬撃、一刀流“三十六煩悩鳳”を放つ！

ルフィに砲弾は効かないと知ったワイパーは、武器を“バーンバズーカ”に切り替え、青白い炎を噴射！　大木をも貫通する破壊力だが、バズーカならルフィも負けてはいない。ゴムゴムのバズーカで真っ向勝負を挑む！

遺跡へ着いたチョッパーを、神官ゲダツが襲う！　ゲダツの操る“沼雲”は、一度触れると抜け出せない危険な雲。ランブルボールを駆使して逃げ回るチョッパーだが、強力なジェットパンチを食らってしまう。

三つ子の兄・サトリの復讐に現れたホトリとコトリ。ウソップとサンジは傷付き、ナミは船を守るためにガン・フォールと共に戦う！　“天候棒”で霧を起こしてホトリの目をくらまし、“衝撃”でとどめをさす！