Garp le dice a Ace que Luffy sabe ahora acerca de su padre y que él había esperado que Ace y Luffy se convertirían en infantes de marina. Ace dice que es imposible, porque tanto él como Luffy son descendientes de criminales, y que como él niega a su padre, tomó el apellido de su madre y considera solamente a Barbablanca como su padre. Los Piratas de Buggy navegan hacia Impel Down, con la esperanza de liberar a Buggy. Alvida se niega y sugiere que Impel Down es impenetrable, y el resto de la tripulación se da por vencida después ella dice que va a tomar el barco. Hancock llega a Impel Down con Luffy, donde se reúne con Hannybal, el ambicioso vice-jefe de la prisión, y debe ser sometida a un chequeo al desnudo antes de entrar.

Hancock petrifica a Domino y al caracol de la cámara para permitir a Luffy salir a escondidas. Ella sube al ascensor para presentarse con Magellan, el jefe de la prisión en el nivel 4. Luffy se cuela en el nivel 1, mientras que Buggy esta por salir de su celda, por haber ocultado su habilidad de dividirse, Buggy alerta a algunos guardias y activa algunas trampas en su fuga, pero Luffy se las arregla para evadirlas y oye el rumor de que Ace esta en el nivel 5. Buggy corre, perseguido por los poderosos Blugori, y después de algunas disputas entre él y Luffy, deciden unirse para luchar contra los enemigos.

Luffy derrota fácilmente al Blugori mientras Buggy es incapaz de derrotar a uno. Buggy revela su pasada asociación con Ace y las circunstancias detrás de su captura, y se compromete a trabajar con Luffy a cambio del brazalete que recibió en Thriller Bark, que es una pista de un tesoro. Buggy y Luffy llegan al primer nivel de Impel Down, conocido como el Infierno Carmesí, donde los prisioneros son obligados a correr a través de un bosque. Luffy y Buggy caen al segundo nivel, el nivel de las bestias salvajes del infierno, donde se encuentra Mr. 3.

Luffy y Buggy se encuentran en el piso de las bestias salvajes del infierno y combaten a los monstruos. Luffy derrota al basilisco de gran alcance con un solo puñetazo usando el geard third, destruyendo un puesto de guardia en el proceso y alertando a la prisión. Hancock se reúne con Magellan, el jefe de la prisión que comió La Doku Doku no mi. Buggy logra liberar a algunos presos, con la esperanza de iniciar un motín y escapar en la confusión, pero el retorno de los prisioneros a sus celdas, aterrorizados por el "jefe" del nivel. Luffy y Buggy se encuentran con Mr. 3, que se ofrece a ayudarles a llegar hasta el tercer nivel. En la Sede de la Marina, Sengoku se sorprende de saber que Kuma no acabo con Luffy, y que Luffy esta infiltrado en Impel Down, pero confía en que será capturado. Sengoku recuerda al hombre que escapó de Impel Down, León de Oro Shiki.

En un flashback, se revela que hace 20 años, un pirata llamado Shiki se cortó las piernas y se escapó de Impel Down. Shiki contacto a los Piratas Amigo, una tripulación de piratas liderados por un hombre llamado Largo, que ofrecen pertenecer a su tripulación si cumplen con una solicitud determinada. Mientras tanto, Luffy, Usopp, Chopper y Brook tratar de atrapar un gran pez, pero termina siendo devorado por un gran escarabajo llamado "Jefe". Luffy comienza la lucha contra el escarabajo con la intención de hacerlo parte de su tripulación, pero vuela hacia una isla con él, Zoro, Sanji y Usopp en el remolque. Yoko, una chica que llevaba un abrigo de la Marina aparece, atacando a Luffy sobre cómo trató a “Jefe”, y algunas personas salen y revelan que han estado viviendo bajo muchas amenazas, porque los marines no los protegen. El padre de Yoko fue un infante de marina que murió defendiéndolos hace cinco años, y que “Jefe” se reunió por primera vez en la isla hace tres años después de su muerte. Se muestran a los cuatro Sombreros de Paja en un pueblo, que se parece mucho al East Blue hasta el punto de tener réplicas de varios edificios importantes. La misión de Largo y sus piratas es secuestrar al escarabajo que salió de su escondite.

Los Sombrero de Paja se reúnen con personas en lugares que les recuerdan de dónde vinieron, y Yoko se irrita cuando lo vinculan tan fácilmente. Los Piratas Amigo deciden ir a tierra, pero debido a Largo, está tomando una siesta, Colt los lleva. Nami se reúne con el club "Orenami", que la conduce a través de un laberinto y le muestra una estatua desnuda de ella, que la ofende. Ella ve a Yoko, y considera que Yoko le recuerda a sí misma cuando ella conoció a Luffy. Mientras que los sombreros de paja en una fiesta pelean contra los piratas Amigo, destruyendo gran parte del pueblo, y la demanda del escarabajo. Luffy derrota fácilmente a Colt y a sus hombres con la ayuda de Zoro y Sanji.

Zoro y Sanji intentan atacar a Largo, que utiliza su Ami-Ami para crear redes a partir de materiales que se come y los captura. Largo y Colt amenazan con exterminar la ciudad si no obtienen el escarabajo, y “Jefe” sale a luchar contra ellos, pero es derrotado rápidamente. “Jefe” decide sacrificarse para salvar al pueblo, pese a las objeciones de Yoko, pero las lágrimas de Luffy abren la red y golpea a “jefe”, diciendo que él quiere pelear con él de nuevo. “Jefe” es capaz de volar el tiempo suficiente para quemar la red en donde están Luffy, Zoro y Sanji. Los Sombrero de Paja y los habitantes se preparan para luchar contra los Piratas de Amigo.

Después de la evitación de la red, Luffy golpea Largo a lo lejos, Nami pretende evacuar a los aldeanos, pero toman otros túneles para sorprender a los piratas de Amigo. Luffy lucha contra Largo, pero queda atrapado cuando él convierte su cuerpo entero en una red. Luffy usa third geard y derrota a largo, además destruye su barco en el proceso. El jefe salva a Luffy de caerse al mar y luego comienza a luchar. Yoko y Nami hablan de sus pasados, antes de que Nami se encuentre con los Sombreros De paja. Es revelado que el Jefe era un insecto sobre todo creado, que se había escapado de Shiki, y que él planifica su utilización para una guerra.

Ace habla ,en la celda, con Gyojin llamado Jimbei que pertenece a la Ouka Shichibukai y se entera de que Jimbei había querido detener la guerra entre los piratas de Barba Blanca y la Infantería de Marina, porque Barbablanca protege la isla Gyojin de los piratas que pasan a través de ella . Varios piratas en el nivel, incluyendo Crocodile, quieren a Barbablanca muerto por frustrar sus ambiciones. En el Nivel 2, Luffy, Buggy y Mr. 3 se encuentran con la Esfinge, que es el jefe del nivel. Mr. 3 escapa con Buggy a un nivel más alto mientras que usan a Luffy como cebo. Pero la Esfinge destruye el suelo, Luffy, Buggy y Mr. 3 caen al nivel 3.

Sin la Esfinge custodiando, un motín estalla en el Nivel 2, los prisioneros salen de sus celdas. Sengoku está indignado por Luffy, señalando que nadie ha escapado de Impel Down desde Shiki hace 20 años. Luffy, Buggy y Mr. 3 pasean por el tercer nivel, un desierto caliente en la que los presos no reciben agua ni comida, hasta que se ven atrapados en una red provocada por Saldeath, comandante de los guardias. La esfinge lucha y rompe la red, y mientras Buggy y Mr. 3 abandonan a Luffy mientras luchan contra los guardias, que no pueden salir del nivel. Mientras tanto, Hancock se acerca a donde esta Ace, se muestra que Mr. 2 esta encarcelado en el Nivel 3.

Buggy y Mr. 3 encuentran a Mr. 2 y lo liberan, diciéndole que Luffy se encuentra en la cárcel, y quiere llegar al nivel 5. Mientras tanto, la marina llega a Impel Down para ayudar en la captura de Luffy. El capitán de los guardias, Sadie, a fin de prevenir el exterior de la prisión, como los guardias de Impel Down son perfectamente capaces de capturar a Luffy por sí mismos. Boa Hancock llega a la celda de Ace, y se las arregla para informarle de que Luffy esta viniendo para rescatarle, mientras que Magellan y los demás están ocupados con otros presos. Como Luffy se acerca a las escaleras que conducen al nivel 4, es atacado por Saldeath y sus guardias, pero recibe ayuda inesperada de Mr. 2, que ha decidido ayudarle en su búsqueda.

Luffy y Mr. 2 se abren camino a través del nivel 3, finalmente se encuentran con el minotauro y lo derrotan, Luffy se da cuenta de que el cuarto nivel está muy caliente. Se entera de que Mr. 2 está buscando a el legendario travesti Emporio Ivankov, que es "reina" de la isla Kamabakka. El minotauro persigue a Buggy, Mr. 3, Luffy y a Mr. 2, y los derrota. Mientras tanto, las órdenes de Magellan son reunir todas sus fuerzas en el nivel 4 con el fin de matar a Luffy.

Después de derrotar al minotauro, caen en el nivel 4. Momonga, la serpiente de Hancock, oye hablar de la lucha de Shanks contra Kaidou en el Nuevo Mundo para impedir la guerra. Magellan ordena a Sadi y al resto de los Guardias Demonio proteger la escalera al nivel 5, mientras que los guardias de Hannyabal están en el Nivel 3. Luffy y el Mr. 2 se abren camino a través de los guardias en busca de alimento hasta que Magellan los intercepta.

Luffy comienza la lucha contra Magellan a pesar de las advertencias de Bon Clay al huir, ve que es incapaz de pasar a la ofensiva, porque el cuerpo venenoso de Magellan y los ataques son a larga distancia. Bon Clay quiere ayudar, pero sabe que podría morir, y huye de la batalla. Mr. 3 y Buggy tratan de escapar a niveles más altos, y mientras Hannybal está dispuesto a dejar el pasado para dejar a Magellan en problemas. Luffy decide atacar, incluso si eso significa sacrificarse. Luffy usa el Gear Second, y hiere a Magellan pero es envenenado.

Hannybal rápidamente derrota a Buggy y Mr. 3. Luffy se debilita en consecuencia de la absorción del veneno de Magellan, y ya no es capaz de luchar con eficacia. No dispuesto a darse por vencido, sigue atacando, finalmente es derrotado y tirado en el suelo, fatalmente envenenado.

Después de la derrota de Luffy, Magellan lo encarcela en el nivel 5 hasta que el veneno lo mate. Mr. 2, habiendo tomado la apariencia de Hannybal, decide rescatar a Luffy con el fin de compensar el abandono en la lucha contra Magellan, pero se entera de que hay antídotos que pueden salvarlo ahora. Mr. 2 decide entonces buscar a Emporio Ivankov, Reina de Kamabakka, para curar a Luffy, pero se entera de que ha desaparecido en uno de los incidentes. Mr.2 va al nivel 5 con Buggy y Mr. 3, quienes rápidamente lo abandonan cuando la unidad de lobos los ataca. Luffy sigue decidido a rescatar a Ace a pesar de su condición, y Mr. 2 llega a su celda para salvarlo.

Mr. 2 pide disculpas por abandonar a Luffy y busca a Ivankov. En el camino, es atacado por el Ejército de los lobos, pero Luffy los derrota con Haki y un misterioso extraño llamado Inazuma se los lleva. En otros lugares, Buggy y Mr. 3 intentan escapar del nivel 5, Saldeath suprime el motín en el Nivel 2, las búsquedas para el Sadi en el nivel 3, Magellan se encuentra en el baño con diarrea, y Hannybal está atado en un cuarto de almacenamiento, después de haber sido engañado y tomado por sorpresa por Mr. 2, Mr. 2 se despierta en "Nivel 5.5," un paraíso para los travestis ", donde están todos los prisioneros que se creyeron desaparecidos y encuentra a Emporio Ivankov.

Ivankov muestra sus poderes, y luego se transforma en una mujer. Bon Clay le ruega a Ivankov que cure a Luffy con sus poderes a base de hormonas, que sólo funcionan en las personas con extraordinaria voluntad de vivir. Lamentablemente, el tratamiento acortaría la vida de Luffy, lo deja en el dolor agonizante, y tendrá una duración de más de dos días, la ejecución de Ace es en sólo 16 horas.

Ivankov le dice a Bon Clay que ha comido la Horu Horu no Mi, lo que le permite manipular las hormonas de las personas para diversos fines, y que se encuentran entre el nivel 5 y el nivel 6. Dice que el nivel 6 en verdad existe y es un lugar donde los presos que son increíblemente peligrosos o de importancia para mantener la reputación del Gobierno Mundial, como el ex jefe de la prisión, Shiryu. A pesar del largo tiempo del tratamiento y bajo riesgo de supervivencia, Bon Clay sigue animando a Luffy hasta que su voz le llega, los guardias descubren que Luffy desapareció y se prepara el transporte de Ace para llevarlo a su ejecución. Finalmente, Luffy despierta a gritos, se come una gran cantidad de comida y declara que se ha recuperado.

Luffy se despierta del tratamiento, Ivankov se entera de que él es el hijo de dragón y Iva se revela como uno de los comandantes del ejercito revolucionario de Dragón. A pesar de estar agotados y que necesitan varios días para descansar, Luffy se da un tratamiento de hormonas especiales que le permite ignorar la fatiga por un día, él, Ivankov y Inazuma se abren camino hasta el nivel 6. Mientras tanto, Buggy y Mr.3 se abren paso al nivel 4, Hannybal hace los arreglos para capturar a los intrusos, y Magellan llega a la celda de Ace para entregarlo a los infantes de marina, que lo llevarán a Marineford.

Luffy, Ivankov y Inazuma llegan al nivel 6 después de que se lleven a Ace, son casi atrapados por una trampa de gas hasta que Inazuma usa su Akuma No Mi con el fin de cortar el suelo y cerrar el gas. Ace se entera de que Luffy viene y está muy preocupado por la noticia. Luffy se niega a renunciar a pesar de los peligros que le esperaban, y se encuentra con Crocodile.

Luffy se niega a liberar a Crocodile, pero Ivankov ofrece tenerlo limitado porque sino dirá una debilidad que él conoce. Jimbei se une con el fin de detener la guerra entre Barbablanca y la Infantería de Marina. Se reúnen con Bon Clay y los demás prisioneros liberados y pelean contra los guardias del nivel 4, donde Crocodile libera y recluta a Mr.1. Mientras los guardias son derrotados, Hannybal, no queriendo ser deshonrado, decide pelear. En otros lugares, Ace está siendo transportado por un barco hacia la Puerta de la Justicia, Buggy y Mr. 3 han alcanzado el nivel 2.

Mientras Luffy y sus aliados siguen luchando en el Nivel 4, Buggy y Mr. 3 alcanzar el Nivel 2 y liberan a los prisioneros para provocar un motín para cubrir su huida. Mientras tanto, Barbanegra llega a la cárcel y comienza a atacar a los guardias para forzar su camino Hannybal, en el nivel 4, se siente abrumado por estos hechos hasta que Magellan, revela que ha suprimido los disturbios en el nivel 2 y decide liberar a Shiryu para hacer frente a Barbanegra. Shiryu, inmediatamente después de ser liberado, mata a todos los guardias.

Los Guardias Demonio llegan y dominan a muchos de los prisioneros, pero Luffy, Jimbei y Crocodile los derrotan de un solo ataque. Buggy y Mr.3 están atrapados en el nivel 2 por una barrera hecha de veneno puesta por Magellan. En el Nivel 1, Shiryu se encuentra con Barbanegra. Hannybal recibe la orden de mantener a raya a los prisioneros hasta que Magellan alcance el nivel 4. Sadie ataca a los prisioneros, pero Ivankov se transforma en una mujer que lucha contra ella y permite a Luffy continuar. Luffy entonces se encuentra con Hannybal, que llega dispuesto a pelear con él.

Hannybal pelea contra Luffy, pero es superado contra el Gear Second de Luffy. Mientras tanto, Barbanegra usa sus poderes para hacer desaparecer la pared de veneno de Magellan, liberando a Buggy y sus hombres, mientras que Magellan llega al nivel 4. Hannybal, a pesar de estar muy golpeado, está decidido en no dejar a Luffy para proteger el futuro del mundo, pero Barbanegra lanza un ataque sorpresa que lo golpea a él y sus guardias. Barbanegra le dice a Luffy que él había planeado su captura para asegurarse un lugar entre los Shichibukai, pero después de la captura de Ace, en parte como resultado de su negativa en dar marcha atrás después de enterarse de sus planes con Luffy. Luffy, furioso, golpea a Barbanegra con un Jet Pistol.

Después de que Luffy golpe a Barbanegra, Barbanegra lo agarra y lo asota contra el suelo, hiriendo a Luffy por anular sus poderes de goma. Jimbei convence a Luffy que no puede permitirse el lujo de perder tiempo luchando contra Barbanegra cuando tiene que salvar a Ace. Crocodile se pregunta porque Barbanegra atacaría la prisión, al hacerlo significaría que renuncia a su título, pero Barbanegra revela que es parte de un plan más amplio. Como Magellan se enfoca en los prisioneros, Luffy derrota fácilmente al revivido minotauro, mientras que Ivankov derrota a Sadie. Buggy y Mr. 3 alcanzan el Nivel 1 con los presos. Magellan envenena a Barbanegra y a su tripulación, ahora se enfoca totalmente en Luffy.

Luffy y los presos pasan a través del nivel 3, Magellan los alcanza. Ivankov e Inazuma se quedan, pero ambos son derrotados. Luffy y Jimbei planean robar un barco para llegar a Marineford. Luffy y su grupo llegan al nivel 1, pero Magellan se las arregla para llegar a ellos de nuevo.

Luffy se enfurece al enterarse de que Magellan derroto a Ivankov y Inazuma, pero Mr.2 y Jimbei lo persuaden de que escapar tiene prioridad. Magellan inicia un plan para mover los barcos marinos fuera de Impel Down, atrapando a los fugados. Mr. 3 bloquea a Magellan con su cera, a Luffy se le ocurre que le tape los puños y pies con una capa de cera para que él pueda golpear a Magellan sin ser envenenado. Jimbei encuentra una manera de llegar a los barcos.

Magellan utiliza una técnica prohibida " Venom Demon " que derrite todo lo que toca, haciendo inútil la cera de Mr.3, esto los hace retroceder, Mr. 1 y Crocodile logran capturar un barco, pero no son capaces de volver a la cárcel con la suficiente rapidez, obligando a los fugitivos a idear un plan alternativo para llegar al barco. Ivankov se recupera de las intoxicaciones y llega a Luffy. Ivankov y los prisioneros caen al agua pero Jimbei llama a las ballenas tiburones para llevarlos al barco.

Luffy y el resto de los prisioneros llegan gracias a los tiburones ballenas, pero la puerta de la Justicia esta todavía cerrada, y el barco es atacado por los barcos restantes. Mr. 2 se hace pasar por Magellan y logra que abran la puerta el tiempo suficiente para salir. Luffy se molesta, de que Mr.2 se quede atrás, pero Mr.2 acepta que no había otra opción, y le da las gracias a Luffy. Mr. 2 se queda para luchar contra Magellan.

Shiryu salva a Barbanegra y a su tripulación, dándoles antídotos contra el veneno de Magellan y se une a la tripulación. Los prisioneros celebran su huida, pero los marinos através de un Den Den Mushi advierten que La puerta de la justicia que va a hacia Marine Ford no se abrirá para piratas. Durante la conversación, el marino revela el pasado de Buggy en los Piratas de Roger y la conexión que tiene con Shanks. Buggy se las arregla para convencer a los prisioneros de ir con ellos a la sede de la Marina, con la esperanza de derrotar a Barbablanca y de convertirse en el rey de los piratas. Mientras tanto, el buque que transporta a Ace llega a Marine Ford.

Luffy se dirige hacia Marine Ford, la sede de la Marina, la escena cambia hace unos días atrás, Nami esta todavía en la isla del clima, que lentamente se dirige hacia el archipiélago Sabaody a un ritmo determinado por los vientos. Ella ve al viejo, demostrando su capacidad de convocar grandes lluvias y tormentas eléctricas. Mientras tanto, Franky sigue actuando como un caballero bajo los efectos del té, y el niño que esta con él se pregunta cuándo llegará la cola para devolverlo a la normalidad. Franky es atacado por varios cyborgs en el bosque, haciendo que el té haga burbujas y vuelva a la normalidad, que le permite derrotar a los cyborgs con facilidad. Franky se entera de que el Dr. Vegapunk, hizo los cyborgs, y llega a una casa con el nombre de Vegapunk en él, lo que provocó una alarma.

Sanji trata desesperadamente de escapar de los travestis, hasta que se encuentra con la "reina" sustituta de Ivankov. Él desafía a Caroline a un duelo para salir de la isla, pero es incapaz de conseguirlo con éxito debido a que es modesto, y finalmente se induce a iniciar el travestismo. Mientras tanto, Chopper se preocupa por un pájaro herido, teniendo la esperanza de que cuando se recupere lo lleve al Archipiélago Sabaody cuando pueda volar. Chopper y el ave caen al acantilado por culpa de unos humanos pero la madre del ave rescata a su cría y a Chopper. Chopper le agradece.

Robin es encarcelada en una torre y es interrogada para que revele el paradero de los Sombrero de Paja, pero sus captores mantienen su verdadera identidad en secreto. Soran se reúne con la mujer que traicionó a Robin, que lamenta lo que hizo pero lo hizo para sobrevivir. Algunos revolucionarios comienzan a levantarse y liberan a Robin de su celda, lo que les permitió derrotar a unos guardias y se une con los revolucionarios para escapar. Mientras tanto, Usopp está siendo constantemente atacado por los animales y plantas, ya que es la forma más débil de vida en la isla, y heraclesn le dice que comer lo hará más fuerte. No escucha sus consejos de ejercitación, se come todo lo que puede, y apenas evita ser comido por la isla en sí cuando la tierra se inclina y caen muchos animales en un extraño agujero.

Zoro intenta recuperar sus espadas, pero no entiende las instrucciones sencillas de Perona. Trata de salir de la isla, pero se pierde, y Perona lo encuentra después de que accidentalmente vuelve al castillo y lo lleva hacia el mar, con la esperanza de manipularlo para que ella pueda encontrar Thriller Bark de nuevo. Después Zoro se pierde y encuentra su camino a ella, observa una gran tumba, y con figura de bestia. Mientras tanto, Brook se entera de que los residentes están dando la poca comida que tienen como homenaje a él con el fin de obtener la protección de la tribu Longarm. Cuando la tribu Longarm secuestra a las mujeres, el culto le pide ayuda, y él está de acuerdo con su ayuda antes de reunirse con el resto de la tripulación. La historia vuelve al presente en el buque de Luffy.

Luffy recuerda su infancia con Ace, el reencuentro en Arabasta, el primer encuentro con Barbanegra, oír sobre la ejecución de Ace, y hacer frente a Barbanegra en Impel Down. Ace, espera su ejecución en Marineford y recuerda su encuentro con Barbanegra.

Tres horas antes de la ejecución, los cinco jefes militares están presentes en la batalla y los 3 almirantes están en sus posiciones a la espera del ataque de Barba Blanca. En este momento, los guardias llegan con Ace.