정상전쟁이 끝나고 2년 뒤, 샤본디 제도에 밀짚모자 일당이 하나둘 모이기 시작한다. 하지만 그곳에서는 이미 가짜 밀짚모자 일당이 동료를 모으고 있었다. 이들을 먼저 발견한 나미는 어이없어 하고, 우솝과 함께 가짜 일당에게 그동안 수련한 성과를 선보인다. 열 받은 가짜 밀짚모자 일당은 두 사람을 쫓으며 행패를 부리고, 그때 우연히 지나가던 진짜 루피와 만나게 되는데…

가짜 루피와 마주친 루피는 소란을 피우지 않으려고 했지만 가짜 루피의 도발에 결국 그동안 수련했던 패기를 선보이며 제압한다. 가짜 동료들을 만난 쵸파는 그들을 쫓아가고, 로빈을 노리던 자들은 가짜 로빈을 납치한다. 한편 식재료를 구하러 나선 상디는 갑자기 수면 위로 떠오른 조로를 만나는데…

샤본디 제도에 모인 밀짚모자 일당은 각자 출항을 준비하기 위해 움직이기 시작한다. 가짜 동료들을 만나고 실망한 쵸파 앞에 진짜 우솝과 나미가 나타나고 쵸파는 그제야 자신이 가짜를 만났다는 걸 알아차린다. 루피는 가짜 조로와 가짜 상디를 만나지만 가짜인 걸 눈치 채지 못한다. 한편 해군은 가짜 밀짚모자 일당의 동료들이 집결할 장소로 쳐들어갈 준비를 하는데...

써니 호에 동료들이 하나둘 모여드는 가운데, 해군은 가짜 밀짚모자 일당을 진짜로 착각하고 움직이기 시작한다. 이 소식을 들은 전해들은 브룩은 마지막 곡을 부른 다음, 콘서트 장에 나타난 해군을 따돌리고 무사히 도망친다. 한편 가짜 상디와 가짜 조로는 진짜 루피를 데리고 가짜 밀짚모자 일당이 모여 있는 곳에 도착하는데...

가짜 밀짚모자 일당과 부하들이 모여 있던 46번 그로브에 해군이 들이닥치며 해군과 해적의 한바탕 싸움이 벌어진다. 센토마루는 파시피스타를 대동하고 나타나 해적들을 궁지에 몰아넣고 가짜 밀짚모자 일당의 정체도 밝혀낸다. 한편, 그곳에 있던 진짜 루피도 파시피스타에 의해 정체가 드러나지만, 2년간 수련의 성과를 선보이며 파시피스타를 가볍게 쓰러뜨리는데…

마침내 2년 만에 밀짚모자 일당이 모두 써니 호에 모인다. 기쁨도 잠시, 해군이 출동하여 밀짚모자 일당을 쫓는다. 그때, 따로 수련하며 지낸 2년 동안 밀짚모자 일당을 도와줬던 이들이 해군을 상대하며 시간을 끌어준다. 이들의 도움으로 밀짚모자 일당은 마침내 신세계를 향한 첫 번째 목적지, 어인섬을 향해 출항하는데…

무사히 어인섬을 향해 출발한 밀짚모자 일당. 처음 보는 바닷속 풍경에 감탄하며 깊은 바다로 내려가던 중, 프랑키가 은인에 대한 이야기를 시작한다. 2년 전, 샤본디 제도에서 밀짚모자 일당의 목숨을 살려주고, 써니 호를 무사히 지키고 있던 건 바로 바솔로뮤 쿠마였다. 한편, 카리브와 코리브는 밀짚모자 일당을 바싹 뒤쫓으며 습격할 준비를 하는데...

써니 호에 쳐들어온 카리브. 하지만 그들의 배를 끌던 바다소 모옴은 과거에 루피와 상디에게 당했던 걸 떠올리고 도망친다. 밀짚모자 일당은 홀로 남겨진 카리브를 포박하고 항해를 계속한다. 마침내 심해에 가기 위해 타야 할 거대한 하강류, 플룸에 다가가지만, 그곳에는 바다의 악마라고 불리는 전설의 괴물, 크라켄이 있었는데...

루피, 조로, 상디는 2년간 수련에서 습득한 새로운 기술을 선보이며 크라켄을 날려버리지만 하강류에 휩쓸려버린다. 써니 호가 바로 뒤따라가지만 하강류를 빠져나오자 세 사람은 보이지 않는다. 세 사람을 찾으며 계속 하강하는 나미 일행 앞에 심해에 사는 놀라운 생물들이 잇따라 나타나는데...

어둠 속에서 나타난 전설의 유령선 플라잉 더치맨 호를 앞에 두고 밀짚모자 일당은 긴장한다. 그 배에 타고 있던 덱켄의 명령으로 와다츠미가 써니 호를 공격하려던 순간, 크라켄이 나타나 이를 막는다. 루피가 크라켄을 길들여 데려온 것이다! 다시 만난 기쁨도 잠시, 해저화산이 폭발하면서 써니 호는 이를 피해 해구로 떨어지는데…

어인섬을 앞에 두고 루피의 앞을 가로막은 신어인해적단의 어인들. 그들은 루피에게 자신들의 산하로 들어오라고 하지만 루피는 단번에 거절한다. 이들을 피해 밀짚모자 일당은 꾸 드 버스트로 어인섬을 향해 돌진하지만 진입하다가 바다에 빠지며 뿔뿔이 흩어진다. 다행히 인어들의 도움으로 무사히 케이미와 재회한 루피 일행은 케이미의 안내를 받으며 어인섬 모험을 시작하는데...

케이미의 안내로 인어의 후미에 도착한 루피 일행. 다행히 원래대로 돌아온 상디는 인어들과 행복한 시간을 보낸다. 그곳에 갑자기 루피 일행을 찾는 용궁왕국의 세 왕자가 나타나고, 루피 일행은 몸을 숨긴다. 그때, 인어 이실리 가슴에 숨어 있던 상디가 흥분한 나머지 다시 코피를 뿜으며 과다출혈로 죽음의 위기에 빠지는데…

상디를 구하기 위해 수혈해줄 사람을 찾아 나선 루피 일행은 다행히 인간을 찾아서 상디를 살린다. 케이미의 소개로 머메이드 카페를 찾아간 루피 일행은 문 앞에서 브룩과 파파구를 만나서 함께 파파구의 집으로 향한다. 한편, 머메이드 카페의 점장인 점술사 마담 셜리는 미래를 들여다보고 매우 두려워하는데…

파파구의 가게에서 나미를 만나 다함께 즐거운 시간을 보내는 루피 일행. 그들 앞에 갑자기 어인섬의 왕 넵튠이 나타나 루피 일행을 용궁성으로 초대한다. 한편, 신 어인 해적단의 호디 선장은 도망치던 해적 자이로 일행을 잡아 본보기로 바다 위로 올려 보낸다. 인간을 증오하는 그들은 어인섬을 빼앗겠다는 계획을 실행에 옮기기 시작하는데...

인어공주의 애완동물인 메가로를 구해준 보답으로 넵튠왕으로부터 초대를 받은 루피 일행은 메가로를 타고 용궁성으로 향한다. 하지만 배가 고픈 나머지 더 이상 기다릴 수 없었던 루피는 음식을 찾아 성 안을 헤매다 거대한 탑에 다다른다. 그리고 그곳에서 거대한 인어공주를 만난다. 한편, 인어들이 사라지는 사건이 발생하자 후카보시는 밀짚모자 일당을 오해하고 의심하는데…

우연히 찾아간 경각탑에서 인어공주 시라호시를 만난 루피. 시라호시는 끊임없이 목숨을 위협하는 덱켄을 피해 10년이나 경각탑 안에 갇혀 있었다고 한다. 그 얘기를 들은 루피는 시라호시에게 산책을 가자고 제안한다. 한편 넵튠군에게 포위당한 나미 일행은 맞서 싸우기로 하고, 호디와 덱켄은 서로 손을 잡는데…

넵튠군에 포위당한 나미 일행은 결국 용궁성의 모든 사람들을 제압한다. 얼떨결에 용궁성을 점거하게 된 밀짚모자 일당! 한편 루피는 시라호시를 ‘바다의 숲’으로 데려가주기로 약속한다. 그때 정체불명의 해적들이 경각탑을 향해 날아와 부딪히고, 이를 발견한 우대신은 적의 기습으로 판단하고 긴장하는데…

루피가 시라호시를 메가로 몸에 넣고 산책을 나간 사이, 용궁성은 공주가 납치를 당했다며 발칵 뒤집어진다. 여기에 덱켄이 날려보낸 해적들이 성내에 침입하면서 용궁성은 더욱 혼란에 빠진다. 한편 상디와 쵸파는 바닷가에서 중상을 입고 쓰러진 하찌를 발견한다. 하찌는 이들에게 어인섬을 떠나라고 충고하는데…

덱켄이 날려보낸 해적들이 용궁성에 침입하면서 용궁성은 더욱 혼란스러워진다. 조로는 덤벼드는 해적들을 상대하면서 결국 싸움에 휘말린다. 그리고 마침내 용궁성의 문이 열리고 호디 일행이 성 안으로 침입한다. 넵튠이 덱켄에게 공주를 내놓으라고 하자 시라호시 공주가 사라진 걸 알게 된 덱켄은 자신의 능력을 이용해 공주의 뒤를 쫓는데…

왕궁에 침입한 호디가 공격을 시작한다. 성벽을 부수고 바닷물을 성 안으로 들어오게 한 호디는 저항도 못하는 넵튠군을 공격한다. 넵튠이 병사들을 보호하려고 하자 조로는 우솝에게 병사들을 풀어주라고 하고, 그리고 홀로 물속으로 들어가 호디와 대결을 펼친다. 한편, 상디 일행을 발견한 루피가 땅으로 내려오고, 메가로는 결국 시라호시를 뱉고 마는데...

메가로의 입에서 나온 시라호시 공주를 보고 루피가 공주를 납치했다고 오해한 주민들은 루피를 포박한다. 그때 반더 덱켄이 나타나 공주에게 결혼을 요구하지만 시라호시는 단번에 거절한다. 분노한 덱켄이 시라호시를 노리자 루피는 덱켄과 와다츠미를 차례로 물리치고 다시 바다의 숲으로 향한다. 한편, 조로는 물속에서 호디에게 일격을 가하는데...

성에 점점 물이 차오르자 넵튠은 조로, 우솝, 브룩을 데리고 탈출을 꾀한다. 하지만 에너지 스테로이드를 먹고 강해진 호디와 어인해적들이 이들을 붙잡는다. 한편, 바다의 숲에 도착한 루피는 징베를 다시 만난다. 뒤이어 도착한 나미와 케이미가 용궁성의 상황을 전하자, 징베가 충격적인 이야기를 꺼내는데…

어인섬 각지에서 신어인해적단의 간부들이 소동을 일으킨다. 그때 바다의 숲에서는 징베가 나미와 아론에 관한 이야기를 시작한다. 나미는 아론 때문에 겪었던 끔찍한 기억을 떠올린다. 징베는 인간과 어인 사이에 있었던 가슴 아픈 역사를 전하면서, 이를 바꾸고자 노력했던 두 사람에 대한 이야기를 시작하는데...

징베는 루피 일행에게 어인섬의 미래를 위해 노력했던 두 사람의 이야기를 시작한다. 오토히메 왕비는 매일 섬에 내려와 백성들에게 인간에게 먼저 다가가고, 용궁 왕국을 지상으로 이주하자고 호소한다. 한편, 모험가 타이거는 마리조아를 습격하여 노예를 해방한다. 이를 계기로 태양 해적단이 결성되는데…

노예들을 해방시킨 타이거는 태양 해적단을 결성해 거침없이 바다를 헤쳐 나간다. 그러던 어느 날, 마리조아의 노예였던 한 소녀를 만난다. 노예의 습성이 몸에 밴 소녀를 보고 타이거는 소녀를 고향으로 데려다주기로 한다. 한편, 당시 해군의 중장이었던 키자루가 이름을 떨치기 시작한 태양 해적단을 눈여겨보기 시작하는데...

코알라를 고향으로 데려다주기로 한 태양 해적단. 마침내 코알라의 마을에 도착한다. 타이거는 자신들과 항해하며 가까워진 코알라가 엄마와 재회하는 모습을 보고 인간과 어인의 밝은 미래를 꿈꾼다. 하지만 배로 돌아가던 도중 해군에게 포위당하자 인간들의 함정에 빠진 걸 알고 절망한다. 결국 타이거는 인간의 피를 거부하고 최후를 맞이하는데...

타이거가 죽자 분노한 아론은 무작정 해군으로 돌진한다. 결국 해군에게 붙잡힌 아론은 인간의 수혈 거부로 타이거가 죽었다고 거짓말을 해서, 어인으로 하여금 더욱 인간을 증오하게 만든다. 한편, 징베가 칠무해에 가입하면서 아론은 풀려나지만, 인간을 향한 증오가 더욱 커진 아론은 징베와 충돌하고, 태양 해적단은 결국 세 파벌로 흩어지는데…

징베가 칠무해가 되자 태양 해적단에 속해 있던 노예 출신 어인들은 고향으로 돌아온다. 그러던 어느 날, 표류선 한 척이 어인섬에 흘러들어온다. 그 배에는 천룡인이 타고 있었다. 그의 노예였던 어인들은 분노를 참지 못하고 방아쇠를 당기지만 오토히메가 나타나 천룡인을 감싸는데…