マリンフォード頂上決戦から２年、海賊を休み、覇気を自分のものにする修行を重ねたルフィが、再び麦わら帽子をかぶる。また始まる冒険！　それぞれに成長した麦わらの一味が、シャボンディ諸島に姿を現す。

シャボンディ諸島では、見せかけ…も微妙な子供たちが、麦わらの一味になりすまして大いばり。チョッパーは出会った仲間がニセ者とは分からず着いて行く。ニセルフィにからまれ銃を突きつけられたルフィは、覇気でそれをあしらう。

海底にある魚人島への航行を可能にするコーティングを終えたサニー号。ロビンが行くと、自己改造をさらに進めたフランキーがいた。ソウルキングとなったブルックはライブ中。ニセ者たちの薄情さに、チョッパーはひとり飛び出す！

ニセルフィが、本物とは知らずにルフィたちへ仕返ししようと、募っていた仲間を集める。その数100人！　電伝虫で報告する海兵をカリブーが発見。ルフィはニセ者に着いて、その場に来てしまう。その頃、ブルックのライブ会場に海軍が突入する！

ブルックはシャクヤクが手配した「人生バラ色ライダーズ」のトビウオに乗って、海軍が突入したシャボンドームから脱出。ニセルフィの大集会にも海軍が斬り込み、二体のパシフィスタを連れた戦桃丸が、本物のルフィを見つける！

麦わらの一味に迫る海軍を、レイリー、ペローナ、ハンコック、ヘラクレスン、ハレダス、トリノ王国の鳥・エリザベスたちが妨げる。おかげで一味を残らず乗せたサニー号は、魚人島へ向けて出航！　帆を張り、海底へと進んでいく。

カリブーがニセ麦わらの一味にお仕置きし、戦桃丸は麦わらの一味の成長を海軍本部に報告する。レイリーはルフィの姿に、出会った頃のロジャーを想い出し、涙ぐむ。サニー号ではフランキーが、この船を守り抜いた人物の話を始める。

サニー号を襲ったカリブー海賊団だが、船を引くモームがルフィとサンジを恐れて逃げ出す。一番乗りしたために取り残されたカリブーによると、海獣に船を引かせるのが上級者というものなのだそうだ。そこでルフィは、現れたクラーケンを手なずけようとする！

サニー号の行く手に現れたクラーケンを手なずけようとするルフィは、ギア3で巨大化させた腕を武装色の覇気で硬化させ、ゴムゴムの象銃（エレファント・ガン）を放つ。ブッ飛ばされたクラーケンの中からは、サメのメガロが出てきて…。

バンダー・デッケンのゴースト船「フライングダッチマン号」が出現。サニー号を叩こうとするフライング海賊団の大入道ワダツミを、クラーケンが殴り飛ばす！　ついにルフィが、手なずけるのに成功したのだ。その時、海底火山が噴火を始め…。

魚人島を目前にしたサニー号だが、新魚人海賊団に囲まれてしまう。傘下に入れと言われたのを、キッパリと拒否するルフィ。クー・ド・バーストでサニー号は魚人島へ突入！　ところが、あまりの衝撃に、麦わらの一味は散り散りになってしまう！

崖に上がったナミは、ロビンを抱えたフランキーと合流。ルフィたちはケイミーに助けられ、人魚の入り江に辿り着く。美しい人魚たちに歓迎され、サンジは大喜び！　そこへフカボシら、ネプチューン三兄弟がやってくる。

人魚に興奮して輸血が必要なまでに鼻血を噴き出したサンジに、血液を提供しようとする人魚や魚人はいない。ようやくチョッパーが人間を酒場で見つけ、サンジは一命を取り留める。ケイミーはルフィとウソップを、マダム・シャーリーに紹介する。

麦わらの一味と同様に新魚人海賊団に迫られ、こちらは軍門に降らざるを得なかった蟹手のジャイロ。彼らが隙をみて逃げ出した！　いきりたつムッヒら幹部を制して、新魚人海賊団の船長、ホーディー・ジョーンズが自ら追撃する！

フランキーによって厳重に樽詰めにされていたカリブーを、人魚たちが解放してしまう。ヌマヌマの実の能力に捕らえられてしまった人魚たち。ルフィが魚人島を滅ぼすという予言があるうえ、彼らには行方不明事件の疑いも掛けられている。フカボシ王子が、麦わらの一味を追う！

フライング海賊団の船長バンダー・デッケン九世は、リュウグウ王国国王ネプチューンの娘・しらほし姫に求婚していた。10年も武器を投げつけ続け、今日もバラの絵の入ったオノを贈る。彼女の部屋に迷い込んでいたルフィが、それを逸らす！

シャーリーの未来予知と人魚大量誘拐の濡れ衣は晴れず、リュウグウ王国の兵士は、ネプチューンの招いたナミ、ウソップ、ブルックに槍を向ける！　だが、2年間の修行を経た彼らは強い。先に呼ばれていたゾロも加わり…。

魚人島への突入時に見失ったサニー号を探しに、フランキーは師匠トムの弟であるデンを訪ねていた。失われた船は潮の流れにより、「海の森」に集まるというが…。そこは、ルフィの策でメガロの口に入って飛び出したしらほしが、行きたがっている場所でもあった。

ホーディ率いる新魚人海賊団と、手を組んだデッケンが、竜宮城へと急行する！　その頃、ポーネグリフを求めるロビンは、捕らえようと襲い来るリュウグウ王国の兵士を蹴散らしつつ、お魚バスに乗って海の森へと向かっていた。

「竜宮城」へ乗り込んだホーディたち。すぐにデッケンがしらほしを追い、ネプチューンは嘆く。左腕にアーロンのマークを刻むホーディは、アーロンの意思を継ぐのが「新魚人海賊団」だと宣言！　ゾロたちを海水に沈める。

ルフィは海の森へしらほしを連れ出している途中、サンジとチョッパーに再会。“人魚姫”を見てサンジは石化！　しらほし救出に一途な魚人島の浜人に、ルフィたちは捕らえられてしまう。そこへデッケンが飛来し…！

水中でホーディに一太刀浴びせたゾロを、新魚人海賊団が襲う！　竜宮城を明け渡す覚悟のネプチューンは、「人魚柔術ウルトラマリン」を放って海流を作り、部下たちと共に脱出しようとする。ところが、ホーディがそうはさせず…。

竜宮城へ乗り込む前にホーディと別れて各地へ散った新魚人海賊団の幹部たちが、同時に行動を開始していた。その一部と対峙したフカボシは、怒りを爆発させる。彼の亡き母の写真が、魚人島の民への踏み絵として使われていたからだ。

海の森にたどり着いたルフィ、ナミ、サンジ、チョッパー、フランキーに、ジンベエがある人物について語る。魚人と人間との間に横たわる歴史を変えようと立ち上がった、二人の物語だ。二人の名は、「愛の人」オトヒメ王妃と、フィッシャー・タイガーといった…。

海の森で、ジンベエがルフィ、ナミ、サンジ、チョッパー、フランキーに語る二人の物語…。天竜人が住むマリージョアを襲撃したタイガーは、「タイヨウの海賊団」を結成した。その船に、人間の少女・コアラが乗船する。

コアラを故郷へ送り届けるタイヨウの海賊団の航海は、魚人達と少女の楽しい想い出となって積み重なっていく。数週間後、目的のフールシャウト島に到着。コアラを村へ送ったタイガーは、その帰り、海兵に取り囲まれて撃たれてしまう。

タイガーは出血多量で命を落とした。人間を受け入れようと努めたものの、人間からの仕打ちが刻まれた体と心の痛みが、人間の血を拒絶したのだ。恨みを抱いたままフールシャウト島へ飛び出すアーロンは、黄猿と呼ばれる以前のボルサリーノに捕まる。

ジンベエが世界政府の申し出を受け王下七武海に加入したため、タイヨウの海賊団のうち、彼の意をくんだ者たちは魚人島へと戻ることができた。そんな時、魚人を魚類と言い捨てる天竜人の乗った難破船が、魚人島に流れ着く。