Han pasado dos años desde que la banda de Sombrero de Paja se separara. Uno a uno, van regresando al archipiélago Sabaody con muchas ganas de volver a verse. Pero su desaparición durante dos años ha provocado que unos falsos Sombrero de Paja se hagan pasar por ellos en Sabaody. Luffy se separa de Hancock y de las piratas Kuja al llegar al archipiélago. Brook reaparece dando un concierto en el parque de atracciones y Sanji llega desde el infierno donde ha vivido los últimos dos años. Nami y Ussop se reencuentran en un bar y dan una lección a los falsos Sombrero de Paja que estaban allí.

Luffy tropieza con su falso imitador y sus compañeros, y como quiere evitar meterse en lios, se deshace de ellos rápidamente. Mientras, Chopper se encuentra con los falsos Zoro, Sanji y Robin y los confunde con los verdaderos, entonces unos agentes del gobierno secuestran a la falsa Robin. En otro Grove, Sanji, despues de visitar el Sunny, busca comida para llenar la despensa y acaba por encontrarse con Zoro.

Chopper se decepciona profundamente al ver que, los que el cree son sus antiguos compañeros, no tienen intención de rescatar a Robin y se propone rescatarla él solo. Por otro lado, la Marina se empieza a preparar para frustrar el intento de reclutamiento de nuevos miembros que la banda de Sombrero de Paja ha organizado en el Grove 46. Mientras, los verdaderos Usopp y Nami encuentran a Chopper. Por su parte, Luffy se cruza con los falsos Zoro y Sanji mientras los verdaderos tienen una discusión lejos de allí.

En el Grove 46 se han reunido más de 100 piratas, algunos de ellos con recompensas altas, con la intención de unirse a la tripulación de Sombrero de Paja, sin sospechar que éstos son unos farsantes. Mientras tanto, en el Sabaody Dome, Brook esta listo para dar el último concierto a su público mientras La Marina se prepara para detenerle. En el Thousand Sunny, Rayleigh se reune con los que ya están allí para informarles que no deben atrasar más su salida del archipiélago, la Marina está a punto de actuar.

La Marina ha llegado al lugar donde los falsos Sombrero de Paja tienen reunidos a más de cien hombres para su tripulación. Al empezar un enfrentamiento entre ellos, un Pacifista localiza al verdadero Monkey D. Luffy y éste pierde su disfraz con el que pasaba desapercibido. Tras derrotar a un Pacifista demostrando su evolución en los dos años de entrenamiento, Luffy se reune con Zoro y Sanji que han llegado al Grove 46.

Toda la tripulación de Sombrero de Paja espera la llegada de su capitán en el Grove 42, y así comenzar de una vez el viaje submarino hacía la isla Gyojin. Pero la Marina se les está echando encima con tal de impedir este viaje. Sin embargo, los amigos que han echo los Sombrero de Paja en los dos años anteriores les echan una mano para que puedan zarpar sin problemas. La banda al completo se reune dos años después.

Los Sombrero de Paja ponen rumbo a la sumergida isla Gyojin gracias al coating que cubre el Thousand Sunny. Nami explica las cualidades del recubrimiento especial y Franky desvela la identidad del hombre que ha estado protegiendo el barco durante el último año.

Caribou aborda el Sunny con la intención de aniquilar a los Sombrero de Paja, sin embargo acaba quedándose solo y es reducido fácilmente. La tripulación sigue el rumbo de las corrientes submarinas hasta llegar a la gran corriente de las profundidades, pero ante ellos aparece el monstruo marino conocido como Kraken que les corta el paso y Luffy, Zoro y Sanji abandonan el barco para enfrentarse a él.

Luffy, Zoro y Sanji se enfrentan al Kraken y caen seguidos del Thousand Sunny por la gran corriente de las profundidades hacia el fondo del mar. A 7000 metros de profundidad la banda ha quedado dividida y los que quedan en el Sunny no pueden encontrar al resto. Además, no paran de aparecer monstruos marinos que obligan a Franky a usar el Coup de Burst del Sunny para huir de ellos, menguando así las reservas de aire del barco. Caribou es encerrado en un barril y el barco se aproxima a una zona volcánica justo antes de toparse con una extraña y gigantesca criatura.

La tripulación que se encuentra en el Sunny se enfrenta a un nuevo peligro. El "Holandes Errante", un antiguo barco legendario con una horrible historia aparece ante ellos como un viejo barco fantasma y su capitán, Vander Decken, quiere hundir el Sunny para hacerse con sus tesoros. Pero la aparición del Kraken ya domado por Luffy, Zoro y Sanji lo impide. Tras esto, el volcán submarino que hay tras ellos entra en erupción y obliga a todos a huir del lugar y sumergirse por una grieta submarina para llegar así hasta la isla Gyojin.

Rodeados por unos monstruos marinos montados por los Nuevos Piratas Gyojin, Franky utiliza el último Coup de Burst para huir del lugar y penetrar en la isla Gyojin, que se encuentra dentro de una gigantesca burbuja. Pero el barco pierde su recubrimiento especial y se hunde en el agua del interior de la burbuja separando a la tripulación. Luffy, Sanji, Usopp y Chopper despiertan en casa de Camie y se desconoce el paradero del resto de la tripulación.

Sanji ha encontrado su soñado All Blue en la isla Gyojin. Mientras Luffy, Chopper y Usopp hablan con las sirenas amigas de Camie, un barco de la realeza aparece buscando a los Sombrero de Paja. Sanji sufre un terrible sangrado nasal debido a la excitación acumulada y su vida corre peligro si no encuentran pronto un donante de sangre, pero una ley prohibe expresamente las transfusiones de sangre entre humanos y hombres-pez. Por si fuera poco, los Nuevos Piratas Gyojin aparecen para llevarse a Luffy al distrito Gyojin, donde se encuentra su jefe Hody Jones.

Tras buscar por la ciudad, Chopper encuentra al fin humanos que donan su sangre para salvar a Sanji. Luffy y el resto conocen a Madame Shyarly, la dueña del Mermaid Cafe y famosa por sus dotes de adivina. Brook aparece en compañía de Pappug y éste les cuenta quien es realmente el pirata Van Deckens que conocieron antes de entrar en la Isla Gyojin. Madame Shyarly tiene entonces una terrible predicción sobre el futuro próximo de la isla Gyojin.

Luffy, Brook y Usopp encuentran a Nami en la tienda de ropa de Pappug, mientras, Sanji sigue en reposo con Chopper.

Lejos de allí, el líder de los Nuevos Piratas Gyojin, Hody Jones, utiliza unas píldoras que multiplican su fuerza para acabar con una tripulación de piratas que intentaban escapar.

En Coral Hill, la tripulación tiene el honor de recibir al mismísimo rey Neptune en persona, que ha descendido desde su palacio para invitarles a un banquete.

Caribou ha escapado del barril donde estaba encerrado y aprovecha para secuestrar sirenas. Mientras tanto, el rey Neptune guía a los Sombrero de Paja, Camie y Pappug hasta el palacio Ryuugu para un banquete, pero al llegar Luffy se separa en busca de comida y llega hasta una extraña torre blindada.

Por otra parte, los rumores sobre la predicción de Shyarly en que veía a Luffy destruir la Isla Gyojin llegan hasta los hijos del rey Neptune y deciden tomar medidas de precaución.

En el interior de una torre blindada en el palacio Ryuugu, Luffy conoce a la princesa Shirahoshi, hija del rey Neptune y que se encuentra encerrada para protegerla de los certeros ataques de Vander Decken. En el interior del palacio, los soldados del rey Neptune intentan arrestar a Nami, Usopp y Brook para proteger a la isla Gyojin de la predicción de Shyarly.

Lejos de allí, en el distrito Noah, Los Nuevos Piratas Gyojin comandados por Hordy Jones y los piratas de Vander Decken sellan una alianza para acabar con el reinado del rey Neptune.

Zoro, Nami, Usopp y Brook reducen a Neptune y sus guardias y los toman como rehenes ofreciendo su libertad a cambio de conseguir un coating para el Sunny y poder así irse de la isla Gyojin. Mientras tanto, Luffy convence a la princesa Shirahoshi para salir de la torre blindada donde lleva 10 años viviendo y ella pide ir al Bosque Marino. En ese momento, unos piratas llegan golpeándose contra la torre blindada; El asalto al palacio Ryuugu por parte de las fuerzas combinadas de Hody y Decken ha comenzado.

Luffy y la princesa Shirahoshi salen del palacio Ryuugu directos hacia el Bosque Marino. Dentro de palacio, los piratas que llegaron gracias al poder de Van Decken comienzan la invasión y buscan abrir el túnel que conecta las esferas del palacio y la isla Gyojin. Franky encuentra a un familiar de su maestro Tom y le pide ayuda para encontrar el Thousand Sunny, mientras que Sanji y Chopper encuentran a Hachan malherido cerca de la costa después de que éste intentara persuadir a Hody Jones para que no atacase la isla Gyiojin.

Nico Robin se dirige al Bosque Marino para investigar un Poneglyph que se encuentra allí. Mientras Luffy y Shirahoshi van tambien al mismo destino. Dan, el hermano del carpintero naval Tom, se compromete a aplicar coating al Sunny después de escuchar la historia de Franky. Mientras tanto, en el palacio Ryuugu los piratas enviados por Van Decken han sido derrotados por los Sombrero de Paja que se encuentran allí, pero no han podido impedir la entrada a palacio de los Nuevos Piratas Gyojin y Van Decken.

En el palacio Ryuugu, Hody ha abierto una vía de agua en una de las paredes de la sala donde se encuentran los Sombrero de Paja y empieza a atacar a los soldados del rey mientras estos siguen atados. Zoro ordena liberarlos para que puedan defenderse y empieza un duelo entre él y Hody Jones. Nami pide a Camie que le haga un favor.

Mientras tanto, Decken ha salido del palacio para ir tras Shirahoshi que sigue con Luffy de camino al Bosque Marino.

Robin se encuentra con Franky y el Sunny y luego se interna en el Bosque Marino para buscar el Poneglyph.

Sanji y Chopper, tras atender a Hatchan de sus heridas, son atacados por los aldeanos de Coral Hill que los acusan de secuestrar a sirenas. En ese momento Luffy llega allí.

La princesa Shirahoshi ha sido descubierta por los aldeanos de Coral Hill que creen que Luffy intentaba secuestrarla. Sanji queda completamente paralizado al verla y los aldeanos deciden capturarles. Pero Decken llega hasta allí y lanza un ultimatum a la princesa, casarse o morir. Luffy impide que Decken haga daño a Shirahoshi enfrentándose a él.

Lejos de allí, Nami cuenta a Camie sus sospechas de que Jinbe sepa de los planes de Hody y por eso quería impedir que Luffy se enfrentara a Hody.

En el palacio Ryuugu, el rey Neptune ordena a sus vasallos abandonar el palacio al mismo tiempo que el enfrentamiento entre Hody y Zoro llega a su fin.

Pese a la aparente victoria de Zoro contra Hody, finalmente los Sombrero de Paja no pueden impedir que gracias a las Energy Steroids los Nuevos Piratas Gyojin se apoderen del palacio capturando al rey Neptune junto a Zoro, Brook y Usopp.

En los distritos inferiores, la banda de Hody ha empezado a atacar la isla Gyojin.

Mientras tanto, Luffy llega al Bosque Marino con Shirahoshi, Chopper, Sanji y un malherido Hacchan. Allí se encuentran el Sunny y a Franky. Jimbe aparece al encuentro de Luffy poco antes de que lleguen Nami y Camie con las noticias de lo sucedido en el palacio Ryuugu.

Los Nuevos Piratas Gyojin empiezan a sembrar el caos por toda la isla. Mientras tanto, en el Bosque Marino, Nami se entera de que aquel que dejó libre y a sus anchas a Arlong en el East Blue fué Jinbe. Éste decide explicar como sucedieron los echos que desembocaron en el sufrimiento de Nami, retrocediendo 11 años para contar la historia de los Piratas del Sol, el héroe Fisher Tiger y la Reina Otohime.

Jinbe empieza a contar la historia que se remonta 16 años atrás. En un época en que la reina Otohime soñaba con la armonía entre la raza humana y gyojin. Jinbe era el jefe de la guardia real y Arlong se deshacía de los piratas humanos que llegaban a la isla Gyojin. Pero el regreso a la isla de Fisher Tiger después de meses de aventura por el mundo de la superficie cambió la situación. Tiger atacaría poco después Mariejoa para liberar a los esclavos que allí se encuentraban y después fundaría la banda de los Piratas del Sol, a la que se unió Jinbe y Arlong.

Continua la historia de Jinbe sobre el pasado de los piratas del Sol.

Mientras la reina Otohime continua intentando convencer a los habitantes de la isla Gyojin para vivir junto a los humanos sin éxito, los piratas del Sol se ganan un nombre en la superficie durante tres años derrotando a marines y otros piratas. Fisher Tiger quiere evitar matar humanos para que estos no tomen represalias con su especie en el futuro pero esta decisión choca con el odio que sienten Arlong y Jinbe por los humanos. Un día llegan hasta una isla donde unos esclavos, liberados en el pasado por Tiger, le piden que acompañe a una niña, que también fue esclava, hasta su hogar en una isla lejana.

Continua el relato de Jinbe sobre la historia que convirtió la isla Gyojin en lo que es hoy día.

Después de tres años navegando con los Piratas del Sol, Koala llega a su tierra natal y se despide de la tripulación como si fuera parte de su familia. Tiger la acompaña hasta su pueblo, pero cuando regresa al barco, sufre una emboscada por parte de la Marina.

Tras en enfrentamiento, los miembros de la banda pirata solo pueden escuchar las últimas palabras de su capitán.

Tras la muerte de Fisher Tiger, Arlong es apresado por la Marina al intentar vengarle en solitario y enviado a Impel Down. Jinbe toma el relevo como capitán de los Piratas del Sol y continúan navegando.

En la isla Gyojin, la reina Otohime continua día tras día intentando conseguir firmas de los ciudadanos de la isla, pero los pocos apoyos que tenía los acaba perdiendo tras la muerte de Tiger.

Pasa el tiempo y Jinbe recibe una invitación para formar parte del Ouka Shichibukai y la acepta a cambio de amnistía a su tripulación para volver a su hogar libremente. Pero eso provoca la liberación de Arlong y un enfrentamiento entre ideas opuestas de entender el futuro. La banda Pirata del Sol finalmente se separa.

Los Piratas del Sol que se quedaron con Jinbe regresan a la isla Gyojin junto a sus familias. El nuevo Shichibukai es repudiado por parte de los habitantes de la isla que no entienden que sea ahora un siervo de los humanos.

Pasa el tiempo e inesperadamente aparece un barco que ha naufragado hasta la isla, en él viaja un malherido Tenryuubito que quería llegar a la isla Gyojin para recuperar a sus esclavos. La reina Otohime impide que éstos lo maten y toma una decisión antes de que el Tenryuubito regrese a la superficie.