Mentre la gente festeggia la fine della guerra, le supernove commentano i recenti eventi. Sengoku viene informato dell'evasione di molti pericolosi criminali, oltre ai nuovi quattro membri della ciurma di Barbanera, e che Magellan è ferito, ma vivo. Nel frattempo, Moria viene attaccato da alcuni Pacifisti e da Doflamingo che gli dice che non è più in grado di far parte della Flotta dei 7. Intanto, il sottomarino di Law riemerge accanto alla nave della Marina di Hancock alla quale afferma di essere riuscito a guarire Rufy, ma che egli non è ancora fuori pericolo. Ivankov ed i suoi uomini, che si erano nascosti sulla nave della Marina, vengono allo scoperto ed esprimono il loro supporto per Cappello di Paglia dicendo di voler tornare a Kamabakka. Dopo il risveglio, Jinbe si preoccupa per Rufy e l'imperatrice pirata ordina a Law di fare rotta per Amazon Lily.

In tutto il mondo, i pirati si scatenano nonostante la vittoria della Marina e sull'isola Foodvalten, un tempo protetta da Barbabianca, il pirata Barbabruna si impadronisce del potere. Nel frattempo, Ivankov ed i suoi partono per Kamabakka mentre gli altri si dirigono ad Amazon Lily. Una volta arrivati, il sottomarino di Law viene fatto ormeggiare sulla costa per non infrangere le leggi che impediscono l'accesso agli uomini. Dopo due settimane, Rufy si risveglia e, tormentato dalle immagini della morte di Ace, cerca di convincersi che si è trattato solo di un sogno. Jinbe riesce a farlo ragionare ed il ragazzo realizza che suo fratello è morto.

Rufy riporta alla mente il suo incontro con Ace. Dieci anni prima della guerra di Marineford, Garp affida Rufy alle cure di una banda del monte Corbo, capitanata da una donna di nome Dadan, la stessa che aveva già incaricato di occuparsi di Ace. Nonostante gli venga ordinato di svolgere alcune mansioni, Rufy preferisce seguire Ace mentre quest'ultimo va a caccia di cibo nella pericolosa foresta. Il figlio di Roger sembra essere infastidito dal giovane Cappello di Paglia e, ogni volta, lo semina mettendolo anche spesso in pericolo. Tuttavia, Rufy, determinato a diventare suo amico, continua a tentare di seguire Ace per tre mesi finché, un giorno, si ritrova al limite estremo della foresta.

Rufy, seguendo Ace, arriva al Grey Terminal, una montagna di rifiuti dove vive la feccia evitata dalla gente comune, senza alcuna legge. Ace, nel frattempo, deruba due banditi e porta il bottino al suo amico Sabo, un ragazzo che vive lì. I due, da cinque anni, raccolgono ricchezze per comprarsi, un giorno, una nave pirata con cui prendere il mare. Rufy li raggiunge e si dimostra entusiasta dell'idea dei due ragazzi volendo unirsi a loro. I ragazzi vengono rintracciati da Polchemy, dei pirati di Bluejam, che vuole riprendersi i soldi che Ace ha rubato ai suoi sottoposti. Rufy viene catturato e preso a pugni dal pirata nel tentativo di farlo parlare, ma non cede. Ace e Sabo, venuti a sapere che Rufy non li ha traditi e non ha parlato, corrono in suo aiuto.

Per salvare Rufy, catturato da Polchemy, Sabo ed Ace fanno irruzione nel suo covo, ma quest'ultimo si rifiuta di scappare e, alla fine, i due rimangono a combattere. Quando Bluejam scopre che il suo sottoposto è stato battuto da due ragazzini, gli spara senza pietà. Dopo essere divenuti tutti e tre dei ricercati, Sabo si trasferisce a vivere, insieme agli altri due, da Dadan che accetta di occuparsi anche di lui. I tre ragazzi passano il tempo combattendo contro gli animali della foresta ed i teppisti del Grey Terminal facendosi un nome anche nella città vicina.

Rufy, Ace e Sabo vivono le loro giornate allenandosi in combattimenti fra loro e compiendo marachelle nella città a nord del Grey Terminal, la capitale del Regno di Goa, di cui anche il Villaggio Foosha fa parte. Un giorno, Sabo viene fermato da un uomo che sembra conoscerlo e, quando gli altri due chiedono spiegazioni, lui confessa di essere figlio di un nobile, ma di essere scappato di casa perché i genitori erano interessati solo ad un erede per conservare il capitale. I tre discutono anche sul problema per cui, quando diventeranno pirati, potrebbero prendere strade differenti. Ace propone agli altri due di fare un brindisi scambiandosi le tazze in modo che, da quello che si dice, si diventa fratelli.

Rufy, Ace e Sabo, per sfuggire all'ira di Garp, intenzionato a punirli perché vogliono diventare dei pirati, decidono di scappare di casa e rifugiarsi nella foresta. Lì, dopo una notte passata all'addiaccio, decidono di costruire un rifugio da usare come base. Prendendo il materiale dal Grey Terminal, dopo due settimane lo completano ed immaginano come saranno le loro avventure per mare.

Rufy, Ace e Sabo, mentre sono in fuga da un enorme orso della foresta, vengono salvati da Naguri, un vecchio del Grey Terminal, che respinge l'animale con l'Ambizione. Confida ai bambini di essere stato, in passato, un capitano di una ciurma pirata e di aver perso uno scontro con Roger. A sentirlo nominare, Ace si allontana stizzito. Sabo allora rivela a Rufy e Naguri che Ace è il figlio del Re dei pirati. Nel frattempo, il padre di Sabo commissiona ai pirati di Bluejam la ricerca ed il recupero del figlio. Intanto, Dadan legge sul giornale che un Drago Celeste visiterà il Regno di Goa.

Rufy, Ace e Sabo vengono allenati per tutto l'inverno da Naguri, dopo che quest'ultimo ha fatto riflettere Ace su Gol D. Roger e le maldicenze su di lui. Il vecchio spiega al ragazzo che, nonostante non fosse stato un buon capitano, ha capito che non è solo la forza, ma anche l'approvazione della ciurma, ciò che fa di un uomo un capitano. Naguri, aiutato dai tre ragazzi, costruisce una nave sostenendo che vuole ritrovare la sua ciurma e che non è mai troppo tardi per prendere il mare. Quando, all'arrivo della primavera, la nave è completa, i tre ragazzi sono pronti per la caccia alla grande tigre. In un primo momento, i tre sono in difficoltà, ma, poi, Ace si ricorda delle parole di Naguri e, combinando i loro sforzi, riescono a sconfiggerla. Intanto, Bluejam dà ordine di informare il padre di Sabo che suo figlio è stato trovato.

Rufy Ace e Sabo vengono catturati dai pirati di Bluejam. Quando suo padre giunge sul posto per costringerlo a tornare a casa, Sabo si consegna in cambio della salvezza dei suoi due fratelli.

Bluejam svela a Rufy e Ace che le casse che hanno posizionato lavorando serviranno a far divampare l'incendio nel Grey Terminal e cerca di farsi dire dove si trova il loro tesoro.

Dadan salva Ace deviando la pistola di Bluejam. Quando i banditi, presi in salvo i ragazzi, decidono di fuggire dal pirata, Ace si rifiuta nuovamente di scappare e Dadan rimane a combattere insieme a lui mentre gli altri si allontanano. Intanto, molti degli abitanti del Grey Terminal vengono salvati da Dragon e da altri rivoluzionari, fra cui anche Emporio Ivankov ed Orso Bartholomew. Sabo viene ricatturato dalle guardie e costretto dal padre allo studio senza che possa uscire da camera sua, sorvegliato a vista da una guardia. Nonostante ciò, il giorno dell'arrivo dei Draghi Celesti, Sabo riesce a fuggire e rubare un peschereccio per prendere il mare. In quel momento, il Drago Celeste spara con un bazooka alla nave di Sabo per avere intralciato la cerimonia di arrivo.

Jalmack spara nuovamente alla nave di Sabo facendola affondare. Ace e Dadan tornano al covo dei banditi, feriti, ma vivi. Ace racconta che sono riusciti a battere Bluejam, ma che Dadan è rimasta ustionata dall'incendio per difenderlo.

Una sera, dopo la visita del Drago Celeste, Dragon torna alla sua nave ormeggiata al Villaggio di Shimoshiki portando con sé un ferito e, insieme agli altri rivoluzionari, torna a Baltigo. Nei sette anni successivi, Rufy ed Ace continuano ad allenarsi fino alla partenza di quest'ultimo. Rufy passa altri tre anni esercitandosi e seguendo, attraverso le notizie che giungono, le imprese del fratello. A 17 anni, anche lui parte riuscendo a stendere con un pugno il Signore della Scogliera al largo della costa e proclamando a gran voce che diventerà il Re dei pirati. Nel presente, Rufy, ancora disperato, sostiene di essere debole.

Garp va a fare visita al Villaggio di Foosha dove viene aggredito da Dadan, furiosa per la morte di Ace. Makino la fa ragionare dicendo che Garp sta soffrendo più di lei, ma la donna ribatte che, in realtà, quello che è più disperato è Rufy. Nel frattempo, nel Nuovo Mondo, i pirati di Barbabianca, aiutati dalla ciurma di Shanks, seppelliscono Ace ed il loro capitano mentre quest'ultimo commenta di come sconfitte e pianti facciano parte della vita di un uomo. Ad Amazon Lily, Jinbe dice a Rufy, ancora sconvolto, di non biasimare Ace per le sue azioni. Furioso, il ragazzo di gomma attacca l'uomo-pesce che, però, lo immobilizza facilmente. Quest'ultimo riesce a far ragionare Rufy che realizza di avere ancora i suoi compagni e dice di volerli rivedere.

Zoro e Perona, a Kuraigana, scoprono che ad attaccarli sono stati degli strani babbuini che usano le armi come fossero esseri umani. Lo spadaccino non riesce a tenere loro testa a causa delle ferite riportate a Thriller Bark ed alle isole Sabaody, ma, all'improvviso, appare Drakul Mihawk. Chopper, nel Regno degli uccelli, riesce a non farsi mangiare dalla tribù che lo aveva catturato ed a far stabilire la pace fra uomini ed uccelli. Usop, nell'arcipelago Boeing, è diventato enormemente grasso. A Kamabakka, Sanji sembra essersi convertito alla vita da okama. A Tequila Wolf, Robin viene soccorsa dall'armata rivoluzionaria. A Weatheria, Nami sta apprendendo i segreti della scienza del clima. Franky, nel Regno di Barjimoa, ha sconfitto l'orso meccanico a guardia del laboratorio di Vegapunk e trovato della cola. Brook è ancora in compagnia degli abitanti di Namakura. Tutti i membri della ciurma apprendono che Ace è morto.

Rayleigh arriva ad Amazon Lily attraversando a nuoto la fascia di bonaccia. Lì ritrova Law e la sua ciurma che decidono di lasciare l'isola. Mentre Rufy e Jinbe incontrano Rayleigh, le sorelle gorgoni e la vecchia Nyon li raggiungono. Il Re Oscuro ricorda quando le tre amazzoni, scappate da Marijoa, vissero con lui e Shakuyaku finché Nyon, allora imperatrice Gloriosa, le riportò sull'isola delle donne. Inoltre, rivela che Orso Bartholomew gli ha riferito che lui militava nell'armata rivoluzionaria di Dragon e che voleva salvare la ciurma di Rufy. In seguito, Orso si era ripresentato da Rayleigh dicendo di non avere più tempo ed indicandogli la direzione in cui aveva spedito il ragazzo. Grazie a Shakky, il Re Oscuro ha ipotizzato che, alla fine della guerra, Rufy sarebbe tornato ad Amazon Lily e gli fa capire che, se tornasse alle Sabaody, verrebbe sconfitto nuovamente. Intanto, Usop tenta di lasciare l'arcipelago Boeing perché vuole raggiungere Rufy per stargli vicino.

Rufy afferma di voler tornare all'arcipelago Sabaody per riunirsi ai suoi compagni, ma Rayleigh gli propone un'idea alternativa. Nel frattempo, a Weatheria, Nami tenta di lasciare l'isola nel cielo rubando delle bolle temporali e dei libri sulla scienza meteorologica, ma non riesce a controllare la capsula con la quale stava fuggendo e viene imprigionata. Dopo avere spiegato le sue motivazioni agli abitanti, questi la liberano e la ragazza tenta nuovamente la fuga, questa volta portando con sé Haredas. Intanto, sull'isola Karakuri, anche Franky è intenzionato a ritornare da Rufy e si introduce nuovamente nel laboratorio del dr. Vegapunk per rubare una nave rompighiaccio, unico mezzo per lasciare l'isola. Nonostante fosse stato avvertito di non toccare il pulsante di autodistruzione, il cyborg schiaccia il bottone raffigurante una bandiera pirata e distrugge il laboratorio dando luogo all'incidente noto come "l'incubo di Barjimoa".

A Kuraigana, Perona si dispera per la morte di Moria, ma Mihawk le dice di averlo visto ancora vivo alla fine della battaglia.

Jinbe, Rayleigh e Rufy prendono il controllo di una nave della Marina con la quale oltrepassano il Cancello della Giustizia di Marineford.

Rufy, insieme a Jinbe e Rayleigh, giunge a Marineford con una nave della Marina, circumnaviga la baia, approda e suona sedici volte la campana di Ox.

Bagy, Mr.3 e gli ex-prigionieri di Impel Down si riuniscono alla ciurma di Bagy. Mentre festeggiano il ritorno del capitano, il ritrovamento del marchio del tesoro del Capitano John ed il fatto che molti potenti pirati si siano uniti a loro, Mr. 3 riceve una lettera del Governo e rimane scioccato nel leggerne il contenuto.

Law informa la sua ciurma che non ha intenzione di muoversi subito nel Nuovo Mondo per lasciare che le altre supernove si eliminino tra di loro. Nel frattempo, nel Nuovo Mondo, X Drake affronta alcuni uomini di Kaido e Scratchmen Apoo e la sua ciurma, fuggendo da alcuni cinghiali selvatici, scoprono una strada invisibile nel cielo. Su un'isola in fiamme, Barbanera e la sua ciurma catturano Jewelry Bonney, ma la abbandonano quando vedono arrivare Akainu che la prende in custodia. Intanto, a Marijoa, Doflamingo racconta di avere visto svanire il morente Moria, anche se afferma di dubitare che sia sopravvissuto. Il membro della Flotta dei 7 dice, inoltre, di essere pronto a sciogliere la sua alleanza con il Governo mondiale qualora lo ritenesse necessario. Nel Regno di Torino, Chopper ritorna sull'isola degli uccelli e, dopo avere ricordato vari momenti del suo passato, inizia a studiare nella biblioteca locale per diventare più forte.

A Weatheria, Nami si lascia raggiungere dagli scienziati e li inganna convincendoli a farla rimanere sull'isola per studiare la scienza meteorologica. A casa di Haredas, Nami gli racconta del suo capitano e pensa a come applicare la meteorologia per essere utile a Rufy. Nel frattempo, sull'isola Karakuri, mentre i marine indagano sulla distruzione del laboratorio, Franky ne trova un secondo, nascosto nelle montagne, dove decide di stabilirsi per studiare i progetti lasciati dal dr. Vegapunk. Intanto, a Kamabakka, Sanji apprende che, attraverso il cibo, si potrà fortificare, ma Ivankov non vuole rivelargli i segreti della cucina locale a meno che egli non intraprenda la via dei newkama, cosa che il ragazzo si rifiuta categoricamente di fare. In alternativa, gli viene proposto di affrontare i 99 grandi maestri cuochi dell'isola per avere le ricette e Sanji, motivato dal voler aiutare Rufy, accetta ed inizia a battersi con i newkama.

Nel Regno di Teena Geena, Brook riporta alla mente il suo passato assieme a Rufy e, dopo avere deciso di allenarsi per diventare più forte, intona il suo nuovo singolo "Bone to be wild". Intanto, Robin raggiunge la nave dei rivoluzionari e, conscia del supporto ricevuto in passato da Rufy, decide di accettare la loro offerta e di raggiungere Baltigo per incontrarsi con Dragon.

Dopo avere ringraziato Rufy, Jinbe fa ritorno all'isola degli uomini-pesce promettendo a Rufy che si rivedranno. Su richiesta di Rayleigh, la nave di Hancock raggiunge Rusukaina un'isola abbandonata a nord-ovest dell'isola delle donne. Salutate Hancock e le Kuja, Rayleigh spiega a Rufy il funzionamento dell'Ambizione e approfitta dell'attacco di un elefante gigante per illustrarne le varie tipologie.