Con el destino de Luffy en juego, Law empieza la operación para salvarle la vida. Mientras, las noticias del fin de la guerra y la victoria de la Marina llena de celebraciones el mundo entero, pero a pesar de todo, hay nuevos problemas: Kurohige está libre con sus nuevos compañeros reclutados en el nivel 6 de Impel Down, los territorios protegidos por Shirohige caen bajo el ataque de sus enemigos y las palabras postumas de éste, anunciando que el One Piece existe, desencadena una ola de piratería por todos los mares.

Iva se despide de Jinbe y los otros para dirigirse a su reino Kamabakka. Boa Hancock, los piratas de Law y Jinbe se dirigen a Amazon Lily para ocultar a Luffy hasta que se recupere. Ya instalados, Luffy se despierta y empieza a arrasarlo todo en busca de Ace.

Luffy es llevado por su abuelo hasta el hogar de la Familia Dadan y allí conoce a Ace, que muestra un gran desprecio hacía Luffy, incluso cuando éste lo único que quiere es ser su amigo y acompañarlo a todas partes, pero Ace se deshace de él siempre molesto por su presencia. Aún así Luffy no se rendirá.

Después de cruzar el bosque en busca de Ace, Luffy llega hasta un lugar llamado Gray Terminal, donde no hay leyes y es el hogar de muchos sin techo. Allí ve como Ace roba a unos piratas y se lleva el botín al bosque, hasta un escondite donde comparte un gran tesoro con otro niño llamado Sabo. Entonces aparecen unos piratas y se llevan a Luffy como rehén para interrogarle sobre dónde esconde Ace y Sabo el tesoro.

Ace y Luffy consiguen rescatar a Luffy derrotando a Porchemy, pero el capitán de los piratas Bluejam no pasa por alto este ataque a su banda y jura vengarse. Gracias a este rescate, Luffy por fin empieza a llevase bien con Ace y Sabo.

Sabo se instala a vivir con la Familia Dadan en el Monte Corvo, estrechando así la amistad con Ace y Luffy. Los tres hacen incursiones a Gray Terminal y a la ciudad con frecuencia, y en una de éstas, Sabo se cruza con su padre y hace ver que no lo conoce. Después de esto, les cuenta a Ace y Luffy quien es él en realidad.

Hartos de estar siempre de malas con Dadan, Ace, Luffy y Sabo deciden valerse por si mismos y construir una guarida para ellos y así continuar con sus sueños de llegar a ser piratas.

Ace, Sabo y Luffy están de caza y aparece un enorme oso que pone en aprietos a los tres hermanos, entonces un viejo capitán pirata que pasaba por allí les salva la vida usando Haki para detener al oso. Éste les cuenta que hace años luchó contra Gold Roger y perdió la batalla y a su tripulación. Ace al oír esto se marcha enfadado y Sabo le cuenta a Luffy quien es el padre de Ace.

Ace, Sabo y Luffy ayudan a Naguri en la construcción de su barco pirata. Al mismo tiempo se lanzan un desafío entre ellos, aquel de los tres que consiga derrotar al tigre gigante será capitán cuando tengan su propio barco. Pese a todo, los intentos por vencer al felino van fracasando uno tras otro.

Sabo, Luffy y Ace son capturados en Grey Terminal por los piratas Bluejam que habían sido contratados por el padre de Sabo para recuperar a su hijo. Con la promesa de su padre de que Ace y Luffy no sufrirán ningún daño si vuelve a casa, a Sabo no le queda más remedio que volver a la alta sociedad. Pero una vez allí se entera del plan del rey para "limpiar la basura" de Gray Terminal antes de la llegada de un Tenryuubito al país.

Sabo queda atónito de la pasividad e indiferencia de los nobles de la ciudad frente al plan de incendiar Gray Terminal con todos sus habitantes y corre para advertir a sus hermanos del peligro. Ace y Luffy, ajenos al desastre que se avecina, están ayudando a los piratas Bluejam a colocar unas misteriosas cajas por todo Gray Terminal sin saber su contenido. Cuando el fuego estalla, todos se ven atrapados entre las llamas.

Mientras Dadan y Ace se quedan atrás luchando contra Bluejam entre las llamas, el resto de la familia Dadan y Luffy consiguen escapar, pero les queda la incógnita de si Dadan y Ace regresarán. Días después, Sabo acepta que nunca tendrá la libertad que él busca viviendo entre nobles y prepara todo para huir de la isla el mismo día que el Tenryuubito visita el país.

El barco de Sabo es completamente destruido por el fuego del Tenryuubito que no puede soportar su presencia. Al mismo tiempo, Ace y Dadan regresan a la casa de los bandidos para alivio de Luffy y el resto de la familia, pero la alegría dura poco, Dogra llega con las malas noticias de la muerte de Sabo. Días después, Ace recibe una carta de Sabo que fue escrita antes de que emprendiera su corto viaje por el mar.

Aunque van pasando los años, Ace y Luffy no dejan de entrenar duro ni un día con tal de conseguir ser lo bastante fuertes como para salir al mar a cumplir sus sueños. El primero en hacerlo es Ace, y tres años después le llega el turno a Luffy de emprender su propia aventura.

Garp llega a la isla Fuschia con la intención de protegerla de cualquier ataque debido al auge de la piratería tras la muerte de Shirohige, pero Dadan no verá con buenos ojos su visita. Mientras, en algún lugar del Nuevo Mundo, tiene lugar el funeral de Ace y Shirohige. En Amazon Lily, Luffy sigue descontrolado por la rabia y tristeza de haber perdido a su hermano y se enfrenta a Jinbe que intenta calmarlo aún teniendo que emplear su fuerza contra él. Jinbe recuerda a Luffy que todavía tiene compañeros por los que seguir viviendo.

Zoro se enfrenta a los Babuinos pero sus heridas se vuelven a abrir y no le permiten luchar bien, pero cuando todo parecía perdido aparece Mihawk que asusta a los animales armados solo con su presencia y se dirige hacía Zoro. Lejos de allí, Chopper logra que las aves gigantes y los humanos dejen de enfrentarse tras entender los motivos de su enfrentamiento. Es entonces cuando las noticias de lo sucedido en Marineford empiezan a llegar a cada uno de los compañeros de Luffy.

Rayleigh ha aparecido en Amazon Lily con la intención de hablar con Luffy sobre sus planes de futuro, momento que aprovecha Trafalgar Law para marcharse. Mientras, en el archipiélago Boin, Usopp no termina de asimilar las malas noticias y busca desesperadamente la forma de regresar al archipiélago Sabaody.

Mientras Luffy y Rayleigh deciden que hacer a continuación, Nami es encarcelada por intentar robar una barca y diverso material de los investigadores meteorológicos. Por otro lado, Franky busca la forma de regresar con Luffy y vuelve al laboratorio del Dr. Vegapunk en busca de un barco rompehielos que le ayude a salir de la isla de invierno.

Zoro despierta en la mansión de Mihawk donde se recupera de sus heridas, pero decide que no tiene tiempo que perder e intentará salir de la isla Kuraigana. Los Humandril se vuelven a interponer en su camino y empieza una lucha mortal bajo la mirada de Mihawk. Por otro lado, Brook también quiere regresar con Luffy, pero antes debe ayudar a los aldeanos de Namakura en su lucha contra la tribu Longarm.

Luffy pone rumbo de nuevo a Marineford. Mientras, Chopper y Nico Robin se dirigen al Archipiélago Sabaody cuando reciben nuevas noticias de su capitán. Por otro lado, Sanji se ve las caras con Emporio Ivankov en su intento por salir del Reino Kamabakka.

Luffy regresa brevemente a Marineford en compañía de Jimbe y Rayleigh. La noticia sobre el extraño comportamiento del capitán de los Mugiwaras da la vuelta a un mundo que está en pleno proceso de transición entre dos eras.

Buggy se reúne con Alvida y su antigua tripulación cuando le llega las nuevas noticias sobre Luffy. Mientras tanto, la banda de Duval se encarga de defender el Thousand Sunny de los bandidos que intentan robarlo. Por otro lado, la banda de Sombrero de Paja va captando el mensaje que su capitán les ha hecho llegar a través del News Co.

Los piratas que llegan de la Grand Line empiezan a moverse y agitar el Nuevo Mundo para ocupar el puesto dejado por Shirohige. Por otro lado, Chopper regresa a la isla Torino con la intención de quedarse y aprovechar los conocimientos médicos de los habitantes para ser de más ayuda a su capitán en el futuro.

Nami toma la decisión de quedarse en Weatheria y le pide a Haredas que le enseñe todo lo que sabe sobre climatología. Franky, por su parte, tiene el cuerpo destrozado por la explosión del laboratorio y encuentra un lugar en el que aprender de los conocimientos de Vegapunk. Sanji acepta el reto de Ivankov y se enfrentará a los maestros del Okama Kenpo para hacerse más fuerte.

En la Isla Nakamura, Brook toma la decisión de fortalecerse para poder serle de más ayuda a Luffy. Mientras, Nico Robin viaja en barco hacia Baltigo donde se reunirá con el jefe del ejército revolucionario, Dragon. En el Archipiélago Boin, Ussop se entrena para perder peso y así hacerse más fuerte para poder ayudar a Luffy a ser el Rey de los Piratas. En Kuraigana, Zoro suplica a Mihawk para que sea su maestro y así poder cumplir la promesa que le hizo a Luffy.

Tras despedirse de Jimbe, Luffy viaja con Rayleigh hasta Rusukaina, una temible isla donde se llevará a cabo su entrenamiento para conseguir dominar los distintos tipos de Haki que existen. Tendrá dos años por delante antes de reunirse con sus compañeros en Sabaody.