El Going Merry se salva en el último momento de ser arrollado por el Umi Ressha, un tren marino que se dirige a la capital del agua, Water 7. Hasta allí llega la tripulación con la idea de encontrar un carpintero que les pueda reparar el barco.

Luffy, Usopp y Nami buscan un lugar para cambiar por dinero el oro que han traido de Skypiea. Sanji sale a buscar ingredientes para la comida, Chopper y Nico Robin a visitar la ciudad y Zoro se queda vigilando el barco.

Luffy, Nami y Usopp consiguen cambiar el oro por dinero y llegan a los astilleros de Galley-La Company donde piden a Kaku, uno de los capataces del muelle uno, que les valore cuanto costaría reparar el Going Merry. Mientras tanto, Nico Robin ha desaparecido y Chopper no es capaz de encontrarla. En el Going Merry, Zoro se deshace de algunos miembros de la familia Franky que querían asaltar el barco.

Mientras Luffy habla con Iceburg, el alcalde de Water 7, le roban dos de las maletas donde llevaba el dinero para reparar el barco pero estas son recuperadas por Pauli, otro capataz de la Galley-La. Más tarde regresa Kaku tras echarle un ojo al Going Merry y da su valoración sobre la reparación del barco.

La valoración de los daños hecha por Kaku no deja lugar a dudas, el Going Merry no se puede reparar. Además, Usopp y el dinero han desaparecido. Nami encuentra a su compañero malherido que le cuenta que la familia Franky le ha asaltado y se han llevado el dinero.

Usopp intenta él solo recuperar el dinero yendo a la Franky House, pero nada puede hacer contra la familia Franky. Más tarde, Luffy, Zoro, Sanji y Chopper acuden al lugar para vengar a su compañero y recuperar el dinero, pero Franky se lo ha llevado. La Franky House queda destruida y tras regresar al barco, Luffy toma una decisión importante.

Usopp no se cree que el Going Merry sea irreparable y no acepta que Luffy quiera un barco nuevo. Decepcionado por la decisión de su capitán, Usopp abandona la tripulación y reta a Luffy a un duelo por el Going Merry.

Usopp se enfrenta a Luffy en un combate en que los recuerdos de las aventuras vividas por los dos estarán presentes. Pese a la diferencia de fuerzas, Usopp se enfrenta duramente a Luffy. Finalmente, cae derrotado y Luffy le comunica que se puede quedar con el barco.

Mientras los Sombrero de Paja descansan en un hotel, les llegan la noticia de que han atentado contra Iceburg hiriéndolo. Mientras Nami y Chopper buscan información sobre quien ha podido disparar al alcalde, Luffy se dirige a los astilleros para negociar la compra de un barco cuando aparece Franky dispuesto a vengar a su familia y la Franky House.

Mientras Luffy lucha contra Franky, Iceburg recupera la conciencia y cuenta que quien le disparó fue Nico Robin acompañada de otro hombre. Los capataces de Galley-La Company creen entonces que la tripulación de Sombrero de Paja está detrás del atentado y detienen la batalla entre Franky y Luffy para capturar al capitán.

Luffy se enfrenta ahora a Franky y a los capataces de Galley-La Company que creen que Luffy y su banda están detrás del atentado a Iceburg. Mientras, Sanji y Chopper quieren advertir a Usopp de que esa noche el Aqua Laguna, una terrible subida de marea, caerá sobre la parte baja de la ciudad y está en peligro si se queda en el Going Merry. Luffy consigue llegar hasta Iceburg y éste le pide hablar con Nico Robin, aun desaparecida.

Los Sombrero de Paja deben esconderse ya que son buscados por toda la ciudad en relación al atentado a Iceburg. Nico Robin está reunida con una misteriosa organización llamada CP9 y cuando Sanji y Chopper la encuentran, Robin les comunica que nunca más volverán a verla.

Sanji pide a Chopper que le comunique a los demás lo sucedido con Nico Robin mientras él se encarga de buscarla y obtener respuestas a su comportamiento. Mientras, Usopp quiere reparar él solo el Going Merry para que pueda soportar el Aqua Laguna y Franky decide capturarle para así atraer a Luffy hasta su guarida. Luffy decide entonces encontrarse con Nico Robin esa misma noche que es cuando se espera vuelvan a atacar a Iceburg.

Los Sombrero de Paja se dirigen a las oficinas de Galley-La Company, donde se encuentra Iceburg, cuando ven que el CP9 empieza el ataque a la sede. La organización tiene la intención de conseguir unos extraños planos que están en posesion del alcalde de la ciudad.

El caos se ha adueñado de la sede de Galley-La Company. Nico Robin está con Iceburg teniendo una tensa conversación sobre su pasado y el arma ancestral Plutón. El CP9 cada vez está más cerca de conseguir su objetivo y Luffy se encuentra atrapado con Pauli en una habitación. Finalmente, El CP9 se quita las máscaras en presencia de Iceburg.

Para sorpresa de todos, el CP9 ha estado los últimos años muy cerca de Iceburg para así descubrir el paradero de los planos de Plutón. Rob Rucchi consigue unir cabos y cree que Franky es quien tiene ahora los verdaderos planos de Plutón, en ese momento Pauli, Luffy y el resto de la banda llegan hasta la habitación de Iceburg. Mientras, Franky ha capturado a Usopp y se lo lleva a su guarida.

Luffy pide a Nico Robin que vuelva a la tripulación, pero ella se niega para poder así cumplir su deseo y se marcha. Al tratar de impedir que se marche, Rob Rucchi le corta el paso a Luffy.

Rob Rucchi ha resultado ser poseedor de una habilidad tipo Zoan del leopardo y él solo se deshace de Zoro y Luffy arrojándolos desde la ventana a la parte baja de la ciudad. El resto del CP9 se encargan de Chopper, Nami, Iceburg y Pauli y abandonan el edificio que ya está en llamas para ir en busca de Franky, que en ese momento está en su guarida con Usopp.

Franky ha llevado a Usopp y el Going Merry a su guarida. Allí le explica a Usopp por qué el barco no será capaz de volver a navegar hasta la próxima isla y Usopp acaba por aceptarlo tras ver la quilla del barco. En ese momento, el CP9 llega a la guarida de Franky.

Franky, antes conocido como Cutty Flam, se enfrenta al CP9 y recibe la noticia de la muerte de Iceburg, entonces recuerda la historia de como se conocieron trabajando juntos para Tom, el hombre que construyó el Umi Ressha, en la Tom Workers.

Años atrás, Spandam era un representante del gobierno que acusaba a Tom de haber construido el barco de Gold Roger, a cambio de su libertad solo quería los planos de Pluton pero Tom negaba que él los tuviera. El gobierno decide posponer su juicio hasta que termine de construir el Umi Ressha. Años despues, el día del juicio llega y Spandam utiliza los barcos de un aprendiz de Tom, Franky, para atacar al barco judicial del gobierno y así culpar a Tom del ataque.

Los aprendices de Tom fueron arrestados por el ataque al barco del gobierno. Tom pide al juez que perdone el ataque de los barcos de Franky a cambio de declararse culpable de haber construido el Oro Jackson. El juez acepta y Tom es ejecutado. El joven Franky, lleno de rabia intenta detener el Umi Ressha con sus manos, siendo arrollado por el tren y dado por muerto.

Chopper saca a Nami, Iceburg y Pauli de entre las llamas de las oficinas de la Galley-La. Cuando recobran el conocimiento, Iceburg le cuenta a Nami la verdad sobre la traición de Nico Robin a los Sombrero de Paja. Al enterarse, Nami y Chopper corren en busca de Luffy y Zoro para contarles los motivos de Nico Robin para abandonarles. Mientras, Kaku arroja el Going Merry al mar ya enfurecido por la tormenta y el CP9 captura a Franky y Usopp.

El Aqua Laguna se acerca a la ciudad y Nami corre hacia el Umi Ressha para detener a Robin antes de que salga el tren. Los carpinteros de Galley-La Company ayudan a Chopper a buscar a Zoro y Luffy, que cayeron a la parte baja de la ciudad.

El Umi Ressha a partido de la estación y Sanji ha subido al tren con la intención de rescatar a Nico Robin. Nami lee una nota de Sanji en la estación donde le cuenta que Usopp también va en el tren marino. Nami regresa a la parte alta de la ciudad ya que el Aqua Laguna está cada vez más cerca y es peligroso permanecer en la zona baja.

Nami y Chopper encuentran a Luffy y Zoro atrapados en dos edificios en una zona que va a ser arrasada por el Aqua Laguna y emprenden una carrera para salvarlos de una muerte segura. Luffy y Zoro salen de su aprisionamiento cuando el Aqua Laguna llega a la ciudad.

Sanji avanza desde el último vagón del Umi Ressha pero se tiene que enfrentar a innumerables soldados de La Marina. En Water 7, Luffy quiere ir tras el Umi Ressha y pide un barco a Pauli, pero es imposible navegar con el Aqua Laguna azotando la ciudad. Entonces la vieja Kokoro indica a Luffy como llegar hasta el Rocket Man, un prototipo de tren marino anterior al Umi Ressha y que podría ser capaz de atravesar el Aqua Laguna.

El Rocket Man consigue salir al mar y engancharse a la vías. Los Sombrero de Paja, Galley-La Company y la familia Franky, que busca rescatar a su jefe, forman una alianza para derrotar al CP9 y liberar a sus amigos.

Un nuevo tsunami provocado por el Aqua Laguna se dirige al Rocket Man, por lo que Luffy y Zoro tendrán que combinar sus ataques más poderosos con tal de abrirse hueco a través de la super ola. En el Umi Ressha, Sanji ha liberado a Franky y Usopp y se pone en contacto con el Rocket Man para ponerles al corriente de la situación.

Usopp se desentiende de los problemas de la banda y se niega a ayudar a Sanji. Pero luego aparece un misterioso enmascarado llamado Sogeking que ofrece su ayuda a Sanji y Franky para llegar al primer vagón donde el CP9 tiene a Nico Robin.

Tras soltar los últimos dos vagones del tren donde estaban los soldados de La Marina, el grupo compuesto por Sanji, Usopp y Franky llega hasta el vagón-cocina donde el cocinero del tren les corta el paso. Sanji se queda para enfrentarse a él mientras que Usopp y Franky continuan adelante. Franky se encuentra con Nero, el miembro más joven del CP9 y Sogeking llega hasta el primer vagón donde está Nico Robin.

Franky se enfrenta a Nero en el tejado del tercer vagón del tren mientras Sanji sigue su duelo con el cocinero. Sogeking le dice a Nico Robin que la banda de Sombrero de Paja está de camino para liberarla y que ya conocen sus motivos para haberlos abandonado.

Zoro se deshace de los vagones que Sanji había soltado al paso del Rocket Man y ahora tiene enfrente al capitán T-Bone que quiere cortar por la mitad el Rocket Man, llega el momento de la lucha entre estos dos grandes espadachines. Mientras tanto, Sanji y Franky derrotan a sus rivales y llegan hasta el CP9.

Sogeking consigue rescatar a Robin del primer vagón y llegar hasta Sanji y Franky, que se sacrifica para darles la oportunidad de escapar a Sanji, Sogeking y Robin. Pero Blueno consigue llegar hasta ellos gracias a su habilidad de abrir puertas en cualquier parte.

El intento de rescate de Robin ha fracasado cuando Blueno se la lleva de vuelta al Umi Ressha tras amenazarla con usar la Buster Call contra los Sombero de Paja. Sanji y Sogeking, derrotados por Blueno, se quedan solos. Finalmente, el Umi Resha con el CP9, Franky y Robin llega a Enies Lobby.