Usop, Zoro e Johnny arrivano nell'isola in cui Nami è sbarcata. Dopo aver ormeggiato scoprono che essa è controllata da un manipolo di temibili uomini-pesce guidati da Arlong. Zoro viene catturato e scopre che Nami è un membro della loro ciurma.

Nami libera Zoro intimandogli di abbandonare l'isola con tutti gli altri. Usop incontra la sorella di Nami, Nojiko.

Usop viene catturato dagli uomini-pesce. Apparentemente Nami uccide Usop gettandolo in acqua. Johnny assiste alla scena. Rufy, Sanji e Yosaku giungono nell'isola. Incontrati gli altri, Johnny racconta a tutti l'omicidio operato da Nami. Nessuno però gli crede.

Usop ritorna dai suoi amici. Racconta che Nami gli ha salvato la vita fingendo di ucciderlo. Per far ciò Nami si è pugnalata la mano e ha gettato Usop in mare.

Giunge Nojiko e racconta a tutti il passato di Nami. Le due sorelle erano state adottate da una giovane donna di Coconut Village: Bellmer. Ella crebbe le due bambine fino a quando giunsero nell'isola gli uomini-pesce. Essi imposero a tutti gli abitanti del villaggio dei pagamenti in denaro. Bellmer non potendo pagare per sé e le sue figlie, si ribellò e fu uccisa da Arlong.

Nojiko continua il suo racconto. Arlong, venuto a conoscenza dell'abilità di Nami nel disegnare le cartine nautiche, decide di portarla con sé. Dopo alcuni giorni, la bambina torna al villaggio dichiarando a tutti di essere entrata nella ciurma di Arlong. In verità, Nami è arrivata ad un accordo con Arlong: in cambio di 100 milioni di berry avrebbe riscattato il Villaggio di Coco. Mentre Nojiko è intenta nel raccontare questa triste storia, la Marina giunge nell'isola con l'intenzione di sequestrare tutti i tesori di Nami.

La Marina in combutta con Arlong, che non vuole perdere il prezioso contributo di Nami, sequestra il tesoro della ragazza. La popolazione del villaggio di Coco capitanata da Genzo, venuta a conoscenza del fatto ed essendo consapevole del patto stipulato con Arlong, decide di ribellarsi e di attaccare la base degli uomini pesce. Nami disperata chiede finalmente aiuto a Rufy e alla sua ciurma.

Rufy, Sanji, Zoro e Usop decidono di sfidare la ciurma di Arlong. Intanto Johnny e Yosaku si mettono alla guardia delle porte di Arlong Park per evitare l'intervento dei cittadini.

Rufy rimane intrappolato in un blocco di pietra e Arlong lo lancia in acqua. Zoro e Sanji vorrebbero aiutare il loro capitano ma vengono trattenuti dai luogotenenti di Arlong Hacchan e Kuroobi.

Zoro riesce a sconfiggere Hacchan ma non può più combattere. Sanji intento a liberare il capitano deve lottare contro Kuroobi. Usop fugge dalla base degli uomini-pesce seguito dall'ultimo luogotenente di Arlong: Pciù.

Sia Kuroobi che Pciù vengono sconfitti, ma anche Sanji non è più in grado di combattere. Nojiko e Genzo liberano Cappello di paglia. Inizia lo scontro con Arlong.

Continua lo scontro tra Rufy e Arlong. Il giovane pirata appare in difficoltà.

Rufy sconfigge Arlong e distrugge il suo palazzo. Anche lo studio simbolo della prigionia di Nami viene distrutto.

Inizia una gran festa al villaggio di Coco per la sconfitta di Arlong. Nami decide di prendere il mare con i suoi nuovi amici, desiderosa di realizzare il suo più grande desiderio: disegnare una cartina del mondo intero. Prima di partire Nami deruba tutti i suoi concittadini per stemperare la tristezza derivante dalla sua partenza.

Saliti sulla nave, la ciurma scopre un volantino con il volto di Rufy ed una taglia di 30 milioni di berry. Mihawk, venuto a conoscenza del fatto, decide di portare la notizia a Shanks il rosso.

Bagy il Clown, dopo varie vicissitudini, arriva nell'isola del vecchio pirata Gaimon con il quale stringe una sincera amicizia. Successivamente, incontra Albida che, dopo avere mangiato uno dei frutti del diavolo, quello Swish-Swish, che rende il corpo scivoloso, è diventata anche una bellissima donna.

Moji e Kabaji, convinti della morte dell'amato leader, iniziano a combattere fra di loro per decidere chi sarà il nuovo capitano. Dopo una lunga lotta sembra prevale Richi, il leone di Moji, che li colpisce nel sonno. Nella notte i pirati vengono catturati da un gruppo d'indigeni. Ma Bagy e la sua nuova alleata vengono in aiuto dei pirati liberandoli.

La Going Merry arriva a Rogue Town, isola natale del grande Re dei pirati Gol D. Roger dove fu anche giustiziato. I membri della ciurma si dividono per far compere. Rufy va alla ricerca del luogo in cui fu giustiziato Gold Roger. Incontra Smoker, un capitano della Marina. Giungono nell'isola anche Bagy ed Albida alla ricerca di Rufy.

Zoro con l'aiuto di Tashigi, vice di Smoker, acquista le sue nuove spade. Esse sono dotate di un grande potere. Bagy continua a cercare Rufy.

Usop intento a comprare un nuovo paio di occhiali da cecchino inizia a litigare con una bambina. Lei è la figlia di Daddy Masterson, un temibile cacciatore di pirati ormai in pensione, che sfida a duello Usop. Il pirata dal naso lungo riuscirà nell'impresa dimostrando il suo coraggio e la sua grande precisione.

Sanji, mentre è alla ricerca di cibo per le scorte della nave, incontra un pesce molto raro che però non è in vendita, ma può essere vinto solo partecipando ad un concorso di cucina. Sanji decide di partecipare e seppur ostacolato dalla bella Carmen, riesce a vincere.

Rufy finalmente trova il luogo in cui fu giustiziato Gold Roger. Ma viene trovato anche da Bagy, Albida e anche dalla Marina. Rufy sta per essere giustiziato sulla gogna in cui anche il re dei pirati fu ucciso. Miracolosamente Rufy riesce a salvarsi e con la sua ciurma riesce a scappare verso la Going Merry. Bagy, la sua ciurma e Albida vengono catturati dalla Marina, ma riescono poi a fuggire e a prendere il mare.

I pirati riprendono il mare essendo ormai arrivati ai confini della Rotta Maggiore. Sulla nave i cinque pirati ribadiscono i loro desideri e la loro amicizia.

In una notte tempestosa una bambina di nome Apis scappa da una nave della Marina. La bimba giunge sulla nave di Cappello di Paglia. All'inizio è un po' intimorita dai pirati, ma ben presto familiarizza con loro, confidandogli così di essere fuggita dalla Marina.

Giunti nell'isola di Apis, la bimba conduce i giovani dal suo anziano nonno. La bambina durante un estenuante racconto del vecchio sparisce nel nulla. Rufy, avendola seguita, scopre che Apis ha come amico un vecchio drago di nome Ryu. La bambina può comunicare con lui in quanto ha mangiato uno dei frutti del diavolo ovvero quello Whisper-Whisper che le permette di parlare con qualsiasi animale.

Il vecchio Ryu esprime il desiderio di andare nell'isola perduta in cui afferma potrebbe riprendere le forze. Erik, un mercenario al soldo dell'ammiraglio di divisione Nelson (che vuole ottenere l'immortalità con le ossa del vecchio Ryu), arriva sull'isola. Erik ha mangiato uno dei frutti del diavolo, quello Gust-Gust che gli permette di scatenare fendenti d'aria tagliente dalle mani. La ciurma di Rufy però riesce a prendere il mare con Ryu e Apis.

La ciurma di Rufy arriva in quella che dovrebbe essere l'isola perduta ma ben presto capiscono che non è quella. In essa però trovano le indicazioni per quella vera.

Erik, che ha ormai raggiunto la Ciurma di Cappello di Paglia, si scontra con Zoro. Nel frattempo, gli altri riprendono il mare, ma si ritrovano di fronte alla flotta dell'ammiraglio Nelson.

Rufy, Sanji e Zoro iniziano a combattere contro la potente flotta dell'ammiraglio Nelson che ormai li ha circondati. Ryu cerca di aiutare i suoi amici, ma a sua volta viene colpito dai cannoni e ferito gravemente. Rufy arrabbiato distrugge la nave dove si trova Nelson, dividendola in due con un devastante calcio.

Ryu con un ultimo grido chiama i suoi compagni che arrivano a centinaia: il luogo della battaglia navale non è altro che l'Isola Perduta o il Nido dei Draghi. Apis capisce finalmente che il vecchio Ryu era venuto a morire in quell'isola. Ma mentre il vecchio Ryu muore, le uova dei draghi si schiudono mostrando il ciclo della vita. Nel frattempo, Erik trova ed uccide l'ammiraglio Nelson e si scontra con Rufy, il quale, nonostante le ferite provocategli dalle potenti tecniche dell'avversario, riesce a resistervi ed a sconfiggerlo per poi lanciarlo via con un Gom Gom Bazooka.

Prima di entrare nella Rotta Maggiore, la ciurma di Rufy deve scalare con la Going Merry la Reverse Mountain, un'alta montagna. L'improvvisa comparsa di Erik, che si era nascosto dentro la nave per vendicarsi, non causa problemi in quanto Nami provvede tempestivamente a farlo cadere con un calcio ed i ragazzi riescono nell'impresa. Ma, all'arrivo, una grandissima balena ingoia la nave.