Season 1 of 数码宝贝：合体战争 premiered on July 6, 2010.

第一期：数码兽合体战争 （第01话至第30话）

一天，工藤大树偶然听到了神秘声音的呼唤，与朋友们一起来到了数码世界，在那里认识了众多的数码兽同伴并且成为指挥官建立“Xros Heart”团队。意想不到的是，在数码世界中除了他们外竟然还有别的人类在数码世界中活跃着……然而，为了防止邪恶的巴古拉军企图称霸数码世界，他们将要努力地收集水晶（Code Crown）来保护各个领域（Zone），担负起拯救数码世界的命运。

第二期：数码兽合体战争 ～邪恶的死亡指挥官与七个王国～ （第31话至第54话）

被巴古拉兽击回到人类世界的工藤大器和高吼兽，经过东京大决战留在人类世界一天后，相对地数码世界已经过了好几个月的时间，并落入了巴古拉军支配下的地狱世界，分裂为七个国家（Land），由七名巴古拉军手下的死亡指挥官所统治，而这七名死亡指挥官就是本篇章的主要敌人。为了让数码世界再次得到和平，工藤大器和高吼兽决定再次回到危机四伏的数码世界中。此外，本篇章亦出现全新力量“超进化”。

Season 2 of 数码宝贝：合体战争 premiered on October 2, 2011.

与巴古拉兽的最终决战已经过去了一年，工藤大器升上了中学二年级。

不知从何时起陪伴在身边的好友明里和善二郎等人已经不在，取而代之的是天野音音的弟弟·天野悠。

「Xros Heart」以篮球队的名义继续存在着，队伍中有一名尊敬着大器学长的成员·明石激。

一天，激被卷入了街上所发生的异变之中，大器·激·悠等人的冒险之旅即将展开新的篇章！

此外，历代Digimon作品的主人公也将预计会在本作中陆续登场