Le jeune Taiki Kudo et son groupe d'amis utilisent le pouvoir de fusionner leurs partenaires Digimon entre eux, dans le but de les rendre plus forts et de sauver le digimonde de la menace qui pèse sur lui.

Shoutmon organise un banquet dans une tentative désespérée de garder Mikey de quitter le monde numérique. L'armée du mal de Bagra attaque et Shoutmon est à son désavantage, jusqu'à ce que Mikey l'aide avec ses amis utilisant la Digi-Fusion.

Mikey, Angie et Jeremy sont devenus des alliés avec Shoutmon et son compatriote Digimon. Essayant toujours de vaincre l'Empire Bagra, ils rencontrent Christopher et Nene, deux autres humains vivant dans le monde numérique. Christopher et Nene aideront-ils Mikey? Ou ont-ils leurs propres plans?

Avec la preuve que la commande de la Couronne-Code fait de vous le maître de cette zone, Mikey et la Team Fusion Heart vont à la recherche de la zone de l'île afin de le protéger contre les Forces Bagra.

Le vilain Neptunemon apprend que la Couronne-Code est dans le ventre de Whamon, donc il bombarde un mélange de collations et de bombes DigiByte dans l'air afin d'affaiblir le Digimon gigantesque. Mais Shoutmon affronte les bombes sans égard pour sa propre sécurité

Le jeune Taiki Kudo et son groupe d'amis utilisent le pouvoir de fusionner leurs partenaires Digimon entre eux, dans le but de les rendre plus forts et de sauver le digimonde de la menace qui pèse sur lui.

Le jeune Taiki Kudo et son groupe d'amis utilisent le pouvoir de fusionner leurs partenaires Digimon entre eux, dans le but de les rendre plus forts et de sauver le Digimonde de la menace qui pèse sur lui

Mikey décide de se rendre et de livrer à AncientVolcanomon un faux Chargeur Fusion. Shoutmon étant le seul à ne pas comprendre cette stratégie, Mikey explique que se rendre leur permettra de sauver les prisonniers. Une fois emprisonnés, Cutemon apprend de la part d'un Prairiemon que ses parents ont été transférés ailleurs. Avec l'aide d'autres prisonniers, les Combattants Fusion creusent un trou pour s'échapper.

Alors que Mikey et Dorulumon attendent leur sort dans une cellule, Christopher se présente pour combattre Tactimon juste à temps. Quand un vieil ami de Dorulumon se souvient qu'il a une dette, il les laisse s'échapper librement... / Face à l'inévitable et après avoir appris que Dorulumon faisait partie de l'armée de Bagra, Mikey continue à lui faire confiance ; lorsque Christopher surgit et défie Tactimon. Profitant de cette diversion, les Combattants Fusion les libèrent avec l'aide de BlueMeramon, guidant alors les Combattants Fusion avant de se sacrifier pour Dorulumon face à SkullMeramon. Les Combattants Fusion se confrontent ensuite à AncientVolcanomon et une armée de Meramon. Avec Dorulumon qui accepte finalement de se joindre au groupe, les Combattants Fusion obtiennent la couronne-code de la Zone du Magma, puis se dirigent vers la zone suivante.

Mikey va à la zone du lac et sauve Knightmon du fond d'un lac glacé. Pendant ce temps, les forces de Bagra dirigées par IceDevimon attaquent le château sous les ordres de Laylamon. Christopher et l'équipage arrivent et se battent aux côtés de Mikey... / Les Combattants Fusion sont présentés à la princesse de la Zone du Lac, Beastmon ; à l'occasion d'un banquet rempli de digi-octets. Pendant ce temps, Laylamon ouvre la porte révélant l'ombre d'un mystérieux et gigantesque Digimon.

Depuis que Mikey est trop épuisé pour combattre, les Combattants Fusion se regroupent sous la direction de Jeremy. Angie remet en question son utilité au sein du groupe. Plus tard pendant la nuit, Laylamon utilise un miroir magique pour tenter de contrôler Angie et lui faire croire qu'elle pourra retourner dans le monde réel auprès de sa mère si elle vole la couronne-code. Angie réussit à voler la couronne-code au lever du soleil, et rejoint Laylamon de l'autre côté du lac avec Daipenmon, un IceDevimon congelé, et une armée d'Icemon.

Tandis qu'ils traversent le portail pour accéder à la prochaine zone, les Combattants Fusion remarquent une étrange masse flottante. Arrivés dans la zone du Sable, ils apprennent qu'un mystérieux trésor est caché quelque part dans la zone et décident de partir à sa recherche.

Lorsque Reapmon observe la statue de la déesse émettre de la lumière à Mikey, il se rappelle son passé avec les guerriers de la déesse qui ont été tragiquement détruits. Pendant ce temps, Laylamon amène avec lui Ebemon et attaque les Fusion Fighters.

Le jeune Taiki Kudo et son groupe d'amis utilisent le pouvoir de fusionner leurs partenaires Digimon entre eux, dans le but de les rendre plus forts et de sauver le digimonde de la menace qui pèse sur lui.

Envoyés depuis un portail créé par Lalyamon, les Combattans Fusion atterrissent dans une grande ville flottant dans le ciel. En chute libre, Mikey est sauvé par Shakkoumon qui avertit le groupe de ne pas se laisser berner par l'aspect paradisiaque de cette Zone.

Le jeune Taiki Kudo et son groupe d'amis utilisent le pouvoir de fusionner leurs partenaires Digimon entre eux, dans le but de les rendre plus forts et de sauver le digimonde de la menace qui pèse sur lui.

Mikey demande à Sparrowmon de travailler avec lui pour sauver Nene. Sparrowmon tente alors d'avoir DarkKnightmon pour les aider, mais ce dernier est plus intéressé par l'augmentation de la puissance des ténèbres proches de Lucemon...

Sur leur chemin pour la prochaine zone, les Combattants Fusion sont transférés dans la Zone de la jungle, tandis qu'Angie, Jeremy, Cutemon et Beelzemon se séparent des autres. Alors Mikey envoie Dorulumon et Deputymon à leur recherche, le groupe d'Angie est attaqué par Stingmon avant que Lilamon n'intervienne pour l'arrêter ; tous les deux amènent le groupe vers d'un temple sacré dans lequel le gardien de la Zone siège et dans lequel ceux ayant le cœur rempli d'amour peuvent accéder.

Nene et AxeKnightmon partent à la poursuite de Stingmon alors qu'il est amené dans le temple par le protecteur de la Zone de la Jungle, Deckerdramon, pour se faire soigner. À la sortie du temple, Mikey veut sauver Nene mais Lilamon explique que seul une danse d'amoureux peut convaincre Deckerdramon d'ouvrir le passage.

Alors qu'il est enlevé par une énergie maléfique, Mikey se retrouve dans la Zone de la Poussière aux côtés d'AxeKnightmon. Ce dernier lui ordonne de toucher un orbe dans lequel se trouve Nene, mais Mikey est incapable de le toucher car il a le cœur pur. Il se retrouve donc éjecté d'une tour par AxeKnightmon, et Angie réussit à amortir sa chute en lui jetant Dorulumon.

Les Combattants Fusion sont forcés de fuir AxeKnightmon et Christopher, avec l'aide de Puppetmon. Laylamon fait la rencontre d'AxeKnightmon qui lui propose de faire alliance avec elle pour détruire les Combattants Fusion. Laylamon accepte, mais compte bien s'emparer malgré AxeKnightmon des fragments de la couronne-code.

Après une brève discussion avec Mikey, et toujours à la recherche de son petit frère, Nene découvre que son Chargeur Fusion noir ne marche plus et s'écroule de fatigue. Cherchant à trouver de l'aide, l'équipe décide de transporter Nene sur l'Île des Monitamon résidents de la Zone des guerriers. Cependant, tandis qu'ils traversent les zones, les Combattants Fusion sont attaqués par Arukadimon.

Arrivés sur place pour rencontrer Monitamon dans la Zone des guerriers, les Combattants Fusion apprennent que le général Musyamon, sous les ordres de Blastmon, est désormais le chef de la zone, et retient la princesse des Monitamon en otage afin de forcer les Monitamon à lui remettre la Couronne-code.

Les Monitamon de Nene infiltrent le château de Musyamon et rapportent que ses forces ont pour but d'envahir le village des Monitamon afin de s'emparer de la Couronne-code par la force. Les Combattants Fusion ont donc pour objectif de protéger le village plutôt que de sauver la princesse.

Lorsque l'équipe de Mikey arrive à la Zone des Disques, il découvre que Christopher se bat avec Blastmon dans un effort de s'accrocher à la Code-Couronne. Mikey essaie de l'aider afin de garder les combats dans la zone qui menace de s'effondrer...

Lorsque Mikey est en mesure de rejoindre les Fusion Fighters et les résidents de la zone disque à la Zone de Shinobi, Shoutmon interroge sa capacité à garder toutes ces Digi-fusions...

En suivant la digimélodie, Mikey découvre et secoure un digimon du nom de Spadamon. Une fois guéri par Cutemon, Spadamon explique avoir parcouru le digimonde à la recherche des Combattants Fusion. Spadamon leur apprend que l'armée de Bagra de Matadormon contrôle la Zone des Douceurs, a emprisonné les chefs pâtissiers de la zone.

Les Combattants Fusion se retrouvent plongé dans les souterrains de la Zone des douceurs tandis que Cutemon sent la présence de ses parents. Mikey et les autres tentent donc de les chercher eux et les résidents de la Zone jusqu'à ce qu'il soit encerclé par un groupe de Raremon.

Alors que l'équipe de Mikey arrive à la Zone Epée, elle est attaquée par Grademon, le sabreur de l'armée de Bagra...

Mikey, Jeremy, Angie et Shoutmon sont de retour à la maison. Pendant ce temps, Tactimon a fini dans le monde humain aussi, et il se ravive en absorbant l'énergie numérique. Mikey, Jeremy et Angie doivent alors se décider s'ils doivent retourner vers le monde numérique...

Mikey et Shoutmon retournent dans le monde digital, mais ils découvrent qu'il a été entièrement contrôlé par l'Empire du diabolique Bagra et divisé en sept royaumes, gouvernées par sept généraux des Ténèbres qui ont tous le pouvoir de la Digi-fusion...

La force de Christopher et MetalGreymon est mise à l'épreuve quand ils rejoignent Mikey et Shoutmon pour une mission de sauvetage du reste des combattants Fusion menacés d'être supprimés des mains du Général Dorbickmon...

Désormais un groupe uni, les équipes de Blue Flare et les combattants Fusion se dirigent vers le Royaume des Vampires, où ils découvrent un groupe de Digimons kidnappés par le redoutable et effroyable général NeoMyotismon...

Lorsque MetalGreymon est absorbée par NeoMyotismon, Mikey et Shoutmon se mettent en quête du légendaire White Lopmon, qui est peut-être la clé pour vaincre NeoMyotismon et libérer leur ami...

Les combattants Fusion se rendent au Royaume du Miel, où d'innocents Digimons sont privés de leur énergie afin de faire du digi-miel. Ils rencontrent également un nouvel allié potentiel nommé Mervamon, mais sa vision étroite sur la défaite du Dark General et l'incapacité à travailler avec l'équipe menace plusieurs des combattants Fusion...

Zamielmon, le général du Royaume du Miel, invite Mikey et les combattants Fusion à une journée d'horreurs dans son propre parc à thème personnel. Peuvent-ils survivre à la «plaisanterie» assez longtemps pour le vaincre ?...

La recherche de Nene pour son petit frère Ewan touche enfin à sa fin, mais elle est dévastée de découvrir que Ewan est un général de Lord Bagra et que son frère pense que le monde numérique comme la Digi-Fusion est juste un jeu surcoté sans conséquences...

Le général du Cyber-Royaume continue son travail pour diviser et conquérir Mikey, Shoutmon et leurs amis avec une série d'imitations et de pièges. Peuvent-ils entrevoir la ruse et travailler ensemble pour l'arrêter ?...

Mikey et les combattants Fusion doivent se battre pour leurs amis quand le Général du Royaume de l'Or jette un sort sur Shoutmon et plusieurs des membres de l'équipe, les forçant à se joindre à son équipage de pirates...

Avec Baillistamon transformé, Volumon démasqué et Nene et Mikey enlevés par Olegmon, Shoutmon doit faire équipe avec Christopher et l'équipe Flamme Bleue. Ils tentent de sauver leurs amis et retrouver le vrai Ballistamon...

La nature compétitive de Christopher lui permet d'obtenir le meilleur de lui-même. Surtout lorsqu'il insiste pour combattre le général du royaume des Canyons, avec des résultats désastreux...

Les combattants Fusion sont ébranlés quand ils sont trahis par Christopher, qui est déterminé à prouver sa force en combattant Mikey et Shoutmon une bonne fois pour toutes...

Les combattants Fusion déploient leur énergie dans la lutte contre le général Gravimon, qui en plus de son armée redoutable et de sa capacité de reconstituer son corps a jeté son dévolu sur la prise du pouvoir du X7...

Les combattants Fusion sont divisés. Peuvent-ils vraiment avoir confiance en Apollomon, le général de Bright Land ? Celui-ci prétend être secrètement de leur côté et a besoin de leur aide pour vaincre le Seigneur Bagra...

Piegés dans un endroit cauchemardesque nommé Underworld, Mikey et ses amis doivent affronter dans une ultime bataille Erwan, qui souhaite anéantir les Combattants Fusion...

Alors que Christopher, Nene et les autres Combattants Fusion se battent contre Apollomon Whispered et ses mauvais compagnons, Mikey doit convaincre Ewan que le monde numérique n'est pas un jeu et que sa perte aurait des conséquences sur le monde réel...

Ewan réalise finalement que le monde numérique n'est pas un jeu. Mikey et les Combattants Fusion doivent trouver un moyen d'échapper à Underworld avant qu'ils n'y soient piégés pour toujours...

SkullKnightmon along with Yuu escaped from Hell's Field and headed back to the Great Demonic Palace, while Taiki and the others safely reached the Bright Land's surface. Wisemon soon managed to analyze that Apollomon is still conscious despite Whispered being in control. As Kiriha and Nene hold off Apollomon's army, Taiki and his Digimon make their way to Apollomon's shrine. But, as they reach the top, Whispered posed as Apollomon in an attempt to kill Taiki while his guard is down. However, seeing though the deception, Taiki uses OmegaShoutmon to strike the Death General as Kiriha and Nene arrive to form Shoutmon ×7 and the epic battle with Whispered begins. However, after sealing Shoutmon ×7, Whispered starts to collect energy to execute an attack that would destroy all of Bright Land. Though Dracomon and Mervamon free him, Shoutmon ×7 unable to hold the attack off.

Avec tous les sept généraux détruits, les combattants Fusion arrivent enfin au château de Lord Bagra. Ils se retrouvent face à face avec AxeKnightmon et tous les sept généraux, régénérés pour les affronter...

Dans une tentative de sauver ses amis, Mikey permet à Axeknightmon d'extraire son Digi-Core et il est envoyé à la cellule de détention redouté de prison Land. Là, il se retrouve face à face avec les sept généraux de l'ombre, qui ne sont que trop heureux de se regrouper et de vaincre le général des Combattants Fusion...

Après avoir échappé à Prison Land, Mikey et les Combattants Fusion sont enfin face à face avec Lord Bagra. Mais quand il absorbe personnellement le Code de la Couronne de l'ombre, il devient plus fort que jamais. Il dirige alors non seulement le monde numérique, mais aussi bien le monde des humains...

Après avoir assisté à la trahison d'Axeknightmon, les Combattants Fusion craignent que tout espoir ne soit perdu lorsqu'ils affrontent l'immensément puissant Darkest Axeknightmon et reçoivent une aide inattendue d'une paire de vieux amis...

Avec les deux mondes humains et numériques envahis par MegaDarkness Bagramon, les Combattants Fusion ont un unique dernier espoir : l'Ordre des Chevaliers. Avec leur aide, Mikey fixe une mission désespérée pour sauver Shoutmon. L'affrontement de Digimon entre le bien et le mal culmine dans une dernière bataille épique pour l'avenir des deux mondes...