ノストラダムスの予言を巡る戦いが終わり、学院は平和を取り戻した。使命を果たした文明は、未来へ帰ることを決める。そこへ市内のホテルに宿泊する彼の母から連絡が入る。終業式でブンメー君の講演会が開かれるというのだ。だが当時、学院へきた覚えは無い文明は未来に通信を入れる。そして恐るべき真実を明かされる…。