六条壬晴是一个对周遭事物漠不关心的中学生，最大的愿望就是平平淡淡独善其身，某天同学相泽虹一和英语老师云平邀请壬晴加入忍术同好会，不过壬晴完全不感兴趣。虹一遭到伊贺忍者“灰狼众”的袭击，正好被壬晴赶到，在某个声音的引导下（应该就是森罗万象吧），壬晴体内的力量爆发，虹一和云平用忍者刀暂时压制住“秘术”的暴走。云平告诉壬晴在他体内藏有隐世最强的秘术“森罗万象”，所以有很多人希望得到他的力量，如果想要恢复平静的生活就必须成为隐王，而云平和虹一的使命就是保护他。

一位名叫清水雷鸣的神秘少女突然现身，自称是来自东京风魔村的武士，此次前来是为了确认“森罗万象”的身份。雷鸣发现壬晴虽然在冷漠的外表下相当有心计，但却是个没有欲望性格单纯的人，於是打算带壬晴去见风魔派的首领风魔小太郎，然後大家踏上了旅程。云平害怕乘坐交通工具，但始终逃不过壬晴的“恶魔攻击”，好歹上了车。雷鸣带著大家到达风魔村，发现情况有些不妙……

雷鸣带著一行人到达风魔村，在村口意外发现“霞之幻术”已被人破解，村里的风魔忍者伤亡惨重，原来灰狼众的敌人已先一步到达并抢走了“禁术真书” 。为了抢回“禁术真书”，壬晴等人与灰狼众正面交锋，发现在敌人中有一个拥有超强力量、使用禁术“气罗”的忍者“宵风”，云平、相泽和雷鸣相继受伤，关键时刻风魔小太郎及时赶到……

风魔小太郎救了壬晴一行人，雷鸣为了打败敌人，在刻苦的修炼，与此同时，伊贺忍发布消息要夺得各村子的禁书，可是，风魔小太郎居然也要壬晴一行人拿到各村子的禁书，并向他们传达了任务……

因为云平老师受伤後暂时无法离开风魔里，於是嘱咐雷鸣和虹一先行将壬晴带回万天。为了防止秘书被灰狼众的人夺走，云平老师还嘱咐他们将藏在万天学校的忍术书处分掉……当天，壬晴放学後回到祖母的店铺里面，看到之前曾经攻击过自己的山背老师，而祖母又临时有事，将店铺交给壬晴後离开了。在只剩下两个人的店中，山背老师请求壬晴用秘术来实现自己的愿望，却被壬晴拒绝了……

雷鸣和虹一醒来後发现壬晴已经失去了踪影。气罗的使用者宵风将壬晴虏走了，还将线索切断，不让壬晴的守护者们找到他的所在。得知这件事的云平老师担心得脸色苍白，乱了分寸。另一边，壬晴在宵风的带领下离开了所在的城市，来到了山中。在被竹子围绕著的废弃电车箱中，宵风逼迫壬晴用森罗万象之力来实现自己的愿望……

现身在万天中学里的神秘女人是第四代的忍之里户隐的首领织田八重。这名女子在表世里是人材派遣会社的社长，在隐世里是从事国际规模的企业之间的间谍分子。她特意来到万天拜访云平老师他们，原来是想要他们完成暗杀从海外访日而来的重要人员。熟识读心术这种禁术——饭纲心眼的织田，利用云平老师等人不可告人的秘密来要挟他们执行她的委托……织田用饭纲之眼窥视到的云平老师和壬晴的秘密是……？

弗洛斯迪的特别护卫是来自灰狼众的雪见和宵风，正想把这一消息告诉云平老师的壬晴，却被雪见给抓住了。当雪见在专注地对付著云平老师时，看守著壬晴的宵风却在和壬晴交换自己得来的禁术书的相关情报……乘著混乱，弗洛斯迪在副社长野分的带领下逃去了停车场。没想到野分英生在那里遇到了织田。织田用怨恨的语气说道“很久不见了，野分英生先生！”……原来织田的真正的目的是要对野分进行复仇，因为野分让织田最珍惜的女儿成为了新药的白老鼠……而赶过来的宵风、雪见等人想要制止织田。复仇心切的织田，刻意将接近宵风，并通过读心术掌握了宵风的内心，逼迫他让开，不要阻挠自己……这时，心中的事被揭密的宵风开始陷入暴走状态… …

雷鸣的哥哥雷光将他们清水一族几乎杀光了。为了报仇，雷鸣不断寻找雷光的身影……灰狼众里有一个专门制裁背叛者的名叫“分刀”的二人组，雷光是其中一员……在新闻里听到有人持日本刀杀人，并在屍体上放上彼岸花的雷鸣，即刻意识到这是雷光给自己留下的讯号，於是急速地从屋里飞奔出去……这将是5年来，两兄妹再此相遇地情景，他们之间地恩怨能解决吗？

雷鸣VS雷光，雷光胜并拿走了黑我闻，但内心开始出现波动，俄雨的担心，开始要成为兄妹间化解怨恨的纽带。另一方面宵风愈感自己时日不多，迫切想要再见壬晴，倒在路上被帷的同居者英救回家，正巧遇上了在帷家的壬晴。两人坐下协商，宵风搞定甲贺的蛇药而壬晴去取风魔手中的饭纲心眼和帷手上的圆月轮。

俄雨去医院找雷鸣，因为他以决不告诉别人的约定从雷光那儿获知了5年前清水家灭门的真相。清水家对隐世和表世都采取旁观的态度，於是出现了反对派，冲突中雷光的父母亲都被杀，雷光拿起白我闻手刃了始作俑者，而这一幕恰好被雷鸣看到，为了守护雷鸣心中对父母、叔叔、清水家的美好热爱，雷光背负起了一切罪责，加入灰狼众，开始了立志用森罗万象改变不平世界的征途。了知真相的雷鸣和雷光再战，因为立场不同，雷光欲杀雷鸣时，俄雨挡下了这刀。

壬晴离家去找宵风，从风魔手里借走饭纲心眼作为加入灰狼众给首领服部的见面礼。灰狼众各位形像大揭露，例如雪见喝了酒就是个烦人的大叔，雷光独特的穿衣风格和高超的驾驶技术？壬晴对宵风的关心，仍让他很反感，原本以为割舍的感情，在他不多的生命时间里冒了出来。这时，甲贺向各村发出了邀请函。雪见组班前去。

灰狼众和万天分别到达了并不平静的阿鲁亚学院。当众人在计划如何取得禁术书时，夜晚都遭到了学院学生的偷袭。学生会适时出现，以对学生动粗为由，开始了乱斗。而偷袭的学生是受了某老师的指使。

乱斗继续，宵风保护著壬晴和迷一般的诗缟战斗，在学生会其馀人的夹击下受重伤。於是学院里的阴谋浮出水面，原来禁术—蛇药要以年轻忍者的身体作为材料，学生会为了救她们最重要的垂死的校长，某老师的目标也是蛇药，利用它创造财富，改变隐世和表世。於是灰狼众和万天的各位成了最好的材料。虹一与某老师的恶斗由於帷的软弱，使虹一中枪倒地。这时面对濒临死亡的宵风，壬晴的森罗万象爆发。

帷冒死阻止壬晴，于是因为壬晴的一丝犹豫，森罗万像被遏止。最後众人被那个老师关在一间屋子里，而他去逼迫校长交出禁术书。生死一刻，原本应该已经挂掉的虹一出现，K掉了老师们，不死虹一身世有待探究。大家获救，校长死去。正要离开时，诗缟拿著禁术书宣布了校长的三条遗嘱，原来校长把禁术书交托给了诗缟，为了谋取发展和改变，甲贺决定舍弃禁术—蛇药，而诗缟决定把它交给壬晴。

虹一向云平和雷鸣透露了自己的不死之谜，但十年前的记忆已经消除了。另一边，壬晴把诗缟的禁术书交给了服部；宵风也受了重伤，但大部分的伤口都在壬晴发动森罗万象的时候愈合了。此时，禁术书只剩下最後一本—— 万天之里（元月轮），壬晴知道自己应该有所行动了，灰狼众那边也在抓住机会寻找。经壬晴与宵风商量後，他们决定去拜托英阿姨帮忙，一问之後，才知道英阿姨跟本不知道元月轮的存在。突然，门铃响了，站在大门外的是雪见...

当雪见了解英阿姨只是表世的人後，便离开了．与此同时，壬晴与宵风也从离开了云平的家．云平老师一夜未归，雷鸣对虹一告知自己答应为壬晴拿到万天的禁术书，虹一却早已有所察觉（误会告白这一段相当有趣）．雪见找到了虹一和雷鸣，雷鸣假意引领雪见来到学校，虹一则在白猫==的带领下找到了壬晴和宵风，向其告知情况．云平老师意外的出现在了学校，救下了被雪见打败的雷鸣，而在他自己不敌雪见面临危险时，宵风出手相救．另一边，灰狼众首领服部已感知到宵风与壬晴即将背叛，打算采取行动了．．．

云平老师失踪，雷鸣和虹一束手无策，对未来的发展深感迷惘......另一方面，没有任何寻找云平线索的宵风和壬晴异常焦急，宵风更是怒气攻心，晕了过去，被壬晴送到和穗的医院。甦醒後的宵风无意间知道了自己只剩一个月，竟用“气罗”攻击了雷光和俄雨，之後就从医院离开...知道宵风失踪的壬晴顾不上雷光和俄雨，急忙出去寻找宵风......壬晴在街上找到失去知觉的宵风，宵风却不想回去.......

和穗在通知雪见壬晴和宵风不见的时候，壬晴和宵风却回到了医院，这时俄雨竟然甦醒了，告诉惊讶的众人说在黑暗中有人呼唤著他，让他回来. .....所有人才知道宵风是想救俄雨。雪见将壬晴和宵风接回，当天晚上宵风发烧了，对宵风无从把握的雪见不知不觉睡著了，醒後却不见壬晴和宵风的踪影，原来他们去找和穗，知道了也许可以用饭纲心眼来了解森罗万象的方法，现在正在前往户隐的路上......另一方面，灰狼众调集了别动队——正神，正在策划著什麼. .....

经历了漫长的旅途，壬晴和宵风终於见到了织田小姐，百般请求下，织田终於答应用饭纲心眼来帮助壬晴，而在和被壬晴称呼为妖精小姐的森罗万象的对峙中还是失败了......刚刚对峙结束的织田和壬晴几乎失去知觉，这时，灰狼众别动队——正神闯进来，原来他们已经接到将灰狼众叛徒——壬晴和宵风处决的命令，并作为协助背叛者的代价，已将户隐彻底扫除了.......但在壬晴自杀的威胁下，正神只好先将两人带回灰狼众......

壬晴、宵风、织田三人被灰狼众抓了关起来，为了不让宵风使用气罗不让他身体自由并剥夺了意识拘束起来.。另一方服部把壬晴和宵风分离，关进了一间带有监视器的房间禁闭起来。这个时候，打算使用饭纲心眼从而和森罗万象接触的八重正从服部那接受询问。她通过服部读取服部的内心了解了他和一季的过去，了解到他要毁灭表世和隐世的愿望，自己的精神状态也接近崩溃......

被灰狼众监视的壬晴和宵风逃走，壬晴带著宵风勉强的脱离，被灰狼众追赶的壬晴和宵风利用雪见告诉他们的水路逃了出去。这个时候，雷鸣和虹一为了帮助壬晴和宵风，在监视灰狼众的旅馆时时碰到了俄雨，三人前往救助壬晴和宵风。另一边被救出来的织田，和加藤等人也要开始行动了......

背叛者壬晴和宵风再度被抓捕并带回了服部面前，虽然雪见希望服部能够原谅宵风的背叛，但服部的真心是......?在壬晴的面前，服部开始诉说了和宵风相遇的那段故事。然後雷光认为服部的做法是错的，闯进来对服部拔刀，然後被刺中倒下...被冲进来的俄雨和雷鸣看到。

对於自己用气罗将服部杀死的事无法接受的宵风，一度想自我毁灭。这时候，壬晴也因启动了森罗万象而迷失了自我，分身乏术的他无法察觉到身边的宵风心灵受伤的情况。壬晴体内的妖精诱惑壬晴，想要他完全发动森罗万象……在混乱中，大家的最终走向是什么……壬晴到底有没有用到森罗万象呢？

在拜托了云平老师和雪见之后，宵风从壬晴面前消失了。壬晴不愿意接受宵风的默默离开，继续寻找著宵风的声音，根据雪见给的地址，壬晴来到靠海的一座教堂，发现了宵风。宵风告诉他，自己并不想再利用“森罗万象”的力量活下来，而是想平平安安的过完剩下的日子。後来，他和俄雨都住进了云平老师家，壬晴、雷鸣、虹一天天都去看他们，宵风也变得很快乐。一天，宵风坐在椅子上织围巾，突然毛线球掉到了地上。壬晴跑过来一看，发现宵风已经变成了结晶飞向空中。最後，壬晴在心底发誓，永远会把宵风铭记在心里……