Después de que la Reina fuera peligrosamente herida por la lucha con Evil King, se separa en las partes que la componen. Ahora depende de Nagisa y Honoka volver a ser Cure Black y White después de que Mepple y Mipple despierten una vez más cuando alguien intenta resucitar al Evil King.

La joven se llamaba Hikari Kujou y se transfiere a la escuela de Nagisa y Honoka. Mientras tanto, el Guardián y el Anciano todavía le están haciendo pasar un mal momento a Nagisa.

Hikari se encuentra con Porun y luego ve a Nagisa y Honoka transformarse en Pretty Cure y derrotar a Zakkena. Esto la deja preguntándose qué es Pretty Cure.

Hikari todavía está reflexionando sobre los eventos del día anterior y todavía se pregunta exactamente quién es ella. Ella le pregunta a Nagisa y Honoka qué es Pretty Cure, pero sale corriendo antes de que puedan explicar. Nagisa y Honoka rastrean a Hikari, pero luego Circulas ataca, y Pollun aparece y tanto él como Hikari están envueltos en una columna de luz.

Porun cambia de forma a un compacto y Hikari usa esto y se transforma en Shiny Luminous y ayuda a Pretty Cure. Nagisa y Honoka se preguntan si Hikari podría ser la Reina.

Akane envía a Hikari de compras con Nagisa y Honoka y Hikari se pierde temporalmente. Se las arregla para hacer las compras y unirse a Nagisa y Honoka nuevamente, pero son atacados por Uraganos en el camino de regreso.

La mamá de Nagisa va a su reunión de la escuela secundaria y deja a Nagisa para hacer las tareas del hogar. Nagisa se relaja al principio, pero luego lo hace después de una visita de Honoka.

Nakao, colega de Akane, le dice que cierre el Tako Cafe y vuelva a su trabajo original. Ella se preocupa y Hikari, Nagisa y Honoka la ayudan a no cerrar el café.

Es el cumpleaños de Honoka y sus padres vienen a visitarla después de estar fuera por sus trabajos. La llevan a un restaurante francés, pero se corta la luz y Viblis ataca.

La clase de Honoka y Nagisa van de excursión a una fábrica de pasteles, pero son atacadas por Viblis.

Es el Campeonato de Lacrosse y el equipo está listo para enfrentarse a otra escuela. Pero una secuela con dos de los miembros hace que el equipo pierda, pero Nagisa logra que trabajen juntos. Mientras tanto, Hikari se encuentra con Viblis pero no puede luchar contra ella. Más tarde, Honoka y Nagisa vienen al rescate y le dicen a Hikari que no luche solo contra la Zona Oscura.

Akane lleva a Nagisa, Honoka y Hikari a un festival en las tierras altas por su trabajo en la tienda de takoyaki.

Nagisa tiene una discusión con su madre y siente que es molesta. Pero después de una conversación con su padre, se da cuenta de todos los problemas por los que ha pasado su madre para cuidar a Nagisa, por lo que se va a casa para pedir disculpas.

El equipo de fútbol de Fujipi tiene un partido con otra escuela y Nagisa, Honoka y Hikari van a animarlo. Pero Circulas aparece en medio del partido, así que abandonan el juego para evitar que el partido sea interrumpido por él.

Hikari sale con sus amigas Nao y Miu. Mientras tanto, Honoka estudia en una biblioteca mientras Nagisa va a una panadería a buscar pan para su madre. Todos se encuentran en la misma zona y Nao convence a Nagisa de que juegue baloncesto con algunos chicos. Al principio, las chicas pierden, pero cuando Honoka le dice a Nagisa que use sus habilidades de lacrosse en el baloncesto, logran ganar.

Shiho y Rina le dicen a Nagisa que su horóscopo le predice una buena semana y que su color de la suerte es el amarillo. Nagisa no lo cree, pero tras una serie de buenos acontecimientos, decide no estudiar para sus exámenes parciales y confiar en su suerte. Durante el examen, Uraganos ataca y Nagisa, Honoka y Hikari luchan contra él.

Se acerca la presentación de la investigación del club de ciencias. El tema de la investigación se decide según los resultados del año pasado, pero Honoka está algo insatisfecha.

La familia de Nagisa y Honoka se van de acampada, y Hikari se une a ellos más tarde. Chuutaro se escapa, y las tres chicas lo persiguen, sólo para encontrar a Uraganos.

Cuando Nagisa escucha a su padre hablar de mudarse a Osaka, se siente preocupada por la reacción de Honoka y Hikari a la noticia. Afortunadamente, era el jefe de su padre quien se estaba moviendo, pero Hikari piensa que Nagisa se está moviendo y le resulta difícil decírselo a Honoka.

Tras notar lo extraña que ha estado Rina, las chicas descubren que ha estado cuidando de un bebé mapache. Mientras ella intenta adaptarse a despedirse de él, Nagisa y Honoka se ven abrumadas por su propia tristeza al darse cuenta de que un día tendrán que separarse de Mepple y Mipple.

Hikari establece un vínculo con un chico llamado Daiki y trata de ayudarle a sentirse mejor después de que éste le revele que ha tenido una disputa con sus padres. Mientras tanto, al chico de la mansión se le permite finalmente salir de la Mansión de la Oscuridad.

Las vacaciones de verano comienzan mañana. Nagisa y sus amigos del Taco Café se dan cuenta de la presencia de Valdez a través del aviso de Porun.

Para superar el poder de Valdez, Nagisa y sus amigas van al Estanque de la Calabaza en busca de la "tierra brillante".

Nagisa y Honoka se preparan para dirigir sus equipos del campamento de verano, pero para su sorpresa, Hikari decide unirse. Junto con Yuka - que en realidad no parece estar allí por los propios clubes

Las chicas, junto con la abuela de Honoka, deciden visitar el lago un cálido día de verano. Al ver que Hikari tiene un problema, Sanae la anima a no rendirse nunca y utiliza este consejo cuando las chicas son atacadas por Viblis.

A medida que se acerca el Festival de Verano, Nagisa se preocupa por no tener un plan para el futuro. Sin saberlo, otra persona que conoce está en el mismo barco que ella y con la ayuda de esa persona, puede darse cuenta de que no necesita apresurarse.

Las chicas acompañan a Akane en su visita a un huerto de peras en busca de un nuevo elemento del menú, y durante la misma, Nagisa decide basar su investigación en las peras y echa una mano a la pareja propietaria.

Empiezan a surgir rumores en la escuela sobre el fantasma Ruriko que la persigue. Al principio las chicas no lo creen, pero tras una serie de extraños sucesos, empiezan a reconsiderar las posibilidades.

Lulun se va a vivir con Nagisa después de molestar a Porun, pero cuando este acuerdo no funciona, la devuelven a Hikari. En este tiempo, los hermanos aprenden sobre el vínculo entre hermano y hermana.

Las chicas van de excursión al Parque de Atracciones y Hikari hace un voto para proteger a Lulun de cualquier daño. Pero Circulas aparece para deshacerse de ella, enfadando a las chicas.

Es un torneo de Lacrosse y la Academia Verone se enfrenta a la escuela Kakatouan; sin embargo, las cosas se complican cuando el equipo rival se pone fácilmente en ventaja. Para empeorar las cosas, Viblis ha decidido presentarse.

Nagisa se encarga de escribir un artículo para el periódico de la escuela, así que con la esperanza de animarla, Honoka la lleva a ella, a Shiho y a Rina a una mujer llamada Mitoya, que regenta una tienda de odango. Ella les anuncia sus planes de cerrarla, pero después de ver su artículo empieza a reconsiderarlo.

Ha llegado el cumpleaños de Nagisa y las chicas deciden pasar el día observando flores. Sin embargo, Nagisa está más centrada en su intento de confesar sus sentimientos a Fujimura después de conseguir pasar tiempo con él.

Es el primer día de la excursión y Nagisa y Honoka echan un vistazo a algunas de las características de Kioto. Nagisa encuentra una lotería y gana dos boletos, dándoles a ella y a Honoka la oportunidad de ver un drama de Edo. Mientras tanto, Hikari se siente preocupada tras una serie de sucesos extraños y Whisun sale del Chairect para decirle que "la verdad está llegando".

Hikari se une a las chicas en su último día de excursión. Pero siguen ocurriendo extraños sucesos mientras el pequeño Niño de la Mansión observa a Kioto bajo la atenta mirada de los habitantes de la Mansión de la Oscuridad.

Porun y Lulun son secuestrados por una niña que los confunde con peluches que alguien ha tirado.

Nagisa intenta que la nueva obra de Shiho sea un gran éxito, pero se teme lo peor ya que su amiga no deja de hacer cambios en ella.

El Campeonato de Lacrosse comienza con la Academia Verone enfrentándose a Otagaku. En este tiempo Nagisa se relaciona con Nagasawa, la capitana del equipo de Otagaku y ambas chicas recuerdan lo que las animó a jugar Lacrosse y cómo son sus sentimientos al respecto ahora.

Después de que Ryouta sea ascendido a un club de bádminton superior, a Nagisa se le encarga llevarle hasta allí. Como hermana mayor, intenta mostrarle su apoyo y está muy emocionada, pero esto solo provoca que él intente evitarla.

Cuando se acerca el cumpleaños de Fujimura, Nagisa quiere hacerle un gran regalo. Se siente inspirada para hacer algo especial, pero le cuesta mucho trabajo dárselo.

Nagisa es invitada al parque de atracciones por Fujimura y es un sueño hecho realidad. Pero, para su desgracia, Honoka y Kimata también han sido invitadas. Las cuatro amigas pasan un día en el parque de atracciones mientras Nagisa planea armarse de valor para confesar sus sentimientos por Fujipi.

Con el año escolar casi terminado, se elige un nuevo capitán para el Club de Ciencias y el Lacrosse. En este tiempo todos se preparan para celebrar las fiestas mientras intentan conocer a los nuevos capitanes.

El equilibrio entre ambos mundos ha comenzado a cambiar, siendo conscientes los de la Mansión de la Oscuridad y los del Jardín de la Luz. Entonces Hikari se desvanece y se encuentra con Hikaru, que se cuestiona la verdad de su existencia.

Tras la desaparición de Hikari, las chicas se enteran de que nadie se acuerda de ella, aunque saben que falta algo. Mientras las chicas intentan encontrarla, la resurrección del Rey Malvado no está lejos y la ciudad se muestra en peligro.

Shiny Luminous intenta salvar a Hikaru antes de que el Rey Malvado resucite. Mientras tanto, Black y White siguen luchando contra los generales.

Con el destino del mundo sobre sus hombros, Pretty Cure es arrojada a la oscuridad y depende de Luminous salvarlas y trabajar juntas para derrotar a Baldez y al Rey Malvado.