ジャアクキングが倒れて、光の園も平和を取り戻した。プリキュアだったなぎさとほのかも、普通の日常に戻っていた。ふたたび世界に平穏な日々が訪れるかに思えたとき、クイーンに異変が起きる。命の交替を余儀なくされたクイーンは、生命と心、そして12のハーティエルへに分離して、どこへともなく散ってしまったのだ。

なぎさとほのかは、光の園から来た長老と番人から、クイーンの身に起こった一大事を聞かされる。12のハーティエルのひとりであるシークンは運良く見つけられたが、ほかにクイーンの手がかりとなるものは何もない。そんな時、二人は不思議な雰囲気をもった新入生の少女・九条ひかりに出逢う。

｢自分も目覚める｣と、予言めいたことをポルンが口にし始めた。そして無断でなぎさのカバンに潜り込むと、学校までついて来てしまう。シークンも何かを感じたらしく、長老と番人が止めるのも聞かず外へと出てしまう。何かに導かれるようになぎさのカバンから飛び出したポルンは、ひかりと運命の出会いを果たす。

これ以上、自分の部屋に長老たちを隠しきれない…なぎさは一同を連れてほのかの家へ。事情を聞かされたほのかは、こころよく長老たちを受け入れてくれるのだった。問題が片付き、ホッとするなぎさとほのかの前に、ひかりが現れる。先日見たポルンとプリキュアの話を切り出され、なぎさとほのかは困惑するが…。

プリキュアの危機に、ポルンがひかりに駆け寄る。ポルンは新たな姿に変化すると、それを手にしたひかりを、新たな戦士・シャイニールミナスに変身させる。ブラックとホワイトだけでなく、敵のサーキュラスまでもが驚くが、誰より信じられないのは変身したルミナス本人だった。果たして、その実力は!?

ルミナスの出現を重く見た闇の者たちは、新たなる戦士・ウラガノスを呼び寄せた。一方、なぎさとほのかは、ひかりのことを心配してアカネの店を訪れる。アカネは二人に、ひかり一人では不安だからとお使いを頼む。なぎさとほのかは快く引き受けるが、ちょっと目を離したすきに、ひかりが迷子になってしまう。

お母さんが同窓会で留守にしている間、なぎさが家事をすることになった。最初は羽が伸ばせると余裕のなぎさだったが、なかなか思うようにいかない。しかも亮太は、宿題がわからずにほのかに助けを求める始末。晩御飯は冷凍食品やインスタントで済ますつもりだったなぎさは、ほのかに説教されて自分で作ることになるが…。

かつて勤めていた商社の後輩が、アカネのもとへ何度となくやって来ていた。会社に戻ってきてほしいと頼みに来ていたのだ。考えあぐねるアカネを見て、ひかりも自分が力になってあげられないことを思い悩む。一方のポルンも、ひかりが本当に自分のことを思ってくれているのか不安になっていた。

ほのかは科学部の実験中、つい後輩にきついことを言ってしまう。そのことが原因で、自分に部長の大任が務まるのか悩み始めてしまう。その頃、ルミナスの存在を気にかけるサーキュラスとウラガノスの前には、新たな戦士・ビブリスが現れていた。ビブリスが襲ったのは、一年ぶりに両親と誕生日を祝おうとするほのかだった！

3年桜組は、学校の実習でケーキ工場を見学することになった。実習終了後には作ったケーキを食べることができるとあって、なぎさのテンションは行く前から上がりっぱなし。帰ったらほのかと一緒に、ひかりのためにケーキを作ると約束する。そして当日、いよいよケーキを食べられると思った瞬間…。

なぎさがラクロス部の主将になって、初めてのリーグ戦が始まった。張り切るなぎさだったが、チーム内に不和が起きて、試合はよもやの大ピンチ。それを見ていたひかりは、何とか力になりたくて、思わずなぎさの手を握る。なぎさはチーム全員に手を握らせると、みんなの心を一つにして反撃を開始する。

ひかりのもとに、ハーティエルたちが収まる場所・クイーンチェアレクトが出現。だが、それに呼応するように、新たな闇の戦士も現れる。そうとは知らないなぎさとほのかは、アカネにタコカフェの出張営業を手伝うように頼まれ、高原のお祭り会場へ。しかし、新鮮な牧場名物がひしめく中では、さすがに売上げも不調で…。

なぎさはお母さんの言うことをきかず薄着で出かけ、風邪をひいてしまった。親身になって看病するお母さんだが、なぎさはうっとうしく感じて、ついケンカになってしまう。すると、今度はお母さんが風邪をひいてしまった。それを知って、モヤモヤした気分になったなぎさを、お父さんが買い物に連れ出す。

高等部に進んだ藤P先輩は、1年生ながらサッカー部のレギュラーに抜擢されて試合に出場することになった。応援に行くと言うなぎさ。大好きな先輩を応援するため、手作りの応援旗を作るのだが、使うことは躊躇してしまう。そして、いざキックオフ!　だが、試合会場にサーキュラスが現れて…。

クラスメートの奈緒と美羽に誘われ、ひかりは遊びに出かける。初めてできた友達に、ひかりの表情は徐々に明るくなっていく。やがて奈緒と美羽の話題は、あこがれの先輩のことになり、ひかりは奈緒と美羽が、なぎさとほのかにあこがれていることを知る。そこへ偶然にも、なぎさが現れ…。

星座占いによると、今週は10年に1度のラッキーウィークらしい。最初は半信半疑のなぎさだったが、クジで高級メロンを当てたり、藤村と出会ったりと、幸運が続くうちにラッキーウィークを信じ込むようになる。挙げ句には自分の幸運の力で、中間テストも乗り切ろうと考え始め…。

科学部の研究発表会が近づいてきた。昨年度の実績に従って研究題材が決定されるが、ほのかは何だか納得いかない。なぎさの一言で、本当に自分のやりたかったことを思い出したほのかは、研究内容を変更して発表会に臨むことに決める。そして研究発表会の日を迎えるが、ウラガノスがほのかを狙って会場に現れる！

ほのかと忠太郎は、なぎさの家族と一緒にキャンプへ行くことになった。キャンプ慣れしているなぎさのお父さんのおかげで、一同は何不自由なくアウトドアを楽しんでいる。遅れて合流したひかりと一緒に、翌日は滝を見に行くことを決めて、一日目は無事に終わる。ところが二日目、山は怪しい天気に包まれる。

忘れ物を取りに戻ったなぎさは、お父さんとお母さんの話を偶然聞いてしまう。何と美墨家が引っ越しをするという内容！　ほのかに打ち明けなければならないと悩むが、すべては早とちりに過ぎなかった。安心したのも束の間、今度はなぎさのひとり言を耳にしたひかりが、どうしていいかわからなくなってしまう。

最近、莉奈の様子がどうもおかしい。志穂から相談されたなぎさとほのかは、本人に直接話を聞いてみることに。それでも話してくれないので、こっそり後をつけると、森の中にある山小屋にたどり着いた。そこには一匹のケガをしたタヌキの子供がいた。莉奈は子タヌキの世話をするうちに、情が移って離れられなくなったのだ。

闇の館に閉じこもっていた少年が、ついに外の世界へ飛び出していく。その頃、ひかりは大輝という男の子と知り合っていた。彼は母親とケンカをして家出をしてきたらしい。色々な所を回りつつ、ひかりは家に戻るよう大輝を説得。そうしてやって来た商店街で、ひかりは散策に来ていた少年と鉢合わせになる。

なぎさたちはバルデスの力に打ち勝つため、｢光り輝く大地｣を求めて瓢箪池へと足を運ぶ。だが、手がかりが乏しく、捜索はいっこうにはかどらない。そこにインテリジェンが、もう一つのアドバイスを与える。眠れる獅子こそ、光り輝く大地への案内人だというのだ。それを聞いたほのかは、正しい答えをひらめく。

ラクロス部と科学部の合宿が、今年も合同で行われる。今年はひかりもアカネさんと一緒に参加し、科学部の相談役として友華先輩も加わっている。先輩はなぎさが元気に練習するのを見て、他人からどう見られようと、自分らしく振る舞うことの大切さを思い出す。ところが、そのなぎさが突然体調を崩して倒れてしまう。

闇の戦士たちが現れても、ひかりはいつも、なぎさとほのかに助けられてばかり。自分らしさとは一体何だろうか…彼女は悩みながら歩いていた。やって来たほのかの家にはなぎさもいて、二人して夏休みの宿題に取り組んでいる。さなえは三人をお気に入りの公園に誘い、ひかりと一緒に池に浮かべたボートに乗る。

今夜は年に一度の夏祭り。楽しみで仕方のないなぎさだったが、志穂から将来の夢について聞かれ、答えられずに落ち込んでしまう。ほのかは研究者になりたいと言うし、アカネさんにもはっきりとした夢がある。ますます落ち込んでしまうなぎさを、メップルが何とか励まそうとしていると、藤P先輩がやって来る。

夏休みも明日で最終日。ようやく宿題を終わらせることが出来たと大喜びのなぎさだったが、自由課題が残っていたことを思い出して頭を抱える。たった一日では、とうてい課題を終わらせることは出来ないだろう。あきらめムードのなぎさを、アカネさんが、ほのかやひかりと一緒に梨園に収穫に行かないかと誘う。

ベローネ学院の中等部には、昔からある怪談が語り継がれている。ベローネのルリ子さんというオバケ(？)に出会ってしまったら、呪われてしまうというのだ。志穂と莉奈は、昨日ルリ子さんを目撃してしまったらしい。なぎさとほのかは、そんなの気のせいだと笑うが、放課後の学院に本当に異変が現れる。

光の園から新たにやって来た、未来を紡ぐ王女ルルン。長老によると、ルルンが虹の園に送り出されたのには何か理由があるらしい。当のルルンは、そんなことは気にする様子もなく、大好きなポルンのそばで一日中遊んでいる。二人がいなくなった後のタコカフェは、まるで嵐が過ぎ去ったよう。そこに幼い兄妹がやって来て…。

ルルンがやって来たことで、タコカフェの手伝いをするひかりの負担は、ますます増えることになった。心配するなぎさとほのかは、気分転換にと遊園地に誘う。遊園地はなぎさとほのかにとっても、初めてプリキュアに変身した思い出の場所。お話しをすることでルルンと心を通わせたひかりも、楽しんでくれたようだが…。

ラクロスのリーグ戦が、いよいよ始まった。一回戦の相手である格闘館付属女子中は、抜群の身体能力を持っているうえに、ベローネ学院のことを研究してきているらしい。何もやらせてもらえないまま、0-2の点差をつけられて前半は終了。沈み込むチームメイトに、なぎさは驚くべき作戦を提案する。

志穂と莉奈となぎさは、ベローネタイムスという学校新聞の当番になった。ところがなぎさは、自分の仕事をすっかり忘れ、締め切りの前日になって｢街角スマイル｣というコーナーを任されていたことを思い出す始末。困ったなぎさは、ほのかに相談して、水戸屋という団子屋のおばあさんを取材することにする。

もうすぐなぎさの誕生日。藤P先輩にお祝いしてほしいところだが、高等部のサッカーの試合が近いせいで、それどころではないようだ。そして誕生日。ほのかと買い物に出かけた道すがら、先輩の練習を見学に来たなぎさ。あまり調子の良くない先輩は、なぎさの言葉で元気を取り戻し、そのまま良い雰囲気になるが…。

なぎさたちは、修学旅行で京都にやって来た。心ゆくまで旅を満喫する一同。その頃、いつも通りの学校生活を送っていたひかりは、そこかしこに不穏な気配を感じていた。ハーティエルのウィシュンも、｢真実が近づいてきます｣と予言を口にする。いてもたってもいられなくなったひかりは、書き置きを残して京都に向かう。

なぎさとほのかの必死の弁明の甲斐あって、ひかりもこのまま旅行に参加させてもらえることになった。しかし、旅先に来ているのはひかりだけではなかった。ビブリスとウラガノスも、館から消えてしまった少年を捜しに来ていたのだ。なぎさたちは、ウィシュンの予言のことも忘れて旅行を楽しんでいたが…。

今日もルルンの相手で、ポルンはヘトヘト。離れようとしてもすぐに後を追いかけてくるので、たまったものではない。困り果てていると、今度は別の困ったことが起きる。公園にやって来た望という少女に、ぬいぐるみだと勘違いされて家に持ち帰られてしまったのだ!　ポルンとルルンは脱出のチャンスをうかがうが…。

なぎさたち3年桜組は、今年のベローネ祭でもお芝居をすることになった。演目は『牛若丸と弁慶』、演出はもちろん、映画監督志望の志穂だ。映画の勉強をすることを両親に認めてほしい志穂は、今年の舞台には並々ならぬ決意で挑んでいる。役に立候補したなぎさとほのかは、難しいワイヤーアクションに挑む。

ほのかのもとに、海外にいる母親から手紙が届く。これからしばらくパリに住むことになったので、一緒に暮らさないかというのだ。相談されたなぎさは、深く考えもせずに｢行った方がいいよ｣と答えてしまう。軽率な発言を後悔するなぎさ。一方のほのかも、はっきりと決められず、気分が落ち込んだままで…。

もうすぐラクロスのリーグ戦の決勝戦。相手は宿敵・御高倶女子中学だ。今年の御高倶中は、キャプテンの永沢勝子を中心に作り上げられた、例年にないほどの好チーム。多彩なフォーメーションと正確なプレーが持ち味だ。相手にとって不足はない。意気込むなぎさのもとに、その永沢勝子が訪ねてくる。

校内バドミントン大会で優勝した亮太は、地元のクラブチームの練習に参加することになった。大喜びのなぎさは、ほのかやひかりも誘って応援に駆けつける。柴田くんという友達もでき、自分のペースで練習をしていた亮太は、なぎさのあまりにも熱の入った応援に調子を崩してしまう。練習試合の相手も強敵で…。

もうすぐ藤P先輩の誕生日。今年こそプレゼントを渡そうと、なぎさは気合い充分だ。ほのかとひかりを加え、プレゼント選びに頭を悩ますなぎさ。ついに決心して、イニシャルを刺しゅうしたスポーツタオルを渡すことにする。そして当日、なぎさはトラブルをくぐり抜け、藤P先輩のいる市営グラウンドに到着する。

藤P先輩から遊園地のお誘いが来た!　二人きりのデートだと思ってドキドキのなぎさだったが、ほのかたちも一緒だと知って落ち込む。一同が楽しむのはウィンタースポーツの代名詞・アイススケート。運動神経抜群のなぎさだが、アイススケートは大の苦手。そこで藤P先輩が、マンツーマンで指導してくれることになり…。

中学生活最後の冬休みがやって来た。なぎさとほのかは、キャプテンと部長という責任あるポジションを後輩に引き継ぎ、一安心の様子。だが、やっぱり部のことが気になってしまい、こっそり様子を見に行くことに。ラクロス部の新キャプテンのマキは、気負いすぎて苦労しているようだ。なぎさはマキにアドバイスを与える。

なぎさとほのかの心は晴れない。度重なるひかりの異変や、館の少年の動き…これから何が始まろうとしているのだろうか？　長老は、光と闇のバランスが崩れて、空間が歪んだせいだと説明する。それでもひかりはタコカフェでお手伝いを続けていたが、なぎさとほのかの目の前で、突如として消失してしまう！　

ひかりが消えてから一日が経つと、アカネさんや学校のみんなの記憶から、存在自体が消え始めていた…。このままでは世界も、闇の力に覆い尽くされてしまうだろう。なぎさとほのかが心配している頃、ひかりは少年と共にドックゾーンにいた。少年の差し伸べた手に触れた途端、光の力が吸収されてゆく。

復活したジャアクキングが、ついに虹の園に姿を現した！　押しとどめようとするプリキュアの前には、闇の戦士たちが出現。互いに一歩も引かない激闘が繰り広げられる。一方ルミナスは、ジャアクキングのもとへ向かおうとする少年を引き留めていた。少年はルミナスの声に気付くが、バルデスが二人の間を引き裂く。

バルデスの力はあまりにも強大だった。満身創痍のプリキュアはなすすべもなく、自分たちの暮らす街が破壊されてゆくのを、ただ見ていることしか出来ない。もはや起きあがる力すら残されていない…それでも励ましてくれるメップルとミップルを前に、泣き崩れる二人。その時、記憶の奥底から、ある声が聞こえてくる…。