Dopo aver sconfitto Il signore delle tenebre, Mapple e Mipple cadono in un sonno profondo. Intanto Nagisa e Honoka tornano alla normalità. Allo stesso tempo nel giardino della luce la regina si separa nei 12 cuori magici che si spargono nel giardino dell'arcobaleno. Intanto le forze dell'oscurità risorgono e Mepple e Mipple si risvegliano dando alle Pretty Cure poteri più forti di prima.

Il gran consigliere e il guardiano delle pietre avvisano le guerriere dell'arcobaleno della loro nuova missione recuperare tutti e dodici i cuori magici. Intanto Nagisa e Honoka incontrano Hikari Kujo, che presto si aggiungerà al gruppo delle Pretty Cure.

Mentre il gran consigliere e il guardiano delle pietre alloggiano a casa di Nagisa. Le Pretty Cure cercano di assimilare i recenti eventi e capire come completare la loro nuova missione. Intanto Pollun però scappa e incontra Hikari, la quale assiste allo scontro tra le Pretty Cure e Zakenna.

Nagisa chiede a Honoka di accogliere in casa sua il gran consigliere e il guardiano delle pietre. In seguito, mentre Nagisa e Honoka parlano con Hikari, le forze delle tenebre attaccano le ragazze. La regina suggerisce quindi a Hikari come aiutare le Pretty Cure.

Hikari riesce a trasformarsi in Shiny Luminous aiutando le Pretty Cure, il che porta tutti a chiedersi quale sia la vera identità di Hikari.

Dopo i recenti eventi il mistero dell'identità di Hikari si infittisce. Nagisa e Honoka capiscono che Hikari ha in sé la forza della regina. Intanto Akane commissiona Hikari e le altre a fare la spesa.

I genitori di Nagisa si assentano per un giorno, dando ordini ai figli di fare le faccende di casa. Nagisa e Honoka incontrano un altro cuore magico, mentre Hikari riceve complimenti da Akane per il suo lavoro che svolge al chiosco.

Akane sta cercando di capire come affrontare i problemi economici che affliggono la sua attività. Le ragazze intanto cercano di capire se ci sia un modo per aiutare la signorina Akane.

I genitori di Honoka tornano In Giappone per festeggiare il compleanno della figlia. I festeggiamenti al ristorante vengono però interrotti dalle forze delle tenebre.

Durante un visita a una fabbrica di torte, le Pretty Cure trovano un altro cuore magico della regina e uno dei guerrieri delle tenebre.

Nagisa è ora capitano della squadra di Lacrosse e si sta preparando insieme alle altre per la prossima partita.

Akane invita le ragazze a partecipare con lei ad una fiera di campagna, dove cercheranno di vendere i prodotti del chiosco e competere con altri fornitori locali.

Nagisa ha una discussione con la madre, la quale le aveva consigliato di mettere un cappotto o altrimenti si sarebbe ammalata. Nagisa però non l'ascolta e si ammala, ma alla fine capisce che stava solo cercando di proteggerla.

Fuji-P deve partecipare a una partita di calcio e Nagisa decide di costruire una bandiera per incoraggiarlo durante il gioco.

Nao e Miu invitano Hikari ad andare al mercatino dell'usato. Nao e Miu confessano alla loro compagna la loro venerazione per Nagisa e Honoka, rispettivamente. Nagisa, Noa e Hikari sfidano una squadra di ragazzi a pallacanestro.

Secondo le compagne di classe di Nagisa, la settimana che verrà sarà una fortunata. Durante la giornata vari avvenimenti sembrerebbero confermare questa teoria.

Il club di scienze deve decidere quale argomento trattare per la nuova competizione di scienze, che vedrà più scuole sfidarsi in una gara nazionale. Non convinte del primo argomento scelto, le ragazze decideranno di rischiare e farne un altro.

La famiglia di Honoka ha organizzato un gita in campeggio alla quale si aggregano anche Honoka. Hikari intanto rimane ad aiutare Akane con il chiosco. Poco dopo però la ragazze raggiunge il gruppo. Il divertimento viene però interrotto dalle forze delle tenebre.

Nagisa origlia i suoi genitori, i quali stanno parlando di un possible trasferimento. Più tardi Hikari che sente Nagisa dire che dovrà trasferirsi, non sa se dire la verità ad Honoka o che fare a proposito.

Rina, compagna di Nagisa e Honoka, si comporta in modo molto strano ultimamente. Per scoprire la verità, Nagisa e Honoka decidono di chiedere direttamente alla ragazza che cosa nasconde.

Sua altezza Re Jaaku esce finalmente fuori. Intanto Hikari incontra Daiki. Hikari e sua altezza Re Jaaku finalmente si incontrano senza però essere a conoscenza delle rispettive identità.

In seguito allo scontro con Valdes, uno dei cuori magici della regina suggerisce alle Pretty Cure un modo per aumentare i loro poteri. Per farlo le ragazze dovranno recarsi nel terreno luminoso che si trova esattamente dove il contenitore prismatico è stato rovesciato la prima volta e secondo il libro della saggezza questo luogo si rivelerà quando il secondo sole illuminerà una roccia a forma di leone che indicherà loro la strada.

Le ragazze si recano con la scuola al campo estivo, mentre il club di lacrosse si allena, il club delle scienze svolge attività di studio. Durante la partita Nagisa travolta dalla stanchezza accumulata sviene in mezzo al campo. Yuka intanto confessa che Nagisa era la sua fonte di ispirazione.

Hikari è un po' avvilita e pensierosa, ma la nonna di Honoka invita le ragazze a fare un giro in barca sul lago. Qui la signora anziana trasmette un po' di saggezza alla giovane ragazza.

Mentre Shiho e Honoka sanno già cosa vorrebbero fare in futuro, Nagisa si sente sconfortata in quanto non ne ha idea.

L'estate sta svolgendo al termine e Nagisa pensa di aver terminato tutti i suoi compiti scolastici, ma in realtà si è dimenticata che doveva redigere una relazione su un argomento a piacere.

Mentre nel giardino della luce e delle tenebre accadono contemporaneamente eventi inspiegabili, nel giardino dell'arcobaleno le ragazze sono un po' tese per via della leggenda di Ruriko, un fantasma che si aggira per la scuola che in realtà si scopre poi essere Lulun, principessa della luce, che stava cercando Pollun.

Lulun e Pollun non vanno molto d'accordo, quindi le Pretty Cure decidono di separarli momentaneamente. Intanto Hikari e Pollun vengono attaccati da uno dei guerrieri delle tenebre, ma grazie a Lulun Hikari riesce a respingerlo.

Nagisa, Honoka e Hikari si recano al luna park per un po' di divertimento, ma vengono interrotte dalle forze delle tenebre che cercano di rapire Lulun.

Le Pretty Cure vengono attaccate dalle forze delle tenebre durante una partita di Lacrosse. Intanto Valdes ritorna in vita.

Nagisa deve ridigere un articolo per il giornalino della scuola ma non ha ancora trovato il soggetto di cui vuole parlare. La nonna di Honoka parla alle ragazze della signora Mitoya che dirige un chioschetto dove prepara un tipico piatto giapponese. La signora Mitoya rivela alle ragazze che gli affari non stanno andando bene e le ragazze cercheranno di aiutarla per mantenere aperto il chioschetto.

È il compleanno di Nagisa e Honoka trova un modo per far sì che Nagisa passi un po' di tempo con Fuji-P. I due si incontrano al parco dove Fuji-P si sta allenando, ma il ragazzo è un po' giù di morale perché il suo allenatore lo vede poco concentrato. Nagisa allora decide di aprirsi anche lei a Fuji-P dicendogli quello che veramente prova per lui, ma vengono interrotti dalle forze delle tenebre.

Nagisa e Honoka vanno in gita con la scuola, mentre Hikari rimane in città dove ha la strana sensazione di essere seguita. Intanto Nagisa vuole andare a vedere il set dove viene girato uno dei suoi telefilm preferiti.

Hikari raggiunge le ragazze che si trovano in gita scolastica. Il gruppo decide di andare a visitare la città prendendo un tram fino ad arrivare a una foresta di bamboo e un luogo antico e tranquillo.

Dopo una discussione Pollun e Lulun si allontanano dal luogo in cui Hikari li aveva lasciati e si perdono. Una bambina lì trova per strada e pensa che siano dei pupazzi e così decide di portarli a casa. Qui Pollun e Lulun cercano di incoraggiare la bambina a essere coraggiosa e dire la verità al padre.

È passato un anno dall'ultima recita della scuola e anche questa volta il nuovo spettacolo sarà prodotto e diretto da Shiho. Anche questa volta la storia vedrà come attori principali, Nagisa e Honoka. Ma la storia sarà diversa.

Honoka riceve dalla sua famiglia una lettera con la quale i suoi genitori le chiedono di trasferirsi e andare a vivere a Parigi con loro, ma Honoka è combattuta. Intanto Nagisa ripensa al bel rapporto che ha costruito con la sua amica.

Le ragazze della Verone Accademy si trovano a dover affrontare la finale del campionato di lacrosse.

Nagisa accompagna suo fratello a una competizione di Badminton. Nagisa cerca di incorragiarlo facendo il tifo, ma esagera e lo sconcentra.

È il compleanno di Fuji-P e Nagisa vuole fargli un regalo. Ma prima di consegnarglielo le Pretty Cure devo affrontare i guerrieri di Dostuku.

Fuji-P invita Nagisa ad andare al luna park per la vigilia di natale e qui passeranno una giornata all'insegna del divertimento.

Sono arrivare le vacanze invernali alla Verone Academy e le compagne di Nagisa e Honoka hanno preparato per loro una festa di ringraziamento.

Le Pretty Cure hanno oramai trovato tutti i cuori magici della regina e manca poco tempo perché le forze dell'oscurità prendano il sopravvento. Intanto sia il signore delle tenebre che Hikari scompaiono per poi ritrovarsi insieme in un luogo sconosciuto dove finalmente questa capirà la vera identità del bambino.

Tutti sul mondo dell'arcobaleno iniziano a dimenticarsi dell'esistenza di Hikari. Intanto quest'ultima toccando il signore delle tenebre finisce per trasferirgli il potere della luce.

Il signore delle tenebre è risorto e l'unico modo per fermarlo è unire i cuori magici della regina. Ciò significa però che Hikari scomparirà. Nagisa e Honoka non sono pronte a dirle addio e allo stesso tempo nemmeno Hikari è pronta a dire addio al giardino dell'arcobaleno.

La battaglia con le forze delle tenebre si rivela più difficile del previsto, ma le Pretty Cure non si perdono d'animo e ce la mettono tutta per contrastare Valdes, il quale intanto ha assorbito l'energia del signore delle tenebre. Intanto Hikari con il potere della creazione interviene a sostegno di Nagisa e Honoka.