Misumi Nagisa und Yukishiro Honoka sind zwei grundverschiedene Mittelschülerinnen. Die eine begabt in Sport und begehrt unter den Mädchen, die andere hochintelligent und begehrt unter den Jungs. Als Nagisa eines Abends Sternschnuppen beobachtet, stürzt eine direkt auf sie zu. Sie landet in ihrem Zimmer und verwandelt sich in ein Handy, in dem ein eigenartiges Wesen haust. Kurz darauf stößt auch Honoka in einem Speicher bei sich zu Hause auf so ein Handy.

Nach dem Kampf gegen das Achterbahnmonster, bei dem sich Nagisa und Honoka in Pretty Cure verwandelt haben, hat Nagisa genug von dem Ganzen, während Honoka Gefallen daran gefunden zu haben scheint. Als daraufhin die Stadt von unerklärlichen Stromausfällen heimgesucht wird und Nagisas Freunde in Gefahr geraten, bleibt ihr nichts anderes übrig, als sich erneut gemeinsam mit Honoka in Pretty Cure zu verwandeln.

Nagisa und Honoka werden dazu verdonnert, die Leitung des bald anstehenden Schulausfluges zu übernehmen. Was ihnen allerdings Gelegenheit gibt, gemeinsam Mepple und Mipple zur Rede zu stellen. So erfahren die beiden, dass die Dokutsu Zone im Begriff ist, sämtliche Welten zu verschlingen und nur sie als legendäre Krieger Pretty Cure in der Lage sind, diese aufzuhalten. Wieder in der Schule erwartet sie ein neuer Referendar, der jedoch nichts Gutes im Schilde führt.

An einem Sonntag zieht es Mepple zu Mipple und so beschließen Nagisa und Honoka, etwas zusammen zu unternehmen. Nagisa wird schnell bewusst, dass die beiden nicht viel gemeinsam haben, doch Honoka scheint den Tag sichtlich zu genießen. Auf dem Nachhauseweg wird Honoka von Pisard angegriffen, doch glücklicherweise ist Nagisa nicht weit.

Bei ihrem letzten Sieg über Pisard ließ dieser einen Prism Stone zurück. Um diesen sicher aufzubewahren, schlägt Mepple vor, ihn in das Prism Hopish einzufügen, damit der Wächter der Steine über ihn wachen kann. Dummerweise hat Mepple bei seinem Sturz in den Regenbogengarten aber das Prism Hopish verloren. Die Suche danach verschlägt Nagisa und Honoka tief in die Wildnis.

Das erste Liga-Match der Lacrosse-Liga steht bevor und Honoka ist zur Stelle, um Nagisa anzufeuern. Doch sie ist nicht alleine. Zu Nagisas Verblüffung setzt sich ausgerechnet der Junge, den sie nur als "Fujipi" kennt, neben Honoka, was Nagisa ihrerseits völlig aus dem Konzept bringt. Zu allem Übel ist ihr neuer Widersacher aus der Dotsuku Zone ebenfalls nicht weit.

Honoka will Nagisa einen Gefallen tun, den Nagisa allerdings alles andere als zu schätzen weiß. Die Sache eskaliert in einen Streit zwischen unseren beiden Pretty Cure, der ihnen vor Augen führt, dass sie grundverschieden sind. Wie geht es nun weiter mit den Pretty Cure?

Nachdem Mepple Nagisa morgens auf die Nerven geht, beschließt Nagisa, ihn den Rest des Tages zu ignorieren. Als er sich das nächste Mal bemerkbar macht, muss Nagisa mit Entsetzen feststellen, dass Mepple krank zu sein scheint. Allerdings bleibt Nagisa nicht viel Zeit etwas zu unternehmen, denn der Konrektor konfisziert Mepple. Nun müssen die beiden Pretty Cure Mepple schnell wieder vom Konrektor zurückholen, um ihn zu heilen.

Honokas Geburtstag steht vor der Tür und wie jedes Jahr kehren ihre Eltern für einen Tag nach Japan zurück, um mit ihr zu feiern. Doch die Arbeit ruft selbst an ihrem freien Tag und so findet sich Honoka in einem Juwelier wieder, der zufälligerweise genau in diesem Moment von drei maskierten Männern ausgeraubt wird.

Nagisas Mutter verdonnert Nagisa dazu, Ryota sonntags zum Aquarium zu begleiten. Freundlicherweise schließt sich Honoka ihnen an, was für die beiden höchst lehrreich ist. Derweil erhält Gekidrago vom Bösen König eine letzte Chance, um den Pretty Cures die Prism Stones zu rauben.

Als Nagisa die Straße entlangschlendert, bemerkt sie einen Stand am Straßenrand, der kostenlose Kostproben Schokolade verteilt. Wieder zu Hause fällt ihr auf, dass Mepple fehlt. Schnell schlussfolgert sie, dass das Fräulein am Schokoladenstand Mepple gestohlen haben muss und dass als Nächstes Honoka in Gefahr sein wird.

Die Verone-Schule bekommt einen neuen Schüler namens Kiriya, der super Fußball spielen kann und von allen bewundert wird. Dieser sucht zu Nagisa und Honoka Kontakt. Leider weiß niemand, dass er der kleine Bruder von Poisonny ist …

Nagisa und Honoka müssen in der Schule erfahren, dass sich zwei andere Mädchen als Pretty Cure ausgeben. Doch wie gehen sie damit um? Da die Gefahr besteht, dass die Schergen der Dotsuku Zone sie für die echten Pretty Cures halten und diese angreifen, müssen sie etwas unternehmen …

Nagisa macht mit ihrer Familie zufällig einen Familienausflug zum selben Hotel wie Honoka und ihr Großmütterchen. Doch auch im Urlaub bleiben die beiden nicht von den Schergen der Dotsuku Zone verschont.

Yuka hat es nicht leicht. Da sie als Madonna der Verone-Schule immer perfekt sein muss, staut sich ständig bei ihr Stress an. Diesen Stress macht sich die Dotsuku Zone zunutze, um Yuka zu manipulieren …

Nagisa wird von Honoka gefragt, ob sie nicht Kohl miternten möchte. Diese sagt daraufhin sofort zu, doch als sie hört, dass ihr Schwarm Fujipi-senpai auch mithilft, fehlen ihr die Worte – und das im wahrsten Sinne des Wortes!

Die schüchterne Seiko hat sich in Kiriya verliebt und überreicht diesem einen Liebesbrief. Doch Kiriya möchte ihn nicht annehmen und als er auch noch erfährt, dass Honoka Seiko darin bestärkt hat, regt er sich sehr auf …

Mepple und Mipple, die sonst immer ihre gegenseitige Liebe unter Beweis stellen müssen, fangen an sich zu streiten. Werden die beiden trotzdem in einer brenzligen Situation zusammenhalten?

Nagisa findet es komisch, dass Honoka plötzlich nicht mehr Mepple und Mipple voneinander unterscheiden kann. Schnell wird klar, dass es sich bei ihr um einen Fake aus der Dotsuku Zone handeln muss! Wird Nagisa in der Lage sein, die echte Honoka von dem Fake zu unterscheiden?

Als Honoka auf dem Schulrückweg Kiriya trifft, gesteht er ihr, dass er von der Dotsuku Zone kommt. Doch es kommt noch schlimmer, denn er möchte gegen Honoka kämpfen. Wie wird sich Pretty Cure in dieser brenzligen Situation verhalten?

Chutaro ist ein Hund, der plötzlich ein Kind bekommen zu haben scheint. Doch dabei gibt es ein großes Problem, denn Chutaro ist ein Männchen. Was macht dieser Welpe bei Chutaro und werden Nagisa und Honoka sein Herrchen ausfindig machen?

Nagisa ist mit ihrem Club zu einem Feriencamp gefahren, doch plötzlich fällt in der Nacht der Strom aus und niemand kennt den Grund. Könnte es sein, dass der Gott der Berge dahintersteckt oder ist dies möglicherweise doch das Werk der Schergen aus der Dotsuku Zone?

Irukubo ist es gelungen, die Lebenskraft von Nagisas und Honokas Mitschülern in eine Kugel zu stecken. Als Pretty Cure gegen Irukubo kämpft, merken sie schnell, dass sie diesem nicht gewachsen sind. Doch es kommt noch schlimmer: Irukubo reißt auch noch die Prism Stones von Mipple und Mepple an sich …

Pollun möchte, dass Nagisa und Honoka zusammen mit Mipple und Mepple zum Lichtgarten kommen, denn dort wartet schon die Königin des Lichts auf sie. Als sie jedoch auf dem Lichthügel die Kraft der Prism Stones erlangen wollen, taucht der Böse König bei ihnen auf …

Nagisa und Honoka landen in der Dotsuku Zone, wo sie den Bösen König mit ihrer ganzen Kraft besiegen wollen. Doch diese scheint in der Dotsuku Zone nicht zu funktionieren. Als alle Hoffnung auf einen Sieg verloren scheint, taucht plötzlich die Königin des Lichts auf, mit deren Hilfe Pretty Cure wieder Hoffnung schöpft …

Dem Bösen König ist es gelungen, Samen zu säen, bevor er vernichtet wurde. Diese Samen sollen es ihm ermöglichen, schon bald wieder aufzuerstehen. Werden Nagisa und Honoka etwas dagegen unternehmen können?

Als Nagisa sich über die Zukunft Sorgen macht, erzählt Honokas Großmütterchen den beiden Kindern eine erschreckende Geschichte, welche, so erschreckend sie auch sein mag, den beiden Hoffnung schenkt. Wird diese neu gewonnene Hoffnung beim Kampf gegen das Böse helfen?

In den Sommerferien findet ein Fest statt und so machen sich Nagisa und Honoka auf den Weg, um etwas Spaß zu haben. Dort treffen sie auf Fujipi und andere Jungs, die ihnen eine Mutprobe vorschlagen. Jedes Mädchen soll sich mit einem Jungen zusammentun und in der Nacht den Hügel zu einem Schrein besteigen …

Als ob Nagisa nicht schon genug Stress hätte! Pollun kommt heimlich mit ihr zur Schule und bereitet ihr einen Haufen Ärger. Und es kommt noch schlimmer: Kurz bevor der Wächter der Steine entführt wird, vertraut er Pollun die Kraft dieser an, um sie in Sicherheit zu bringen. Das kann ja heiter werden …

Da Pollun jung und neu auf der Erde ist, beschließt er, den Regenbogengarten auf eigene Faust zu erkunden. Währenddessen wissen Nagisa und Honoka immer noch nicht, dass die Kraft der Steine in ihm verborgen ist …

Pollun sehnt sich immer mehr nach dem Lichtgarten, doch ohne die Prism Stones und den Wächter der Steine kann er nicht nach Hause zurück. Da Pollun in die Zukunft sehen kann, versuchen sie mit seiner Hilfe, zu erkennen, wo sich der Wächter der Steine nur aufhalten könnte …

Shiho hat das Gefühl, nicht mehr in den Lacrosse-Club zu gehören, da sie den Eindruck bekommen hat, für die anderen Spieler ein Klotz am Bein zu sein. Nach einem Streit mit ihrer besten Freundin Rina entschließt sie daraufhin, den Club zu verlassen. Doch bevor Shiho in einem neuen Spiel wieder Selbstvertrauen gewinnen kann, entpuppt sich eine gegnerische Spielerin als Schergin der Dotsuku Zone …

Die Verone-Schule feiert Sportfest und Nagisa soll in der wichtigsten Sportart antreten: dem Staffellauf. Natürlich müssen die Feinde ausgerechnet dann angreifen und alles kaputt machen!

Nagisa wird die Liebe gestanden, aber leider nicht von Fujipi-senpai! Sie will ablehnen, aber ihr Verehrer ist versessen! Kann Nagisa beim Date die Wahrheit sagen?

Der Wächter schafft es mit List aus der Villa, in der er festgehalten wurde … Aber wenn Nagisa und Honoka ihn nicht bald finden, dann werden ihn die Bösewichte wieder schnappen!

Nagisa und Honoka werden in ihrer Klasse als Romeo und Julia für das anstehende Theaterstück gecastet. Aber die Regie übernimmt Chiho und ihre Ideen sind ambitioniert und merkwürdig.

Nagisa und Honoka wollen shoppen gehen, aber ausgerechnet heute hat Nagisas Papa ein paar wichtige Unterlagen zu Hause vergessen. Kann Ryota die wirklich alleine in die Firma bringen?

Yoshimi-sensei heiratet, aber ihr Mann muss ins Ausland ziehen, um dort zu arbeiten! Verlieren Honoka und Nagisa ihre liebste Lehrerin?

Nagisa übernachtet bei Honoka und bringt Freundinnen mit, die Honoka auf den Zahn fühlen wollen. Ist sie etwa … verliebt?

Nagisas Lacrosse-Mannschaft ist im Finale. Aber das Match wird von einem Feind unterbrochen. Kann Nagisa gegen den Feind und gegen die Otakaku-Mädchenschule gewinnen?

Die Feinde trennen Honoka und Nagisa, um einen Sieg gegen die Pretty Cures zu erzielen. Beide Mädchen sind verzweifelt und allein … Sind sie eben doch nur zu zweit Pretty Cures?

Nagisa ist schon ewig in Fujipi-senpai verliebt, aber als Yui sie bittet, ihr zu helfen.

Nagisa will Fujipi-senpai ein Geschenk überreichen, aber als die gute Gelegenheit kommt, werden sie angegriffen!

Die Kirschblütenklasse hat sich für den Bezirksgesangswettbewerb qualifiziert, aber Yane-san, die für die Musik verantwortlich ist, will in letzter Minute den Song wechseln. Ob das gut geht?

Die Bösewichte der Dotsuku Zone wollen sich gegen den Bösen König auflehnen. Doch diesmal haben sie einen Plan, wie sie die Kraft, aus der alles entsteht, tatsächlich an sich reißen können!

Honoka und Nagisa folgen den Bösewichten in die Dotsuku Zone, um die Kraft, aus der alles entsteht, zurück zu holen. Aber es sieht so aus, als wäre alles schon zu spät!

In der Dotsuku Zone scheint alles verloren, als die Bösewichte sich mit der Kraft, aus der alles entsteht zu einem gigantischen Feind zusammentun. Aber Pollun und der Wächter unternehmen einen letzten Versuch, um die Mädchen zu retten.

Der Böse König verfolgt Nagisa und Honoka in den Garten des Regenbogens, um die beiden zu töten und alles zu verschlingen. Aber die Pretty Cures geben auch dann nicht auf, als schon alles verloren scheint.