Nagisa Misumi e Honoka Yukishiro, due studentesse ordinarie ricevono un'aspettata sorpresa che viene dal giardino della luce.

Mipple e Mepple aiutano Nagisa e Honoka a scoprire cosa c'è dietro il blackout che sta affligendo la città.

Un nemico delle tenebre venuto da Dotsuku si infiltra nella scuola di Nagisa e Honoka.

Nagisa e Honoka prendono parte a una gita scolastica che le porta al museo, ma qui si scontreranno con il guerriero delle tenebre, Pisard.

Nel suo ultimo tentativo Pisard affronta le Pretty Cure per sottrarre loro le pietre prismatiche.

Nagisa e Honoka vanno alla ricerca del contenitore prismatico, ma qui vengono attaccate da un nuovo guerriero delle tenebre.

Durante un torneo di lacrosse, i guerrieri di Dotsuku attaccano le Pretty Cure.

Honoka tenta di spingere Nagisa a farsi coraggio e a parlare con Fuji-P, ma questo porta le Pretty Cure a litigare per la prima volta.

Nagisa trascura Mepple e quest'ultimo non si sente bene. Mentre si trovano a scuola il preside confisca Mepple e Nagisa deve recuperarlo prima che sia troppo tardi.

È il compleanno di Honoka e i suoi genitori tornano in Giappone per festeggiare insieme a lei. Intanto però Gekidrago attacca le Pretty Cure prendendo in ostaggio i genitori di Honoka.

Nagisa porta suo fratello minore, Ryota, all'acquario, ma qui il guerriero di Dotsuku Gekidrago dà il tutto per tutto attaccando le Pretty Cure.

Un nuovo nemico capace di cambiare forma giunge da Dotsuku. Con questa sua capacità cerca di rapire Mipple e Mepple dalle Pretty Cure.

Kiriya Irisawa, fratello minore di Poisonny, si infiltra nella scuola media delle Pretty Cure per controllare da vicino le loro mosse. Honoka con le sue compagne di club partecipa ad una gara di scienze.

Due compagne di scuola di Nagisa e Honoka si impersonificano come le Pretty Cure. Nagisa e Honoka tentano di dissuadere le compagne dal proseguire la loro imitazione per via del potenziale pericolo nel quale potrebbero incorrere.

Inconsapevolmente Nagisa e Honoka si ritrovano con le proprie famiglie nello stesso luogo da loro scelto per una vacanza. Qui le due ragazze decidono di visitare un isola vicina per scoprire il mistero che la circonda. Ben presto però si trovano a dover affrontare ancora una volta le forze delle tenebre.

Yuka, la ragazza più popolare della scuola viene impossessata da Zakenna creando così più copie di sé stessa.

Nagisa e Honoka insieme a Fuji-P e Kiriya si trovano ad aiutare una coppia di anziani a raccoglierle gli ortaggio dei loro campi. Intanto Kiriya inizia ad empatizzare con le creature del giardino dell'arcobaleno.

Durante gli esami di fine semestre, la guerriera delle tenebre Poisonny intrappola le Pretty Cure in un labirinto di specchio dal quale quest'ultime dovranno cercare di liberarsi per ritornare a riesumare i loro doveri scolastici.

Poisonny ritenta di rapire Mepple da Nagisa ma questa volta prende le sembianze di Honoka. Perciò Nagisa deve capire quelle delle due è la sua compagna di avventure.

Kiriya decide di confessare tutta la verità alle Pretty Cure, soprattutto dopo che ha iniziato ad avere dei sentimenti per Honoka. Una volta consegnata la sua pietra alle guerriere del giardino dell'arcobaleno, Kiriya si dirige ad Dostuku dove verrà punito per la sua insubordinazione.

Chuutaro trova un cucciolo abbandonato e Nagisa e Honoka cercano di rintracciare il suo legittimo proprietario. Intanto le forse oscure di Dostuku capiscono dove sono nascoste le pietre.

Mentre Nagisa e Honoka e i loro compagni di scuola si trovano al campo estivo, strani eventi iniziano a verificarsi.

Ilkubo riesce ad ottenere le ultime pietre prismatiche, ma il loro grande potere lo annienta.

Grazie a Pollun, le Pretty Cure vengono catapultate per la prima volta nel giardino della luce, dove le due guerriere incontrano la regina.

Dopo aver cercato di invocare il potere della creazione, le Pretty Cure si ritrovano catapultato nel mondo delle tenebre, dove affronteranno il re dell'oscurità.

Dopo essere riuscite a sconfiggere il Signore delle Tenebre, Nagisa e Honoka pensano che la loro missione sia terminata. Ma si sbagliano. Mepple e Mipple tornano insieme a Pollun nel giardino dell'arcobaleno per aiutare le Pretty Cure a sconfiggere le nuove forze delle tenebre che sono nate dai semi che il re Jaaku ha lanciato sulla terra.

Durante una giornata afosa d'estate, Nagisa e Honoka devono completare i suoi compiti estivi. Intanto riflettono sugli ultimi avvenimenti passati e iniziano a sentirsi avvilite, così la nonna di Honoka racconta di un episodio del suo passato che l'ha aiutata a rafforzare la sua fiamma della speranza.

Nagisa e Honoka cercano degli abiti per la festa d'estate che si terrà in città. Durante i festeggiamenti le due ragazze e il loro gruppo di amici decidono di sfidarsi per vedere chi è coraggioso abbastanza per raggiungere un tempietto al quale è legato lo spirito di una donna. Fuji-P prende una storta e viene accompagnato in ospedale dove però uno dei cattivi di Dotsuku si sta spacciano per il direttore dell'ospedale con l'intento di avvicinarsi alle Pretty Cure.

Nagisa porta con sé Pollun a scuola, il quale però mette nei guai Nagisa e Honoka. Intanto i guerrieri delle tenebre decidono di sferrare un attacco alle Pretty Cure a scuola. Intanto il guardiano delle pietre decide di trasferire il potere della creazione dalle pietre a Pollun.

I guerrieri delle tenebre riescono a rapire il guardiano delle pietre e il raccoglitore prismatico. Ben presto però capiscono che il potere delle pietre è stato trasferito altrove. Intanto Pollun sentendo nostalgia di casa decide di scappare.

In un tentativo di rallegrare Pollun, Nagisa e Honoka decidono di portarlo in un parco dei divertimenti.

Nonostante i suoi enormi sforzi, Shiho non riesce a lasciare i sensi di colpa alle spalle e andare avanti, avendo paura di ricomettere gli errori fatti durante l'ultima partita.

Le ragazze della Verone Accademy si stanno preparando per sfidarsi in una staffetta. Le forze di Dotsuku tengono però impegnate le Pretty Cure.

Kazuki Azekura, studente della terza media e giocatore di basket, ha una città per Nagisa e le chiede se vuole venire con lui a raccogliere delle castagne. Nagisa non sa come rifiutare e accetta.

Grazie ai due impacciati servitori Zakenna, il guardiano delle pietre riesce per poco tempo a uscire dalla gabbia in cui i signori delle tenebre lo hanno imprigionato.

Nagisa e Honoka vengono scelte dalle loro compagne per interpretare i ruoli di Romeo e Giulietta. Durante lo spettacolo però vengono attaccate dalle forze delle tenebre.

Nagisa e Honoka sono felici di poter avere un giorno di libertà e di spensieratezza, Ma questo viene interrotto dal padre di Nagisa. Quest'ultimo infatti chiede alla figlia di portargli dei documenti in ufficio. Ryota si offre però al posto di Nagisa. Nagisa e Honoka lo seguono per assicurarsi che arrivi alla giusta destinazione.

La signorina Yoshimi annuncia la tua classe che sta per sposarsi. A tale proposito le sue alunne decidono di farle un regalo.

Honoka invita Nagisa a casa sua per un pigiama party. Mentre queste dormono, Belzei si intrufola nei loro sogni dove le Pretty Cure dovranno combatterlo.

Ci sono le finali di lacrosse e la Verone Accademy dovrà affrontare la scuola media di Mitaka. Prima dell'inizio della partita, però, le Pretty Cure si trovano ad dover affrontare ancora una volta le forze delle tenebre.

Le forze di Dotsuku trovano un modo per separare le due guerriere della luce. Tocca a Nagisa trovare la sua compagna prima che sia troppo tardi.

Yui, compagna di classe di Nagisa, ha una cotta per Fuji-P e vuole fargli un regalo. Allo stesso tempo però anche a Nagisa piace Fuji-P e si trova combattuta fra aiutare o meno la sua amica.

Le feste natalizie sono dietro l'angolo e la Verone Accademy decide di organizzare un ballo di fine anno. Nagisa riesce a passare del tempo con Fuji-P.

Le ragazze della Verone Accademy si trovano a dover competere in una gara canora contro un'altra scuola.

Le forze delle tenebre capiscono che il grande potere delle guerriere dell'arcobaleno viene da Pollun. Quindi escogitano un piano per catturarlo.

I Semi dell'Oscurità hanno catturato Pollun e le Pretty Cure gli inseguono nel regno delle tenebre con la speranza di poterli fermare.

I guerrieri di Dotsuku assetati di potere cercano di assimilare il potere della creazione. Ma Re Jaaku infelice della loro insubordinazione decide di eliminarli.

Lo scontro finale è giunto! Le Pretty Cure utilizzano tutte le loro forze per sconfiggere il Signore delle Tenebre.