Dopo aver catturato l'uovo di Kishin numero 99, Maka Albarn, maestra d'armi, e Soul Eater, la sua arma, devono catturare l'anima di una strega. I due tentano di prendere quella di Blair e, dopo alcuni tentativi, riescono nel loro obiettivo. Però, quando è ormai troppo tardi, Maka e Soul si accorgono che Blair è una gatta dai poteri magici e non una strega. Blair sopravvive in quanto i gatti hanno sette vite, mentre Soul e Maka devono quindi ripetere la cattura delle uova di Kishin dall'inizio.

Black Star, maestro d'armi, e Tsubaki, la sua arma, tentano di catturare Al Capone e i suoi uomini, divenuti tutti uova di Kishin, ma il ragazzo si fa scoprire e la coppia è costretta a scappare. Si scopre che i due non sono ancora riusciti a catturare nemmeno un uovo di Kishin. Quando viene a sapere dal sommo Shinigami che Al Capone è sulle tracce di una strega, Black Star decide di inseguirli nella speranza che Tsubaki possa divenire una Falce della Morte in un solo colpo (visto che gli uomini di Al Capone sono novantotto e con Al Capone e la strega si potrebbe completare la caccia). Raggiunta la base della strega, i due partner trovano tante uova di Kishin. Erano Al Capone e i suoi uomini, che erano stati eliminati dal guardiano che protegge la strega: Mizune. Black Star si batte contro di lui per l'anima della strega e, dopo un'iniziale sconfitta, con l'onda della propria anima, ha la meglio. Ma dopo aver scoperto che la strega è una bambina, preferisce lasciar perdere tutto e si ritira.

Death the kid, un maestro d'armi fissato con la simmetria, accetta la missione alla piramide di Anubi dove una strega sta cercando di creare un esercito di mummie. Kid, giunto sul posto, scopre che la strega è stata divorata dal faraone Anubi, risvegliatosi proprio grazie alla strega. Kid inizialmente non reagisce agli attacchi di Anubi, in quanto questi è perfettamente simmetrico, ma quando si accorge che il volto del faraone in realtà è asimmetrico, lo annienta senza pietà grazie all'intervento delle sue armi: le gemelle Thompson. Nel frattempo Soul e Black Star cercano di capire chi abbia accettato la missione della piramide. I due scoprono che è stata affidata al figlio del Sommo Shinigami.

Alla Shibusen gira voce che Sid, uno degli insegnanti della scuola, sia morto e che ora voglia che anche gli studenti seguano la sua fine. Scampando alla lezione tenuta dal provvisorio professore Spirit, Maka, Soul, Black Star e Tsubaki vengono mandati dal Sommo Shinigami a seguire un corso di recupero al cimitero. I quattro studenti devono sconfiggere lo zombie di Sid e capire chi lo abbia ridotto così. Sconfittolo, scoprono che il responsabile è Franken Stein un maestro d'armi che in passato era stato un allievo della Shibusen. Così Maka e gli altri raggiungono la casa di Stein.

I quattro studenti raggiungono la casa di Stein, che sembra intenzionato a compiere un esperimento sui ragazzi. Soul, Maka, Tsubaki e Black Star lo affrontano senza avere successo. Si scopre che il padre di Maka era stato per cinque anni arma di Stein e quest'ultimo aveva condotto degli esperimenti su di lui. Vedendo il grande coraggio dei ragazzi, Stein dichiara finito il corso di recupero. In realtà era tutto programmato e Maka e gli altri rimangono senza parole. Il giorno successivo, i ragazzi scoprono che Stein ha sostituito Sid come loro insegnante.

Dopo aver fatto richiesta al padre Shinigami per cercare di aiutare Maka e gli altri nel corso di recupero, Death The Kid diventa uno studente della Shibusen. Tuttavia il primo giorno di scuola si presenta con tre ore di ritardo per aver sistemato in modo perfettamente simmetrico la carta igienica e, all'ingresso, viene ostacolato da Soul Eater e Black Star che per questa volta faranno coppia insieme in quanto il figlio del Sommo Shinigami ha portato via loro la scena. Kid, vedendo l'entrata spettacolare di Black Star che danneggia la simmetria della scuola, decide di accettare la sfida e, sotto la visione del professor Stein, di Maka e di Tsubaki, inizia lo scontro. Alla fine la battaglia finisce in "parità": Soul e Black Star a terra sconfitti e Kid svenuto perché nello scontro ha perso alcuni centimetri dei suoi capelli che hanno rotto la sua simmetria. Shinigami-sama viene a prendere Kid e Maka tenta di vedere quale sia l'aspetto della sua anima. Apparentemente crede che non ce l'abbia perché non la vede, ma in realtà viene mostrato che l'anima di Shinigami è grande quanto Death City.

Maka e Soul sono stati inviati a Firenze per una missione extra scolastica che consiste nello sconfiggere Sanson J, un pluriomicida divoratore di anime umane. Nel frattempo un gruppo di teppisti importuna un maestro d'armi nella Basilica di Santa Maria Novella, ma questi su ordine di un personaggio misterioso, li uccide tutti e fa ingoiare alla sua arma le loro anime. Maka e Soul, completata la missione, si accorgono di quanto è accaduto e si recano sul luogo dell'evento. Scoprono che il maestro d'armi si chiama Crona e che la sua arma, Ragnarok la spada demoniaca, è parte del suo corpo e che nelle sue vene scorre sangue nero. Essi sono molto vicini a diventare Kishin e per questo Maka li sfida per punirli. Tuttavia lo scontro procede a vantaggio di Crona che, grazie al sangue nero, non sente molto i colpi né subisce delle ferite. Quando Maka si trova in confusione e non sa più come agire, Crona tenta di ucciderla, ma Soul Eater difende la sua maestra d'armi facendosi ferire gravemente.

Quando sembra la fine per Soul e Maka, giungono nella basilica il Dr. Stein e il padre di Maka Spirit, i quali capiscono le capacità del sangue nero. In tal modo Stein, sfruttando l'onda della sua anima, riesce a neutralizzare Crona scagliandolo fuori dall'edificio. Tuttavia entra in scena il misterioso personaggio che manovra Crona, la potentissima strega Medusa. Essa però non ha intenzione di combattere e fugge portando via Crona con sé. Ritornati a casa, Soul viene ricoverato nell'infermeria della Shibusen e si scopre che il sangue nero ha infettato il suo corpo.

Maka, dopo lo scontro con la spada demoniaca, è rimasta traumatizzata e non ha il coraggio di vedere la cicatrice di Soul. La ragazza si prefigge di diventare più forte e, da una discussione con il padre Spirit, scopre dell'infezione che ha colpito la sua arma. Nel frattempo Black Star viene mandato da Sid a sistemare la biblioteca, ma non ne ha nessuna voglia. In quel momento giunge Kid in cerca di un libro sulla leggendaria sacra spada Excalibur. Anche Black Star se ne interessa e i due maestri d'armi intraprendono un viaggio alla ricerca della leggendaria spada, la più potente arma esistente. Giunti a destinazione, i due trovano l'arma leggendaria, ma non si rivelerà affatto quello che speravano. Infatti, come rivela anche Stein, chiunque è in grado di impugnarla, ma non esiste nessuna anima in grado di sopportare la sua personalità.

Black Star e Tsubaki sono in missione per fermare Masamune, la lama incantata. Si recano quindi in un villaggio per cercarlo, ma si scopre essere uno dei luoghi attaccati dal Clan della Stella, famiglia originaria di Black Star. I due sono costretti a ritirarsi anche a causa della pioggia. Così Black Star racconta a Tsubaki della sua famiglia e di suo padre, White Star: essi erano un gruppo di mercenari assassini che uccidevano e divoravano anime umane e il padre di Black Star si riteneva che fosse l'incarnazione del demonio. La Shibusen era stata costretta a intervenire e aveva eliminato l'intero Clan, risparmiando solamente Black Star poiché era ancora troppo piccolo. Da allora il ragazzo ha vissuto sempre alla Shibusen. Cessata la pioggia, i due riescono a trovare Masamune, impossessatosi del corpo di un ragazzo del paese. Black Star lo affronta e lo mette al tappeto, permettendo a Tsubaki di combattere contro Masamune, suo fratello maggiore, all'interno del mondo delle armi.

Si scopre che Tsubaki è diventata partner di Black Star con l'obiettivo di cercare e sconfiggere il fratello maggiore. Tsubaki e Masamune iniziano a scontrarsi, ma sembra che la partner di Tsubaki abbia la peggio. Nel frattempo Black Star protegge la lama incantata dai paesani, i quali iniziano a colpirlo ripetutamente ignorando che lui non sia più parte del Clan della Stella, bensì studente della Shibusen. Maka e gli altri con Shinigami e Stein seguono lo scontro dalla Camera della Morte e sono preoccupati. Durante lo scontro in un flashback viene mostrato come non ci fosse un buon rapporto tra i due fratelli e che Tsubaki, sebbene fosse la secondogenita della loro famiglia, aveva ottenuto tutte le trasformazioni dei Nakatsukasa, eccetto la lama incantata, del fratello Masamune. Rischiando di essere assorbita dal fratello, Tsubaki sconfigge Masamune e, con grande tristezza visto il pentimento in punto di morte del fratello, acquisisce la sua anima. Fuggiti dal villaggio e tornati alla Shibusen, Black Star e Tsubaki rinnovano il loro patto come partner e vengono accolti con grande gioia dai loro amici nella Camera della Morte.

Due streghe, Eruka Frog e Mizune, hanno una discussione con Medusa in cui le annunciano di essere scettiche nei confronti dei suoi esperimenti alla Shibusen. Successivamente, dopo una visita, Soul parla a Medusa del suo incubo ricorrente in cui, dopo aver parlato con un demonietto rosso, emerge dalle viscere di Maka (tale incubo è un effetto dell'infezione da parte del Sangue Nero). Maka, nel frattempo, dopo aver assistito all'allenamento di Black Star (per poter usare la Lama Incantata a piena potenza) si rimprovera, a causa della sua debolezza, di essere stata la causa della ferita di Soul e si ripromette di diventare più forte per fare in modo che una cosa del genere non accada mai più. Medusa viene attaccata da Eruka Frog e Miuzune, ma la strega di aver introdotto nel loro corpo dei serpenti magici che ubbidiscono ai suoi ordini durante il primo incontro. Mizune viene uccisa dal serpente, mentre Eruka riesce a scappare, ma viene raggiunta da Medusa. Per potersi liberare dei serpenti che ha in corpo, Eruka dovrà eseguire gli ordini di Medusa: il suo primo compito è infiltrarsi nella prigione delle Streghe e liberare il prigioniero noto come "numero 13".

Eruka riesce a far fuggire "numero 13", detto "Occhio del Diavolo" dalla prigione e a condurlo da Medusa: in cambio, egli promette di uccidere i nemici della strega. Soul e Maka, per consolidare il legame delle loro anime, sono sottoposti da Stein a un esercizio difficilissimo che, se fallito, potrebbe invece desincronizzarle per sempre: devono dirsi l'uno i difetti dell'altra. Apparentemente l'esercizio sembra stupido, ma in realtà iniziano davvero a crearsi attriti tra i due partner. Successivamente, Maka e Soul vengono mandati insieme a Black Star e Tsubaki a Londra: sul ponte della città incontrano proprio Occhio del Diavolo, autoribattezzatosi Free (Libero, in inglese) per essere riuscito a evadere dopo duecento anni di prigionia nel carcere delle Streghe. Black Star lo attacca subito con Tsubaki in modalità Lama Oscura, ma sviene dopo dieci secondi a causa dell'enorme potere che deve sopportare quando brandisce questa arma. Maka e Soul affrontano da soli Free: egli si rivela essere un membro del Clan degli Immortali, di conseguenza non può essere ucciso in alcun modo. Inoltre è un licantropo: la sua trasformazione mette in seria difficoltà Maka che già fatica a brandire Soul a causa del contrasto creatosi tra le loro anime. Ciononostante, la ragazza riesce a ferire il nemico con la sua Majogari e a spingerlo giù dal ponte. Maka cade insieme a Free, ma viene salvata prima da Soul e poi da Black Star, rinvenuto. Maka e Soul ritornano ancora più affiatati, ma Maka nota che dopo aver attivato l'Eco dell'Anima ha sputato sangue nero.

Gli studenti della Shibusen devono affrontare un esame scritto. Tutti cercano di prepararsi al meglio, eccetto Black Star che cerca di sottrarre le risposte nella casa di Stein. Il ragazzo però viene scoperto. Maka si piazza al primo posto, Tsubaki ottiene un buon punteggio, mentre Soul, Black Star, Kid, Liz e Patty devono ripetere l'esame.

Death the Kid, Patty e Liz si recano alla ricerca di un drago nero che semina il panico, per poi scoprire che in realtà è una nave di trasporti per il Kishin. Verrà distrutto e saccheggiato da Crona.

Unsettled by something he heard on the ghost ship, Kid asks his father an unimaginable question. Dr. Stein has his own questions regarding Medusa’s qualifications as a nurse.

Ox Ford e la sua Arma vanno da Excalibur, in quanto devono stendere una relazione su di lui. La spada gli racconterà la storia della sua vita.

Alla Shibusen armi e maestri festeggiano la fondazione della scuola assieme al Sommo Shinigami. Ma durante la festa Stein, mentre balla con Medusa ha un dialogo con questi, nel quale scopre che Medusa è intenzionata a risvegliare il primo Kishin, custodito sotto la Shibusen. All'improvviso il maestro Sid torna, dopo essere sopravvissuto all'attacco della strega, e informa tutti del pericolo. Medusa e i suoi seguaci iniziano ad attuare il piano per risvegliare il Kishin, rinchiudendo tutti i presenti alla festa, compreso il Sommo Shingami. Il maestro Sid riesce però ad evitare che Maka, Soul, Black Star, Tsubaki, Kid, le sorelle Thompson e Stain rimangano sotto la barriera. Questo gruppo quindi si avvia verso i sotterranei della scuola, per impedire che Medusa riesca nel suo intento.

As her ghouls rush to unseal Asura, Medusa stands in the way of Dr. Stein and his students. Elsewhere, Maka decides to settle it once and for all with Crona.

Soul e Maka si trovano a fronteggiare la forza di Crona e la sua arma Ragnarok. I due, sbaragliati dalla forza del loro avversario, cedono alla tentazione del demone impiantato nelle loro menti tramite il sangue nero ed accettano il suo compromesso cedendo alla follia. Nel frattempo Stein e Falce della morte si preparano a combattere contro Medusa.

Maka’s fight with Crona takes a very surprising turn when she puts herself in danger, hoping her actions will free the odd little Meister from a life of pain.

Free and Eruka are perilously close to releasing Asura - close enough to witness a terrifying display of the Kishin’s madness and power.

Dr. Stein and Medusa’s fight reaches a deadly climax, but the battle still rages in Asura’s chamber - if Black☆Star and Kid can’t defeat Eruka and Free, the Kishin will be unsealed.

Free from his underground prison, Asura unleashes his terrible powers on Death City! High in the air, above the destruction, Death himself engages the Kishin in battle.

The Death Scythes convene to hear Death’s plan for dealing with the escaped Kishin. Death also shares his concerns with that Dr. Stein might be slipping back into his old ways.

Crona diventa uno degli studenti della Shibusen. Dopo aver cominciato ad ambientarsi, si reca in Repubblica Ceca con Maka e Soul per calmare un golem impazzito. Tuttavia ciò sembra rivelarsi una trappola tesa dall'Aracnophobia.

Death’s students find an ally in their battle against Giriko - the youngest Death Scythe, Justin Law. Unfortunately, Giriko gets some help too - after 800 years, the witch Arachne is awakened!

Sid’s secret sabotage mission into Arachne’s research facility is jeopardized when Black☆Star arrives. Hoping to avenge Maka, the hot-headed Meister is looking for a fight - and Mifune is ready to oblige.

Dr. Stein’s trying to whip the Meisters and Weapons into shape for their eventual fight against Arachne. They’ll definitely need to toughen up - Arachne isn’t the only witch who’s back on the scene.

Under the desert sun, Death the Kid and the Thompsons fight Fisher King for a Magic Tool that’s kept a train running for a century. When Death the Kid learns who made the device, it stops him in his tracks.

Crona’s basking in the love offered so freely by the other students at DWMA. But when Medusa appears and orders Crona to do her bidding, the chill of old fear might overpower the warmth of new friendship.

Hiro, in quanto considerato da tutti un perdente alla Shibusen, diventa il Maestro D'armi di Excalibur. All'inizio viene sfidato da Black Star, Death The Kid e Kirikou Run, però questi ultimi vengono sconfitti dalla potenza di Excalibur ed Hiro diventa il bullo della Shibusen. Inoltre egli riesce ad eseguire tutti i 1000 compiti che bisogna fare perché Excalibur rimanga la sua Arma. Tuttavia, quando tutto sembrava andare bene, Hiro riporta Excalibur dov'era, in quanto starnutiva e faceva versi tutto il tempo.

Stein raduna Maka, Black Star e Death The Kid con le rispettive Armi, per farli eseguire l'esercizio della risonanza a catena. I primi due tentativi non riescono perché l'anima di Black Star è in anticipo rispetto a quelle di Maka e Kid,e questo crea un litigio tra Maka e Black Star. Solo dopo una discussione con Tsubaki, Maka capisce quello che le aveva detto Stein in precedenza, e fa pace con Black Star. Dopo un terzo tentativo l'esercizio riesce e Stein nomina Maka capo della squadra. Intanto Mosquito dichiara a tutti i sottoposti dell'Arachnophobia che è guerra con la Shibusen.

Comincia la battaglia per il possesso del Brew in un'isola dell'Alaska. Marie e Stein entrano nel campo magnetico, però, quando passano 15 minuti, Maka, Black Star e Kid decidono di disobbedire agli ordini di Marie e di Stein e entrano nel campo, coperti da Ox, Kilik e Kim. Appena entrati nel campo, Maka, Black Star e Kid trovano solo immagini del fatto in passato che ha dato origine al campo magnetico.

Continua lo scontro per il possesso del Brew. Tuttavia la Shibusen si ritira dopo aver ricevuto il segnale di ritirata. Maka, Black Star e Kid trovano Marie e Stein, che escono dal campo magnetico, e decidono di recuperare al posto loro il Brew. Vedendo uscire solo Marie e Stein, Ox e Kilik entrano nel campo per aiutare Maka e gli altri, nonostante le minacce di Marie. Intanto Maka, Black Star e Kid si scontrano con Lord Mosquito, ma durante lo scontro appare Eibon. Soul decide di far risonare le anime attraverso il pianoforte, poiché Lord Mosquito è in vantaggio.

Maka, Black Star e Kid sconfiggono Mosquito grazie alla reazione a catena e al suono del piano di Soul. Maka usa per la prima volta il Majingari. I tre vengono trovati da Ox e Kilik, escono dal campo magnetico e vengono abbracciati da Marie; nello stesso istante arrivano Sid, Neygus e Justin e tutti ritornano alla Shibusen. Maka fa rapporto a Shinigami su come è andata la missione, mentre Mosquito e Arachne scoprono che il Brew è inutilizzabile. Intanto Elka porta a Medusa il vero Brew funzionante.

Alla Shibusen, il morale è a terra per non aver recuperato il Brew. Maka, dopo aver chiesto a Shinigami cos'è l'onda anti-demone, si allena con Soul, per riuscire a riusare il Majingari, la tecnica di sua madre. Kid, nel frattempo, vuole indagare sul perché suo padre, Shinigami, cerca gli artefatti di Eibon, chiedendo delle risposte al Dr.Stein, ma non ottiene il suo intento. Intanto il responsabile dell'Oceania, BJ il Pestatalpe, arriva alla Shibusen.

Death the Kid’s dealing with a lot: he suspects Joe’s involved with the Magic Tools mystery, and he’s forced into yet another brutal fight with depressed Black☆Star.

Arachne risks her life to gain a new ally in the plot against DWMA. Meanwhile, when Crona runs away from the school, Maka sets out to bring her friend back safely.

Medusa offers Death a deal: in exchange for her release, she’ll reveal the Kishin’s location. The Grim Reaper won’t have long to decide - Arachne is on the verge of releasing madness on a global scale!

Dr. Stein’s mind is deteriorating quickly. As he explores his mental landscape for a way out of the increasing madness, Crona begs Death for a chance to right past wrongs.

The forces of DWMA prepare to open several fronts in the war against Arachnophobia - but Maka decides the time has arrived to fight a very personal battle of her own design!

Maka and Soul continue their search for Medusa’s lair. Meanwhile, a clash with the creepy guardians of the final Magic Tool leaves Death the Kid even more suspicious of his father’s true motives.

Physical pain and mental anguish are guaranteed when Crona and Marie enter the treacherous confines of Medusa’s lair to confront the little witch and the insane Dr. Stein.

Crona is forced to make the ultimate sacrifice as the battle against Medusa rages on. If the witch is to be destroyed, and Dr. Stein saved, Maka and Soul must reach rare heights of power.

The final confrontation between Black☆Star and Mifune begins! As the warriors clash, Mifune reveals a startling connection to the young Meister’s past.

After the fight between Black☆Star and Mifune ends, the DWMA gains a powerful new ally. And when Death utilizes Brew in an astounding way, he turns the tides of the battle against Arachnophobia.

The Kishin and the Grim Reaper tear into each other with unimaginable levels of power. Before this ultimate clash between good and evil concludes, great sacrifices will be made.

Arachnophobia is crumbling, but the Kishin is stronger than ever. Maka, Death the Kid, Black☆Star, and their Weapons attack with all their might, but when Soul slips into unconsciousness, all could be lost.

With her friends fallen, Maka must find the strength to face the Kishin alone. The world is in jeopardy and evil is poised for certain victory - until something stirs deep inside the young Meister’s heart.