世界征服を阻む光子力研究所にＤｒ.ヘルの総攻撃が始まった。迎え撃つはマジンガー軍団。しかし、甲児のマジンガーＺは未だ出撃不能。さやかたちの懸命の攻防もこれまでかと思われた時、マジンガーＺが出撃する！　あしゅら男爵、ブロッケン伯爵らが率いる飛行要塞グールと海底要塞ブード、そしてバードス島が浮上する！

光子力の平和利用モデル地区に選ばれた町。その外れにある屋敷の周囲で被害者の身元がわからない辻斬り死体が相次いで発見される謎の事件が報告されていた。事件を単身追う暗黒寺刑事は変わり者の老人・兜十蔵に狙いをつけるが･･･。そして遂にＤｒ.ヘルの世界征服計画が始まった。迎え撃つはスーパーロボット、その名はマジンガーＺ！

マジンガーＺから放たれた鉄拳、ロケットパンチはタロス像を打ち砕く！　一方、単身海底要塞ブードから飛び出たあしゅら男爵は十蔵に迫る。そして遂にＤｒ.ヘルがその姿を現し宣戦布告を宣言するのだった･･･。神となるか悪魔となるか！　兜甲児・マジンガーＺの戦いが今始まる！

甲児の反撃に苦戦するあしゅら軍団。だが、あしゅら男爵もこのままで終るはずもない。ダブラスＭ２の攻撃を前に友軍のロボット軍団へも被害が広がっていく中、さらなる敵・ブロッケン伯爵が飛行要塞グールとともに出現する！！　大ピンチのマジンガーZ、いや甲児に打つ手はあるのか？

機械獣を撃退したものの、甲児には山のような疑問が残った。祖父・十蔵とDr.ヘルとの関係は？ 「光子力ビームを撃て！」と叫んだ女性は何者なのか？ 光子力研究所に戻ったさやかはマジンガーＺの力に危惧を抱いていた。甲児が怒りに任せて操れば、マジンガーＺは確実に神ではなく悪魔と呼ばれる存在となると･･･。

街を破壊した張本人として警察の尋問を受ける甲児。待ちくたびれて眠ってしまうシロー。目覚めると、署内の様子がおかしい。甲児を探すシローを捕らえるよう暗黒寺が不穏な命令を下す。そのピンチを救ったのは･･･？　一方、置き去りのままのマジンガーＺを守るために出撃したアフロダイＡは巨大な機械獣と遭遇する。

マジンガーＺの強奪を狙うあしゅら男爵。Dr.ヘルによって語られる自身と十蔵、錦織つばさとの過去。そして明かされるあしゅら男爵誕生の秘密に、謎に包まれていた因縁がまた一つ紐解かれていく。動けないマジンガーＺに新たな機械獣が迫る。さやかの決死の覚悟の一撃から、マジンガーＺの反撃が始まる。

襲い来る機械獣たちとの戦いの日々。余りに荒々しい甲児の戦闘に、味方であるはずのマジンガー軍団の間でも軋轢が生まれていた。一方、先の作戦で失態を演じたあしゅら男爵はDr.ヘルの制止も聞かず日本侵略作戦を開始する。日本各地に同時に出現する機械獣。そんな時、「くろがね屋」に謎の三姉妹が訪れる。

東京、名古屋、大阪。同時に現れた機械獣に翻弄されるさやかたち。だが肝心の甲児は出撃できず、「くろがね屋」で菊ノ助との勝負を強いられていた。甲児を亡き者とするためにあしゅら男爵が送り込んだ美しき刺客アンドロイドたちが牙を剥く。戦場と化す「くろがね屋」。窮地を脱し、出撃せよ、マジンガーZ！

マジンガーZを出動させるべくホバーパイルダーで光子力研究所に急ぐ甲児。あしゅら男爵の巧妙な作戦はその瞬間にこそあった。ドッキング直前の無防備なマジンガーZを強奪するため幾重にも張り巡らされた罠。その頃、錦織つばさは光子力研究所に破壊したアンドロイド・ガミアの残骸を運び込んでいた。

機械獣に捕まったさやかを盾に、海底要塞サルードへの投降を強いられる甲児。敗色を濃くする光子力研究所の面々。だが、ホバーパイルダーにはボスたちが隠れて乗り込んでいた。甲児たちのさやか救出とサルード脱出作戦が始まる。混乱を極めるサルードの中、甲児たちの行く手を塞いだのは･･･。

ガミアの正体を確かめるべくドイツに向かう「くろがね屋」の女将とクロス。女将が留守になった「くろがね屋」に金髪の少女ローレライが訪ねて来た。一目で少女を好きになるシロー。少女は自分の父もロボットを作っていると告白する。その名はハインリッヒ・シュトロハイム。甲児はその名を十蔵から聞いた覚えがあった。

シュトロハイムの屋敷で顔を合わせる女将とシロー。知られざる兜家の過去がシュトロハイムによって暴かれていく。過去に芽生えたその因縁はDｒ.ヘルの介入によって想像を越えた新たなる憎しみの連鎖となり、渦巻いていく。衝撃の連続に絶句するシロー。そのさなか、あしゅら男爵が軍団を引き連れて屋敷に姿を見せる。

女将の前に、10年前の過去が怨霊のようによみがえる。過去の妄執に囚われる、女将やあしゅら達。憎しみが交錯する中、シュトロハイムが人生を賭けたドナウα１が始動する。マジンガーＺの前に立ちはだかるドナウα１。ローレライが悲しみを知った時、シローの心を震わせる悲しい戦いが始まる。

過去の真相に動揺を隠せない甲児とシローは「くろがね屋」を出て光子力研究所に住まいを移す。Ｄｒ.ヘルは侵略の手を緩めない。マジンガーＺは機械獣バルガＭ４とガルダＣ３を撃退するが、解析のために持ち帰ったガルダＣ３の残骸の中にはミケーネの遺物科学である新たな刺客が隠されていた。恐るべき刺客がマジンガーＺに襲いかかる！！

「全てを滅ぼす！」ケドラは光子力研究所だけに留まらず、仕掛けたＤｒ.ヘルにも猛威をふるい、さらには古代ミケーネの軍神が復活し、牙を剥く。Ｄｒ.ヘルはケドラを根絶すべく甲児に協力を申し出る。あしゅら男爵に案内され、「時の扉」をくぐるマジンガーＺ。そこは正しく神話時代の地球だった。甲児の見たミケーネの最後とは！？

甲児とあしゅら男爵、「くろがね屋」の面々は古代ミケーネの民や神々を目にする。そして、裏切り者のゼウスを討たんとし、行動を開始するゴーゴン大公。古代ミケーネの戦いの渦中へと導かれたマジンガーＺはゼウスと邂逅する。古代ミケーネで一体何が起こったのか！？また一つ、明らかになる衝撃の過去！！

ひと時の安らぎを取り戻したかに見えた「くろがね屋」。その夜、女将のつばさはあるものを見る。その日以来、悪霊にでもとりつかれたかのように死相を浮かべる女将。ピグマン子爵の呪法が兜家の秘密を再び解き明かそうとしていた。果たして女将が見たものとは！？一方、甲児とボスはある人物を救出した。

すべては"ゼウスの腕"から始まった。そこに出現したのは亡霊でも幻でもなく、現実に存在するエネルガーＺだった。Dr.ヘル、十蔵、つばさ、剣造、そして剣 鉄也の因縁が暴かれる時、マジンガーＺとエネルガーＺの死闘が始まる。同じ能力を持つ、二つの"Ｚ"。兜 甲児に勝機はあるのか！？

因縁を断ち切るかのようにエネルガーＺに戦いを挑む甲児。苛烈さを増す戦いの中、祖父・十蔵の残した秘密兵器が女将の叫びで空を舞う！だが、ブロッケン伯爵はエネルガーＺによる恐ろしい計画を企てていた！！熱海を、人々を守れるのか！？マジンガーＺ！！

度重なるＤｒ.ヘルの猛攻の残した傷跡はあまりに大きかった。くろがね屋の面々はこの後迎えるであろう、Ｄｒ.ヘルとの最終決戦に向けて準備に余念がない。それはボス、ヌケ、ムチャも同様であった。一方、ミケーネの時代より様々な死線をくぐりぬけてきた、あしゅら男爵もまた･･･。

味方のロボット軍団もマジンガー軍団としてパワーアップ。さやかの新しいロボット・ビューナスＡも完成！そして遂にDr.ヘルからの最終決戦への宣戦布告がなされる！その口火は、マジンガーＺとの一対一の決闘だった！！果たしてその相手とは！？

Dr.ヘル軍団による総攻撃がはじまり、総力戦と化していく。ピグマン子爵VS.光子力研究所。ブロッケン伯爵VS.マジンガー軍団。あしゅら兵士VS.くろがね屋。一方、多数の機械獣たちに囲まれたマジンガーＺは、苦戦を強いられながらも戦っていた。しかし、そこには甲児のやりきれぬ思いが響いていた･･･！！

女将と十蔵、弓教授による「バードス島攻略作戦」の真の内容が明らかになる！爆炎に包まれる光子力研究所。十蔵と共にマジンガーの元へ飛んでいくゴッドスクランダーとマジンガーＺが合体した時、新たな力が生まれる･･･！！そして弓の前に現れた謎の男。ミケーネ、バードス、光子力。人が創り出した、神にも悪魔にも劣らぬ力が今ぶつかり合う！！

遂にその姿を現すDr.ヘルの最後の機械獣。光子力の全てを奪わんと迫り来るその圧倒的なパワーの前に、マジンガー軍団は歯が立たない。愛する者を、ミケーネの全てを奪われたと、あしゅら男爵の悲痛な慟哭が響き渡り、事態は思わぬ方向へと進んでいく。驚愕のＺ編！混沌渦巻く運命に、甲児は、マジンガーはどう立ち向かうのか！？