如果有一天你取得了能够匹敌神或恶魔的力量你会怎么使用它？成为保护世界的英雄吗？还是成为毁灭世界的恶魔？有一天少年兜甲儿获得了这种力量——魔神Z的力量…… 经过漫长的战斗甲儿终于见到了最强的敌人黑暗大将军，不理会地狱博士的嘲笑发出胜利宣言的甲儿将魔神Z变形为真魔神飞拳冲向他最后的敌人……

热海沿海附近发生了奇怪的连续杀人事件唯一的共同点就是他们都是在兜家附近被害，热海警署的黑暗寺刑事为了查明这个事件而开始着手调查兜家的老人——兜十藏。热海同时也是光子力能量应用的实验城市，光子力是由伽帕尼姆矿石开发的一种新能源它的出现解决了这个时代因为能量缺乏的危机，在远方一个名为地狱博士的人命令他最忠心的部下阿修罗男爵带领他所开发的机械兽前来夺取光子力能量的秘密。 一早兜士郎被他爷爷那恐怖的老脸吓到，早餐的时候十藏希望士郎和甲儿今天早点回来特有重要的事情要告诉两人，与此同时在兜家附近一个蒙面人与附近的警察展开了战斗所有警察都尽数被其斩杀。尾随十藏的黑暗寺经过一天发现这只不过是个奇怪的老爷爷而已，然而在十藏回家的时候蒙面人出现在十藏面前将其身边的警察杀死，听到惨叫声赶来的黑暗寺却发现被杀的警察他根本就没有见过。

在魔神Z身上甲儿和士郎看到了恶魔和神的影子，在场的阿修罗男爵看着魔神Z想起了在遥远的古代为了守护人类而背叛了迈锡尼的主神——宙斯，看着发愣的甲儿兜十藏叫甲儿赶紧与魔神Z合体，在合体的瞬间恶魔与神同时苏醒了魔神Z发出了它的必杀技“火箭飞拳”一拳将面前的机械巨兵被打了个粉碎。

两台机械兽马上向魔神Z发起了剧烈的攻击在敌人猛兽般的攻击下魔神Z马上被压制住了，这时地狱博士再次劝说十藏加入自己而听到“迈锡尼帝国”这个名字的时候甲儿疑惑了，而十藏则浑身发抖并说甲儿现在还是不要知道这个事情为妙，眼看劝说无果地狱博士留下狠话离开了。

看着没有斗志的甲儿十藏告诉他魔神Z还有更多未知武器，而他也是最后一次教他了，释放出硫酸龙卷风的魔神Z将机械兽吹得破破烂烂，在一击之下机械兽化为了飞灰。

白天终于到来，热海恢复了平时的样子但战斗所产生的场景却没有消失，甲儿作为事件的当事人被关进了大牢，而黑暗寺刑事对昨晚的恐怖情景还心有余辜——巨大的爆击兽从天而降而集3台机器人之力也无法与其横抗，就在众人束手无策的时候一个女人走过来对甲儿说要他发射光子力射线，在贯通天空的光子力射线的光芒下令众人束手无策的爆击兽被渐渐移动了，在几乎媲美白天的光芒中爆击兽消失了。

看着满城搜索朋友号的警察弦之助感觉到一阵异样，另一方面审问甲儿的黑暗寺决定拷问士郎让他吐出朋友号的所在，而被关在房间里的士郎发现这里的警察都被杀死了，在走廊的警察甚至打算杀死他让甲儿吐出事实。逃跑的士郎来到了关着甲儿的牢房，在争吵中甲儿发现眼前的黑暗寺刑事其实是阿修罗男爵假扮的，而真正的黑暗寺刑事这时正在黑金屋的房间里睡大觉，追赶士郎来到楼顶的阿修罗男爵却在老板娘那普通的手下动弹不得。

打开机械兽诺卡加德H2的身体里赫然发现了阿佛洛狄忒A，逃脱的阿修罗男爵命令机械兽向魔神Z前进，波斯在老板娘的部下强戈的协助下也拿起了枪械反击。看着眼前危机的老板娘发出了信号，失踪已久的朋友号从黑金屋中发射出来，原来在战斗结束后大家都昏迷了，嫌麻烦的老板娘只救出了朋友号和黑暗寺刑事才让甲儿和士郎吃了那么多苦头，解释完毕的老板娘要求甲儿和她一起却去追击阿修罗男爵。

几乎每天甲儿都为了保护热海而与地狱博士的机械兽战斗着，但是在战斗中甲儿却极不愿与同伴们合作也不愿接受大家的好意，只身一人燃烧着仇恨的火焰与敌人战斗着，面对沙也加的劝说甲儿以魔神Z是不败的为理由离开了。另一方面甲儿和士郎寄住在黑金屋中，经过黑暗寺的调查这里的员工几乎都是有过死亡记录的人。

在甲儿正要与魔神Z合体的时候一对火箭飞拳突然捉住了魔神Z，这时甲儿突然发现朋友号的速度根本无法提升原来波斯一行人受到了老板娘的委托坐到了朋友号上面，凭借与菊之助捉迷藏中锻炼出的技术甲儿躲过了数量众多的攻击合体为魔神Z但也因此被海底要塞拖进了海中。

魔神Z遭到了俘虏甲儿也被赶紧了大牢里，得意的阿修罗男爵看着眼前的朋友号忍不住驾驶起来，但在合体的时候却失败了，感到丢脸的阿修罗男爵命令部下看守朋友号就离开了，躲在后面的波斯等人看准时机将守卫打晕了。在牢里的甲儿看似反省自己所做的一切，连同伴也无法拯救的他后悔没有听大家的话，这时波斯以两人出去之后干架为条件救出了甲儿。

对自己无力懊恼的黑暗寺和士郎跑到了地下室收集南里的超合金Z武器，这时老板娘却因为阿米法Q的事情而到了德国，听说要把阿米法Q分解的黑暗寺马上大哭起来，正感慨大人对女性的无力时士郎却遇到了金发少女萝蕾莱并对她一见钟情了，两人马上就去约会了。在光子力研究所教训了欺负士郎的博士，萝蕾莱却说自己的父亲修特罗海姆有比魔神Z更强的机器人，甲儿这时脸色大变。

老板娘承认了自己就是士郎的母亲但是士郎却不愿承认这个事实想离开，在萝蕾莱的劝说下士郎为了听明事情的真相留了下来。原来修特罗海姆是锦织翼的未婚妻，而当年从巴德斯岛回来的锦织翼已经生下了甲儿，不愿离开锦织翼的修特罗海姆与十藏约定好以自己做的机器人做胜负决定锦织翼的归宿，但还没有完成约定他就死于十藏所设计的事故，在地狱博士的帮助下他才从地狱里回来了。

看着眼前袭来的机器人军团修特罗海姆和锦织翼再次合作起来，听着他们对话的士郎得知修特罗海姆研究的是有着内心的机器人，无论怎么样的机器人只要由人操作就不可免的有动作上的缺陷，而有心的机器人将得到完美的战斗能力，但是现在的多纳α-1却还缺少一样东西。

从十郎口中得知父亲死因的甲儿同样不愿承认锦织翼是自己的母亲，在母亲苛刻的话语中和士郎一起搬到了光子力研究所，战斗的甲儿越发恼火不顾情况越发疯狂的破坏机械兽，然而除了先生以外没有人注意到有个奇怪的影子蠕动。巴德斯岛里地狱博士发掘了新的秘密——机械生命体-凯德拉。

巴德斯岛与高古大公产生了呼应，连机械兽也都纷纷脱离了地狱博士的控制向他发起了攻击，但在布罗肯的自杀攻击下终于杀死了高古大公，在变成石头消失之际他说事情不会就这样结束。光子力研究所周围的机械都产生了异变，罗马柱型的巴德斯岛出现在诸人面前并开始侵蚀光子力研究所，无计可施的地狱博士派出了阿修罗男爵与甲儿合作要解决这个事件，在同时迈锡尼人的阿修罗男爵的帮助下甲儿和魔神Z进入了巴德斯岛内部。

在克洛斯和安的牺牲下的掩护下大家逃跑了，虽然对阿修罗男爵和强戈的双手感到奇怪，但高古大公决定利用阿修罗男爵与另一位迈锡尼大神一起击倒阻碍迈锡尼的大神宙斯，而特里斯坦夫妇则作为开启巴德斯岛大门的钥匙变为木乃伊沉睡了，趁宙斯大意解除战斗姿态的时候冥府之王哈迪斯身体爆发出强烈的火焰向宙斯发起了攻击。

自上次的凯德拉事件已经过去了3个月，热海恢复了以往的和平连地狱博士也暂停了对世界的侵略战争，但老板娘却因为看到了过去的同伴剑铁也的影子而渐渐衰弱……对迈锡尼文明深深战栗的地狱博士毁掉了所有的遗迹，他决定不再挖掘迈锡尼科技占据光子力研究所征服世界。

见到能量Z的老板娘更在不安起来，在消灭了匹格曼的幻影后老板娘再一次倒下了，再出击前甲儿拜托士郎保护好他们的母亲，而铁也的幻影随着能量Z的接近也越发明显起来。

海中发出了通天的光子力能量，在光芒中宙斯的右手从海中浮现出来，分明是矿石的伽帕尼姆矿石仿佛还活着一般慢慢伸向魔神Z。在黑金屋老板娘被再次从地狱边缘复活的黑金五人众和士郎救下了，失措的匹格曼和布罗肯决定引爆能量Z将一切毁灭，但前来夺取光子力能量的机械兽却被装备了新武器的光子力击败。

大战将至地狱博士见到了高古大公的幻影而不安起来，从高古的话里担心起还在昏迷中的阿修罗男爵，自从上次布罗肯将他救回的时候一直处于良心谴责的阿修罗男爵因为背叛了迈锡尼而陷入沉睡中。

决战越发接近沙也加的新机体新阿佛洛狄忒A也已经完成了，不过由于沙也加的要求三博士决定要拍沙也加的裸照……在士郎的提醒下才知道新阿佛洛狄忒A早已完成了。这时敌人来袭的信号响起了，在敌人新兵器的攻击下军队完全崩溃了，连光子力机器人军团也全灭了。

眼看甲儿中了自己的诡计地狱博士马上命令所有的部队向热海进发了，铺天盖地的机械兽军团扑向了光子力研究所，与此同时老板娘也开了她那不为人知的计划……而城市中的铁甲面军团受到了黑金五人众和流氓警察们的夹击纷纷败退，连超级杂兵波斯机器人也加入了战场。

面对数万敌人的魔神军团终于败了，罗丽、罗尔、东、小出纷纷在机械兽军团的夹击下阵亡，看着同伴们的消亡甲儿与God Scrander合体了，在宙斯强大的力量下强力的机械兽们纷纷败退，冲向天空的甲儿直径向空中要塞飞去。

地狱博士的最大武器地狱王启动了，在他面前魔神军团的攻击完全无效所有的光子力能量都被其所吸收原来地狱王的真正能力是吸收光子力能源！